Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 3V6Y_A
|
3V6Y_B
|
5BZ1_A
|
5BZ1_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:363 [CYS] | B:7 [G] | A:380 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:288 [ARG] | B:10 [A] | A:300 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
| A:245 [TYR] | B:12 [A] | A:264 [TYR] | B:9 [U] | ✔ |
| A:415 [ASN] | B:6 [U] | A:416 [ASN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:454 [HIS] | B:5 [G] | A:455 [ASN] | B:2 [G] | ✔ |
| A:454 [HIS] | B:6 [U] | A:455 [ASN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:291 [GLN] | B:10 [A] | A:303 [GLN] | B:7 [U] | ✔ |
| A:367 [GLN] | B:7 [G] | A:384 [GLN] | B:4 [A] | ✔ |
| A:413 [TYR] | B:7 [G] | A:414 [PHE] | B:4 [A] | ✔ |
| A:557 [LYS] | B:4 [U] | A:587 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:554 [SER] | B:4 [U] | A:584 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:323 [ASN] | B:10 [A] | A:340 [ASN] | B:7 [U] | ✔ |
| A:419 [GLN] | B:6 [U] | A:420 [GLN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:364 [ARG] | B:7 [G] | A:381 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:364 [ARG] | B:8 [C] | A:381 [CYS] | B:5 [U] | ✔ |
| A:360 [LYS] | B:7 [G] | A:377 [LYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:326 [HIS] | B:9 [C] | A:343 [HIS] | B:6 [U] | ✔ |
| A:326 [HIS] | B:10 [A] | A:343 [HIS] | B:7 [U] | ✔ |
| A:504 [GLN] | B:4 [U] | A:523 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:287 [CYS] | B:10 [A] | A:299 [THR] | B:7 [U] | ✔ |
| A:453 [SER] | B:5 [G] | A:454 [SER] | B:2 [G] | ✔ |
| A:450 [LYS] | B:5 [G] | A:451 [LYS] | B:2 [G] | ✔ |
| A:450 [LYS] | B:6 [U] | A:451 [LYS] | B:3 [U] | ✔ |
| A:412 [GLU] | B:6 [U] | A:413 [GLN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:498 [PHE] | B:5 [G] | A:517 [PHE] | B:2 [G] | ✔ |
| A:500 [ASN] | B:4 [U] | A:519 [ASN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:553 [SER] | B:4 [U] | A:583 [SER] | B:1 [U] | ✔ |
| A:497 [GLN] | B:4 [U] | A:516 [ASN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:497 [GLN] | B:5 [G] | A:516 [ASN] | B:2 [G] | ✔ |
| A:361 [TYR] | B:9 [C] | A:378 [HIS] | B:6 [U] | ✔ |
| A:241 [ILE] | B:12 [A] | A:260 [PRO] | B:9 [U] | ✔ |
| A:451 [PHE] | B:6 [U] | A:452 [PHE] | B:3 [U] | ✔ |
| A:322 [GLN] | B:10 [A] | A:339 [LEU] | B:7 [U] | ✔ |
| A:501 [TYR] | B:4 [U] | A:520 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:501 [TYR] | B:5 [G] | A:520 [TYR] | B:2 [G] | ✔ |
| A:416 [TYR] | B:6 [U] | A:417 [TYR] | B:3 [U] | ✔ |
| A:416 [TYR] | B:7 [G] | A:417 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:457 [GLU] | B:5 [G] | A:458 [GLU] | B:2 [G] | ✔ |
| A:242 [PHE] | B:12 [A] | A:261 [PHE] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:360 [LYS] | B:8 [C] | A:377 [LYS] | B:5 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:361 [TYR] | B:8 [C] | A:378 [HIS] | B:5 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:204 [CYS] | B:12 [A] | A:225 [CYS] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:208 [GLU] | B:12 [A] | A:229 [GLN] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:205 [GLN] | B:12 [A] | A:226 [ARG] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:244 [ASN] | B:12 [A] | A:263 [ASN] | B:9 [U] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:248 [GLN] | B:12 [A] | A:267 [GLN] | B:9 [U] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:285 [PHE] | B:12 [A] | A:297 [TYR] | B:9 [U] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:288 [ARG] | B:12 [A] | A:300 [ARG] | B:9 [U] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:322 [GLN] | B:9 [C] | A:339 [LEU] | B:6 [U] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:364 [ARG] | B:9 [C] | A:381 [CYS] | B:6 [U] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:367 [GLN] | B:8 [C] | A:384 [GLN] | B:5 [U] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:412 [GLU] | B:7 [G] | A:413 [GLN] | B:4 [A] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:288 [ARG] | B:11 [U] | A:300 [ARG] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:245 [TYR] | B:11 [U] | A:264 [TYR] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:248 [GLN] | B:11 [U] | A:267 [GLN] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:285 [PHE] | B:11 [U] | A:297 [TYR] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:241 [ILE] | B:11 [U] | A:260 [PRO] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:284 [LYS] | B:11 [U] | A:296 [GLN] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_A:296, 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:244 [ASN] | B:11 [U] | A:263 [ASN] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:284 [LYS] | B:10 [A] | A:296 [GLN] | B:7 [U] | ❌ 5BZ1_A:296 no longer at interface |
| A:325 [ASN] | B:9 [C] | A:342 [ASN] | B:6 [U] | ❌ 3V6Y_A:325 no longer at interface |
| A:329 [GLN] | B:9 [C] | A:346 [GLN] | B:6 [U] | ❌ 3V6Y_A:329 no longer at interface |
| A:368 [THR] | B:9 [C] | A:385 [LYS] | B:6 [U] | ❌ 3V6Y_A:368 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ARM repeat | 0.82 | 2.14 | 0.33 | 0.82 | 0.27 | 0.9 | 0.89 | 0.68 | 0.62 | 0.48 | 0.44 |
Other pairs involving 3V6Y_A_B or 5BZ1_A_B
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3V6Y_A_B | 3V74_A_B | 1.00 | 0.99 | 0.31 | 0.91 | ARM repeat | compare | |
| 3V6Y_A_B | 5WZJ_A_B | 0.85 | 0.64 | 3.34 | 0.09 | ARM repeat | compare | |
| 3V6Y_A_B | 5BZ1_A_B | 0.68 | 0.82 | 2.14 | 0.33 | ARM repeat | compare | |
| 5BZ1_A_B | 5WZJ_A_B | 0.81 | 0.65 | 3.05 | 0.07 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V6Y_A_B | 0.94 | 0.85 | 1.95 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 5BZ1_A_B | 0.67 | 0.75 | 3.22 | 0.67 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 3V6Y_A_B | 0.80 | 0.73 | 3.21 | 0.5 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 5BZ1_A_B | 0.25 | 0.65 | 4.33 | 0.0 | ARM repeat | compare | |
| 3V74_A_B | 5BZ1_A_B | 0.68 | 0.82 | 2.09 | 0.33 | ARM repeat | compare |