Residue Ribonucleotide Distance Base Pair Hbond nuc:res Base Stack Type Residue conservation [ASN]A:55 [C]X:21 3.84 [G]X:4 sugar:BB 82.12 [ASN]A:55 [U]X:22 3.71 [A]X:3 82.12 [LYS]A:56 [C]X:21 3.37 [G]X:4 sugar:SC 78.59 [LYS]A:56 [U]X:22 3.42 [A]X:3 78.59 [VAL]A:57 [U]X:22 2.85 [A]X:3 79.14 [VAL]A:57 [C]X:23 3.12 [G]X:2 79.14 [HIS]A:58 [U]X:22 4.77 [A]X:3 65.18 [THR]A:78 [G]X:26 4.17 33.29 [ALA]A:79 [G]X:26 2.74 base:BB 60.4 [VAL]A:80 [G]X:26 3.49 60.69 [SER]A:81 [G]X:26 3.02 base:BB 76.46 [GLY]A:82 [G]X:26 3.27 66.11 [SER]A:84 [G]X:26 3.02 36.84 [HIS]A:86 [G]X:26 2.95 base:BB 21.89 [LYS]A:87 [G]X:25 3.56 55.2 [LYS]A:87 [G]X:26 3.32 55.2 [CYS]A:88 [G]X:25 2.69 sugar:BB 0.0 [CYS]A:88 [G]X:26 2.96 base:BB 0.0 [PHE]A:89 [G]X:25 3.96 17.14 [PHE]A:89 [G]X:26 3.51 17.14 [PHE]A:90 [G]X:25 4.41 62.17 [PHE]A:90 [G]X:26 2.72 62.17 [LEU]A:93 [G]X:26 3.57 22.61 [THR]A:103 [U]X:22 3.68 [A]X:3 95.12 [THR]A:103 [C]X:23 2.68 [G]X:2 95.12 [GLN]A:105 [G]X:4 4.4 [C]X:21 77.9 [GLN]A:105 [U]X:22 3.53 [A]X:3 77.9 [GLN]A:105 [C]X:23 3.48 [G]X:2 77.9 [ILE]A:106 [C]X:23 3.43 [G]X:2 78.8 [ILE]A:106 [C]X:24 2.88 [GTP]X:1 78.8 [ILE]A:106 [G]X:26 4.2 78.8 [ASN]A:109 [C]X:23 2.92 [G]X:2 sugar:SC 70.71 [ASN]A:109 [C]X:24 4.3 [GTP]X:1 70.71 [ALA]A:118 [G]X:26 4.21 1.97 [GLN]A:137 [G]X:6 4.87 [C]X:19 70.28 [LYS]A:138 [G]X:6 3.18 [C]X:19 88.68 [LYS]A:138 [U]X:7 3.19 [A]X:18 88.68 [GLU]A:139 [C]X:5 3.15 [G]X:20 72.65 [GLU]A:139 [G]X:6 2.82 [C]X:19 72.65 [ALA]A:140 [C]X:5 3.36 [G]X:20 42.91 [ALA]A:140 [G]X:6 3.99 [C]X:19 42.91 [VAL]A:141 [C]X:5 4.59 [G]X:20 72.52 [LYS]A:144 [G]X:4 4.7 [C]X:21 64.62 [LYS]A:144 [C]X:5 3.85 [G]X:20 64.62 [GLN]A:256 [G]X:8 3.95 [C]X:17 base:SC 85.27 [GLN]A:256 [C]X:9 3.28 [G]X:16 85.27 [GLN]A:256 [C]X:17 4.72 [G]X:8 85.27 [VAL]A:257 [C]X:9 4.44 [G]X:16 7.89 [VAL]A:257 [C]X:10 3.93 [G]X:15 7.89 [GLU]A:259 [C]X:17 3.77 [G]X:8 94.88 [GLU]A:259 [A]X:18 3.49 [U]X:7 94.88 [GLN]A:260 [C]X:9 4.39 [G]X:16 95.31 [GLN]A:260 [C]X:10 2.78 [G]X:15 base:SC 95.31 [GLN]A:260 [G]X:15 4.05 [C]X:10 95.31 [GLN]A:260 [G]X:16 3.06 [C]X:9 base:SC, base:SC 95.31 [GLN]A:260 [C]X:17 3.38 [G]X:8 base/AA stacks 95.31 [ARG]A:261 [C]X:10 3.09 [G]X:15 sugar:SC 68.63 [ARG]A:261 [G]X:11 4.17 68.63 [VAL]A:263 [C]X:17 3.61 [G]X:8 82.29 [VAL]A:263 [A]X:18 3.74 [U]X:7 82.29 [GLU]A:264 [G]X:15 4.68 [C]X:10 64.84 [GLU]A:264 [G]X:16 2.5 [C]X:9 sugar:SC 64.84 [GLU]A:264 [C]X:17 4.45 [G]X:8 64.84 [ASN]A:267 [G]X:16 4.22 [C]X:9 59.57 [ASN]A:267 [C]X:17 3.12 [G]X:8 59.57 [ARG]A:285 [A]X:18 2.85 [U]X:7 95.12 [ARG]A:285 [C]X:19 4.02 [G]X:6 95.12 [LYS]A:373 [A]X:18 4.1 [U]X:7 45.09 [LYS]A:373 [C]X:19 3.56 [G]X:6 45.09 [LYS]A:373 [G]X:20 3.3 [C]X:5 45.09 [THR]A:374 [C]X:19 3.36 [G]X:6 85.44 [THR]A:374 [G]X:20 3.62 [C]X:5 85.44 [ARG]A:375 [C]X:19 4.61 [G]X:6 81.76 [ARG]A:375 [G]X:20 2.85 [C]X:5 81.76 [ARG]A:375 [C]X:21 2.75 [G]X:4 81.76 [GLN]A:376 [G]X:20 4.43 [C]X:5 61.3 [THR]A:402 [C]X:21 3.63 [G]X:4 78.45 [GLY]A:403 [C]X:21 2.6 [G]X:4 90.82 [GLY]A:403 [U]X:22 3.6 [A]X:3 90.82 [SER]A:404 [C]X:21 4.34 [G]X:4 77.66 [SER]A:404 [U]X:22 2.53 [A]X:3 77.66 [SER]A:404 [C]X:23 4.69 [G]X:2 77.66 [GLY]A:405 [C]X:21 3.35 [G]X:4 64.4 [GLY]A:405 [U]X:22 4.2 [A]X:3 64.4 [HIS]A:406 [GTP]X:1 3.26 [C]X:24 base/AA stacks 54.89 [HIS]A:406 [G]X:2 2.68 [C]X:23 base:SC 54.89 [HIS]A:406 [A]X:3 4.47 [U]X:22 54.89 [HIS]A:406 [C]X:21 4.98 [G]X:4 54.89 [HIS]A:406 [U]X:22 4.24 [A]X:3 54.89 [HIS]A:406 [C]X:23 4.19 [G]X:2 54.89 [SER]A:407 [GTP]X:1 3.59 [C]X:24 82.83 [SER]A:407 [G]X:20 4.43 [C]X:5 82.83 [ASN]A:408 [GTP]X:1 2.88 [C]X:24 64.15 [GLN]A:409 [C]X:19 3.58 [G]X:6 69.76 [LYS]A:411 [GTP]X:1 4.29 [C]X:24 60.39 [GLN]A:418 [U]X:22 4.06 [A]X:3 95.04 [THR]A:436 [G]X:20 3.82 [C]X:5 98.87 [THR]A:436 [C]X:21 2.64 [G]X:4 98.87 [SER]A:437 [G]X:20 2.8 [C]X:5 sugar:SC 89.29 [SER]A:437 [C]X:21 4.53 [G]X:4 89.29 [VAL]A:438 [C]X:21 3.78 [G]X:4 94.99 [VAL]A:438 [U]X:22 4.33 [A]X:3 94.99 [MET]A:457 [U]X:7 4.49 [A]X:18 83.44 [MET]A:457 [G]X:8 3.42 [C]X:17 83.44 [MET]A:457 [C]X:9 4.84 [G]X:16 83.44 [THR]A:458 [U]X:7 4.49 [A]X:18 61.64 [THR]A:458 [G]X:8 4.32 [C]X:17 61.64 [ASN]A:459 [U]X:7 4.12 [A]X:18 73.69 [ASN]A:459 [G]X:8 3.57 [C]X:17 73.69 [ARG]A:486 [C]X:9 3.35 [G]X:16 58.25 [ARG]A:486 [C]X:10 3.22 [G]X:15 58.25 [ARG]A:490 [G]X:8 3.03 [C]X:17 64.92 [ARG]A:490 [C]X:9 3.72 [G]X:16 64.92 [ARG]A:537 [G]X:15 4.85 [C]X:10 13.79 [GLU]A:571 [C]X:24 3.76 [GTP]X:1 93.61 [ALA]A:572 [A]X:3 4.42 [U]X:22 18.23 [MET]A:573 [G]X:2 3.28 [C]X:23 63.74 [MET]A:573 [A]X:3 3.4 [U]X:22 63.74 [MET]A:573 [C]X:23 4.55 [G]X:2 63.74 [MET]A:573 [C]X:24 3.89 [GTP]X:1 63.74 [HIS]A:574 [GTP]X:1 4.21 [C]X:24 94.48 [HIS]A:574 [G]X:2 2.79 [C]X:23 sugar:SC 94.48 [HIS]A:574 [A]X:3 4.76 [U]X:22 94.48 [HIS]A:574 [C]X:24 4.65 [GTP]X:1 94.48 [HIS]A:575 [G]X:2 4.74 [C]X:23 88.66 [HIS]A:575 [A]X:3 4.44 [U]X:22 88.66 [ILE]A:593 [GTP]X:1 3.24 [C]X:24 45.03 [PHE]A:595 [GTP]X:1 3.19 [C]X:24 base/AA stacks 23.46 [ARG]A:597 [C]X:24 2.63 [GTP]X:1 80.92 [ARG]A:597 [G]X:25 3.28 80.92 [ARG]A:597 [G]X:26 4.54 80.92 [THR]A:598 [G]X:25 2.99 base:BB 45.25 [PHE]A:599 [GTP]X:1 3.74 [C]X:24 81.18 [PHE]A:599 [C]X:24 3.39 [GTP]X:1 base/AA stacks 81.18 [PHE]A:599 [G]X:25 3.39 81.18 [ARG]A:600 [C]X:24 4.94 [GTP]X:1 47.53 [ARG]A:600 [G]X:25 2.61 base/AA stacks 47.53 [ASP]A:601 [G]X:25 4.47 94.06 [TRP]A:602 [GTP]X:1 4.02 [C]X:24 87.36 [TRP]A:602 [C]X:24 4.27 [GTP]X:1 87.36 [ARG]A:607 [GTP]X:1 2.91 [C]X:24 60.38 [GLU]A:616 [GTP]X:1 5.0 [C]X:24 4.3 [MET]A:619 [GTP]X:1 3.52 [C]X:24 71.89 [MET]A:619 [G]X:2 3.98 [C]X:23 71.89 [ILE]A:630 [G]X:2 4.2 [C]X:23 69.58 [SER]A:632 [G]X:2 2.85 [C]X:23 36.06 [ILE]A:633 [A]X:3 4.68 [U]X:22 77.76 [LYS]A:634 [GTP]X:1 2.94 [C]X:24 78.73 [LYS]A:634 [G]X:2 4.4 [C]X:23 78.73 [LYS]A:645 [G]X:15 3.79 [C]X:10 53.15 [LYS]A:645 [G]X:16 2.73 [C]X:9 53.15 [LYS]A:648 [A]X:3 4.92 [U]X:22 78.66 [LYS]A:648 [C]X:17 2.97 [G]X:8 78.66 [LYS]A:648 [A]X:18 2.67 [U]X:7 78.66 [LYS]A:649 [A]X:3 4.64 [U]X:22 79.75 [LYS]A:649 [G]X:4 3.37 [C]X:21 79.75 [LYS]A:649 [C]X:5 3.97 [G]X:20 79.75 [TRP]A:650 [G]X:2 4.42 [C]X:23 87.58 [TRP]A:650 [A]X:3 3.12 [U]X:22 87.58 [SER]A:651 [G]X:4 3.08 [C]X:21 73.3 [THR]A:652 [G]X:16 4.61 [C]X:9 39.75