Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
3X1L_C
|
3X1L_I
|
6S8B_D
|
6S8B_U,V
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
C:280 [TRP] | I:13 [A] | D:227 [TRP] | V:76 [G] | ✔ |
C:20 [HIS] | I:10 [U] | D:19 [HIS] | V:73 [G] | ✔ |
C:263 [ALA] | I:15 [U] | D:210 [ARG] | V:78 [G] | ✔ |
C:24 [GLY] | I:9 [U] | D:23 [GLY] | V:72 [U] | ✔ |
C:116 [ALA] | I:5 [A] | D:78 [PRO] | V:68 [A] | ✔ |
C:116 [ALA] | I:6 [A] | D:78 [PRO] | V:69 [C] | ✔ |
C:112 [ALA] | I:6 [A] | D:75 [ASP] | V:69 [C] | ✔ |
C:333 [ASP] | I:10 [U] | D:269 [LYS] | V:73 [G] | ✔ |
C:333 [ASP] | I:11 [G] | D:269 [LYS] | V:74 [G] | ✔ |
C:274 [VAL] | I:15 [U] | D:221 [VAL] | V:78 [G] | ✔ |
C:274 [VAL] | I:16 [A] | D:221 [VAL] | V:79 [A] | ✔ |
C:279 [LEU] | I:15 [U] | D:226 [LEU] | V:78 [G] | ✔ |
C:21 [ALA] | I:10 [U] | D:20 [VAL] | V:73 [G] | ✔ |
C:110 [GLY] | I:6 [A] | D:73 [GLY] | V:69 [C] | ✔ |
C:55 [ARG] | I:6 [A] | D:54 [LYS] | V:69 [C] | ✔ |
C:55 [ARG] | I:7 [A] | D:54 [LYS] | V:70 [C] | ✔ |
C:46 [TRP] | I:9 [U] | D:45 [TYR] | V:72 [U] | ✔ |
C:265 [VAL] | I:13 [A] | D:212 [ILE] | V:76 [G] | ✔ |
C:265 [VAL] | I:14 [G] | D:212 [ILE] | V:77 [G] | ✔ |
C:265 [VAL] | I:15 [U] | D:212 [ILE] | V:78 [G] | ✔ |
C:265 [VAL] | I:16 [A] | D:212 [ILE] | V:79 [A] | ✔ |
C:52 [GLY] | I:8 [G] | D:51 [GLY] | V:71 [C] | ✔ |
C:264 [ARG] | I:13 [A] | D:211 [ARG] | V:76 [G] | ✔ |
C:264 [ARG] | I:15 [U] | D:211 [ARG] | V:78 [G] | ✔ |
C:23 [SER] | I:9 [U] | D:22 [SER] | V:72 [U] | ✔ |
C:48 [GLN] | I:8 [G] | D:47 [SER] | V:71 [C] | ✔ |
C:48 [GLN] | I:9 [U] | D:47 [SER] | V:72 [U] | ✔ |
C:109 [PHE] | I:6 [A] | D:72 [LEU] | V:69 [C] | ✔ |
C:109 [PHE] | I:7 [A] | D:72 [LEU] | V:70 [C] | ✔ |
C:49 [SER] | I:8 [G] | D:48 [SER] | V:71 [C] | ✔ |
C:49 [SER] | I:9 [U] | D:48 [SER] | V:72 [U] | ✔ |
C:266 [ARG] | I:13 [A] | D:213 [ARG] | V:76 [G] | ✔ |
C:266 [ARG] | I:14 [G] | D:213 [ARG] | V:77 [G] | ✔ |
C:32 [LEU] | I:13 [A] | D:32 [LEU] | V:76 [G] | ✔ |
C:272 [GLY] | I:16 [A] | D:219 [LYS] | V:79 [A] | ✔ |
C:272 [GLY] | I:17 [U] | D:219 [LYS] | V:80 [A] | ✔ |
C:121 [GLY] | I:5 [A] | D:82 [SER] | V:68 [A] | ✔ |
C:121 [GLY] | I:6 [A] | D:82 [SER] | V:69 [C] | ✔ |
C:35 [GLN] | I:9 [U] | D:35 [GLN] | V:72 [U] | ✔ |
C:120 [ALA] | I:5 [A] | D:81 [ALA] | V:68 [A] | ✔ |
C:120 [ALA] | I:6 [A] | D:81 [ALA] | V:69 [C] | ✔ |
C:111 [PRO] | I:6 [A] | D:74 [GLU] | V:69 [C] | ✔ |
C:332 [GLY] | I:10 [U] | D:268 [GLY] | V:73 [G] | ✔ |
C:332 [GLY] | I:11 [G] | D:268 [GLY] | V:74 [G] | ✔ |
C:330 [ILE] | I:8 [G] | D:266 [LEU] | V:71 [C] | ✔ |
C:273 [THR] | I:16 [A] | D:220 [VAL] | V:79 [A] | ✔ |
C:273 [THR] | I:17 [U] | D:220 [VAL] | V:80 [A] | ✔ |
C:331 [GLY] | I:8 [G] | D:267 [GLY] | V:71 [C] | ✔ |
C:331 [GLY] | I:10 [U] | D:267 [GLY] | V:73 [G] | ✔ |
C:331 [GLY] | I:11 [G] | D:267 [GLY] | V:74 [G] | ✔ |
C:119 [HIS] | I:5 [A] | D:80 [GLU] | V:68 [A] | ✔ |
C:119 [HIS] | I:6 [A] | D:80 [GLU] | V:69 [C] | ✔ |
C:267 [ILE] | I:13 [A] | D:214 [ILE] | V:76 [G] | ✔ |
C:267 [ILE] | I:14 [G] | D:214 [ILE] | V:77 [G] | ✔ |
C:267 [ILE] | I:16 [A] | D:214 [ILE] | V:79 [A] | ✔ |
C:51 [LYS] | I:6 [A] | D:50 [LYS] | V:69 [C] | ✔ |
C:51 [LYS] | I:7 [A] | D:50 [LYS] | V:70 [C] | ✔ |
C:53 [VAL] | I:8 [G] | D:52 [ALA] | V:71 [C] | ✔ |
C:56 [SER] | I:8 [G] | D:55 [SER] | V:71 [C] | ✔ |
C:335 [THR] | I:12 [U] | D:271 [THR] | V:75 [A] | ✔ |
C:335 [THR] | I:13 [A] | D:271 [THR] | V:76 [G] | ✔ |
C:334 [GLU] | I:11 [G] | D:270 [GLU] | V:74 [G] | ✔ |
C:22 [GLY] | I:9 [U] | D:21 [GLY] | V:72 [U] | ✔ |
C:22 [GLY] | I:10 [U] | D:21 [GLY] | V:73 [G] | ✔ |
C:55 [ARG] | I:8 [G] | D:54 [LYS] | V:71 [C] | ❌ 6S8B_D_U,V |
C:35 [GLN] | I:10 [U] | D:35 [GLN] | V:73 [G] | ❌ 6S8B_D_U,V |
C:111 [PRO] | I:5 [A] | D:74 [GLU] | V:68 [A] | ❌ 6S8B_D_U,V |
C:335 [THR] | I:11 [G] | D:271 [THR] | V:74 [G] | ❌ 6S8B_D_U,V |
C:266 [ARG] | I:12 [U] | D:213 [ARG] | V:75 [A] | ❌ 3X1L_C_I |
C:110 [GLY] | I:7 [A] | D:73 [GLY] | V:70 [C] | ❌ 3X1L_C_I |
C:112 [ALA] | I:7 [A] | D:75 [ASP] | V:70 [C] | ❌ 3X1L_C_I |
C:121 [GLY] | I:7 [A] | D:82 [SER] | V:70 [C] | ❌ 3X1L_C_I |
C:329 [GLN] | I:8 [G] | D:265 [ILE] | V:71 [C] | ❌ 6S8B_D:265 no longer at interface |
C:336 [VAL] | I:13 [A] | D:272 [ILE] | V:76 [G] | ❌ 6S8B_D:272 no longer at interface |
C:59 [ARG] | I:8 [G] | D:58 [LEU] | V:71 [C] | ❌ 6S8B_D:58 no longer at interface |
C:281 [TYR] | I:15 [U] | D:228 [SER] | V:78 [G] | ❌ 6S8B_D:228 no longer at interface |
C:123 [VAL] | I:6 [A] | D:84 [GLY] | V:69 [C] | ❌ 6S8B_D:84 no longer at interface |
C:269 [ALA] | I:14 [G] | D:216 [ARG] | V:77 [G] | ❌ 3X1L_C:269 no longer at interface |
C:269 [ALA] | I:13 [A] | D:216 [ARG] | V:76 [G] | ❌ 3X1L_C:269 no longer at interface |
C:278 [GLY] | I:13 [A] | D:225 [GLY] | V:76 [G] | ❌ 3X1L_C:278 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CRISPR-associated protein Cas7/Csa2-related | 0.72 | 0.88 | 0.36 | 0.8 | 0.63 | 0.85 | 0.93 | 0.92 | 0.88 | 0.52 | 0.50 |
Other pairs involving 3X1L_C_I or 6S8B_D_U,V
Total number of entries: 1
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3X1L_C_I | 6S8B_D_U,V | 0.92 | 0.72 | 0.88 | 0.36 | CRISPR-associated protein Cas7/Csa2-related | compare |