Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0X_c
|
6S0X_a
|
7K00_C
|
7K00_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| c:178 [ARG] | a:1122 [A] | C:179 [ARG] | A:1111 [A] | ✔ |
| c:178 [ARG] | a:1123 [C] | C:179 [ARG] | A:1112 [C] | ✔ |
| c:198 [LYS] | a:1069 [G] | C:199 [LYS] | A:1058 [G] | ✔ |
| c:198 [LYS] | a:1070 [U] | C:199 [LYS] | A:1059 [C] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1119 [G] | C:176 [HIS] | A:1108 [G] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1199 [U] | C:176 [HIS] | A:1189 [U] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1200 [G] | C:176 [HIS] | A:1190 [G] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1201 [A] | C:176 [HIS] | A:1191 [A] | ✔ |
| c:155 [ARG] | a:1066 [A] | C:156 [ARG] | A:1055 [A] | ✔ |
| c:155 [ARG] | a:1067 [U] | C:156 [ARG] | A:1056 [U] | ✔ |
| c:5 [ILE] | a:1200 [G] | C:5 [VAL] | A:1190 [G] | ✔ |
| c:14 [ILE] | a:1124 [C] | C:14 [ILE] | A:1113 [C] | ✔ |
| c:160 [ASP] | a:540 [A] | C:161 [GLU] | A:532 [A] | ✔ |
| c:160 [ASP] | a:1066 [A] | C:161 [GLU] | A:1055 [A] | ✔ |
| c:160 [ASP] | a:1067 [U] | C:161 [GLU] | A:1056 [U] | ✔ |
| c:173 [PRO] | a:1118 [C] | C:174 [PRO] | A:1107 [C] | ✔ |
| c:173 [PRO] | a:1119 [G] | C:174 [PRO] | A:1108 [G] | ✔ |
| c:170 [GLY] | a:1117 [G] | C:171 [GLY] | A:1106 [G] | ✔ |
| c:194 [LYS] | a:1067 [U] | C:195 [VAL] | A:1056 [U] | ✔ |
| c:194 [LYS] | a:1068 [G] | C:195 [VAL] | A:1057 [G] | ✔ |
| c:194 [LYS] | a:1214 [A] | C:195 [VAL] | A:1204 [A] | ✔ |
| c:194 [LYS] | a:1215 [U] | C:195 [VAL] | A:1205 [U] | ✔ |
| c:192 [TYR] | a:1066 [A] | C:193 [TYR] | A:1055 [A] | ✔ |
| c:192 [TYR] | a:1216 [G] | C:193 [TYR] | A:1206 [G] | ✔ |
| c:10 [LEU] | a:1198 [A] | C:10 [ILE] | A:1188 [A] | ✔ |
| c:10 [LEU] | a:1199 [U] | C:10 [ILE] | A:1189 [U] | ✔ |
| c:187 [GLU] | a:1214 [A] | C:188 [GLU] | A:1204 [A] | ✔ |
| c:4 [LYS] | a:1071 [U] | C:4 [LYS] | A:1060 [U] | ✔ |
| c:4 [LYS] | a:1200 [G] | C:4 [LYS] | A:1190 [G] | ✔ |
| c:4 [LYS] | a:1201 [A] | C:4 [LYS] | A:1191 [A] | ✔ |
| c:4 [LYS] | a:1202 [C] | C:4 [LYS] | A:1192 [C] | ✔ |
| c:2 [GLY] | a:1203 [G] | C:2 [GLY] | A:1193 [G] | ✔ |
| c:2 [GLY] | a:1204 [U] | C:2 [GLY] | A:1194 [U] | ✔ |
| c:3 [GLN] | a:1071 [U] | C:3 [GLN] | A:1060 [U] | ✔ |
| c:3 [GLN] | a:1072 [G] | C:3 [GLN] | A:1061 [G] | ✔ |
| c:3 [GLN] | a:1073 [U] | C:3 [GLN] | A:1062 [U] | ✔ |
| c:171 [THR] | a:1117 [G] | C:172 [ARG] | A:1106 [G] | ✔ |
| c:171 [THR] | a:1118 [C] | C:172 [ARG] | A:1107 [C] | ✔ |
| c:196 [GLY] | a:1068 [G] | C:197 [GLY] | A:1057 [G] | ✔ |
| c:196 [GLY] | a:1069 [G] | C:197 [GLY] | A:1058 [G] | ✔ |
| c:193 [GLY] | a:1066 [A] | C:194 [GLY] | A:1055 [A] | ✔ |
| c:193 [GLY] | a:1067 [U] | C:194 [GLY] | A:1056 [U] | ✔ |
| c:193 [GLY] | a:1216 [G] | C:194 [GLY] | A:1206 [G] | ✔ |
| c:177 [LEU] | a:1123 [C] | C:178 [LEU] | A:1112 [C] | ✔ |
| c:177 [LEU] | a:1124 [C] | C:178 [LEU] | A:1113 [C] | ✔ |
| c:183 [TYR] | a:1070 [U] | C:184 [TYR] | A:1059 [C] | ✔ |
| c:174 [LEU] | a:1118 [C] | C:175 [LEU] | A:1107 [C] | ✔ |
| c:174 [LEU] | a:1119 [G] | C:175 [LEU] | A:1108 [G] | ✔ |
| c:191 [THR] | a:1216 [G] | C:192 [THR] | A:1206 [G] | ✔ |
| c:161 [ILE] | a:1067 [U] | C:162 [ILE] | A:1056 [U] | ✔ |
| c:176 [THR] | a:1123 [C] | C:177 [THR] | A:1112 [C] | ✔ |
| c:172 [VAL] | a:1117 [G] | C:173 [VAL] | A:1106 [G] | ✔ |
| c:172 [VAL] | a:1118 [C] | C:173 [VAL] | A:1107 [C] | ✔ |
| c:172 [VAL] | a:1119 [G] | C:173 [VAL] | A:1108 [G] | ✔ |
| c:153 [SER] | a:1069 [G] | C:154 [SER] | A:1058 [G] | ✔ |
| c:198 [LYS] | a:1068 [G] | C:199 [LYS] | A:1057 [G] | ❌ 7K00_C_A |
| c:175 [HIS] | a:1118 [C] | C:176 [HIS] | A:1107 [C] | ❌ 7K00_C_A |
| c:175 [HIS] | a:1202 [C] | C:176 [HIS] | A:1192 [C] | ❌ 7K00_C_A |
| c:5 [ILE] | a:1071 [U] | C:5 [VAL] | A:1060 [U] | ❌ 7K00_C_A |
| c:194 [LYS] | a:1066 [A] | C:195 [VAL] | A:1055 [A] | ❌ 7K00_C_A |
| c:194 [LYS] | a:1216 [G] | C:195 [VAL] | A:1206 [G] | ❌ 7K00_C_A |
| c:189 [ASP] | a:1216 [G] | C:190 [HIS] | A:1206 [G] | ❌ 7K00_C_A |
| c:187 [GLU] | a:1215 [U] | C:188 [GLU] | A:1205 [U] | ❌ 7K00_C_A |
| c:4 [LYS] | a:1070 [U] | C:4 [LYS] | A:1059 [C] | ❌ 7K00_C_A |
| c:4 [LYS] | a:1203 [G] | C:4 [LYS] | A:1193 [G] | ❌ 7K00_C_A |
| c:2 [GLY] | a:1070 [U] | C:2 [GLY] | A:1059 [C] | ❌ 7K00_C_A |
| c:2 [GLY] | a:1071 [U] | C:2 [GLY] | A:1060 [U] | ❌ 7K00_C_A |
| c:3 [GLN] | a:1070 [U] | C:3 [GLN] | A:1059 [C] | ❌ 7K00_C_A |
| c:3 [GLN] | a:1204 [U] | C:3 [GLN] | A:1194 [U] | ❌ 7K00_C_A |
| c:177 [LEU] | a:1199 [U] | C:178 [LEU] | A:1189 [U] | ❌ 7K00_C_A |
| c:159 [ALA] | a:540 [A] | C:160 [ALA] | A:532 [A] | ❌ 7K00_C_A |
| c:174 [LEU] | a:1202 [C] | C:175 [LEU] | A:1192 [C] | ❌ 7K00_C_A |
| c:176 [THR] | a:1119 [G] | C:177 [THR] | A:1108 [G] | ❌ 7K00_C_A |
| c:153 [SER] | a:1068 [G] | C:154 [SER] | A:1057 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:155 [ARG] | a:540 [A] | C:156 [ARG] | A:532 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:155 [ARG] | a:1216 [G] | C:156 [ARG] | A:1206 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:159 [ALA] | a:1066 [A] | C:160 [ALA] | A:1055 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:161 [ILE] | a:1066 [A] | C:162 [ILE] | A:1055 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:170 [GLY] | a:1118 [C] | C:171 [GLY] | A:1107 [C] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:175 [HIS] | a:1123 [C] | C:176 [HIS] | A:1112 [C] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:175 [HIS] | a:1122 [A] | C:176 [HIS] | A:1111 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:176 [THR] | a:1122 [A] | C:177 [THR] | A:1111 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:177 [LEU] | a:1198 [A] | C:178 [LEU] | A:1188 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:187 [GLU] | a:1069 [G] | C:188 [GLU] | A:1058 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:187 [GLU] | a:1068 [G] | C:188 [GLU] | A:1057 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:189 [ASP] | a:1215 [U] | C:190 [HIS] | A:1205 [U] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:189 [ASP] | a:1214 [A] | C:190 [HIS] | A:1204 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:191 [THR] | a:540 [A] | C:192 [THR] | A:532 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:192 [TYR] | a:540 [A] | C:193 [TYR] | A:532 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:193 [GLY] | a:1215 [U] | C:194 [GLY] | A:1205 [U] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1201 [A] | C:2 [GLY] | A:1191 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1073 [U] | C:2 [GLY] | A:1062 [U] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1200 [G] | C:2 [GLY] | A:1190 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:3 [GLN] | a:1201 [A] | C:3 [GLN] | A:1191 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:3 [GLN] | a:1200 [G] | C:3 [GLN] | A:1190 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:5 [ILE] | a:1199 [U] | C:5 [VAL] | A:1189 [U] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:170 [GLY] | a:1116 [A] | C:171 [GLY] | A:1105 [A] | ❌ 7K00_A:1105 no longer at interface |
| c:3 [GLN] | a:1205 [C] | C:3 [GLN] | A:1195 [C] | ❌ 7K00_A:1195 no longer at interface |
| c:3 [GLN] | a:1207 [A] | C:3 [GLN] | A:1197 [A] | ❌ 7K00_A:1197 no longer at interface |
| c:171 [THR] | a:1116 [A] | C:172 [ARG] | A:1105 [A] | ❌ 7K00_A:1105 no longer at interface |
| c:126 [ARG] | a:429 [U] | C:127 [ARG] | A:421 [U] | ❌ 6S0X_c:126, 6S0X_a:429 no longer at interface |
| c:160 [ASP] | a:542 [U] | C:161 [GLU] | A:534 [U] | ❌ 6S0X_a:542 no longer at interface |
| c:161 [ILE] | a:1206 [A] | C:162 [ILE] | A:1196 [A] | ❌ 6S0X_a:1206 no longer at interface |
| c:175 [HIS] | a:1120 [C] | C:176 [HIS] | A:1109 [C] | ❌ 6S0X_a:1120 no longer at interface |
| c:175 [HIS] | a:1076 [U] | C:176 [HIS] | A:1065 [U] | ❌ 6S0X_a:1076 no longer at interface |
| c:176 [THR] | a:1121 [A] | C:177 [THR] | A:1110 [A] | ❌ 6S0X_a:1121 no longer at interface |
| c:191 [THR] | a:429 [U] | C:192 [THR] | A:421 [U] | ❌ 6S0X_a:429 no longer at interface |
| c:2 [GLY] | a:1075 [G] | C:2 [GLY] | A:1064 [G] | ❌ 6S0X_a:1075 no longer at interface |
| c:2 [GLY] | a:1074 [C] | C:2 [GLY] | A:1063 [C] | ❌ 6S0X_a:1074 no longer at interface |
| c:25 [GLU] | a:1288 [A] | C:25 [ASN] | A:1278 [G] | ❌ 6S0X_c:25, 6S0X_a:1288 no longer at interface |
| c:26 [LYS] | a:1265 [G] | C:26 [THR] | A:1255 [G] | ❌ 6S0X_c:26, 6S0X_a:1265 no longer at interface |
| c:158 [GLY] | a:540 [A] | C:159 [GLY] | A:532 [A] | ❌ 7K00_C:159 no longer at interface |
| c:185 [HIS] | a:1068 [G] | C:186 [THR] | A:1057 [G] | ❌ 7K00_C:186 no longer at interface |
| c:186 [ALA] | a:1068 [G] | C:187 [SER] | A:1057 [G] | ❌ 7K00_C:187 no longer at interface |
| c:6 [ASN] | a:1070 [U] | C:6 [HIS] | A:1059 [C] | ❌ 7K00_C:6 no longer at interface |
| c:6 [ASN] | a:1071 [U] | C:6 [HIS] | A:1060 [U] | ❌ 7K00_C:6 no longer at interface |
| c:149 [LYS] | a:1202 [C] | C:150 [LYS] | A:1192 [C] | ❌ 6S0X_c:149 no longer at interface |
| c:154 [GLY] | a:1067 [U] | C:155 [GLY] | A:1056 [U] | ❌ 6S0X_c:154 no longer at interface |
| c:154 [GLY] | a:1068 [G] | C:155 [GLY] | A:1057 [G] | ❌ 6S0X_c:154 no longer at interface |
| c:162 [ALA] | a:1066 [A] | C:163 [ALA] | A:1055 [A] | ❌ 6S0X_c:162 no longer at interface |
| c:162 [ALA] | a:1067 [U] | C:163 [ALA] | A:1056 [U] | ❌ 6S0X_c:162 no longer at interface |
| c:162 [ALA] | a:1068 [G] | C:163 [ALA] | A:1057 [G] | ❌ 6S0X_c:162 no longer at interface |
| c:163 [ARG] | a:1068 [G] | C:164 [ARG] | A:1057 [G] | ❌ 6S0X_c:163 no longer at interface |
| c:164 [ALA] | a:1068 [G] | C:165 [THR] | A:1057 [G] | ❌ 6S0X_c:164 no longer at interface |
| c:166 [GLN] | a:1203 [G] | C:167 [TRP] | A:1193 [G] | ❌ 6S0X_c:166 no longer at interface |
| c:166 [GLN] | a:1202 [C] | C:167 [TRP] | A:1192 [C] | ❌ 6S0X_c:166 no longer at interface |
| c:168 [SER] | a:1117 [G] | C:169 [ARG] | A:1106 [G] | ❌ 6S0X_c:168 no longer at interface |
| c:168 [SER] | a:1118 [C] | C:169 [ARG] | A:1107 [C] | ❌ 6S0X_c:168 no longer at interface |
| c:179 [ALA] | a:1123 [C] | C:180 [ALA] | A:1112 [C] | ❌ 6S0X_c:179 no longer at interface |
| c:190 [THR] | a:1216 [G] | C:191 [THR] | A:1206 [G] | ❌ 6S0X_c:190 no longer at interface |
| c:195 [LEU] | a:1068 [G] | C:196 [ILE] | A:1057 [G] | ❌ 6S0X_c:195 no longer at interface |
| c:197 [VAL] | a:1069 [G] | C:198 [VAL] | A:1058 [G] | ❌ 6S0X_c:197 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.96 | 3.49 | 0.70 | 0.88 | 0.95 | 0.88 | 0.89 | 0.54 | 0.50 | 0.15 | 0.47 |
Other pairs involving 6S0X_c_a or 7K00_C_A
Total number of entries: 9