Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0X_c
|
6S0X_a
|
7RYG_c
|
7RYG_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| c:178 [ARG] | a:1122 [A] | c:179 [ARG] | a:1108 [A] | ✔ |
| c:178 [ARG] | a:1123 [C] | c:179 [ARG] | a:1109 [C] | ✔ |
| c:198 [LYS] | a:1069 [G] | c:199 [LYS] | a:1055 [G] | ✔ |
| c:198 [LYS] | a:1070 [U] | c:199 [LYS] | a:1056 [C] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1119 [G] | c:176 [HIS] | a:1105 [G] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1199 [U] | c:176 [HIS] | a:1186 [C] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1200 [G] | c:176 [HIS] | a:1187 [G] | ✔ |
| c:175 [HIS] | a:1201 [A] | c:176 [HIS] | a:1188 [A] | ✔ |
| c:155 [ARG] | a:1066 [A] | c:156 [ARG] | a:1052 [A] | ✔ |
| c:155 [ARG] | a:1067 [U] | c:156 [ARG] | a:1053 [U] | ✔ |
| c:5 [ILE] | a:1200 [G] | c:5 [VAL] | a:1187 [G] | ✔ |
| c:14 [ILE] | a:1124 [C] | c:14 [VAL] | a:1110 [C] | ✔ |
| c:160 [ASP] | a:1066 [A] | c:161 [GLU] | a:1052 [A] | ✔ |
| c:160 [ASP] | a:1067 [U] | c:161 [GLU] | a:1053 [U] | ✔ |
| c:158 [GLY] | a:540 [A] | c:159 [GLY] | a:529 [A] | ✔ |
| c:173 [PRO] | a:1118 [C] | c:174 [PRO] | a:1104 [C] | ✔ |
| c:173 [PRO] | a:1119 [G] | c:174 [PRO] | a:1105 [G] | ✔ |
| c:170 [GLY] | a:1117 [G] | c:171 [GLY] | a:1103 [G] | ✔ |
| c:194 [LYS] | a:1067 [U] | c:195 [THR] | a:1053 [U] | ✔ |
| c:194 [LYS] | a:1068 [G] | c:195 [THR] | a:1054 [G] | ✔ |
| c:194 [LYS] | a:1215 [U] | c:195 [THR] | a:1202 [U] | ✔ |
| c:192 [TYR] | a:1066 [A] | c:193 [TYR] | a:1052 [A] | ✔ |
| c:192 [TYR] | a:1216 [G] | c:193 [TYR] | a:1203 [G] | ✔ |
| c:10 [LEU] | a:1198 [A] | c:10 [ILE] | a:1185 [A] | ✔ |
| c:10 [LEU] | a:1199 [U] | c:10 [ILE] | a:1186 [C] | ✔ |
| c:187 [GLU] | a:1214 [A] | c:188 [ARG] | a:1201 [A] | ✔ |
| c:187 [GLU] | a:1215 [U] | c:188 [ARG] | a:1202 [U] | ✔ |
| c:4 [LYS] | a:1200 [G] | c:4 [LYS] | a:1187 [G] | ✔ |
| c:4 [LYS] | a:1201 [A] | c:4 [LYS] | a:1188 [A] | ✔ |
| c:4 [LYS] | a:1202 [C] | c:4 [LYS] | a:1189 [C] | ✔ |
| c:2 [GLY] | a:1203 [G] | c:2 [GLY] | a:1190 [G] | ✔ |
| c:3 [GLN] | a:1071 [U] | c:3 [GLN] | a:1057 [U] | ✔ |
| c:3 [GLN] | a:1072 [G] | c:3 [GLN] | a:1058 [G] | ✔ |
| c:3 [GLN] | a:1073 [U] | c:3 [GLN] | a:1059 [U] | ✔ |
| c:171 [THR] | a:1117 [G] | c:172 [ARG] | a:1103 [G] | ✔ |
| c:171 [THR] | a:1118 [C] | c:172 [ARG] | a:1104 [C] | ✔ |
| c:196 [GLY] | a:1068 [G] | c:197 [GLY] | a:1054 [G] | ✔ |
| c:196 [GLY] | a:1069 [G] | c:197 [GLY] | a:1055 [G] | ✔ |
| c:193 [GLY] | a:1066 [A] | c:194 [GLY] | a:1052 [A] | ✔ |
| c:193 [GLY] | a:1216 [G] | c:194 [GLY] | a:1203 [G] | ✔ |
| c:177 [LEU] | a:1123 [C] | c:178 [LEU] | a:1109 [C] | ✔ |
| c:177 [LEU] | a:1124 [C] | c:178 [LEU] | a:1110 [C] | ✔ |
| c:183 [TYR] | a:1070 [U] | c:184 [TYR] | a:1056 [C] | ✔ |
| c:174 [LEU] | a:1119 [G] | c:175 [LEU] | a:1105 [G] | ✔ |
| c:191 [THR] | a:1216 [G] | c:192 [THR] | a:1203 [G] | ✔ |
| c:161 [ILE] | a:1067 [U] | c:162 [ILE] | a:1053 [U] | ✔ |
| c:176 [THR] | a:1123 [C] | c:177 [THR] | a:1109 [C] | ✔ |
| c:172 [VAL] | a:1118 [C] | c:173 [VAL] | a:1104 [C] | ✔ |
| c:172 [VAL] | a:1119 [G] | c:173 [VAL] | a:1105 [G] | ✔ |
| c:153 [SER] | a:1069 [G] | c:154 [SER] | a:1055 [G] | ✔ |
| c:198 [LYS] | a:1068 [G] | c:199 [LYS] | a:1054 [G] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:175 [HIS] | a:1118 [C] | c:176 [HIS] | a:1104 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:175 [HIS] | a:1202 [C] | c:176 [HIS] | a:1189 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:5 [ILE] | a:1071 [U] | c:5 [VAL] | a:1057 [U] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:160 [ASP] | a:540 [A] | c:161 [GLU] | a:529 [A] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:185 [HIS] | a:1068 [G] | c:186 [THR] | a:1054 [G] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:194 [LYS] | a:1066 [A] | c:195 [THR] | a:1052 [A] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:194 [LYS] | a:1214 [A] | c:195 [THR] | a:1201 [A] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:194 [LYS] | a:1216 [G] | c:195 [THR] | a:1203 [G] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:189 [ASP] | a:1216 [G] | c:190 [GLU] | a:1203 [G] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:4 [LYS] | a:1070 [U] | c:4 [LYS] | a:1056 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:4 [LYS] | a:1071 [U] | c:4 [LYS] | a:1057 [U] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:4 [LYS] | a:1203 [G] | c:4 [LYS] | a:1190 [G] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1070 [U] | c:2 [GLY] | a:1056 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1071 [U] | c:2 [GLY] | a:1057 [U] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:3 [GLN] | a:1070 [U] | c:3 [GLN] | a:1056 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:193 [GLY] | a:1067 [U] | c:194 [GLY] | a:1053 [U] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:177 [LEU] | a:1199 [U] | c:178 [LEU] | a:1186 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:159 [ALA] | a:540 [A] | c:160 [ALA] | a:529 [A] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:174 [LEU] | a:1118 [C] | c:175 [LEU] | a:1104 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:174 [LEU] | a:1202 [C] | c:175 [LEU] | a:1189 [C] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:176 [THR] | a:1119 [G] | c:177 [THR] | a:1105 [G] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:172 [VAL] | a:1117 [G] | c:173 [VAL] | a:1103 [G] | ❌ 7RYG_c_a |
| c:153 [SER] | a:1068 [G] | c:154 [SER] | a:1054 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:159 [ALA] | a:1066 [A] | c:160 [ALA] | a:1052 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:161 [ILE] | a:1066 [A] | c:162 [ILE] | a:1052 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:175 [HIS] | a:1122 [A] | c:176 [HIS] | a:1108 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:175 [HIS] | a:1123 [C] | c:176 [HIS] | a:1109 [C] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:176 [THR] | a:1122 [A] | c:177 [THR] | a:1108 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:177 [LEU] | a:1198 [A] | c:178 [LEU] | a:1185 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:185 [HIS] | a:1069 [G] | c:186 [THR] | a:1055 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:187 [GLU] | a:1068 [G] | c:188 [ARG] | a:1054 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:189 [ASP] | a:1215 [U] | c:190 [GLU] | a:1202 [U] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:189 [ASP] | a:1214 [A] | c:190 [GLU] | a:1201 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:192 [TYR] | a:540 [A] | c:193 [TYR] | a:529 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:193 [GLY] | a:1215 [U] | c:194 [GLY] | a:1202 [U] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1201 [A] | c:2 [GLY] | a:1188 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1073 [U] | c:2 [GLY] | a:1059 [U] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:2 [GLY] | a:1200 [G] | c:2 [GLY] | a:1187 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:3 [GLN] | a:1201 [A] | c:3 [GLN] | a:1188 [A] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:3 [GLN] | a:1200 [G] | c:3 [GLN] | a:1187 [G] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:5 [ILE] | a:1199 [U] | c:5 [VAL] | a:1186 [C] | ❌ 6S0X_c_a |
| c:170 [GLY] | a:1116 [A] | c:171 [GLY] | a:1102 [A] | ❌ 7RYG_a:1102 no longer at interface |
| c:2 [GLY] | a:1204 [U] | c:2 [GLY] | a:1191 [U] | ❌ 7RYG_a:1191 no longer at interface |
| c:3 [GLN] | a:1204 [U] | c:3 [GLN] | a:1191 [U] | ❌ 7RYG_a:1191 no longer at interface |
| c:3 [GLN] | a:1205 [C] | c:3 [GLN] | a:1192 [C] | ❌ 7RYG_a:1192 no longer at interface |
| c:3 [GLN] | a:1207 [A] | c:3 [GLN] | a:1194 [A] | ❌ 7RYG_a:1194 no longer at interface |
| c:171 [THR] | a:1116 [A] | c:172 [ARG] | a:1102 [A] | ❌ 7RYG_a:1102 no longer at interface |
| c:160 [ASP] | a:1206 [A] | c:161 [GLU] | a:1193 [A] | ❌ 6S0X_a:1206 no longer at interface |
| c:161 [ILE] | a:1206 [A] | c:162 [ILE] | a:1193 [A] | ❌ 6S0X_a:1206 no longer at interface |
| c:175 [HIS] | a:1120 [C] | c:176 [HIS] | a:1106 [C] | ❌ 6S0X_a:1120 no longer at interface |
| c:176 [THR] | a:1121 [A] | c:177 [THR] | a:1107 [A] | ❌ 6S0X_a:1121 no longer at interface |
| c:186 [ALA] | a:1068 [G] | c:187 [MET] | a:1054 [G] | ❌ 7RYG_c:187 no longer at interface |
| c:6 [ASN] | a:1070 [U] | c:6 [HIS] | a:1056 [C] | ❌ 7RYG_c:6 no longer at interface |
| c:6 [ASN] | a:1071 [U] | c:6 [HIS] | a:1057 [U] | ❌ 7RYG_c:6 no longer at interface |
| c:126 [ARG] | a:540 [A] | c:127 [ARG] | a:529 [A] | ❌ 6S0X_c:126 no longer at interface |
| c:154 [GLY] | a:1067 [U] | c:155 [GLY] | a:1053 [U] | ❌ 6S0X_c:154 no longer at interface |
| c:154 [GLY] | a:1068 [G] | c:155 [GLY] | a:1054 [G] | ❌ 6S0X_c:154 no longer at interface |
| c:157 [GLY] | a:540 [A] | c:158 [GLY] | a:529 [A] | ❌ 6S0X_c:157 no longer at interface |
| c:162 [ALA] | a:1066 [A] | c:163 [ALA] | a:1052 [A] | ❌ 6S0X_c:162 no longer at interface |
| c:162 [ALA] | a:1068 [G] | c:163 [ALA] | a:1054 [G] | ❌ 6S0X_c:162 no longer at interface |
| c:162 [ALA] | a:1067 [U] | c:163 [ALA] | a:1053 [U] | ❌ 6S0X_c:162 no longer at interface |
| c:163 [ARG] | a:1068 [G] | c:164 [ARG] | a:1054 [G] | ❌ 6S0X_c:163 no longer at interface |
| c:166 [GLN] | a:1202 [C] | c:167 [TRP] | a:1189 [C] | ❌ 6S0X_c:166 no longer at interface |
| c:166 [GLN] | a:1203 [G] | c:167 [TRP] | a:1190 [G] | ❌ 6S0X_c:166 no longer at interface |
| c:168 [SER] | a:1118 [C] | c:169 [ARG] | a:1104 [C] | ❌ 6S0X_c:168 no longer at interface |
| c:190 [THR] | a:1216 [G] | c:191 [THR] | a:1203 [G] | ❌ 6S0X_c:190 no longer at interface |
| c:195 [LEU] | a:1068 [G] | c:196 [ILE] | a:1054 [G] | ❌ 6S0X_c:195 no longer at interface |
| c:197 [VAL] | a:1069 [G] | c:198 [VAL] | a:1055 [G] | ❌ 6S0X_c:197 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.96 | 3.4 | 0.67 | 0.88 | 0.96 | 0.94 | 0.86 | 0.55 | 0.47 | 0.10 | 0.39 |
Other pairs involving 6S0X_c_a or 7RYG_c_a
Total number of entries: 7