RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group100 > 7K00_C_A vs 7RYG_c_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

7K00_C
7K00_A
7RYG_c
7RYG_a
Conserved?
C:184 [TYR] A:1059 [C] c:184 [TYR] a:1056 [C] ✔
C:195 [VAL] A:1057 [G] c:196 [ILE] a:1054 [G] ✔
C:162 [ILE] A:1055 [A] c:162 [ILE] a:1052 [A] ✔
C:162 [ILE] A:1056 [U] c:162 [ILE] a:1053 [U] ✔
C:162 [ILE] A:1196 [A] c:162 [ILE] a:1193 [A] ✔
C:14 [ILE] A:1113 [C] c:14 [VAL] a:1110 [C] ✔
C:172 [ARG] A:1106 [G] c:172 [ARG] a:1103 [G] ✔
C:172 [ARG] A:1107 [C] c:172 [ARG] a:1104 [C] ✔
C:155 [GLY] A:1056 [U] c:155 [GLY] a:1053 [U] ✔
C:155 [GLY] A:1057 [G] c:155 [GLY] a:1054 [G] ✔
C:193 [TYR] A:532 [A] c:193 [TYR] a:529 [A] ✔
C:193 [TYR] A:1055 [A] c:193 [TYR] a:1052 [A] ✔
C:188 [GLU] A:1057 [G] c:188 [ARG] a:1054 [G] ✔
C:188 [GLU] A:1204 [A] c:188 [ARG] a:1201 [A] ✔
C:178 [LEU] A:1112 [C] c:178 [LEU] a:1109 [C] ✔
C:178 [LEU] A:1113 [C] c:178 [LEU] a:1110 [C] ✔
C:178 [LEU] A:1188 [A] c:178 [LEU] a:1185 [A] ✔
C:179 [ARG] A:1111 [A] c:179 [ARG] a:1108 [A] ✔
C:179 [ARG] A:1112 [C] c:179 [ARG] a:1109 [C] ✔
C:192 [THR] A:1207 [2MG] c:192 [THR] a:1203 [G] ✔
C:197 [GLY] A:1058 [G] c:198 [VAL] a:1055 [G] ✔
C:154 [SER] A:1057 [G] c:154 [SER] a:1054 [G] ✔
C:154 [SER] A:1058 [G] c:154 [SER] a:1055 [G] ✔
C:198 [VAL] A:1058 [G] c:199 [LYS] a:1055 [G] ✔
C:4 [LYS] A:1190 [G] c:4 [LYS] a:1187 [G] ✔
C:4 [LYS] A:1191 [A] c:4 [LYS] a:1188 [A] ✔
C:4 [LYS] A:1192 [C] c:4 [LYS] a:1189 [C] ✔
C:2 [GLY] A:1062 [U] c:2 [GLY] a:1059 [U] ✔
C:2 [GLY] A:1190 [G] c:2 [GLY] a:1187 [G] ✔
C:2 [GLY] A:1191 [A] c:2 [GLY] a:1188 [A] ✔
C:2 [GLY] A:1193 [G] c:2 [GLY] a:1190 [G] ✔
C:194 [GLY] A:1055 [A] c:194 [GLY] a:1052 [A] ✔
C:194 [GLY] A:1205 [U] c:194 [GLY] a:1202 [U] ✔
C:3 [GLN] A:1060 [U] c:3 [GLN] a:1057 [U] ✔
C:3 [GLN] A:1061 [G] c:3 [GLN] a:1058 [G] ✔
C:3 [GLN] A:1062 [U] c:3 [GLN] a:1059 [U] ✔
C:3 [GLN] A:1190 [G] c:3 [GLN] a:1187 [G] ✔
C:3 [GLN] A:1191 [A] c:3 [GLN] a:1188 [A] ✔
C:10 [ILE] A:1188 [A] c:10 [ILE] a:1185 [A] ✔
C:10 [ILE] A:1189 [U] c:10 [ILE] a:1186 [C] ✔
C:174 [PRO] A:1107 [C] c:174 [PRO] a:1104 [C] ✔
C:174 [PRO] A:1108 [G] c:174 [PRO] a:1105 [G] ✔
C:176 [HIS] A:1108 [G] c:176 [HIS] a:1105 [G] ✔
C:176 [HIS] A:1109 [C] c:176 [HIS] a:1106 [C] ✔
C:176 [HIS] A:1111 [A] c:176 [HIS] a:1108 [A] ✔
C:176 [HIS] A:1112 [C] c:176 [HIS] a:1109 [C] ✔
C:176 [HIS] A:1189 [U] c:176 [HIS] a:1186 [C] ✔
C:176 [HIS] A:1190 [G] c:176 [HIS] a:1187 [G] ✔
C:176 [HIS] A:1191 [A] c:176 [HIS] a:1188 [A] ✔
C:5 [VAL] A:1189 [U] c:5 [VAL] a:1186 [C] ✔
C:5 [VAL] A:1190 [G] c:5 [VAL] a:1187 [G] ✔
C:175 [LEU] A:1108 [G] c:175 [LEU] a:1105 [G] ✔
C:163 [ALA] A:1057 [G] c:164 [ARG] a:1054 [G] ✔
C:177 [THR] A:1110 [A] c:177 [THR] a:1107 [A] ✔
C:177 [THR] A:1111 [A] c:177 [THR] a:1108 [A] ✔
C:177 [THR] A:1112 [C] c:177 [THR] a:1109 [C] ✔
C:196 [ILE] A:1057 [G] c:197 [GLY] a:1054 [G] ✔
C:190 [HIS] A:1204 [A] c:190 [GLU] a:1201 [A] ✔
C:190 [HIS] A:1205 [U] c:190 [GLU] a:1202 [U] ✔
C:173 [VAL] A:1107 [C] c:173 [VAL] a:1104 [C] ✔
C:173 [VAL] A:1108 [G] c:173 [VAL] a:1105 [G] ✔
C:156 [ARG] A:1055 [A] c:156 [ARG] a:1052 [A] ✔
C:156 [ARG] A:1056 [U] c:156 [ARG] a:1053 [U] ✔
C:161 [GLU] A:1055 [A] c:160 [ALA] a:1052 [A] ✔
C:195 [VAL] A:1056 [U] c:196 [ILE] a:1053 [U] ❌ 7RYG_c_a
C:195 [VAL] A:1204 [A] c:196 [ILE] a:1201 [A] ❌ 7RYG_c_a
C:195 [VAL] A:1205 [U] c:196 [ILE] a:1202 [U] ❌ 7RYG_c_a
C:188 [GLU] A:1058 [G] c:188 [ARG] a:1055 [G] ❌ 7RYG_c_a
C:192 [THR] A:532 [A] c:192 [THR] a:529 [A] ❌ 7RYG_c_a
C:197 [GLY] A:1057 [G] c:198 [VAL] a:1054 [G] ❌ 7RYG_c_a
C:160 [ALA] A:1055 [A] c:159 [GLY] a:1052 [A] ❌ 7RYG_c_a
C:4 [LYS] A:1060 [U] c:4 [LYS] a:1057 [U] ❌ 7RYG_c_a
C:194 [GLY] A:1056 [U] c:194 [GLY] a:1053 [U] ❌ 7RYG_c_a
C:175 [LEU] A:1107 [C] c:175 [LEU] a:1104 [C] ❌ 7RYG_c_a
C:163 [ALA] A:1055 [A] c:164 [ARG] a:1052 [A] ❌ 7RYG_c_a
C:163 [ALA] A:1056 [U] c:164 [ARG] a:1053 [U] ❌ 7RYG_c_a
C:173 [VAL] A:1106 [G] c:173 [VAL] a:1103 [G] ❌ 7RYG_c_a
C:156 [ARG] A:532 [A] c:156 [ARG] a:529 [A] ❌ 7RYG_c_a
C:161 [GLU] A:532 [A] c:160 [ALA] a:529 [A] ❌ 7RYG_c_a
C:161 [GLU] A:1056 [U] c:160 [ALA] a:1053 [U] ❌ 7RYG_c_a
C:160 [ALA] A:532 [A] c:159 [GLY] a:529 [A] ❌ 7K00_C_A
C:188 [GLU] A:1205 [U] c:188 [ARG] a:1202 [U] ❌ 7K00_C_A
C:191 [THR] A:1207 [2MG] c:191 [THR] a:1203 [G] ❌ 7K00_C_A
C:193 [TYR] A:1207 [2MG] c:193 [TYR] a:1203 [G] ❌ 7K00_C_A
C:194 [GLY] A:1207 [2MG] c:194 [GLY] a:1203 [G] ❌ 7K00_C_A
C:196 [ILE] A:1058 [G] c:197 [GLY] a:1055 [G] ❌ 7K00_C_A
C:198 [VAL] A:1059 [C] c:199 [LYS] a:1056 [C] ❌ 7K00_C_A
C:192 [THR] A:421 [U] c:192 [THR] a:417 [U] ❌ 7RYG_a:417 no longer at interface
C:2 [GLY] A:1063 [C] c:2 [GLY] a:1060 [C] ❌ 7RYG_a:1060 no longer at interface
C:2 [GLY] A:1064 [G] c:2 [GLY] a:1061 [G] ❌ 7RYG_a:1061 no longer at interface
C:2 [GLY] A:1194 [U] c:2 [GLY] a:1191 [U] ❌ 7RYG_a:1191 no longer at interface
C:127 [ARG] A:421 [U] c:128 [VAL] a:417 [U] ❌ 7RYG_c:128, 7RYG_a:417 no longer at interface
C:176 [HIS] A:1065 [U] c:176 [HIS] a:1062 [U] ❌ 7RYG_a:1062 no longer at interface
C:161 [GLU] A:534 [U] c:160 [ALA] a:531 [U] ❌ 7RYG_a:531 no longer at interface
C:25 [ASN] A:1278 [G] c:24 [ALA] a:1275 [U] ❌ 7RYG_c:24, 7RYG_a:1275 no longer at interface
C:164 [ARG] A:1057 [G] c:165 [THR] a:1054 [G] ❌ 7RYG_c:165 no longer at interface
C:169 [ARG] A:1106 [G] c:170 [GLU] a:1103 [G] ❌ 7RYG_c:170 no longer at interface
C:169 [ARG] A:1107 [C] c:170 [GLU] a:1104 [C] ❌ 7RYG_c:170 no longer at interface
C:150 [LYS] A:1192 [C] c:150 [LYS] a:1189 [C] ❌ 7RYG_c:150 no longer at interface
C:165 [THR] A:1057 [G] c:166 [GLU] a:1054 [G] ❌ 7RYG_c:166 no longer at interface
C:199 [LYS] A:1058 [G] c:200 [VAL] a:1055 [G] ❌ 7RYG_c:200 no longer at interface
C:199 [LYS] A:1059 [C] c:200 [VAL] a:1056 [C] ❌ 7RYG_c:200 no longer at interface
C:167 [TRP] A:1192 [C] c:168 [TYR] a:1189 [C] ❌ 7RYG_c:168 no longer at interface
C:167 [TRP] A:1193 [G] c:168 [TYR] a:1190 [G] ❌ 7RYG_c:168 no longer at interface
C:180 [ALA] A:1112 [C] c:180 [ALA] a:1109 [C] ❌ 7RYG_c:180 no longer at interface
C:26 [THR] A:1255 [G] c:29 [TYR] a:1252 [G] ❌ 7RYG_c:29 no longer at interface
C:206 [GLU] A:1111 [A] c:207 [ILE] a:1108 [A] ❌ 7RYG_c:207 no longer at interface
C:126 [ARG] A:532 [A] c:127 [ARG] a:529 [A] ❌ 7K00_C:126 no longer at interface
C:159 [GLY] A:532 [A] c:158 [GLY] a:529 [A] ❌ 7K00_C:159 no longer at interface
C:166 [GLU] A:1192 [C] c:167 [TRP] a:1189 [C] ❌ 7K00_C:166 no longer at interface
C:166 [GLU] A:1193 [G] c:167 [TRP] a:1190 [G] ❌ 7K00_C:166 no longer at interface
C:168 [TYR] A:1107 [C] c:169 [ARG] a:1104 [C] ❌ 7K00_C:168 no longer at interface
C:170 [GLU] A:1106 [G] c:171 [GLY] a:1103 [G] ❌ 7K00_C:170 no longer at interface
C:186 [THR] A:1058 [G] c:186 [THR] a:1055 [G] ❌ 7K00_C:186 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.93 4.95 0.51 0.98 0.93 0.74 0.93 0.70 0.66 0.45 0.54


Other pairs involving 7K00_C_A or 7RYG_c_a

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_c_a 7K00_C_A 0.54 0.96 3.49 0.7 Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_c_a 7RYG_c_a 0.55 0.96 3.4 0.67 Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1c_1a 7K00_C_A 0.83 0.98 0.9 0.76 Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1c_1a 7RYG_c_a 0.47 0.91 5.12 0.26 Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_C_A 7RYG_c_a 0.70 0.93 4.95 0.51 Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_C_A 7O7Y_Ac_A2 0.75 0.91 1.98 0.18 Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) compare
7K00_C_A 7O7Z_Ac_A2 0.75 0.91 2.03 0.19 Ribosomal protein S3-C & Prokaryotic type KH domain (KH-domain type II) compare