Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_K
|
7K00_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| K:22 [HIS] | A:706 [A] | 4.97 | A:684 [U] | 70.44 | ||
| K:22 [HIS] | A:707 [U] | 3.19 | A:683 [G] | 70.44 | ||
| K:22 [HIS] | A:708 [C] | 3.78 | A:682 [G] | 70.44 | ||
| K:24 [HIS] | A:690 [G] | 4.65 | A:697 [U] | 39.11 | ||
| K:24 [HIS] | A:706 [A] | 3.89 | A:684 [U] | 39.11 | ||
| K:24 [HIS] | A:707 [U] | 3.84 | A:683 [G] | 39.11 | ||
| K:26 [SER] | A:690 [G] | 4.18 | A:697 [U] | 81.2 | ||
| K:26 [SER] | A:691 [G] | 4.85 | A:696 [A] | 81.2 | ||
| K:28 [ASN] | A:690 [G] | 4.98 | A:697 [U] | 96.41 | ||
| K:28 [ASN] | A:691 [G] | 2.94 | A:696 [A] | 96.41 | ||
| K:28 [ASN] | A:692 [U] | 2.76 | 96.41 | |||
| K:29 [ASN] | A:688 [G] | 4.93 | A:699 [C] | 99.0 | ||
| K:29 [ASN] | A:689 [C] | 2.72 | A:698 [G] | 99.0 | ||
| K:29 [ASN] | A:690 [G] | 2.94 | A:697 [U] | 99.0 | ||
| K:31 [ILE] | A:689 [C] | 3.85 | A:698 [G] | 76.09 | ||
| K:31 [ILE] | A:690 [G] | 4.1 | A:697 [U] | 76.09 | ||
| K:31 [ILE] | A:705 [G] | 3.59 | A:685 [G] | 76.09 | ||
| K:31 [ILE] | A:706 [A] | 4.12 | A:684 [U] | 76.09 | ||
| K:33 [THR] | A:705 [G] | 4.36 | A:685 [G] | 74.4 | ||
| K:33 [THR] | A:706 [A] | 2.7 | A:684 [U] | sugar:SC | 74.4 | |
| K:33 [THR] | A:707 [U] | 4.29 | A:683 [G] | 74.4 | ||
| K:35 [THR] | A:707 [U] | 3.88 | A:683 [G] | 84.62 | ||
| K:38 [GLN] | A:708 [C] | 3.48 | A:682 [G] | sugar:BB | 40.74 | |
| K:39 [GLY] | A:683 [G] | 2.98 | A:707 [U] | base:BB | 85.97 | |
| K:39 [GLY] | A:684 [U] | 4.83 | A:706 [A] | 85.97 | ||
| K:39 [GLY] | A:707 [U] | 2.76 | A:683 [G] | sugar:BB | 85.97 | |
| K:39 [GLY] | A:708 [C] | 3.48 | A:682 [G] | 85.97 | ||
| K:40 [ASN] | A:683 [G] | 3.33 | A:707 [U] | 59.51 | ||
| K:40 [ASN] | A:684 [U] | 2.98 | A:706 [A] | sugar:SC | 59.51 | |
| K:40 [ASN] | A:707 [U] | 4.69 | A:683 [G] | 59.51 | ||
| K:41 [ALA] | A:683 [G] | 4.57 | A:707 [U] | 57.48 | ||
| K:41 [ALA] | A:684 [U] | 2.89 | A:706 [A] | base:BB, sugar:BB | 57.48 | |
| K:41 [ALA] | A:685 [G] | 3.0 | A:705 [G] | sugar:BB | 57.48 | |
| K:41 [ALA] | A:706 [A] | 3.93 | A:684 [U] | 57.48 | ||
| K:42 [LEU] | A:684 [U] | 4.64 | A:706 [A] | 41.85 | ||
| K:42 [LEU] | A:685 [G] | 4.27 | A:705 [G] | 41.85 | ||
| K:44 [TRP] | A:685 [G] | 3.53 | A:705 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| K:44 [TRP] | A:686 [U] | 2.92 | A:704 [A] | sugar:SC | 0.0 | |
| K:44 [TRP] | A:687 [A] | 3.17 | A:703 [G] | 0.0 | ||
| K:44 [TRP] | A:688 [G] | 3.88 | A:699 [C] | 0.0 | ||
| K:44 [TRP] | A:704 [A] | 3.42 | A:686 [U] | 0.0 | ||
| K:44 [TRP] | A:705 [G] | 3.4 | A:685 [G] | base/AA stacks | 0.0 | |
| K:46 [THR] | A:688 [G] | 3.25 | A:699 [C] | 94.48 | ||
| K:46 [THR] | A:689 [C] | 2.38 | A:698 [G] | 94.48 | ||
| K:46 [THR] | A:705 [G] | 4.51 | A:685 [G] | 94.48 | ||
| K:47 [ALA] | A:689 [C] | 4.55 | A:698 [G] | 61.95 | ||
| K:48 [GLY] | A:688 [G] | 4.59 | A:699 [C] | 87.6 | ||
| K:48 [GLY] | A:689 [C] | 3.2 | A:698 [G] | 87.6 | ||
| K:49 [GLY] | A:688 [G] | 3.56 | A:699 [C] | 44.74 | ||
| K:49 [GLY] | A:689 [C] | 3.41 | A:698 [G] | 44.74 | ||
| K:53 [ARG] | A:689 [C] | 3.43 | A:698 [G] | 77.06 | ||
| K:53 [ARG] | A:690 [G] | 3.03 | A:697 [U] | base:SC | 77.06 | |
| K:53 [ARG] | A:691 [G] | 3.21 | A:696 [A] | base:SC | 77.06 | |
| K:53 [ARG] | A:695 [A] | 4.27 | 77.06 | |||
| K:54 [GLY] | A:691 [G] | 4.9 | A:696 [A] | 65.51 | ||
| K:54 [GLY] | A:692 [U] | 3.75 | 65.51 | |||
| K:54 [GLY] | A:694 [A] | 4.58 | 65.51 | |||
| K:54 [GLY] | A:695 [A] | 3.59 | 65.51 | |||
| K:55 [SER] | A:694 [A] | 4.18 | 60.08 | |||
| K:55 [SER] | A:695 [A] | 4.79 | 60.08 | |||
| K:57 [LYS] | A:689 [C] | 4.78 | A:698 [G] | 82.11 | ||
| K:57 [LYS] | A:691 [G] | 3.01 | A:696 [A] | base:SC | 82.11 | |
| K:57 [LYS] | A:692 [U] | 3.3 | base:SC | 82.11 | ||
| K:77 [TYR] | A:685 [G] | 4.85 | A:705 [G] | 3.86 | ||
| K:87 [LYS] | A:707 [U] | 3.05 | A:683 [G] | 59.38 | ||
| K:115 [PRO] | A:676 [A] | 3.4 | A:714 [G] | 46.26 | ||
| K:115 [PRO] | A:677 [U] | 3.96 | A:713 [G] | 46.26 | ||
| K:116 [ILE] | A:675 [A] | 2.35 | A:715 [A] | sugar:BB | 60.07 | |
| K:116 [ILE] | A:676 [A] | 3.86 | A:714 [G] | 60.07 | ||
| K:116 [ILE] | A:718 [A] | 4.81 | 60.07 | |||
| K:117 [PRO] | A:675 [A] | 3.69 | A:715 [A] | 76.06 | ||
| K:117 [PRO] | A:676 [A] | 3.57 | A:714 [G] | 76.06 | ||
| K:117 [PRO] | A:718 [A] | 3.81 | 76.06 | |||
| K:118 [HIS] | A:674 [G] | 3.22 | A:716 [A] | base:BB | 76.57 | |
| K:118 [HIS] | A:675 [A] | 2.94 | A:715 [A] | base:BB | 76.57 | |
| K:118 [HIS] | A:676 [A] | 4.99 | A:714 [G] | 76.57 | ||
| K:118 [HIS] | A:716 [A] | 3.95 | A:674 [G] | 76.57 | ||
| K:118 [HIS] | A:717 [U] | 3.92 | A:673 [A] | 76.57 | ||
| K:118 [HIS] | A:718 [A] | 3.3 | base/AA stacks | 76.57 | ||
| K:120 [GLY] | A:675 [A] | 3.65 | A:715 [A] | 85.29 | ||
| K:120 [GLY] | A:676 [A] | 4.54 | A:714 [G] | 85.29 | ||
| K:120 [GLY] | A:715 [A] | 4.37 | A:675 [A] | 85.29 | ||
| K:120 [GLY] | A:716 [A] | 3.0 | A:674 [G] | base:BB | 85.29 | |
| K:121 [CYS] | A:676 [A] | 4.0 | A:714 [G] | 73.22 | ||
| K:121 [CYS] | A:677 [U] | 3.52 | A:713 [G] | 73.22 | ||
| K:121 [CYS] | A:714 [G] | 3.59 | A:676 [A] | 73.22 | ||
| K:121 [CYS] | A:777 [A] | 3.81 | 73.22 | |||
| K:121 [CYS] | A:778 [G] | 3.13 | A:804 [U] | 73.22 | ||
| K:122 [ARG] | A:778 [G] | 2.52 | A:804 [U] | sugar:BB | 92.47 | |
| K:122 [ARG] | A:779 [C] | 3.34 | A:803 [G] | sugar:SC | 92.47 | |
| K:122 [ARG] | A:1524 [C] | 3.13 | A:1511 [G] | 92.47 | ||
| K:122 [ARG] | A:1525 [G] | 3.14 | A:1510 [C] | 92.47 | ||
| K:123 [PRO] | A:778 [G] | 4.65 | A:804 [U] | 51.82 | ||
| K:123 [PRO] | A:779 [C] | 3.62 | A:803 [G] | 51.82 | ||
| K:124 [PRO] | A:779 [C] | 3.35 | A:803 [G] | 55.54 | ||
| K:124 [PRO] | A:780 [A] | 3.51 | A:802 [A] | 55.54 | ||
| K:125 [LYS] | A:779 [C] | 3.83 | A:803 [G] | 87.57 | ||
| K:125 [LYS] | A:780 [A] | 2.86 | A:802 [A] | 87.57 | ||
| K:125 [LYS] | A:781 [A] | 3.02 | A:801 [U] | 87.57 | ||
| K:125 [LYS] | A:796 [C] | 4.91 | A:786 [G] | 87.57 | ||
| K:125 [LYS] | A:1522 [U] | 3.36 | A:1513 [A] | 87.57 | ||
| K:125 [LYS] | A:1523 [G] | 2.82 | A:1512 [U] | 87.57 | ||
| K:126 [LYS] | A:796 [C] | 4.16 | A:786 [G] | 33.64 | ||
| K:127 [ARG] | A:692 [U] | 3.38 | 90.85 | |||
| K:127 [ARG] | A:693 [G] | 3.18 | 90.85 | |||
| K:127 [ARG] | A:796 [C] | 3.02 | A:786 [G] | sugar:SC | 90.85 | |
| K:127 [ARG] | A:797 [C] | 2.99 | A:785 [G] | 90.85 | ||
| K:128 [ARG] | A:795 [C] | 2.65 | A:787 [A] | sugar:BB | 94.25 | |
| K:128 [ARG] | A:796 [C] | 2.82 | A:786 [G] | 94.25 | ||
| K:128 [ARG] | A:1506 [U] | 2.85 | base:SC | 94.25 | ||
| K:128 [ARG] | A:1521 [C] | 4.86 | A:1514 [G] | 94.25 | ||
| K:128 [ARG] | A:1522 [U] | 2.62 | A:1513 [A] | 94.25 | ||
| K:128 [ARG] | A:1523 [G] | 2.92 | A:1512 [U] | 94.25 | ||
| K:129 [VAL] | A:693 [G] | 4.83 | 55.69 | |||
| K:129 [VAL] | A:795 [C] | 4.84 | A:787 [A] | 55.69 | ||
| K:129 [VAL] | A:796 [C] | 3.76 | A:786 [G] | 55.69 | ||
| K:129 [VAL] | A:1506 [U] | 3.48 | 55.69 | |||
| K:129 [VAL] | A:1507 [A] | 4.65 | A:1528 [U] | 55.69 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group102 | 7K00_K_A | K: 30s ribosomal protein s11, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7R9 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4YBB_AK_AA | 7K00_K_A | 0.74 | 0.98 | 2.98 | 0.79 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1k_1a | 7K00_K_A | 0.84 | 0.98 | 1.34 | 0.63 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_K_A | 7RYG_k_a | 0.93 | 0.93 | 2.33 | 0.95 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_K_A | 7O7Y_An_A2 | 0.86 | 0.92 | 2.19 | 0.32 | Ribonuclease H-like | compare | |
| 6S0X_k_a | 7K00_K_A | 0.76 | 0.96 | 3.11 | 0.7 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |