Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
7K00_K
|
7K00_A
|
7O7Y_An
|
7O7Y_A2
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
K:24 [HIS] | A:706 [A] | An:34 [PHE] | A2:975 [C] | ✔ |
K:26 [SER] | A:690 [G] | An:36 [SER] | A2:959 [G] | ✔ |
K:128 [ARG] | A:795 [C] | An:150 [ARG] | A2:1064 [C] | ✔ |
K:128 [ARG] | A:796 [C] | An:150 [ARG] | A2:1065 [C] | ✔ |
K:128 [ARG] | A:1506 [U] | An:150 [ARG] | A2:1839 [U] | ✔ |
K:128 [ARG] | A:1522 [U] | An:150 [ARG] | A2:1855 [U] | ✔ |
K:128 [ARG] | A:1523 [G] | An:150 [ARG] | A2:1856 [G] | ✔ |
K:125 [LYS] | A:779 [C] | An:144 [GLY] | A2:1048 [C] | ✔ |
K:125 [LYS] | A:780 [A] | An:144 [GLY] | A2:1049 [G] | ✔ |
K:125 [LYS] | A:1523 [G] | An:144 [GLY] | A2:1856 [G] | ✔ |
K:124 [PRO] | A:779 [C] | An:143 [LYS] | A2:1048 [C] | ✔ |
K:124 [PRO] | A:780 [A] | An:143 [LYS] | A2:1049 [G] | ✔ |
K:47 [ALA] | A:689 [C] | An:58 [GLY] | A2:958 [A] | ✔ |
K:126 [LYS] | A:796 [C] | An:148 [GLY] | A2:1065 [C] | ✔ |
K:54 [GLY] | A:691 [G] | An:65 [ASP] | A2:960 [G] | ✔ |
K:54 [GLY] | A:692 [U] | An:65 [ASP] | A2:961 [U] | ✔ |
K:54 [GLY] | A:695 [A] | An:65 [ASP] | A2:964 [A] | ✔ |
K:57 [LYS] | A:689 [C] | An:68 [GLU] | A2:958 [A] | ✔ |
K:57 [LYS] | A:691 [G] | An:68 [GLU] | A2:960 [G] | ✔ |
K:53 [ARG] | A:695 [A] | An:64 [ALA] | A2:964 [A] | ✔ |
K:29 [ASN] | A:688 [G] | An:39 [ASP] | A2:957 [G] | ✔ |
K:29 [ASN] | A:689 [C] | An:39 [ASP] | A2:958 [A] | ✔ |
K:29 [ASN] | A:690 [G] | An:39 [ASP] | A2:959 [G] | ✔ |
K:87 [LYS] | A:707 [U] | An:98 [ARG] | A2:976 [G] | ✔ |
K:117 [PRO] | A:675 [A] | An:136 [PRO] | A2:944 [U] | ✔ |
K:117 [PRO] | A:676 [A] | An:136 [PRO] | A2:945 [A] | ✔ |
K:117 [PRO] | A:718 [A] | An:136 [PRO] | A2:987 [G] | ✔ |
K:48 [GLY] | A:688 [G] | An:59 [GLY] | A2:957 [G] | ✔ |
K:48 [GLY] | A:689 [C] | An:59 [GLY] | A2:958 [A] | ✔ |
K:121 [CYS] | A:676 [A] | An:140 [THR] | A2:945 [A] | ✔ |
K:121 [CYS] | A:677 [U] | An:140 [THR] | A2:946 [U] | ✔ |
K:121 [CYS] | A:714 [G] | An:140 [THR] | A2:983 [G] | ✔ |
K:121 [CYS] | A:777 [A] | An:140 [THR] | A2:1046 [PSU] | ✔ |
K:121 [CYS] | A:778 [G] | An:140 [THR] | A2:1047 [PSU] | ✔ |
K:49 [GLY] | A:688 [G] | An:60 [MET] | A2:957 [G] | ✔ |
K:49 [GLY] | A:689 [C] | An:60 [MET] | A2:958 [A] | ✔ |
K:28 [ASN] | A:690 [G] | An:38 [ASN] | A2:959 [G] | ✔ |
K:28 [ASN] | A:691 [G] | An:38 [ASN] | A2:960 [G] | ✔ |
K:28 [ASN] | A:692 [U] | An:38 [ASN] | A2:961 [U] | ✔ |
K:35 [THR] | A:707 [U] | An:45 [THR] | A2:976 [G] | ✔ |
K:40 [ASN] | A:683 [G] | An:51 [GLU] | A2:952 [C] | ✔ |
K:40 [ASN] | A:684 [U] | An:51 [GLU] | A2:953 [G] | ✔ |
K:38 [GLN] | A:708 [C] | An:49 [GLY] | A2:977 [G] | ✔ |
K:115 [PRO] | A:676 [A] | An:134 [PRO] | A2:945 [A] | ✔ |
K:115 [PRO] | A:677 [U] | An:134 [PRO] | A2:946 [U] | ✔ |
K:127 [ARG] | A:692 [U] | An:149 [ARG] | A2:961 [U] | ✔ |
K:127 [ARG] | A:693 [G] | An:149 [ARG] | A2:962 [G] | ✔ |
K:127 [ARG] | A:796 [C] | An:149 [ARG] | A2:1065 [C] | ✔ |
K:127 [ARG] | A:797 [C] | An:149 [ARG] | A2:1066 [G] | ✔ |
K:39 [GLY] | A:683 [G] | An:50 [LYS] | A2:952 [C] | ✔ |
K:39 [GLY] | A:684 [U] | An:50 [LYS] | A2:953 [G] | ✔ |
K:39 [GLY] | A:707 [U] | An:50 [LYS] | A2:976 [G] | ✔ |
K:39 [GLY] | A:708 [C] | An:50 [LYS] | A2:977 [G] | ✔ |
K:55 [SER] | A:694 [A] | An:66 [ARG] | A2:963 [A] | ✔ |
K:55 [SER] | A:695 [A] | An:66 [ARG] | A2:964 [A] | ✔ |
K:46 [THR] | A:688 [G] | An:57 [THR] | A2:957 [G] | ✔ |
K:46 [THR] | A:689 [C] | An:57 [THR] | A2:958 [A] | ✔ |
K:22 [HIS] | A:707 [U] | An:32 [HIS] | A2:976 [G] | ✔ |
K:22 [HIS] | A:708 [C] | An:32 [HIS] | A2:977 [G] | ✔ |
K:41 [ALA] | A:684 [U] | An:52 [THR] | A2:953 [G] | ✔ |
K:41 [ALA] | A:685 [G] | An:52 [THR] | A2:954 [C] | ✔ |
K:44 [TRP] | A:685 [G] | An:55 [ARG] | A2:954 [C] | ✔ |
K:44 [TRP] | A:686 [U] | An:55 [ARG] | A2:955 [U] | ✔ |
K:44 [TRP] | A:704 [A] | An:55 [ARG] | A2:973 [A] | ✔ |
K:44 [TRP] | A:705 [G] | An:55 [ARG] | A2:974 [C] | ✔ |
K:123 [PRO] | A:778 [G] | An:142 [ARG] | A2:1047 [PSU] | ✔ |
K:123 [PRO] | A:779 [C] | An:142 [ARG] | A2:1048 [C] | ✔ |
K:122 [ARG] | A:778 [G] | An:141 [ARG] | A2:1047 [PSU] | ✔ |
K:122 [ARG] | A:779 [C] | An:141 [ARG] | A2:1048 [C] | ✔ |
K:122 [ARG] | A:1524 [C] | An:141 [ARG] | A2:1857 [C] | ✔ |
K:122 [ARG] | A:1525 [G] | An:141 [ARG] | A2:1858 [G] | ✔ |
K:33 [THR] | A:706 [A] | An:43 [HIS] | A2:975 [C] | ✔ |
K:33 [THR] | A:707 [U] | An:43 [HIS] | A2:976 [G] | ✔ |
K:120 [GLY] | A:676 [A] | An:139 [SER] | A2:945 [A] | ✔ |
K:120 [GLY] | A:715 [A] | An:139 [SER] | A2:984 [A] | ✔ |
K:120 [GLY] | A:716 [A] | An:139 [SER] | A2:985 [C] | ✔ |
K:118 [HIS] | A:674 [G] | An:137 [SER] | A2:943 [G] | ✔ |
K:118 [HIS] | A:675 [A] | An:137 [SER] | A2:944 [U] | ✔ |
K:118 [HIS] | A:676 [A] | An:137 [SER] | A2:945 [A] | ✔ |
K:118 [HIS] | A:716 [A] | An:137 [SER] | A2:985 [C] | ✔ |
K:118 [HIS] | A:717 [U] | An:137 [SER] | A2:986 [G] | ✔ |
K:118 [HIS] | A:718 [A] | An:137 [SER] | A2:987 [G] | ✔ |
K:31 [ILE] | A:689 [C] | An:41 [PHE] | A2:958 [A] | ✔ |
K:31 [ILE] | A:690 [G] | An:41 [PHE] | A2:959 [G] | ✔ |
K:31 [ILE] | A:705 [G] | An:41 [PHE] | A2:974 [C] | ✔ |
K:31 [ILE] | A:706 [A] | An:41 [PHE] | A2:975 [C] | ✔ |
K:116 [ILE] | A:675 [A] | An:135 [ILE] | A2:944 [U] | ✔ |
K:116 [ILE] | A:676 [A] | An:135 [ILE] | A2:945 [A] | ✔ |
K:116 [ILE] | A:718 [A] | An:135 [ILE] | A2:987 [G] | ✔ |
K:42 [LEU] | A:685 [G] | An:53 [ILE] | A2:954 [C] | ✔ |
K:129 [VAL] | A:693 [G] | An:151 [LEU] | A2:962 [G] | ✔ |
K:129 [VAL] | A:796 [C] | An:151 [LEU] | A2:1065 [C] | ✔ |
K:129 [VAL] | A:1506 [U] | An:151 [LEU] | A2:1839 [U] | ✔ |
K:129 [VAL] | A:1507 [A] | An:151 [LEU] | A2:1840 [U] | ✔ |
K:24 [HIS] | A:690 [G] | An:34 [PHE] | A2:959 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:24 [HIS] | A:707 [U] | An:34 [PHE] | A2:976 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:26 [SER] | A:691 [G] | An:36 [SER] | A2:960 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:128 [ARG] | A:1521 [C] | An:150 [ARG] | A2:1854 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:125 [LYS] | A:796 [C] | An:144 [GLY] | A2:1065 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:125 [LYS] | A:1522 [U] | An:144 [GLY] | A2:1855 [U] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:54 [GLY] | A:694 [A] | An:65 [ASP] | A2:963 [A] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:57 [LYS] | A:692 [U] | An:68 [GLU] | A2:961 [U] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:53 [ARG] | A:689 [C] | An:64 [ALA] | A2:958 [A] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:53 [ARG] | A:690 [G] | An:64 [ALA] | A2:959 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:53 [ARG] | A:691 [G] | An:64 [ALA] | A2:960 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:40 [ASN] | A:707 [U] | An:51 [GLU] | A2:976 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:46 [THR] | A:705 [G] | An:57 [THR] | A2:974 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:22 [HIS] | A:706 [A] | An:32 [HIS] | A2:975 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:41 [ALA] | A:683 [G] | An:52 [THR] | A2:952 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:41 [ALA] | A:706 [A] | An:52 [THR] | A2:975 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:44 [TRP] | A:687 [A] | An:55 [ARG] | A2:956 [A] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:44 [TRP] | A:688 [G] | An:55 [ARG] | A2:957 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:33 [THR] | A:705 [G] | An:43 [HIS] | A2:974 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:120 [GLY] | A:675 [A] | An:139 [SER] | A2:944 [U] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:42 [LEU] | A:684 [U] | An:53 [ILE] | A2:953 [G] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:129 [VAL] | A:795 [C] | An:151 [LEU] | A2:1064 [C] | ❌ 7O7Y_An_A2 |
K:121 [CYS] | A:715 [A] | An:140 [THR] | A2:984 [A] | ❌ 7K00_K_A |
K:124 [PRO] | A:797 [C] | An:143 [LYS] | A2:1066 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:128 [ARG] | A:1507 [A] | An:150 [ARG] | A2:1840 [U] | ❌ 7K00_K_A |
K:33 [THR] | A:684 [U] | An:43 [HIS] | A2:953 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:38 [GLN] | A:707 [U] | An:49 [GLY] | A2:976 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:40 [ASN] | A:685 [G] | An:51 [GLU] | A2:954 [C] | ❌ 7K00_K_A |
K:41 [ALA] | A:707 [U] | An:52 [THR] | A2:976 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:44 [TRP] | A:706 [A] | An:55 [ARG] | A2:975 [C] | ❌ 7K00_K_A |
K:44 [TRP] | A:684 [U] | An:55 [ARG] | A2:953 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:49 [GLY] | A:687 [A] | An:60 [MET] | A2:956 [A] | ❌ 7K00_K_A |
K:54 [GLY] | A:690 [G] | An:65 [ASP] | A2:959 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:55 [SER] | A:693 [G] | An:66 [ARG] | A2:962 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:55 [SER] | A:692 [U] | An:66 [ARG] | A2:961 [U] | ❌ 7K00_K_A |
K:57 [LYS] | A:690 [G] | An:68 [GLU] | A2:959 [G] | ❌ 7K00_K_A |
K:87 [LYS] | A:706 [A] | An:98 [ARG] | A2:975 [C] | ❌ 7K00_K_A |
K:125 [LYS] | A:781 [A] | An:144 [GLY] | A2:1050 [A] | ❌ 7O7Y_A2:1050 no longer at interface |
K:124 [PRO] | A:798 [U] | An:143 [LYS] | A2:1067 [U] | ❌ 7K00_A:798 no longer at interface |
K:54 [GLY] | A:696 [A] | An:65 [ASP] | A2:965 [A] | ❌ 7K00_A:696 no longer at interface |
K:37 [ARG] | A:708 [C] | An:48 [SER] | A2:977 [G] | ❌ 7K00_K:37 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribonuclease H-like | 0.92 | 2.19 | 0.32 | 0.92 | 0.92 | 0.97 | 0.98 | 0.86 | 0.77 | 0.66 | 0.10 |
Other pairs involving 7K00_K_A or 7O7Y_An_A2
Total number of entries: 8
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4Y4O_1k_1a | 7O7Y_An_A2 | 0.80 | 0.93 | 2.71 | 0.26 | Ribonuclease H-like | compare | |
4Y4O_1k_1a | 7K00_K_A | 0.84 | 0.98 | 1.34 | 0.63 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
4YBB_AK_AA | 7K00_K_A | 0.74 | 0.98 | 2.98 | 0.79 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
4YBB_AK_AA | 7O7Y_An_A2 | 0.59 | 0.9 | 4.01 | 0.21 | Ribonuclease H-like | compare | |
6S0X_k_a | 7O7Y_An_A2 | 0.73 | 0.9 | 4.43 | 0.24 | Ribonuclease H-like | compare | |
6S0X_k_a | 7K00_K_A | 0.76 | 0.96 | 3.11 | 0.7 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
7K00_K_A | 7RYG_k_a | 0.93 | 0.93 | 2.33 | 0.95 | Ribonuclease H-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
7K00_K_A | 7O7Y_An_A2 | 0.86 | 0.92 | 2.19 | 0.32 | Ribonuclease H-like | compare |