RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group103 > 4Y4O_1n_1a vs 6S0X_n_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1n
4Y4O_1a
6S0X_n
6S0X_a
Conserved?
1n:8 [GLU] 1a:994 [A] n:4 [THR] a:1004 [C] ✔
1n:8 [GLU] 1a:995 [C] n:4 [THR] a:1005 [A] ✔
1n:41 [ARG] 1a:974 [A] n:41 [ARG] a:983 [A] ✔
1n:60 [SER] 1a:1114 [C] n:61 [TRP] a:1125 [C] ✔
1n:60 [SER] 1a:1186 [G] n:61 [TRP] a:1196 [G] ✔
1n:60 [SER] 1a:1187 [G] n:61 [TRP] a:1197 [G] ✔
1n:60 [SER] 1a:1188 [A] n:61 [TRP] a:1198 [A] ✔
1n:34 [TYR] 1a:975 [A] n:34 [TYR] a:984 [A] ✔
1n:34 [TYR] 1a:1357 [A] n:34 [TYR] a:1367 [A] ✔
1n:34 [TYR] 1a:1358 [U] n:34 [TYR] a:1368 [U] ✔
1n:16 [PHE] 1a:1219 [U] n:15 [LYS] a:1228 [U] ✔
1n:9 [LYS] 1a:994 [A] n:5 [SER] a:1004 [C] ✔
1n:19 [ARG] 1a:980 [C] n:19 [ARG] a:989 [C] ✔
1n:19 [ARG] 1a:1219 [U] n:19 [ARG] a:1228 [U] ✔
1n:29 [ARG] 1a:1202 [G] n:28 [GLY] a:1212 [U] ✔
1n:35 [ARG] 1a:1358 [U] n:35 [ARG] a:1368 [U] ✔
1n:35 [ARG] 1a:1359 [C] n:35 [ARG] a:1369 [C] ✔
1n:28 [GLY] 1a:1202 [G] n:27 [CYS] a:1212 [U] ✔
1n:27 [CYS] 1a:1203 [C] n:26 [ARG] a:1213 [C] ✔
1n:59 [ALA] 1a:1188 [A] n:59 [ALA] a:1198 [A] ✔
1n:21 [TYR] 1a:981 [U] n:21 [TYR] a:990 [U] ✔
1n:58 [LYS] 1a:1189 [C] n:58 [LYS] a:1199 [U] ✔
1n:45 [ARG] 1a:1059 [C] n:45 [ARG] a:1070 [U] ✔
1n:18 [VAL] 1a:979 [C] n:18 [VAL] a:988 [C] ✔
1n:18 [VAL] 1a:980 [C] n:18 [VAL] a:989 [C] ✔
1n:18 [VAL] 1a:1360 [A] n:18 [VAL] a:1370 [A] ✔
1n:31 [ARG] 1a:974 [A] n:31 [HIS] a:983 [A] ✔
1n:31 [ARG] 1a:976 [G] n:31 [HIS] a:985 [G] ✔
1n:2 [ALA] 1a:1048 [G] n:2 [ALA] a:1059 [G] ✔
1n:2 [ALA] 1a:1216 [G] n:2 [ALA] a:1225 [G] ✔
1n:30 [ALA] 1a:981 [U] n:29 [ARG] a:990 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:30 [ALA] 1a:982 [U] n:29 [ARG] a:991 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:23 [ARG] 1a:981 [U] n:23 [ARG] a:990 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:23 [ARG] 1a:982 [U] n:23 [ARG] a:991 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:16 [PHE] 1a:1317 [C] n:15 [LYS] a:1327 [C] ❌ 6S0X_n_a
1n:9 [LYS] 1a:980 [C] n:5 [SER] a:989 [C] ❌ 6S0X_n_a
1n:9 [LYS] 1a:981 [U] n:5 [SER] a:990 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:9 [LYS] 1a:1217 [C] n:5 [SER] a:1226 [A] ❌ 6S0X_n_a
1n:9 [LYS] 1a:1218 [C] n:5 [SER] a:1227 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:6 [LEU] 1a:981 [U] n:3 [LYS] a:990 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:6 [LEU] 1a:982 [U] n:3 [LYS] a:991 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:6 [LEU] 1a:1217 [C] n:3 [LYS] a:1226 [A] ❌ 6S0X_n_a
1n:19 [ARG] 1a:979 [C] n:19 [ARG] a:988 [C] ❌ 6S0X_n_a
1n:19 [ARG] 1a:1218 [C] n:19 [ARG] a:1227 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:19 [ARG] 1a:1317 [C] n:19 [ARG] a:1327 [C] ❌ 6S0X_n_a
1n:29 [ARG] 1a:974 [A] n:28 [GLY] a:983 [A] ❌ 6S0X_n_a
1n:35 [ARG] 1a:1360 [A] n:35 [ARG] a:1370 [A] ❌ 6S0X_n_a
1n:27 [CYS] 1a:1202 [G] n:26 [ARG] a:1212 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:21 [TYR] 1a:980 [C] n:21 [TYR] a:989 [C] ❌ 6S0X_n_a
1n:58 [LYS] 1a:1188 [A] n:58 [LYS] a:1198 [A] ❌ 6S0X_n_a
1n:18 [VAL] 1a:1317 [C] n:18 [VAL] a:1327 [C] ❌ 6S0X_n_a
1n:31 [ARG] 1a:982 [U] n:31 [HIS] a:991 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:2 [ALA] 1a:1049 [U] n:2 [ALA] a:1060 [U] ❌ 6S0X_n_a
1n:16 [PHE] 1a:1016 [A] n:15 [LYS] a:1025 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:19 [ARG] 1a:981 [U] n:19 [ARG] a:990 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:2 [ALA] 1a:1217 [C] n:2 [ALA] a:1226 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:2 [ALA] 1a:1047 [G] n:2 [ALA] a:1058 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:21 [TYR] 1a:982 [U] n:21 [TYR] a:991 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:23 [ARG] 1a:1203 [C] n:23 [ARG] a:1213 [C] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:23 [ARG] 1a:1202 [G] n:23 [ARG] a:1212 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:23 [ARG] 1a:1049 [U] n:23 [ARG] a:1060 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:28 [GLY] 1a:1203 [C] n:27 [CYS] a:1213 [C] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:29 [ARG] 1a:1203 [C] n:28 [GLY] a:1213 [C] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:29 [ARG] 1a:1049 [U] n:28 [GLY] a:1060 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:30 [ALA] 1a:1202 [G] n:29 [ARG] a:1212 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:6 [LEU] 1a:1203 [C] n:3 [LYS] a:1213 [C] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:6 [LEU] 1a:1048 [G] n:3 [LYS] a:1059 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:6 [LEU] 1a:1047 [G] n:3 [LYS] a:1058 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:8 [GLU] 1a:1046 [A] n:4 [THR] a:1057 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:8 [GLU] 1a:1048 [G] n:4 [THR] a:1059 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:8 [GLU] 1a:1047 [G] n:4 [THR] a:1058 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:9 [LYS] 1a:1047 [G] n:5 [SER] a:1058 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:9 [LYS] 1a:1048 [G] n:5 [SER] a:1059 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:59 [ALA] 1a:1189 [C] n:59 [ALA] a:1199 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:41 [ARG] 1a:973 [G] n:41 [ARG] a:982 [G] ❌ 6S0X_a:982 no longer at interface
1n:60 [SER] 1a:1115 [C] n:61 [TRP] a:1126 [U] ❌ 6S0X_a:1126 no longer at interface
1n:46 [GLU] 1a:1058 [G] n:46 [GLU] a:1069 [G] ❌ 6S0X_n:46, 6S0X_a:1069 no longer at interface
1n:17 [LYS] 1a:1257 [U] n:17 [ALA] a:1267 [A] ❌ 6S0X_n:17, 6S0X_a:1267 no longer at interface
1n:17 [LYS] 1a:1316 [G] n:17 [ALA] a:1326 [G] ❌ 6S0X_n:17, 6S0X_a:1326 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1015 [A] n:14 [GLN] a:1024 [G] ❌ 6S0X_n:14, 6S0X_a:1024 no longer at interface
1n:6 [LEU] 1a:983 [A] n:3 [LYS] a:992 [A] ❌ 6S0X_a:992 no longer at interface
1n:19 [ARG] 1a:1220 [G] n:19 [ARG] a:1230 [G] ❌ 6S0X_a:1230 no longer at interface
1n:29 [ARG] 1a:973 [G] n:28 [GLY] a:982 [G] ❌ 6S0X_a:982 no longer at interface
1n:45 [ARG] 1a:1060 [C] n:45 [ARG] a:1071 [U] ❌ 6S0X_a:1071 no longer at interface
1n:18 [VAL] 1a:1316 [G] n:18 [VAL] a:1326 [G] ❌ 6S0X_a:1326 no longer at interface
1n:18 [VAL] 1a:1318 [A] n:18 [VAL] a:1328 [A] ❌ 6S0X_a:1328 no longer at interface
1n:31 [ARG] 1a:977 [A] n:31 [HIS] a:986 [A] ❌ 6S0X_a:986 no longer at interface
1n:2 [ALA] 1a:983 [A] n:2 [ALA] a:992 [A] ❌ 6S0X_a:992 no longer at interface
1n:2 [ALA] 1a:1050 [G] n:2 [ALA] a:1061 [G] ❌ 6S0X_a:1061 no longer at interface
1n:2 [ALA] 1a:1215 [G] n:2 [ALA] a:1224 [U] ❌ 6S0X_a:1224 no longer at interface
1n:6 [LEU] 1a:1204 [A] n:3 [LYS] a:1214 [A] ❌ 4Y4O_1a:1204 no longer at interface
1n:9 [LYS] 1a:993 [G] n:5 [SER] a:1003 [A] ❌ 4Y4O_1a:993 no longer at interface
1n:57 [ARG] 1a:1113 [C] n:57 [ARG] a:1124 [C] ❌ 4Y4O_1n:57, 4Y4O_1a:1113 no longer at interface
1n:60 [SER] 1a:1113 [C] n:61 [TRP] a:1124 [C] ❌ 4Y4O_1a:1113 no longer at interface
1n:20 [ALA] 1a:980 [C] n:20 [GLU] a:989 [C] ❌ 6S0X_n:20 no longer at interface
1n:20 [ALA] 1a:1360 [A] n:20 [GLU] a:1370 [A] ❌ 6S0X_n:20 no longer at interface
1n:46 [GLU] 1a:1202 [G] n:46 [GLU] a:1212 [U] ❌ 6S0X_n:46 no longer at interface
1n:42 [ILE] 1a:1202 [G] n:42 [ILE] a:1212 [U] ❌ 6S0X_n:42 no longer at interface
1n:33 [VAL] 1a:976 [G] n:33 [VAL] a:985 [G] ❌ 6S0X_n:33 no longer at interface
1n:33 [VAL] 1a:1358 [U] n:33 [VAL] a:1368 [U] ❌ 6S0X_n:33 no longer at interface
1n:33 [VAL] 1a:1359 [C] n:33 [VAL] a:1369 [C] ❌ 6S0X_n:33 no longer at interface
1n:17 [LYS] 1a:1317 [C] n:17 [ALA] a:1327 [C] ❌ 6S0X_n:17 no longer at interface
1n:43 [CYS] 1a:1202 [G] n:43 [CYS] a:1212 [U] ❌ 6S0X_n:43 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1016 [A] n:14 [GLN] a:1025 [A] ❌ 6S0X_n:14 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1218 [C] n:14 [GLN] a:1227 [U] ❌ 6S0X_n:14 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1219 [U] n:14 [GLN] a:1228 [U] ❌ 6S0X_n:14 no longer at interface
1n:22 [THR] 1a:1358 [U] n:22 [THR] a:1368 [U] ❌ 6S0X_n:22 no longer at interface
1n:22 [THR] 1a:1359 [C] n:22 [THR] a:1369 [C] ❌ 6S0X_n:22 no longer at interface
1n:36 [PHE] 1a:1358 [U] n:36 [LYS] a:1368 [U] ❌ 6S0X_n:36 no longer at interface
1n:32 [SER] 1a:974 [A] n:32 [SER] a:983 [A] ❌ 6S0X_n:32 no longer at interface
1n:32 [SER] 1a:975 [A] n:32 [SER] a:984 [A] ❌ 6S0X_n:32 no longer at interface
1n:32 [SER] 1a:976 [G] n:32 [SER] a:985 [G] ❌ 6S0X_n:32 no longer at interface
1n:12 [ARG] 1a:1217 [C] n:11 [GLN] a:1226 [A] ❌ 6S0X_n:11 no longer at interface
1n:12 [ARG] 1a:1218 [C] n:11 [GLN] a:1227 [U] ❌ 6S0X_n:11 no longer at interface
1n:40 [CYS] 1a:1202 [G] n:40 [CYS] a:1212 [U] ❌ 4Y4O_1n:40 no longer at interface
1n:57 [ARG] 1a:1114 [C] n:57 [ARG] a:1125 [C] ❌ 4Y4O_1n:57 no longer at interface
1n:11 [LYS] 1a:994 [A] n:8 [ALA] a:1004 [C] ❌ 4Y4O_1n:11 no longer at interface
1n:11 [LYS] 1a:995 [C] n:8 [ALA] a:1005 [A] ❌ 4Y4O_1n:11 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.95 3.28 0.38 0.65 0.95 0.72 0.86 0.32 0.21 0.07 0.50


Other pairs involving 4Y4O_1n_1a or 6S0X_n_a

Total number of entries: 8

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_n_a 7RYG_n_a 0.36 0.95 4.6 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_n_a 7PJS_n_a 0.17 0.94 3.35 0.17 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_n_a 7K00_N_A 0.38 0.94 3.26 0.34 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7O7Y_AG_A2 0.60 0.92 2.46 0.19 LIM domain-like compare
4Y4O_1n_1a 7K00_N_A 0.85 0.98 1.53 0.35 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7PJS_n_a 0.83 0.98 1.63 0.32 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 6S0X_n_a 0.32 0.95 3.28 0.38 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7RYG_n_a 0.42 0.9 5.09 0.22 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare