Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0X_n
|
6S0X_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| n:2 [ALA] | a:1058 [G] | 2.42 | a:1220 [C] | sugar:BB | 75.65 | |
| n:2 [ALA] | a:1059 [G] | 3.28 | a:1219 [C] | 75.65 | ||
| n:2 [ALA] | a:1225 [G] | 4.56 | a:999 [C] | 75.65 | ||
| n:2 [ALA] | a:1226 [A] | 4.37 | a:998 [U] | 75.65 | ||
| n:3 [LYS] | a:1058 [G] | 4.04 | a:1220 [C] | 38.95 | ||
| n:3 [LYS] | a:1059 [G] | 2.81 | a:1219 [C] | 38.95 | ||
| n:3 [LYS] | a:1213 [C] | 3.37 | a:1068 [G] | 38.95 | ||
| n:3 [LYS] | a:1214 [A] | 3.49 | a:1067 [U] | 38.95 | ||
| n:4 [THR] | a:1004 [C] | 2.84 | sugar:BB | 47.99 | ||
| n:4 [THR] | a:1005 [A] | 4.52 | 47.99 | |||
| n:4 [THR] | a:1057 [A] | 4.64 | a:1221 [U] | 47.99 | ||
| n:4 [THR] | a:1058 [G] | 2.52 | a:1220 [C] | 47.99 | ||
| n:4 [THR] | a:1059 [G] | 2.67 | a:1219 [C] | 47.99 | ||
| n:5 [SER] | a:1003 [A] | 4.0 | 56.97 | |||
| n:5 [SER] | a:1004 [C] | 3.6 | base:SC | 56.97 | ||
| n:5 [SER] | a:1058 [G] | 3.89 | a:1220 [C] | 56.97 | ||
| n:5 [SER] | a:1059 [G] | 4.57 | a:1219 [C] | 56.97 | ||
| n:6 [MET] | a:990 [U] | 4.38 | 14.55 | |||
| n:6 [MET] | a:1227 [U] | 3.48 | a:997 [A] | 14.55 | ||
| n:6 [MET] | a:1228 [U] | 4.44 | a:996 [A] | 14.55 | ||
| n:8 [ALA] | a:1004 [C] | 3.61 | 10.22 | |||
| n:8 [ALA] | a:1005 [A] | 3.81 | 10.22 | |||
| n:9 [LYS] | a:1003 [A] | 2.94 | sugar:SC | 62.38 | ||
| n:9 [LYS] | a:1227 [U] | 4.94 | a:997 [A] | 62.38 | ||
| n:9 [LYS] | a:1228 [U] | 4.18 | a:996 [A] | 62.38 | ||
| n:15 [LYS] | a:1025 [A] | 3.88 | a:1022 [G] | 70.06 | ||
| n:15 [LYS] | a:1228 [U] | 4.78 | a:996 [A] | 70.06 | ||
| n:16 [TYR] | a:988 [C] | 3.19 | a:1370 [A] | 51.91 | ||
| n:16 [TYR] | a:989 [C] | 4.71 | 51.91 | |||
| n:16 [TYR] | a:1228 [U] | 4.77 | a:996 [A] | 51.91 | ||
| n:16 [TYR] | a:1229 [U] | 2.38 | a:995 [A] | 51.91 | ||
| n:16 [TYR] | a:1327 [C] | 3.21 | base:SC | 51.91 | ||
| n:18 [VAL] | a:988 [C] | 4.69 | a:1370 [A] | 69.25 | ||
| n:18 [VAL] | a:989 [C] | 4.4 | 69.25 | |||
| n:18 [VAL] | a:1370 [A] | 4.1 | a:988 [C] | 69.25 | ||
| n:19 [ARG] | a:989 [C] | 2.57 | sugar:SC | 68.5 | ||
| n:19 [ARG] | a:990 [U] | 4.47 | 68.5 | |||
| n:19 [ARG] | a:1228 [U] | 4.37 | a:996 [A] | 68.5 | ||
| n:21 [TYR] | a:990 [U] | 4.21 | 36.04 | |||
| n:21 [TYR] | a:991 [U] | 2.92 | 36.04 | |||
| n:23 [ARG] | a:1060 [U] | 4.41 | 83.06 | |||
| n:23 [ARG] | a:1212 [U] | 4.85 | 83.06 | |||
| n:23 [ARG] | a:1213 [C] | 3.48 | a:1068 [G] | 83.06 | ||
| n:26 [ARG] | a:1213 [C] | 3.28 | a:1068 [G] | 45.32 | ||
| n:27 [CYS] | a:1212 [U] | 3.38 | 87.17 | |||
| n:27 [CYS] | a:1213 [C] | 3.72 | a:1068 [G] | 87.17 | ||
| n:28 [GLY] | a:1060 [U] | 4.94 | 80.02 | |||
| n:28 [GLY] | a:1212 [U] | 3.15 | sugar:BB | 80.02 | ||
| n:28 [GLY] | a:1213 [C] | 3.23 | a:1068 [G] | 80.02 | ||
| n:29 [ARG] | a:1212 [U] | 3.21 | base/AA stacks | 89.09 | ||
| n:30 [PRO] | a:1060 [U] | 4.67 | 51.17 | |||
| n:30 [PRO] | a:1212 [U] | 3.5 | 51.17 | |||
| n:31 [HIS] | a:983 [A] | 3.82 | 76.42 | |||
| n:31 [HIS] | a:985 [G] | 3.42 | 76.42 | |||
| n:34 [TYR] | a:984 [A] | 4.36 | 52.64 | |||
| n:34 [TYR] | a:1367 [A] | 4.86 | a:1375 [G] | 52.64 | ||
| n:34 [TYR] | a:1368 [U] | 4.69 | a:1373 [A] | 52.64 | ||
| n:35 [ARG] | a:1368 [U] | 3.34 | a:1373 [A] | 74.09 | ||
| n:35 [ARG] | a:1369 [C] | 2.43 | 74.09 | |||
| n:40 [CYS] | a:1212 [U] | 4.58 | 92.37 | |||
| n:41 [ARG] | a:983 [A] | 4.83 | 99.0 | |||
| n:45 [ARG] | a:1070 [U] | 4.2 | a:1208 [A] | 94.21 | ||
| n:57 [ARG] | a:1124 [C] | 2.36 | a:1197 [G] | sugar:SC | 47.14 | |
| n:57 [ARG] | a:1125 [C] | 3.3 | a:1196 [G] | 47.14 | ||
| n:58 [LYS] | a:1199 [U] | 4.95 | 84.89 | |||
| n:59 [ALA] | a:1198 [A] | 3.62 | 69.94 | |||
| n:59 [ALA] | a:1199 [U] | 4.66 | 69.94 | |||
| n:60 [SER] | a:1123 [C] | 4.38 | 91.55 | |||
| n:60 [SER] | a:1124 [C] | 2.91 | a:1197 [G] | base:BB | 91.55 | |
| n:60 [SER] | a:1125 [C] | 4.63 | a:1196 [G] | 91.55 | ||
| n:60 [SER] | a:1197 [G] | 3.18 | a:1124 [C] | 91.55 | ||
| n:60 [SER] | a:1198 [A] | 3.37 | base:SC, sugar:BB | 91.55 | ||
| n:60 [SER] | a:1199 [U] | 3.78 | 91.55 | |||
| n:61 [TRP] | a:1124 [C] | 4.59 | a:1197 [G] | 61.78 | ||
| n:61 [TRP] | a:1125 [C] | 4.1 | a:1196 [G] | 61.78 | ||
| n:61 [TRP] | a:1196 [G] | 3.23 | a:1125 [C] | 61.78 | ||
| n:61 [TRP] | a:1197 [G] | 3.31 | a:1124 [C] | 61.78 | ||
| n:61 [TRP] | a:1198 [A] | 3.95 | sugar:BB | 61.78 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group103 | 6S0X_n_a | n: 30s ribosomal protein s14 type z, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A077UGW7 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1n_1a | 6S0X_n_a | 0.32 | 0.95 | 3.28 | 0.38 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_n_a | 7RYG_n_a | 0.36 | 0.95 | 4.6 | 0.21 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_n_a | 7PJS_n_a | 0.17 | 0.94 | 3.35 | 0.17 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_n_a | 7K00_N_A | 0.38 | 0.94 | 3.26 | 0.34 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |