RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group103 > 7K00_N_A vs 7RYG_n_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

7K00_N
7K00_A
7RYG_n
7RYG_a
Conserved?
N:69 [ARG] A:1202 [U] n:67 [THR] a:1199 [U] ✔
N:100 [SER] A:1114 [C] n:100 [SER] a:1111 [C] ✔
N:100 [SER] A:1115 [U] n:100 [SER] a:1112 [U] ✔
N:100 [SER] A:1186 [G] n:100 [SER] a:1183 [G] ✔
N:100 [SER] A:1187 [G] n:100 [SER] a:1184 [G] ✔
N:100 [SER] A:1188 [A] n:100 [SER] a:1185 [A] ✔
N:75 [ARG] A:1358 [U] n:76 [LYS] a:1355 [U] ✔
N:71 [HIS] A:974 [A] n:69 [ARG] a:971 [A] ✔
N:72 [GLY] A:974 [A] n:72 [GLY] a:971 [A] ✔
N:72 [GLY] A:975 [A] n:72 [GLY] a:972 [A] ✔
N:72 [GLY] A:976 [G] n:72 [GLY] a:973 [G] ✔
N:101 [TRP] A:1114 [C] n:101 [TRP] a:1111 [C] ✔
N:101 [TRP] A:1115 [U] n:101 [TRP] a:1112 [U] ✔
N:101 [TRP] A:1186 [G] n:101 [TRP] a:1183 [G] ✔
N:101 [TRP] A:1187 [G] n:101 [TRP] a:1184 [G] ✔
N:101 [TRP] A:1368 [A] n:101 [TRP] a:1365 [G] ✔
N:101 [TRP] A:1369 [C] n:101 [TRP] a:1366 [C] ✔
N:59 [ARG] A:980 [C] n:61 [ARG] a:977 [C] ✔
N:99 [ALA] A:1187 [G] n:99 [ALA] a:1184 [G] ✔
N:74 [LEU] A:1357 [A] n:74 [PHE] a:1354 [A] ✔
N:74 [LEU] A:1358 [U] n:74 [PHE] a:1355 [U] ✔
N:58 [SER] A:980 [C] n:60 [LEU] a:977 [C] ✔
N:73 [PHE] A:1358 [U] n:73 [TYR] a:1355 [U] ✔
N:73 [PHE] A:1359 [C] n:73 [TYR] a:1356 [C] ✔
N:98 [LYS] A:1188 [A] n:98 [LYS] a:1185 [A] ✔
N:98 [LYS] A:1189 [U] n:98 [LYS] a:1186 [C] ✔
N:61 [ARG] A:981 [U] n:63 [ARG] a:978 [U] ✔
N:2 [ALA] A:1048 [G] n:2 [ALA] a:1045 [G] ✔
N:2 [ALA] A:1049 [U] n:2 [ALA] a:1046 [U] ✔
N:2 [ALA] A:1202 [U] n:2 [ALA] a:1199 [U] ✔
N:2 [ALA] A:1203 [C] n:2 [ALA] a:1200 [C] ✔
N:69 [ARG] A:973 [G] n:67 [THR] a:970 [G] ❌ 7RYG_n_a
N:69 [ARG] A:974 [A] n:67 [THR] a:971 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:75 [ARG] A:1357 [A] n:76 [LYS] a:1354 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:75 [ARG] A:1359 [C] n:76 [LYS] a:1356 [C] ❌ 7RYG_n_a
N:75 [ARG] A:1360 [A] n:76 [LYS] a:1357 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:6 [MET] A:981 [U] n:4 [LYS] a:978 [U] ❌ 7RYG_n_a
N:6 [MET] A:982 [U] n:4 [LYS] a:979 [U] ❌ 7RYG_n_a
N:6 [MET] A:983 [A] n:4 [LYS] a:980 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:71 [HIS] A:976 [G] n:69 [ARG] a:973 [G] ❌ 7RYG_n_a
N:71 [HIS] A:977 [A] n:69 [ARG] a:974 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:60 [GLN] A:980 [C] n:62 [ASN] a:977 [C] ❌ 7RYG_n_a
N:59 [ARG] A:979 [C] n:61 [ARG] a:976 [C] ❌ 7RYG_n_a
N:59 [ARG] A:1219 [A] n:61 [ARG] a:1215 [C] ❌ 7RYG_n_a
N:58 [SER] A:979 [C] n:60 [LEU] a:976 [C] ❌ 7RYG_n_a
N:58 [SER] A:1360 [A] n:60 [LEU] a:1357 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:73 [PHE] A:975 [A] n:73 [TYR] a:972 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:73 [PHE] A:976 [G] n:73 [TYR] a:973 [G] ❌ 7RYG_n_a
N:73 [PHE] A:1357 [A] n:73 [TYR] a:1354 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:82 [ILE] A:1202 [U] n:85 [ARG] a:1199 [U] ❌ 7RYG_n_a
N:61 [ARG] A:976 [G] n:63 [ARG] a:973 [G] ❌ 7RYG_n_a
N:61 [ARG] A:977 [A] n:63 [ARG] a:974 [A] ❌ 7RYG_n_a
N:61 [ARG] A:980 [C] n:63 [ARG] a:977 [C] ❌ 7RYG_n_a
N:10 [GLU] A:981 [U] n:8 [ASN] a:978 [U] ❌ 7RYG_n_a
N:6 [MET] A:1048 [G] n:4 [LYS] a:1045 [G] ❌ 7K00_N_A
N:6 [MET] A:1047 [G] n:4 [LYS] a:1044 [G] ❌ 7K00_N_A
N:48 [LEU] A:1220 [G] n:53 [ARG] a:1216 [A] ❌ 7K00_N_A
N:48 [LEU] A:979 [C] n:53 [ARG] a:976 [C] ❌ 7K00_N_A
N:59 [ARG] A:977 [A] n:61 [ARG] a:974 [A] ❌ 7K00_N_A
N:59 [ARG] A:976 [G] n:61 [ARG] a:973 [G] ❌ 7K00_N_A
N:59 [ARG] A:981 [U] n:61 [ARG] a:978 [U] ❌ 7K00_N_A
N:60 [GLN] A:1359 [C] n:62 [ASN] a:1356 [C] ❌ 7K00_N_A
N:61 [ARG] A:982 [U] n:63 [ARG] a:979 [U] ❌ 7K00_N_A
N:69 [ARG] A:1203 [C] n:67 [THR] a:1200 [C] ❌ 7K00_N_A
N:71 [HIS] A:1202 [U] n:69 [ARG] a:1199 [U] ❌ 7K00_N_A
N:71 [HIS] A:973 [G] n:69 [ARG] a:970 [G] ❌ 7K00_N_A
N:74 [LEU] A:975 [A] n:74 [PHE] a:972 [A] ❌ 7K00_N_A
N:10 [GLU] A:994 [A] n:8 [ASN] a:992 [C] ❌ 7K00_N_A
N:82 [ILE] A:1060 [U] n:85 [ARG] a:1057 [U] ❌ 7K00_N_A
N:82 [ILE] A:1059 [C] n:85 [ARG] a:1056 [C] ❌ 7K00_N_A
N:23 [LYS] A:1009 [U] n:19 [LYS] a:1005 [U] ❌ 7RYG_n:19, 7RYG_a:1005 no longer at interface
N:100 [SER] A:1113 [C] n:100 [SER] a:1110 [C] ❌ 7RYG_a:1110 no longer at interface
N:97 [LYS] A:1113 [C] n:97 [VAL] a:1110 [C] ❌ 7RYG_n:97, 7RYG_a:1110 no longer at interface
N:34 [VAL] A:1272 [G] n:29 [ALA] a:1269 [U] ❌ 7RYG_n:29, 7RYG_a:1269 no longer at interface
N:28 [LYS] A:1318 [A] n:24 [ARG] a:1314 [C] ❌ 7K00_A:1318 no longer at interface
N:28 [LYS] A:1315 [U] n:24 [ARG] a:1313 [G] ❌ 7K00_A:1315 no longer at interface
N:33 [ASP] A:1318 [A] n:28 [LYS] a:1314 [C] ❌ 7K00_N:33, 7K00_A:1318 no longer at interface
N:33 [ASP] A:1315 [U] n:28 [LYS] a:1313 [G] ❌ 7K00_N:33, 7K00_A:1315 no longer at interface
N:6 [MET] A:993 [G] n:4 [LYS] a:991 [A] ❌ 7K00_A:993 no longer at interface
N:42 [TRP] A:1318 [A] n:48 [LEU] a:1314 [C] ❌ 7K00_N:42, 7K00_A:1318 no longer at interface
N:48 [LEU] A:1221 [G] n:53 [ARG] a:1217 [G] ❌ 7K00_A:1221 no longer at interface
N:48 [LEU] A:1318 [A] n:53 [ARG] a:1314 [C] ❌ 7K00_A:1318 no longer at interface
N:10 [GLU] A:993 [G] n:8 [ASN] a:991 [A] ❌ 7K00_A:993 no longer at interface
N:81 [ARG] A:973 [G] n:84 [LEU] a:970 [G] ❌ 7RYG_n:84 no longer at interface
N:81 [ARG] A:974 [A] n:84 [LEU] a:971 [A] ❌ 7RYG_n:84 no longer at interface
N:13 [ARG] A:980 [C] n:11 [LEU] a:977 [C] ❌ 7RYG_n:11 no longer at interface
N:13 [ARG] A:981 [U] n:11 [LEU] a:978 [U] ❌ 7RYG_n:11 no longer at interface
N:13 [ARG] A:1218 [C] n:11 [LEU] a:1214 [C] ❌ 7RYG_n:11 no longer at interface
N:9 [ARG] A:980 [C] n:7 [ILE] a:977 [C] ❌ 7RYG_n:7 no longer at interface
N:9 [ARG] A:981 [U] n:7 [ILE] a:978 [U] ❌ 7RYG_n:7 no longer at interface
N:9 [ARG] A:982 [U] n:7 [ILE] a:979 [U] ❌ 7RYG_n:7 no longer at interface
N:9 [ARG] A:983 [A] n:7 [ILE] a:980 [A] ❌ 7RYG_n:7 no longer at interface
N:9 [ARG] A:994 [A] n:7 [ILE] a:992 [C] ❌ 7RYG_n:7 no longer at interface
N:9 [ARG] A:1217 [C] n:7 [ILE] a:1213 [G] ❌ 7RYG_n:7 no longer at interface
N:9 [ARG] A:1218 [C] n:7 [ILE] a:1214 [C] ❌ 7RYG_n:7 no longer at interface
N:70 [PRO] A:976 [G] n:68 [GLY] a:973 [G] ❌ 7RYG_n:68 no longer at interface
N:70 [PRO] A:981 [U] n:68 [GLY] a:978 [U] ❌ 7RYG_n:68 no longer at interface
N:70 [PRO] A:982 [U] n:68 [GLY] a:979 [U] ❌ 7RYG_n:68 no longer at interface
N:70 [PRO] A:1049 [U] n:68 [GLY] a:1046 [U] ❌ 7RYG_n:68 no longer at interface
N:62 [ASN] A:1359 [C] n:64 [CYS] a:1356 [C] ❌ 7RYG_n:64 no longer at interface
N:85 [ARG] A:1059 [C] n:88 [VAL] a:1056 [C] ❌ 7RYG_n:88 no longer at interface
N:85 [ARG] A:1060 [U] n:88 [VAL] a:1057 [U] ❌ 7RYG_n:88 no longer at interface
N:97 [LYS] A:1114 [C] n:97 [VAL] a:1111 [C] ❌ 7RYG_n:97 no longer at interface
N:76 [LYS] A:1358 [U] n:77 [PHE] a:1355 [U] ❌ 7RYG_n:77 no longer at interface
N:83 [LYS] A:1202 [U] n:86 [ASP] a:1199 [U] ❌ 7RYG_n:86 no longer at interface
N:83 [LYS] A:1203 [C] n:86 [ASP] a:1200 [C] ❌ 7RYG_n:86 no longer at interface
N:63 [ARG] A:981 [U] n:65 [GLY] a:978 [U] ❌ 7RYG_n:65 no longer at interface
N:63 [ARG] A:982 [U] n:65 [GLY] a:979 [U] ❌ 7RYG_n:65 no longer at interface
N:86 [GLU] A:1202 [U] n:89 [MET] a:1199 [U] ❌ 7RYG_n:89 no longer at interface
N:80 [SER] A:1202 [U] n:83 [LYS] a:1199 [U] ❌ 7K00_N:80 no longer at interface
N:80 [SER] A:1203 [C] n:83 [LYS] a:1200 [C] ❌ 7K00_N:80 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.92 5.76 0.21 0.94 0.93 0.51 0.88 0.31 0.21 0.14 0.51


Other pairs involving 7K00_N_A or 7RYG_n_a

Total number of entries: 8

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_n_a 7RYG_n_a 0.36 0.95 4.6 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_n_a 7K00_N_A 0.38 0.94 3.26 0.34 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7K00_N_A 0.85 0.98 1.53 0.35 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7RYG_n_a 0.42 0.9 5.09 0.22 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_N_A 7RYG_n_a 0.31 0.92 5.76 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_N_A 7O7Y_AG_A2 0.52 0.89 2.6 0.15 LIM domain-like compare
7K00_N_A 7PJS_n_a 0.97 1.0 0.63 0.98 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7PJS_n_a 7RYG_n_a 0.34 0.91 6.29 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare