RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group103 > 7PJS_n_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7PJS_n
7PJS_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
n:1 [ALA] a:1048 [G] 4.44 a:1209 [C] 85.31
n:1 [ALA] a:1049 [U] 3.91 85.31
n:1 [ALA] a:1202 [U] 3.84 85.31
n:1 [ALA] a:1203 [C] 2.71 a:1057 [G] 85.31
n:2 [LYS] a:983 [A] 4.86 a:1222 [G] 72.52
n:2 [LYS] a:1048 [G] 3.26 a:1209 [C] 72.52
n:2 [LYS] a:1049 [U] 3.39 72.52
n:2 [LYS] a:1050 [G] 4.49 a:1208 [C] 72.52
n:2 [LYS] a:1215 [G] 4.57 a:990 [C] 72.52
n:2 [LYS] a:1216 [A] 2.97 a:989 [U] 72.52
n:3 [GLN] a:994 [A] 4.05 54.49
n:3 [GLN] a:995 [C] 3.44 a:1046 [A] sugar:SC 54.49
n:3 [GLN] a:1047 [G] 3.79 a:1210 [C] 54.49
n:3 [GLN] a:1048 [G] 2.69 a:1209 [C] 54.49
n:4 [SER] a:994 [A] 3.48 76.06
n:4 [SER] a:1048 [G] 4.9 a:1209 [C] 76.06
n:4 [SER] a:1215 [G] 4.99 a:990 [C] 76.06
n:4 [SER] a:1216 [A] 2.71 a:989 [U] 76.06
n:4 [SER] a:1217 [C] 3.4 a:988 [G] 76.06
n:5 [MET] a:981 [U] 3.3 20.81
n:5 [MET] a:982 [U] 3.45 20.81
n:5 [MET] a:983 [A] 3.93 a:1222 [G] 20.81
n:5 [MET] a:1217 [C] 4.87 a:988 [G] 20.81
n:7 [ALA] a:994 [A] 4.43 5.68
n:7 [ALA] a:995 [C] 3.7 a:1046 [A] 5.68
n:8 [ARG] a:980 [C] 4.94 79.01
n:8 [ARG] a:981 [U] 2.66 79.01
n:8 [ARG] a:982 [U] 4.31 79.01
n:8 [ARG] a:983 [A] 3.49 a:1222 [G] 79.01
n:8 [ARG] a:1216 [A] 4.92 a:989 [U] 79.01
n:8 [ARG] a:1217 [C] 2.65 a:988 [G] 79.01
n:8 [ARG] a:1218 [C] 3.87 a:987 [G] 79.01
n:9 [GLU] a:980 [C] 4.92 76.34
n:9 [GLU] a:981 [U] 4.64 76.34
n:11 [LYS] a:1217 [C] 4.59 a:988 [G] 62.43
n:11 [LYS] a:1218 [C] 4.28 a:987 [G] 62.43
n:12 [ARG] a:980 [C] 2.54 81.98
n:12 [ARG] a:981 [U] 2.95 81.98
n:12 [ARG] a:1218 [C] 4.81 a:987 [G] 81.98
n:18 [LYS] a:1007 [U] 3.82 a:1022 [A] 60.08
n:18 [LYS] a:1008 [U] 3.54 a:1021 [A] 60.08
n:20 [PHE] a:1257 [A] 3.42 base/AA stacks 69.45
n:22 [LYS] a:1008 [U] 4.88 a:1021 [A] 52.04
n:22 [LYS] a:1009 [U] 3.53 a:1020 [G] 52.04
n:23 [ARG] a:1316 [G] 4.55 91.16
n:23 [ARG] a:1317 [C] 2.63 sugar:SC 91.16
n:27 [LYS] a:1316 [G] 3.54 66.84
n:27 [LYS] a:1317 [C] 3.12 66.84
n:31 [SER] a:1272 [G] 3.75 a:1263 [C] 46.1
n:45 [VAL] a:1317 [C] 4.65 7.26
n:48 [LEU] a:1317 [C] 3.68 79.38
n:49 [GLN] a:1317 [C] 3.2 59.61
n:53 [ARG] a:979 [C] 3.78 71.11
n:53 [ARG] a:1219 [A] 3.11 a:986 [U] 71.11
n:53 [ARG] a:1220 [G] 2.9 a:985 [C] 71.11
n:53 [ARG] a:1317 [C] 3.22 base/AA stacks 71.11
n:54 [ASP] a:1218 [C] 4.14 a:987 [G] 68.55
n:56 [SER] a:1316 [G] 3.09 81.15
n:56 [SER] a:1317 [C] 2.73 81.15
n:57 [PRO] a:1317 [C] 3.65 28.07
n:58 [SER] a:979 [C] 3.14 base:BB 65.96
n:58 [SER] a:980 [C] 4.06 65.96
n:58 [SER] a:1316 [G] 3.48 65.96
n:58 [SER] a:1360 [A] 3.01 a:978 [A] 65.96
n:59 [ARG] a:979 [C] 3.23 sugar:SC 86.03
n:59 [ARG] a:980 [C] 2.67 sugar:BB 86.03
n:59 [ARG] a:1219 [A] 4.02 a:986 [U] 86.03
n:59 [ARG] a:1317 [C] 4.42 86.03
n:60 [GLN] a:980 [C] 4.78 59.79
n:60 [GLN] a:1360 [A] 4.91 a:978 [A] 59.79
n:61 [ARG] a:976 [G] 3.87 a:1359 [C] 57.95
n:61 [ARG] a:977 [A] 2.93 57.95
n:61 [ARG] a:980 [C] 4.31 57.95
n:61 [ARG] a:981 [U] 3.34 57.95
n:62 [ASN] a:1358 [U] 4.81 a:1363 [A] 90.6
n:62 [ASN] a:1359 [C] 2.64 a:976 [G] 90.6
n:63 [ARG] a:981 [U] 3.54 98.37
n:63 [ARG] a:982 [U] 2.9 98.37
n:67 [THR] a:1202 [U] 3.21 sugar:SC 93.03
n:67 [THR] a:1203 [C] 3.89 a:1057 [G] 93.03
n:69 [ARG] a:973 [G] 3.0 a:962 [C] sugar:SC 96.78
n:69 [ARG] a:974 [A] 2.94 96.78
n:69 [ARG] a:1202 [U] 3.11 sugar:SC 96.78
n:70 [PRO] a:976 [G] 4.67 a:1359 [C] 66.79
n:70 [PRO] a:981 [U] 3.68 66.79
n:70 [PRO] a:982 [U] 3.59 66.79
n:70 [PRO] a:1049 [U] 4.27 66.79
n:71 [HIS] a:974 [A] 3.0 base/AA stacks 82.89
n:71 [HIS] a:976 [G] 2.59 a:1359 [C] 82.89
n:71 [HIS] a:977 [A] 3.06 82.89
n:72 [GLY] a:974 [A] 3.67 77.56
n:72 [GLY] a:975 [A] 3.23 77.56
n:72 [GLY] a:976 [G] 3.15 a:1359 [C] 77.56
n:73 [PHE] a:975 [A] 4.59 64.59
n:73 [PHE] a:976 [G] 4.62 a:1359 [C] 64.59
n:73 [PHE] a:1357 [A] 4.64 a:1365 [G] 64.59
n:73 [PHE] a:1358 [U] 3.11 a:1363 [A] 64.59
n:73 [PHE] a:1359 [C] 3.85 a:976 [G] 64.59
n:74 [LEU] a:1357 [A] 3.87 a:1365 [G] 58.52
n:74 [LEU] a:1358 [U] 3.64 a:1363 [A] 58.52
n:75 [ARG] a:1357 [A] 4.74 a:1365 [G] 76.33
n:75 [ARG] a:1358 [U] 2.62 a:1363 [A] 76.33
n:75 [ARG] a:1359 [C] 2.36 a:976 [G] 76.33
n:75 [ARG] a:1360 [A] 2.67 a:978 [A] 76.33
n:76 [LYS] a:1358 [U] 4.5 a:1363 [A] 12.75
n:81 [ARG] a:973 [G] 3.1 a:962 [C] 99.0
n:81 [ARG] a:974 [A] 2.89 99.0
n:82 [ILE] a:1202 [U] 3.37 70.58
n:83 [LYS] a:1202 [U] 3.92 30.61
n:83 [LYS] a:1203 [C] 4.24 a:1057 [G] 30.61
n:85 [ARG] a:1059 [C] 3.03 a:1198 [G] 98.23
n:85 [ARG] a:1060 [U] 2.27 a:1197 [A] 98.23
n:98 [LYS] a:1188 [A] 2.97 89.97
n:98 [LYS] a:1189 [U] 2.74 89.97
n:99 [ALA] a:1187 [G] 4.74 a:1113 [C] 78.12
n:99 [ALA] a:1188 [A] 4.64 78.12
n:100 [SER] a:1114 [C] 2.61 a:1186 [G] sugar:BB 93.51
n:100 [SER] a:1115 [U] 3.82 a:1185 [G] 93.51
n:100 [SER] a:1186 [G] 3.48 a:1114 [C] 93.51
n:100 [SER] a:1187 [G] 2.59 a:1113 [C] base:SC, base:SC, sugar:SC 93.51
n:100 [SER] a:1188 [A] 4.02 93.51
n:101 [TRP] a:1114 [C] 4.31 a:1186 [G] 87.14
n:101 [TRP] a:1115 [U] 3.13 a:1185 [G] sugar:BB 87.14
n:101 [TRP] a:1185 [G] 4.8 a:1115 [U] 87.14
n:101 [TRP] a:1186 [G] 3.44 a:1114 [C] base:SC 87.14
n:101 [TRP] a:1187 [G] 4.08 a:1113 [C] 87.14
n:101 [TRP] a:1368 [A] 3.61 a:1354 [U] 87.14
n:101 [TRP] a:1369 [C] 2.98 a:1353 [G] 87.14

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group103 7PJS_n_a n: 30s ribosomal protein s14, Escherichia coli (natural) a: 16s ribosomal RNA, Escherichia coli (natural) C3SR07 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_n_a 7PJS_n_a 0.17 0.94 3.35 0.17 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7PJS_n_a 7RYG_n_a 0.34 0.91 6.29 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7PJS_n_a 0.83 0.98 1.63 0.32 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_N_A 7PJS_n_a 0.97 1.0 0.63 0.98 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare