RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group103 > 7RYG_n_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7RYG_n
7RYG_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
n:2 [ALA] a:1045 [G] 4.84 a:1206 [C] 84.81
n:2 [ALA] a:1046 [U] 4.19 84.81
n:2 [ALA] a:1199 [U] 3.81 84.81
n:2 [ALA] a:1200 [C] 2.95 a:1054 [G] 84.81
n:3 [LYS] a:980 [A] 4.84 77.02
n:3 [LYS] a:1045 [G] 3.96 a:1206 [C] 77.02
n:3 [LYS] a:1046 [U] 3.64 sugar:SC 77.02
n:3 [LYS] a:1047 [G] 3.94 a:1205 [C] 77.02
n:3 [LYS] a:1213 [G] 3.77 a:986 [C] 77.02
n:4 [LYS] a:991 [A] 4.15 47.66
n:4 [LYS] a:1044 [G] 3.24 a:1207 [C] 47.66
n:4 [LYS] a:1045 [G] 3.55 a:1206 [C] 47.66
n:5 [GLY] a:991 [A] 4.01 72.3
n:5 [GLY] a:1213 [G] 4.83 a:986 [C] 72.3
n:5 [GLY] a:1214 [C] 3.82 a:985 [G] 72.3
n:6 [MET] a:978 [U] 3.27 36.58
n:6 [MET] a:979 [U] 3.48 36.58
n:6 [MET] a:980 [A] 3.92 36.58
n:8 [ASN] a:991 [A] 2.66 base:SC 3.5
n:8 [ASN] a:992 [C] 4.44 a:1043 [A] 3.5
n:9 [ARG] a:977 [C] 4.67 77.95
n:9 [ARG] a:978 [U] 2.81 77.95
n:9 [ARG] a:979 [U] 4.69 77.95
n:9 [ARG] a:980 [A] 3.96 77.95
n:9 [ARG] a:1214 [C] 3.07 a:985 [G] 77.95
n:9 [ARG] a:1215 [C] 4.05 a:984 [G] 77.95
n:12 [LYS] a:1214 [C] 3.63 a:985 [G] 57.85
n:12 [LYS] a:1215 [C] 3.34 a:984 [G] 57.85
n:13 [ARG] a:977 [C] 3.18 81.0
n:13 [ARG] a:978 [U] 3.94 81.0
n:13 [ARG] a:1215 [C] 4.69 a:984 [G] 81.0
n:24 [ARG] a:1313 [G] 4.96 a:975 [A] 91.44
n:24 [ARG] a:1314 [C] 3.42 a:976 [C] 91.44
n:28 [LYS] a:1313 [G] 3.86 a:975 [A] 73.96
n:28 [LYS] a:1314 [C] 3.37 a:976 [C] 73.96
n:48 [LEU] a:1314 [C] 4.31 a:976 [C] 78.28
n:49 [GLN] a:1314 [C] 3.33 a:976 [C] 52.85
n:49 [GLN] a:1315 [A] 4.49 52.85
n:53 [ARG] a:976 [C] 4.35 a:1314 [C] 72.5
n:53 [ARG] a:1216 [A] 3.32 a:983 [U] 72.5
n:53 [ARG] a:1217 [G] 3.08 a:982 [C] 72.5
n:53 [ARG] a:1314 [C] 4.0 a:976 [C] 72.5
n:56 [SER] a:1313 [G] 3.74 a:975 [A] 82.16
n:56 [SER] a:1314 [C] 2.79 a:976 [C] 82.16
n:57 [PRO] a:1314 [C] 4.37 a:976 [C] 26.03
n:58 [VAL] a:976 [C] 3.14 a:1314 [C] base:BB 57.75
n:58 [VAL] a:977 [C] 4.18 57.75
n:58 [VAL] a:1313 [G] 3.89 a:975 [A] 57.75
n:58 [VAL] a:1315 [A] 3.97 57.75
n:58 [VAL] a:1357 [A] 3.72 57.75
n:59 [ARG] a:976 [C] 2.35 a:1314 [C] base:SC 88.02
n:59 [ARG] a:977 [C] 3.15 sugar:BB 88.02
n:59 [ARG] a:1216 [A] 4.39 a:983 [U] 88.02
n:59 [ARG] a:1314 [C] 3.87 a:976 [C] 88.02
n:60 [LEU] a:977 [C] 4.56 52.91
n:61 [ARG] a:973 [G] 4.36 a:1356 [C] 63.1
n:61 [ARG] a:974 [A] 3.5 63.1
n:61 [ARG] a:977 [C] 4.73 63.1
n:61 [ARG] a:978 [U] 3.6 63.1
n:62 [ASN] a:1356 [C] 3.11 a:973 [G] 87.48
n:63 [ARG] a:978 [U] 3.34 97.76
n:63 [ARG] a:979 [U] 3.26 97.76
n:67 [THR] a:1199 [U] 3.09 sugar:SC 90.52
n:67 [THR] a:1200 [C] 4.32 a:1054 [G] 90.52
n:69 [ARG] a:970 [G] 3.56 a:959 [C] sugar:SC 96.9
n:69 [ARG] a:971 [A] 3.56 96.9
n:69 [ARG] a:1199 [U] 3.33 sugar:SC 96.9
n:70 [PRO] a:973 [G] 4.84 a:1356 [C] 73.34
n:70 [PRO] a:978 [U] 3.9 73.34
n:70 [PRO] a:979 [U] 4.1 73.34
n:71 [HIS] a:971 [A] 3.33 base/AA stacks 87.61
n:71 [HIS] a:973 [G] 2.55 a:1356 [C] 87.61
n:71 [HIS] a:974 [A] 3.87 87.61
n:72 [GLY] a:971 [A] 4.56 77.4
n:72 [GLY] a:972 [A] 3.59 77.4
n:72 [GLY] a:973 [G] 3.43 a:1356 [C] 77.4
n:73 [TYR] a:1355 [U] 4.8 a:1360 [A] 78.77
n:73 [TYR] a:1356 [C] 3.79 a:973 [G] 78.77
n:74 [PHE] a:972 [A] 4.55 49.59
n:74 [PHE] a:1354 [A] 4.26 a:1362 [G] 49.59
n:74 [PHE] a:1355 [U] 3.92 a:1360 [A] 49.59
n:75 [ARG] a:1354 [A] 4.92 a:1362 [G] 87.72
n:75 [ARG] a:1355 [U] 2.95 a:1360 [A] 87.72
n:75 [ARG] a:1356 [C] 2.96 a:973 [G] base/AA stacks 87.72
n:75 [ARG] a:1357 [A] 2.6 87.72
n:76 [LYS] a:1355 [U] 4.68 a:1360 [A] 14.13
n:81 [ARG] a:970 [G] 2.89 a:959 [C] sugar:SC 99.0
n:81 [ARG] a:971 [A] 3.2 99.0
n:82 [ASN] a:1199 [U] 3.6 base/AA stacks 71.98
n:83 [LYS] a:1199 [U] 4.0 base:SC 33.81
n:83 [LYS] a:1200 [C] 3.76 a:1054 [G] 33.81
n:85 [ARG] a:1056 [C] 3.19 a:1195 [G] 98.11
n:85 [ARG] a:1057 [U] 2.73 a:1194 [A] 98.11
n:98 [LYS] a:1185 [A] 3.97 90.66
n:98 [LYS] a:1186 [C] 3.78 90.66
n:99 [ALA] a:1184 [G] 4.71 a:1110 [C] 83.0
n:100 [SER] a:1111 [C] 2.93 a:1183 [G] sugar:BB 93.62
n:100 [SER] a:1112 [U] 4.61 a:1182 [G] 93.62
n:100 [SER] a:1183 [G] 4.94 a:1111 [C] 93.62
n:100 [SER] a:1184 [G] 3.22 a:1110 [C] base:SC 93.62
n:100 [SER] a:1185 [A] 4.22 93.62
n:101 [TRP] a:1111 [C] 4.36 a:1183 [G] 94.96
n:101 [TRP] a:1112 [U] 3.73 a:1182 [G] 94.96
n:101 [TRP] a:1183 [G] 3.57 a:1111 [C] base:BB 94.96
n:101 [TRP] a:1184 [G] 3.83 a:1110 [C] 94.96
n:101 [TRP] a:1365 [G] 3.95 a:1351 [C] 94.96
n:101 [TRP] a:1366 [C] 3.32 a:1350 [G] 94.96

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group103 7RYG_n_a n: 30s ribosomal protein s14, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) B7IA26 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_n_a 7RYG_n_a 0.36 0.95 4.6 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7RYG_n_a 0.42 0.9 5.09 0.22 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_N_A 7RYG_n_a 0.31 0.92 5.76 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7PJS_n_a 7RYG_n_a 0.34 0.91 6.29 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare