RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group104 > 4Y4O_1o_1a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1o
4Y4O_1a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1o:2 [PRO] 1a:739 [C] 4.02 1a:667 [G] 35.2
1o:2 [PRO] 1a:740 [U] 3.43 1a:666 [G] 35.2
1o:3 [ILE] 1a:740 [U] 4.97 1a:666 [G] 45.11
1o:5 [LYS] 1a:660 [G] 2.72 1a:745 [C] 24.89
1o:5 [LYS] 1a:661 [G] 3.72 1a:744 [C] 24.89
1o:8 [LYS] 1a:658 [G] 2.62 1a:747 [C] 70.16
1o:8 [LYS] 1a:659 [U] 3.12 1a:746 [A] 70.16
1o:9 [GLN] 1a:658 [G] 4.45 1a:747 [C] 41.16
1o:9 [GLN] 1a:659 [U] 3.03 1a:746 [A] 41.16
1o:12 [ILE] 1a:658 [G] 3.74 1a:747 [C] 70.29
1o:12 [ILE] 1a:659 [U] 4.08 1a:746 [A] 70.29
1o:18 [PHE] 1a:750 [G] 3.2 1a:656 [C] 70.95
1o:18 [PHE] 1a:751 [U] 3.35 1a:655 [A] 70.95
1o:20 [GLY] 1a:750 [G] 4.96 1a:656 [C] 43.95
1o:21 [ASP] 1a:750 [G] 2.84 1a:656 [C] sugar:SC 93.45
1o:21 [ASP] 1a:751 [U] 4.03 1a:655 [A] 93.45
1o:22 [THR] 1a:657 [G] 3.3 1a:749 [C] base:SC 87.07
1o:22 [THR] 1a:658 [G] 3.6 1a:747 [C] 87.07
1o:22 [THR] 1a:749 [C] 4.35 1a:657 [G] 87.07
1o:22 [THR] 1a:750 [G] 2.14 1a:656 [C] sugar:SC, sugar:BB 87.07
1o:22 [THR] 1a:751 [U] 4.21 1a:655 [A] 87.07
1o:23 [GLY] 1a:656 [C] 4.86 1a:750 [G] 97.65
1o:23 [GLY] 1a:657 [G] 3.24 1a:749 [C] 97.65
1o:23 [GLY] 1a:658 [G] 4.41 1a:747 [C] 97.65
1o:23 [GLY] 1a:750 [G] 2.79 1a:656 [C] base:BB 97.65
1o:23 [GLY] 1a:751 [U] 3.11 1a:655 [A] 97.65
1o:24 [SER] 1a:750 [G] 4.2 1a:656 [C] 95.32
1o:24 [SER] 1a:751 [U] 3.55 1a:655 [A] 95.32
1o:25 [THR] 1a:751 [U] 4.06 1a:655 [A] 61.34
1o:27 [VAL] 1a:657 [G] 4.93 1a:749 [C] 83.72
1o:28 [GLN] 1a:656 [C] 2.17 1a:750 [G] sugar:SC 98.77
1o:28 [GLN] 1a:657 [G] 3.32 1a:749 [C] 98.77
1o:28 [GLN] 1a:750 [G] 3.58 1a:656 [C] base:SC 98.77
1o:28 [GLN] 1a:751 [U] 4.27 1a:655 [A] 98.77
1o:31 [LEU] 1a:657 [G] 3.94 1a:749 [C] 60.57
1o:31 [LEU] 1a:658 [G] 3.78 1a:747 [C] 60.57
1o:35 [ARG] 1a:741 [G] 2.81 1a:664 [G] 71.1
1o:35 [ARG] 1a:742 [G] 2.8 1a:663 [A] 71.1
1o:38 [ARG] 1a:740 [U] 4.08 1a:666 [G] 35.59
1o:39 [LEU] 1a:740 [U] 4.04 1a:666 [G] 78.79
1o:39 [LEU] 1a:741 [G] 3.71 1a:664 [G] 78.79
1o:42 [HIS] 1a:667 [G] 3.71 1a:739 [C] 98.05
1o:42 [HIS] 1a:739 [C] 2.81 1a:667 [G] sugar:SC 98.05
1o:42 [HIS] 1a:740 [U] 3.41 1a:666 [G] 98.05
1o:46 [HIS] 1a:668 [G] 2.63 1a:738 [C] sugar:SC 78.04
1o:46 [HIS] 1a:669 [U] 3.23 1a:737 [A] 78.04
1o:46 [HIS] 1a:739 [C] 4.32 1a:667 [G] 78.04
1o:48 [LYS] 1a:667 [G] 4.22 1a:739 [C] 78.91
1o:48 [LYS] 1a:668 [G] 3.29 1a:738 [C] 78.91
1o:48 [LYS] 1a:669 [U] 4.77 1a:737 [A] 78.91
1o:48 [LYS] 1a:808 [C] 3.74 1a:771 [G] 78.91
1o:48 [LYS] 1a:809 [G] 3.58 1a:770 [C] 78.91
1o:49 [ASP] 1a:666 [G] 4.39 1a:740 [U] 98.02
1o:49 [ASP] 1a:667 [G] 2.55 1a:739 [C] base:SC, sugar:SC 98.02
1o:49 [ASP] 1a:668 [G] 3.5 1a:738 [C] 98.02
1o:49 [ASP] 1a:740 [U] 4.18 1a:666 [G] 98.02
1o:50 [HIS] 1a:667 [G] 3.94 1a:739 [C] 0.78
1o:50 [HIS] 1a:728 [A] 4.88 0.78
1o:50 [HIS] 1a:764 [C] 3.34 1a:577 [G] 0.78
1o:50 [HIS] 1a:765 [G] 3.67 1a:816 [A] 0.78
1o:51 [HIS] 1a:666 [G] 3.55 1a:740 [U] 42.91
1o:51 [HIS] 1a:667 [G] 3.46 1a:739 [C] 42.91
1o:51 [HIS] 1a:727 [G] 4.47 1a:730 [G] 42.91
1o:51 [HIS] 1a:728 [A] 4.42 42.91
1o:51 [HIS] 1a:729 [A] 3.45 42.91
1o:51 [HIS] 1a:730 [G] 2.66 1a:727 [G] base:SC 42.91
1o:51 [HIS] 1a:741 [G] 3.7 1a:664 [G] sugar:BB 42.91
1o:52 [SER] 1a:666 [G] 3.31 1a:740 [U] base:SC 77.38
1o:52 [SER] 1a:667 [G] 4.22 1a:739 [C] 77.38
1o:52 [SER] 1a:740 [U] 2.93 1a:666 [G] sugar:SC 77.38
1o:52 [SER] 1a:741 [G] 3.37 1a:664 [G] 77.38
1o:53 [HIS] 1a:763 [G] 3.93 1a:578 [C] 66.22
1o:54 [ARG] 1a:579 [G] 2.75 1a:762 [C] sugar:SC 76.98
1o:54 [ARG] 1a:580 [U] 3.21 1a:761 [G] 76.98
1o:54 [ARG] 1a:727 [G] 4.21 1a:730 [G] 76.98
1o:54 [ARG] 1a:728 [A] 3.35 base/AA stacks 76.98
1o:54 [ARG] 1a:741 [G] 4.66 1a:664 [G] 76.98
1o:54 [ARG] 1a:742 [G] 4.23 1a:663 [A] 76.98
1o:55 [GLY] 1a:741 [G] 3.31 1a:664 [G] 59.46
1o:55 [GLY] 1a:742 [G] 4.34 1a:663 [A] 59.46
1o:57 [LEU] 1a:579 [G] 4.16 1a:762 [C] 43.61
1o:57 [LEU] 1a:580 [U] 4.08 1a:761 [G] 43.61
1o:57 [LEU] 1a:581 [G] 4.27 1a:760 [G] 43.61
1o:58 [MET] 1a:580 [U] 3.97 1a:761 [G] 34.76
1o:58 [MET] 1a:581 [G] 4.32 1a:760 [G] 34.76
1o:58 [MET] 1a:741 [G] 4.17 1a:664 [G] 34.76
1o:58 [MET] 1a:742 [G] 3.38 1a:663 [A] 34.76
1o:59 [MET] 1a:741 [G] 3.38 1a:664 [G] 40.43
1o:59 [MET] 1a:742 [G] 3.33 1a:663 [A] 40.43
1o:61 [GLY] 1a:580 [U] 4.77 1a:761 [G] 62.37
1o:61 [GLY] 1a:581 [G] 3.15 1a:760 [G] 62.37
1o:62 [GLN] 1a:581 [G] 4.28 1a:760 [G] 66.18
1o:62 [GLN] 1a:656 [C] 3.73 1a:750 [G] 66.18
1o:62 [GLN] 1a:755 [G] 4.3 1a:586 [C] 66.18
1o:64 [ARG] 1a:581 [G] 4.18 1a:760 [G] 68.53
1o:64 [ARG] 1a:582 [U] 2.69 1a:759 [A] 68.53
1o:65 [ARG] 1a:581 [G] 3.11 1a:760 [G] 68.87
1o:65 [ARG] 1a:754 [C] 3.92 1a:654 [G] 68.87
1o:65 [ARG] 1a:755 [G] 3.21 1a:586 [C] 68.87
1o:65 [ARG] 1a:756 [C] 4.94 1a:585 [G] 68.87
1o:66 [LEU] 1a:656 [C] 4.63 1a:750 [G] 61.61
1o:66 [LEU] 1a:754 [C] 3.63 1a:654 [G] 61.61
1o:66 [LEU] 1a:755 [G] 4.79 1a:586 [C] 61.61
1o:68 [ARG] 1a:582 [U] 2.79 1a:759 [A] 55.94
1o:69 [TYR] 1a:752 [G] 3.19 86.29
1o:69 [TYR] 1a:753 [A] 2.94 1a:652 [U] 86.29
1o:69 [TYR] 1a:754 [C] 3.38 1a:654 [G] 86.29
1o:72 [ARG] 1a:754 [C] 4.47 1a:654 [G] 63.44
1o:73 [GLU] 1a:753 [A] 3.97 1a:652 [U] 47.42

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group104 4Y4O_1o_1a 1o: 30s ribosomal protein s15, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1a: 16s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) Q5SJ76 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1o_1a 7RYG_o_a 0.84 0.92 2.14 0.59 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 6S0X_o_a 0.58 0.95 2.6 0.57 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 4YBB_AO_AA 0.81 0.96 2.58 0.6 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7K00_O_A 0.82 0.98 1.4 0.61 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7O7Y_Am_A2 0.65 0.92 2.67 0.17 S15/NS1 RNA-binding domain compare