RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group104 > 4Y4O_1o_1a vs 4YBB_AO_AA

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1o
4Y4O_1a
4YBB_AO
4YBB_AA
Conserved?
1o:55 [GLY] 1a:741 [G] AO:55 [GLY] AA:741 [G] ✔
1o:55 [GLY] 1a:742 [G] AO:55 [GLY] AA:742 [G] ✔
1o:31 [LEU] 1a:657 [G] AO:31 [LEU] AA:657 [U] ✔
1o:31 [LEU] 1a:658 [G] AO:31 [LEU] AA:658 [C] ✔
1o:52 [SER] 1a:666 [G] AO:52 [SER] AA:666 [G] ✔
1o:52 [SER] 1a:667 [G] AO:52 [SER] AA:667 [G] ✔
1o:52 [SER] 1a:740 [U] AO:52 [SER] AA:740 [U] ✔
1o:52 [SER] 1a:741 [G] AO:52 [SER] AA:741 [G] ✔
1o:20 [GLY] 1a:750 [G] AO:20 [ASN] AA:750 [C] ✔
1o:54 [ARG] 1a:579 [G] AO:54 [ARG] AA:579 [A] ✔
1o:54 [ARG] 1a:580 [U] AO:54 [ARG] AA:580 [C] ✔
1o:54 [ARG] 1a:727 [G] AO:54 [ARG] AA:727 [G] ✔
1o:54 [ARG] 1a:728 [A] AO:54 [ARG] AA:728 [A] ✔
1o:54 [ARG] 1a:741 [G] AO:54 [ARG] AA:741 [G] ✔
1o:39 [LEU] 1a:740 [U] AO:39 [LEU] AA:740 [U] ✔
1o:39 [LEU] 1a:741 [G] AO:39 [LEU] AA:741 [G] ✔
1o:49 [ASP] 1a:666 [G] AO:49 [ASP] AA:666 [G] ✔
1o:49 [ASP] 1a:667 [G] AO:49 [ASP] AA:667 [G] ✔
1o:49 [ASP] 1a:668 [G] AO:49 [ASP] AA:668 [G] ✔
1o:49 [ASP] 1a:740 [U] AO:49 [ASP] AA:740 [U] ✔
1o:69 [TYR] 1a:752 [G] AO:69 [TYR] AA:752 [G] ✔
1o:69 [TYR] 1a:753 [A] AO:69 [TYR] AA:753 [A] ✔
1o:69 [TYR] 1a:754 [C] AO:69 [TYR] AA:754 [C] ✔
1o:42 [HIS] 1a:667 [G] AO:42 [HIS] AA:667 [G] ✔
1o:42 [HIS] 1a:739 [C] AO:42 [HIS] AA:739 [C] ✔
1o:42 [HIS] 1a:740 [U] AO:42 [HIS] AA:740 [U] ✔
1o:21 [ASP] 1a:750 [G] AO:21 [ASP] AA:750 [C] ✔
1o:21 [ASP] 1a:751 [U] AO:21 [ASP] AA:751 [U] ✔
1o:59 [MET] 1a:741 [G] AO:59 [MET] AA:741 [G] ✔
1o:59 [MET] 1a:742 [G] AO:59 [MET] AA:742 [G] ✔
1o:65 [ARG] 1a:581 [G] AO:65 [LYS] AA:581 [G] ✔
1o:65 [ARG] 1a:754 [C] AO:65 [LYS] AA:754 [C] ✔
1o:65 [ARG] 1a:755 [G] AO:65 [LYS] AA:755 [G] ✔
1o:65 [ARG] 1a:756 [C] AO:65 [LYS] AA:756 [C] ✔
1o:8 [LYS] 1a:658 [G] AO:8 [THR] AA:658 [C] ✔
1o:8 [LYS] 1a:659 [U] AO:8 [THR] AA:659 [U] ✔
1o:22 [THR] 1a:657 [G] AO:22 [THR] AA:657 [U] ✔
1o:22 [THR] 1a:658 [G] AO:22 [THR] AA:658 [C] ✔
1o:22 [THR] 1a:749 [C] AO:22 [THR] AA:749 [A] ✔
1o:22 [THR] 1a:750 [G] AO:22 [THR] AA:750 [C] ✔
1o:35 [ARG] 1a:741 [G] AO:35 [GLN] AA:741 [G] ✔
1o:61 [GLY] 1a:580 [U] AO:61 [SER] AA:580 [C] ✔
1o:61 [GLY] 1a:581 [G] AO:61 [SER] AA:581 [G] ✔
1o:62 [GLN] 1a:656 [C] AO:62 [GLN] AA:656 [G] ✔
1o:48 [LYS] 1a:667 [G] AO:48 [LYS] AA:667 [G] ✔
1o:48 [LYS] 1a:668 [G] AO:48 [LYS] AA:668 [G] ✔
1o:48 [LYS] 1a:808 [C] AO:48 [LYS] AA:808 [C] ✔
1o:48 [LYS] 1a:809 [G] AO:48 [LYS] AA:809 [G] ✔
1o:46 [HIS] 1a:668 [G] AO:46 [HIS] AA:668 [G] ✔
1o:46 [HIS] 1a:669 [U] AO:46 [HIS] AA:669 [G] ✔
1o:46 [HIS] 1a:739 [C] AO:46 [HIS] AA:739 [C] ✔
1o:50 [HIS] 1a:667 [G] AO:50 [HIS] AA:667 [G] ✔
1o:50 [HIS] 1a:764 [C] AO:50 [HIS] AA:764 [C] ✔
1o:50 [HIS] 1a:765 [G] AO:50 [HIS] AA:765 [G] ✔
1o:24 [SER] 1a:750 [G] AO:24 [SER] AA:750 [C] ✔
1o:24 [SER] 1a:751 [U] AO:24 [SER] AA:751 [U] ✔
1o:73 [GLU] 1a:753 [A] AO:73 [LYS] AA:753 [A] ✔
1o:27 [VAL] 1a:657 [G] AO:27 [VAL] AA:657 [U] ✔
1o:23 [GLY] 1a:656 [C] AO:23 [GLY] AA:656 [G] ✔
1o:23 [GLY] 1a:657 [G] AO:23 [GLY] AA:657 [U] ✔
1o:23 [GLY] 1a:750 [G] AO:23 [GLY] AA:750 [C] ✔
1o:23 [GLY] 1a:751 [U] AO:23 [GLY] AA:751 [U] ✔
1o:5 [LYS] 1a:660 [G] AO:5 [THR] AA:660 [C] ✔
1o:38 [ARG] 1a:740 [U] AO:38 [HIS] AA:740 [U] ✔
1o:51 [HIS] 1a:666 [G] AO:51 [HIS] AA:666 [G] ✔
1o:51 [HIS] 1a:667 [G] AO:51 [HIS] AA:667 [G] ✔
1o:51 [HIS] 1a:727 [G] AO:51 [HIS] AA:727 [G] ✔
1o:51 [HIS] 1a:728 [A] AO:51 [HIS] AA:728 [A] ✔
1o:51 [HIS] 1a:729 [A] AO:51 [HIS] AA:729 [A] ✔
1o:51 [HIS] 1a:730 [G] AO:51 [HIS] AA:730 [G] ✔
1o:51 [HIS] 1a:741 [G] AO:51 [HIS] AA:741 [G] ✔
1o:66 [LEU] 1a:656 [C] AO:66 [LEU] AA:656 [G] ✔
1o:66 [LEU] 1a:754 [C] AO:66 [LEU] AA:754 [C] ✔
1o:25 [THR] 1a:751 [U] AO:25 [THR] AA:751 [U] ✔
1o:28 [GLN] 1a:656 [C] AO:28 [GLN] AA:656 [G] ✔
1o:28 [GLN] 1a:657 [G] AO:28 [GLN] AA:657 [U] ✔
1o:28 [GLN] 1a:751 [U] AO:28 [GLN] AA:751 [U] ✔
1o:72 [ARG] 1a:754 [C] AO:72 [ARG] AA:754 [C] ✔
1o:58 [MET] 1a:580 [U] AO:58 [ARG] AA:580 [C] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:58 [MET] 1a:581 [G] AO:58 [ARG] AA:581 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:58 [MET] 1a:741 [G] AO:58 [ARG] AA:741 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:58 [MET] 1a:742 [G] AO:58 [ARG] AA:742 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:54 [ARG] 1a:742 [G] AO:54 [ARG] AA:742 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:57 [LEU] 1a:579 [G] AO:57 [LEU] AA:579 [A] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:57 [LEU] 1a:580 [U] AO:57 [LEU] AA:580 [C] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:57 [LEU] 1a:581 [G] AO:57 [LEU] AA:581 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:22 [THR] 1a:751 [U] AO:22 [THR] AA:751 [U] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:35 [ARG] 1a:742 [G] AO:35 [GLN] AA:742 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:2 [PRO] 1a:739 [C] AO:2 [SER] AA:739 [C] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:2 [PRO] 1a:740 [U] AO:2 [SER] AA:740 [U] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:62 [GLN] 1a:581 [G] AO:62 [GLN] AA:581 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:62 [GLN] 1a:755 [G] AO:62 [GLN] AA:755 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:48 [LYS] 1a:669 [U] AO:48 [LYS] AA:669 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:50 [HIS] 1a:728 [A] AO:50 [HIS] AA:728 [A] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:23 [GLY] 1a:658 [G] AO:23 [GLY] AA:658 [C] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:66 [LEU] 1a:755 [G] AO:66 [LEU] AA:755 [G] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:28 [GLN] 1a:750 [G] AO:28 [GLN] AA:750 [C] ❌ 4YBB_AO_AA
1o:2 [PRO] 1a:741 [G] AO:2 [SER] AA:741 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:2 [PRO] 1a:742 [G] AO:2 [SER] AA:742 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:20 [GLY] 1a:749 [C] AO:20 [ASN] AA:749 [A] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:24 [SER] 1a:656 [C] AO:24 [SER] AA:656 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:35 [ARG] 1a:740 [U] AO:35 [GLN] AA:740 [U] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:38 [ARG] 1a:739 [C] AO:38 [HIS] AA:739 [C] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:5 [LYS] 1a:659 [U] AO:5 [THR] AA:659 [U] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:57 [LEU] 1a:763 [G] AO:57 [LEU] AA:763 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:58 [MET] 1a:656 [C] AO:58 [ARG] AA:656 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:58 [MET] 1a:657 [G] AO:58 [ARG] AA:657 [U] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:62 [GLN] 1a:657 [G] AO:62 [GLN] AA:657 [U] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:65 [ARG] 1a:582 [U] AO:65 [LYS] AA:582 [C] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:5 [LYS] 1a:661 [G] AO:5 [THR] AA:661 [G] ❌ 4YBB_AA:661 no longer at interface
1o:65 [ARG] 1a:758 [G] AO:65 [LYS] AA:758 [C] ❌ 4Y4O_1a:758 no longer at interface
1o:18 [PHE] 1a:750 [G] AO:18 [ASP] AA:750 [C] ❌ 4YBB_AO:18 no longer at interface
1o:18 [PHE] 1a:751 [U] AO:18 [ASP] AA:751 [U] ❌ 4YBB_AO:18 no longer at interface
1o:9 [GLN] 1a:658 [G] AO:9 [ALA] AA:658 [C] ❌ 4YBB_AO:9 no longer at interface
1o:9 [GLN] 1a:659 [U] AO:9 [ALA] AA:659 [U] ❌ 4YBB_AO:9 no longer at interface
1o:64 [ARG] 1a:581 [G] AO:64 [ARG] AA:581 [G] ❌ 4YBB_AO:64 no longer at interface
1o:64 [ARG] 1a:582 [U] AO:64 [ARG] AA:582 [C] ❌ 4YBB_AO:64 no longer at interface
1o:3 [ILE] 1a:740 [U] AO:3 [LEU] AA:740 [U] ❌ 4YBB_AO:3 no longer at interface
1o:12 [ILE] 1a:658 [G] AO:12 [VAL] AA:658 [C] ❌ 4YBB_AO:12 no longer at interface
1o:12 [ILE] 1a:659 [U] AO:12 [VAL] AA:659 [U] ❌ 4YBB_AO:12 no longer at interface
1o:53 [HIS] 1a:763 [G] AO:53 [ARG] AA:763 [G] ❌ 4YBB_AO:53 no longer at interface
1o:68 [ARG] 1a:582 [U] AO:68 [ASP] AA:582 [C] ❌ 4YBB_AO:68 no longer at interface
1o:17 [ARG] 1a:751 [U] AO:17 [ARG] AA:751 [U] ❌ 4Y4O_1o:17 no longer at interface
1o:17 [ARG] 1a:752 [G] AO:17 [ARG] AA:752 [G] ❌ 4Y4O_1o:17 no longer at interface
1o:4 [THR] 1a:659 [U] AO:4 [SER] AA:659 [U] ❌ 4Y4O_1o:4 no longer at interface
1o:43 [LEU] 1a:740 [U] AO:43 [PHE] AA:740 [U] ❌ 4Y4O_1o:43 no longer at interface
1o:45 [VAL] 1a:669 [U] AO:45 [GLU] AA:669 [G] ❌ 4Y4O_1o:45 no longer at interface
1o:56 [LEU] 1a:741 [G] AO:56 [LEU] AA:741 [G] ❌ 4Y4O_1o:56 no longer at interface
1o:77 [ARG] 1a:752 [G] AO:77 [ARG] AA:752 [G] ❌ 4Y4O_1o:77 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.96 2.58 0.60 0.92 0.96 0.85 0.97 0.81 0.81 0.43 0.39


Other pairs involving 4Y4O_1o_1a or 4YBB_AO_AA

Total number of entries: 8

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4YBB_AO_AA 6S0X_o_a 0.58 0.96 3.4 0.26 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AO_AA 7RYG_o_a 0.87 0.97 2.04 0.71 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AO_AA 7K00_O_A 0.95 0.98 2.24 0.97 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7RYG_o_a 0.84 0.92 2.14 0.59 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 6S0X_o_a 0.58 0.95 2.6 0.57 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 4YBB_AO_AA 0.81 0.96 2.58 0.6 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7K00_O_A 0.82 0.98 1.4 0.61 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7O7Y_Am_A2 0.65 0.92 2.67 0.17 S15/NS1 RNA-binding domain compare