RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group104 > 4Y4O_1o_1a vs 7O7Y_Am_A2

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

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Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1o
4Y4O_1a
7O7Y_Am
7O7Y_A2
Conserved?
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1o:39 [LEU] 1a:741 [G] Am:98 [VAL] A2:1010 [A] ✔
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1o:51 [HIS] 1a:667 [G] Am:110 [ASP] A2:936 [G] ✔
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1o:51 [HIS] 1a:728 [A] Am:110 [ASP] A2:997 [A] ✔
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1o:28 [GLN] 1a:657 [G] Am:87 [ASP] A2:926 [G] ✔
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1o:54 [ARG] 1a:727 [G] Am:113 [PHE] A2:996 [G] ❌ 7O7Y_Am_A2
1o:54 [ARG] 1a:741 [G] Am:113 [PHE] A2:1010 [A] ❌ 7O7Y_Am_A2
1o:54 [ARG] 1a:742 [G] Am:113 [PHE] A2:1011 [G] ❌ 7O7Y_Am_A2
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1o:57 [LEU] 1a:581 [G] Am:116 [ILE] A2:678 [G] ❌ 7O7Y_Am_A2
1o:22 [THR] 1a:657 [G] Am:52 [VAL] A2:926 [G] ❌ 7O7Y_Am_A2
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1o:22 [THR] 1a:751 [U] Am:52 [VAL] A2:1020 [C] ❌ 7O7Y_Am_A2
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1o:62 [GLN] 1a:755 [G] Am:121 [ARG] A2:1024 [A] ❌ 7O7Y_Am_A2
1o:50 [HIS] 1a:728 [A] Am:109 [LYS] A2:997 [A] ❌ 7O7Y_Am_A2
1o:66 [LEU] 1a:755 [G] Am:125 [LEU] A2:1024 [A] ❌ 7O7Y_Am_A2
1o:28 [GLN] 1a:750 [G] Am:87 [ASP] A2:1019 [U] ❌ 7O7Y_Am_A2
1o:42 [HIS] 1a:668 [G] Am:101 [HIS] A2:937 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
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1o:53 [HIS] 1a:764 [C] Am:112 [LYS] A2:1033 [C] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:54 [ARG] 1a:763 [G] Am:113 [PHE] A2:1032 [A2M] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:55 [GLY] 1a:728 [A] Am:114 [ARG] A2:997 [A] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:55 [GLY] 1a:727 [G] Am:114 [ARG] A2:996 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:57 [LEU] 1a:763 [G] Am:116 [ILE] A2:1032 [A2M] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:58 [MET] 1a:579 [G] Am:117 [LEU] A2:676 [U] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:62 [GLN] 1a:657 [G] Am:121 [ARG] A2:926 [G] ❌ 4Y4O_1o_1a
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1o:21 [ASP] 1a:749 [C] Am:51 [GLY] A2:1018 [U] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:22 [THR] 1a:659 [U] Am:52 [VAL] A2:928 [C] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:24 [SER] 1a:752 [G] Am:72 [LEU] A2:1021 [A] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:27 [VAL] 1a:658 [G] Am:86 [GLU] A2:927 [A] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:27 [VAL] 1a:750 [G] Am:86 [GLU] A2:1019 [U] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:35 [ARG] 1a:658 [G] Am:94 [LYS] A2:927 [A] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:38 [ARG] 1a:741 [G] Am:97 [ALA] A2:1010 [A] ❌ 4Y4O_1o_1a
1o:48 [LYS] 1a:809 [G] Am:107 [LYS] A2:1078 [A] ❌ 7O7Y_A2:1078 no longer at interface
1o:51 [HIS] 1a:729 [A] Am:110 [ASP] A2:998 [A] ❌ 7O7Y_A2:998 no longer at interface
1o:51 [HIS] 1a:730 [G] Am:110 [ASP] A2:999 [A] ❌ 7O7Y_A2:999 no longer at interface
1o:48 [LYS] 1a:807 [A] Am:107 [LYS] A2:1076 [C] ❌ 4Y4O_1a:807 no longer at interface
1o:48 [LYS] 1a:806 [C] Am:107 [LYS] A2:1075 [C] ❌ 4Y4O_1a:806 no longer at interface
1o:52 [SER] 1a:666 [G] Am:111 [ALA] A2:935 [G] ❌ 7O7Y_Am:111 no longer at interface
1o:52 [SER] 1a:667 [G] Am:111 [ALA] A2:936 [G] ❌ 7O7Y_Am:111 no longer at interface
1o:52 [SER] 1a:740 [U] Am:111 [ALA] A2:1009 [A] ❌ 7O7Y_Am:111 no longer at interface
1o:52 [SER] 1a:741 [G] Am:111 [ALA] A2:1010 [A] ❌ 7O7Y_Am:111 no longer at interface
1o:20 [GLY] 1a:750 [G] Am:50 [ILE] A2:1019 [U] ❌ 7O7Y_Am:50 no longer at interface
1o:64 [ARG] 1a:581 [G] Am:123 [HIS] A2:678 [G] ❌ 7O7Y_Am:123 no longer at interface
1o:64 [ARG] 1a:582 [U] Am:123 [HIS] A2:679 [U] ❌ 7O7Y_Am:123 no longer at interface
1o:25 [THR] 1a:751 [U] Am:84 [LEU] A2:1020 [C] ❌ 7O7Y_Am:84 no longer at interface
1o:72 [ARG] 1a:754 [C] Am:131 [THR] A2:1023 [U] ❌ 7O7Y_Am:131 no longer at interface
1o:45 [VAL] 1a:739 [C] Am:104 [ARG] A2:1008 [C] ❌ 4Y4O_1o:45 no longer at interface
1o:70 [LEU] 1a:751 [U] Am:129 [TYR] A2:1020 [C] ❌ 4Y4O_1o:70 no longer at interface
1o:16 [ALA] 1a:658 [G] Am:46 [THR] A2:927 [A] ❌ 4Y4O_1o:16 no longer at interface
1o:17 [ARG] 1a:749 [C] Am:47 [PRO] A2:1018 [U] ❌ 4Y4O_1o:17 no longer at interface
1o:17 [ARG] 1a:750 [G] Am:47 [PRO] A2:1019 [U] ❌ 4Y4O_1o:17 no longer at interface
1o:19 [PRO] 1a:658 [G] Am:49 [GLN] A2:927 [A] ❌ 4Y4O_1o:19 no longer at interface
1o:19 [PRO] 1a:749 [C] Am:49 [GLN] A2:1018 [U] ❌ 4Y4O_1o:19 no longer at interface
1o:19 [PRO] 1a:659 [U] Am:49 [GLN] A2:928 [C] ❌ 4Y4O_1o:19 no longer at interface
1o:32 [LEU] 1a:656 [C] Am:91 [LEU] A2:925 [G] ❌ 4Y4O_1o:32 no longer at interface
1o:32 [LEU] 1a:657 [G] Am:91 [LEU] A2:926 [G] ❌ 4Y4O_1o:32 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
S15/NS1 RNA-binding domain 0.92 2.67 0.17 0.61 0.93 0.68 0.86 0.65 0.64 0.22 0.37


Other pairs involving 4Y4O_1o_1a or 7O7Y_Am_A2

Total number of entries: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1o_1a 7RYG_o_a 0.84 0.92 2.14 0.59 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 6S0X_o_a 0.58 0.95 2.6 0.57 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 4YBB_AO_AA 0.81 0.96 2.58 0.6 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7K00_O_A 0.82 0.98 1.4 0.61 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7O7Y_Am_A2 0.65 0.92 2.67 0.17 S15/NS1 RNA-binding domain compare