RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group104 > 4YBB_AO_AA

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4YBB_AO
4YBB_AA
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
AO:2 [SER] AA:741 [G] 3.4 AA:664 [G] 38.59
AO:2 [SER] AA:742 [G] 4.37 AA:663 [A] 38.59
AO:4 [SER] AA:659 [U] 4.97 AA:746 [A] 40.77
AO:5 [THR] AA:659 [U] 3.82 AA:746 [A] 36.84
AO:5 [THR] AA:660 [C] 3.14 AA:745 [G] 36.84
AO:8 [THR] AA:658 [C] 3.83 AA:748 [G] 68.51
AO:8 [THR] AA:659 [U] 3.55 AA:746 [A] 68.51
AO:17 [ARG] AA:751 [U] 3.02 AA:655 [A] 36.76
AO:17 [ARG] AA:752 [G] 3.82 36.76
AO:20 [ASN] AA:749 [A] 3.83 AA:657 [U] 33.63
AO:20 [ASN] AA:750 [C] 3.31 AA:656 [G] 33.63
AO:21 [ASP] AA:750 [C] 2.69 AA:656 [G] sugar:SC 95.73
AO:21 [ASP] AA:751 [U] 3.48 AA:655 [A] 95.73
AO:22 [THR] AA:657 [U] 2.5 AA:749 [A] sugar:BB 89.94
AO:22 [THR] AA:658 [C] 2.52 AA:748 [G] sugar:SC 89.94
AO:22 [THR] AA:749 [A] 3.34 AA:657 [U] 89.94
AO:22 [THR] AA:750 [C] 3.31 AA:656 [G] 89.94
AO:23 [GLY] AA:656 [G] 3.31 AA:750 [C] base:BB 98.95
AO:23 [GLY] AA:657 [U] 3.6 AA:749 [A] 98.95
AO:23 [GLY] AA:750 [C] 3.19 AA:656 [G] sugar:BB 98.95
AO:23 [GLY] AA:751 [U] 3.14 AA:655 [A] 98.95
AO:24 [SER] AA:656 [G] 5.0 AA:750 [C] 91.31
AO:24 [SER] AA:750 [C] 3.8 AA:656 [G] 91.31
AO:24 [SER] AA:751 [U] 3.49 AA:655 [A] 91.31
AO:25 [THR] AA:751 [U] 3.8 AA:655 [A] 46.59
AO:27 [VAL] AA:657 [U] 4.75 AA:749 [A] 83.97
AO:28 [GLN] AA:656 [G] 2.41 AA:750 [C] sugar:SC 99.0
AO:28 [GLN] AA:657 [U] 3.22 AA:749 [A] 99.0
AO:28 [GLN] AA:751 [U] 4.38 AA:655 [A] 99.0
AO:31 [LEU] AA:657 [U] 3.84 AA:749 [A] 57.07
AO:31 [LEU] AA:658 [C] 3.74 AA:748 [G] 57.07
AO:35 [GLN] AA:740 [U] 3.85 AA:666 [G] 68.24
AO:35 [GLN] AA:741 [G] 2.43 AA:664 [G] 68.24
AO:38 [HIS] AA:739 [C] 4.23 AA:667 [G] 12.99
AO:38 [HIS] AA:740 [U] 2.7 AA:666 [G] 12.99
AO:39 [LEU] AA:740 [U] 3.37 AA:666 [G] 83.38
AO:39 [LEU] AA:741 [G] 3.91 AA:664 [G] 83.38
AO:42 [HIS] AA:667 [G] 3.6 AA:739 [C] 96.88
AO:42 [HIS] AA:739 [C] 2.88 AA:667 [G] sugar:SC 96.88
AO:42 [HIS] AA:740 [U] 3.49 AA:666 [G] 96.88
AO:43 [PHE] AA:740 [U] 4.99 AA:666 [G] 58.91
AO:45 [GLU] AA:669 [G] 4.55 AA:737 [C] 0.51
AO:46 [HIS] AA:668 [G] 2.86 AA:738 [C] sugar:SC 66.13
AO:46 [HIS] AA:669 [G] 3.33 AA:737 [C] 66.13
AO:46 [HIS] AA:739 [C] 4.63 AA:667 [G] 66.13
AO:48 [LYS] AA:667 [G] 4.29 AA:739 [C] 72.63
AO:48 [LYS] AA:668 [G] 3.3 AA:738 [C] 72.63
AO:48 [LYS] AA:808 [C] 3.76 AA:771 [G] 72.63
AO:48 [LYS] AA:809 [G] 2.78 AA:770 [C] 72.63
AO:49 [ASP] AA:666 [G] 4.53 AA:740 [U] 98.76
AO:49 [ASP] AA:667 [G] 2.59 AA:739 [C] base:SC, sugar:SC 98.76
AO:49 [ASP] AA:668 [G] 3.48 AA:738 [C] 98.76
AO:49 [ASP] AA:740 [U] 4.33 AA:666 [G] 98.76
AO:50 [HIS] AA:667 [G] 3.78 AA:739 [C] 0.0
AO:50 [HIS] AA:764 [C] 3.72 AA:577 [G] 0.0
AO:50 [HIS] AA:765 [G] 3.78 AA:816 [A] 0.0
AO:51 [HIS] AA:666 [G] 3.65 AA:740 [U] 43.73
AO:51 [HIS] AA:667 [G] 3.45 AA:739 [C] 43.73
AO:51 [HIS] AA:727 [G] 4.26 AA:730 [G] 43.73
AO:51 [HIS] AA:728 [A] 4.83 43.73
AO:51 [HIS] AA:729 [A] 3.51 43.73
AO:51 [HIS] AA:730 [G] 2.94 AA:727 [G] base:SC 43.73
AO:51 [HIS] AA:741 [G] 4.13 AA:664 [G] 43.73
AO:52 [SER] AA:666 [G] 3.3 AA:740 [U] base:SC 80.29
AO:52 [SER] AA:667 [G] 3.78 AA:739 [C] 80.29
AO:52 [SER] AA:740 [U] 3.01 AA:666 [G] sugar:SC 80.29
AO:52 [SER] AA:741 [G] 3.45 AA:664 [G] 80.29
AO:54 [ARG] AA:579 [A] 2.53 AA:762 [U] sugar:SC 83.65
AO:54 [ARG] AA:580 [C] 4.61 AA:761 [G] 83.65
AO:54 [ARG] AA:727 [G] 4.42 AA:730 [G] 83.65
AO:54 [ARG] AA:728 [A] 2.84 base/AA stacks 83.65
AO:54 [ARG] AA:741 [G] 4.69 AA:664 [G] 83.65
AO:55 [GLY] AA:741 [G] 3.13 AA:664 [G] 67.14
AO:55 [GLY] AA:742 [G] 4.49 AA:663 [A] 67.14
AO:56 [LEU] AA:741 [G] 4.84 AA:664 [G] 80.47
AO:57 [LEU] AA:763 [G] 4.92 AA:578 [C] 25.11
AO:58 [ARG] AA:656 [G] 4.58 AA:750 [C] 11.95
AO:58 [ARG] AA:657 [U] 4.97 AA:749 [A] 11.95
AO:59 [MET] AA:741 [G] 3.54 AA:664 [G] 62.82
AO:59 [MET] AA:742 [G] 4.21 AA:663 [A] 62.82
AO:61 [SER] AA:580 [C] 3.77 AA:761 [G] 50.04
AO:61 [SER] AA:581 [G] 3.67 AA:760 [G] 50.04
AO:62 [GLN] AA:656 [G] 3.19 AA:750 [C] 63.64
AO:62 [GLN] AA:657 [U] 3.49 AA:749 [A] 63.64
AO:65 [LYS] AA:581 [G] 3.29 AA:760 [G] 66.39
AO:65 [LYS] AA:582 [C] 4.25 AA:759 [A] 66.39
AO:65 [LYS] AA:754 [C] 3.87 AA:654 [G] 66.39
AO:65 [LYS] AA:755 [G] 3.26 AA:586 [C] 66.39
AO:65 [LYS] AA:756 [C] 4.9 AA:585 [G] 66.39
AO:65 [LYS] AA:758 [C] 4.99 AA:583 [A] 66.39
AO:66 [LEU] AA:656 [G] 4.73 AA:750 [C] 69.72
AO:66 [LEU] AA:754 [C] 4.2 AA:654 [G] 69.72
AO:69 [TYR] AA:752 [G] 3.02 92.11
AO:69 [TYR] AA:753 [A] 2.92 AA:652 [U] 92.11
AO:69 [TYR] AA:754 [C] 3.22 AA:654 [G] base/AA stacks 92.11
AO:72 [ARG] AA:754 [C] 3.23 AA:654 [G] 56.39
AO:73 [LYS] AA:753 [A] 3.1 AA:652 [U] 43.1
AO:77 [ARG] AA:752 [G] 4.65 39.37

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group104 4YBB_AO_AA AO: 30s ribosomal protein s15, Escherichia coli (strain k12) (natural) AA: 16s rRNA, Escherichia coli k-12 (natural) P0ADZ4 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4YBB_AO_AA 6S0X_o_a 0.58 0.96 3.4 0.26 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 4YBB_AO_AA 0.81 0.96 2.58 0.6 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AO_AA 7RYG_o_a 0.87 0.97 2.04 0.71 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AO_AA 7K00_O_A 0.95 0.98 2.24 0.97 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare