RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group104 > 6S0X_o_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0X_o
6S0X_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
o:2 [ALA] a:748 [U] 3.91 a:674 [G] 42.25
o:2 [ALA] a:749 [G] 2.84 a:672 [G] 42.25
o:2 [ALA] a:750 [G] 4.95 a:671 [A] 42.25
o:3 [ILE] a:666 [G] 3.36 a:755 [U] 42.53
o:4 [SER] a:667 [C] 4.6 a:754 [G] 46.49
o:5 [GLN] a:666 [G] 4.88 a:755 [U] 31.54
o:5 [GLN] a:667 [C] 2.98 a:754 [G] 31.54
o:5 [GLN] a:668 [A] 2.74 a:753 [U] 31.54
o:8 [LYS] a:665 [U] 3.62 a:757 [A] 68.87
o:8 [LYS] a:666 [G] 3.13 a:755 [U] sugar:SC 68.87
o:8 [LYS] a:667 [C] 4.46 a:754 [G] 68.87
o:9 [ASN] a:666 [G] 4.08 a:755 [U] 21.87
o:9 [ASN] a:667 [C] 4.43 a:754 [G] 21.87
o:18 [HIS] a:758 [C] 3.77 a:664 [G] 55.07
o:18 [HIS] a:759 [U] 3.27 a:663 [A] 55.07
o:18 [HIS] a:760 [G] 4.72 55.07
o:20 [THR] a:757 [A] 4.54 a:665 [U] 25.04
o:20 [THR] a:758 [C] 2.45 a:664 [G] sugar:BB 25.04
o:20 [THR] a:759 [U] 4.33 a:663 [A] 25.04
o:21 [ASP] a:758 [C] 3.27 a:664 [G] 94.93
o:21 [ASP] a:759 [U] 4.7 a:663 [A] 94.93
o:22 [THR] a:664 [G] 3.57 a:758 [C] base:BB 91.93
o:22 [THR] a:665 [U] 2.32 a:757 [A] base:SC 91.93
o:22 [THR] a:666 [G] 4.13 a:755 [U] 91.93
o:22 [THR] a:757 [A] 3.62 a:665 [U] 91.93
o:22 [THR] a:758 [C] 2.82 a:664 [G] base:BB, sugar:BB 91.93
o:22 [THR] a:759 [U] 4.0 a:663 [A] 91.93
o:23 [GLY] a:664 [G] 3.38 a:758 [C] 98.72
o:23 [GLY] a:665 [U] 3.57 a:757 [A] 98.72
o:23 [GLY] a:758 [C] 4.46 a:664 [G] 98.72
o:23 [GLY] a:759 [U] 3.88 a:663 [A] 98.72
o:24 [SER] a:759 [U] 4.51 a:663 [A] 92.75
o:27 [VAL] a:665 [U] 3.83 a:757 [A] 83.4
o:28 [GLN] a:664 [G] 4.12 a:758 [C] 99.0
o:28 [GLN] a:665 [U] 3.12 a:757 [A] sugar:SC 99.0
o:31 [VAL] a:665 [U] 4.72 a:757 [A] 47.66
o:31 [VAL] a:666 [G] 4.78 a:755 [U] 47.66
o:42 [HIS] a:675 [G] 4.93 a:747 [C] 97.95
o:42 [HIS] a:747 [C] 2.49 a:675 [G] sugar:SC 97.95
o:42 [HIS] a:748 [U] 3.26 a:674 [G] sugar:SC 97.95
o:45 [THR] a:676 [A] 3.84 a:746 [U] sugar:BB 6.55
o:45 [THR] a:747 [C] 4.74 a:675 [G] 6.55
o:46 [HIS] a:675 [G] 3.39 a:747 [C] 74.98
o:46 [HIS] a:676 [A] 3.36 a:746 [U] 74.98
o:46 [HIS] a:747 [C] 2.56 a:675 [G] base:SC, sugar:SC 74.98
o:47 [LYS] a:676 [A] 3.96 a:746 [U] 51.8
o:48 [LYS] a:675 [G] 2.25 a:747 [C] sugar:BB 75.12
o:48 [LYS] a:676 [A] 3.57 a:746 [U] 75.12
o:49 [ASP] a:674 [G] 3.92 a:748 [U] base:SC 98.72
o:49 [ASP] a:675 [G] 4.44 a:747 [C] 98.72
o:49 [ASP] a:748 [U] 4.07 a:674 [G] 98.72
o:49 [ASP] a:749 [G] 4.85 a:672 [G] 98.72
o:50 [HIS] a:675 [G] 3.09 a:747 [C] sugar:SC 4.54
o:51 [HIS] a:735 [G] 3.4 a:738 [G] sugar:SC 62.79
o:51 [HIS] a:736 [A] 4.06 62.79
o:51 [HIS] a:737 [A] 3.45 62.79
o:51 [HIS] a:749 [G] 3.07 a:672 [G] 62.79
o:52 [SER] a:748 [U] 3.79 a:674 [G] 79.37
o:52 [SER] a:749 [G] 3.12 a:672 [G] 79.37
o:54 [ARG] a:588 [C] 3.74 a:769 [G] 87.17
o:54 [ARG] a:736 [A] 4.18 87.17
o:55 [GLY] a:749 [G] 4.94 a:672 [G] 70.19
o:55 [GLY] a:750 [G] 4.79 a:671 [A] 70.19
o:58 [LYS] a:588 [C] 4.65 a:769 [G] 31.79
o:58 [LYS] a:589 [G] 3.45 a:768 [U] 31.79
o:58 [LYS] a:764 [C] 4.28 a:593 [G] 31.79
o:59 [MET] a:665 [U] 4.02 a:757 [A] 51.48
o:62 [ARG] a:664 [G] 3.36 a:758 [C] 64.51
o:62 [ARG] a:665 [U] 4.12 a:757 [A] 64.51
o:62 [ARG] a:762 [C] 4.07 a:662 [G] 64.51
o:65 [HIS] a:762 [C] 3.18 a:662 [G] 65.27
o:65 [HIS] a:763 [G] 2.89 a:594 [C] 65.27
o:66 [LEU] a:759 [U] 4.63 a:663 [A] 71.57
o:66 [LEU] a:762 [C] 3.99 a:662 [G] 71.57
o:69 [TYR] a:658 [A] 4.93 a:597 [U] 90.14
o:69 [TYR] a:760 [G] 2.96 90.14
o:69 [TYR] a:761 [A] 2.73 a:660 [U] 90.14
o:69 [TYR] a:762 [C] 3.48 a:662 [G] 90.14
o:72 [SER] a:656 [A] 4.71 60.67
o:73 [LYS] a:657 [A] 4.38 a:598 [U] 30.94
o:73 [LYS] a:658 [A] 2.8 a:597 [U] 30.94
o:73 [LYS] a:760 [G] 3.4 30.94
o:77 [ARG] a:760 [G] 4.92 43.45

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group104 6S0X_o_a o: 30s ribosomal protein s15, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) W8U6H8 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4YBB_AO_AA 6S0X_o_a 0.58 0.96 3.4 0.26 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 6S0X_o_a 0.58 0.95 2.6 0.57 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_o_a 7RYG_o_a 0.58 0.96 3.38 0.26 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_o_a 7K00_O_A 0.62 0.95 2.51 0.57 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare