RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group104 > 7K00_O_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_O
7K00_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
O:2 [SER] A:740 [U] 4.43 A:666 [G] 38.59
O:2 [SER] A:741 [G] 2.96 A:664 [G] 38.59
O:2 [SER] A:742 [G] 4.36 A:663 [A] 38.59
O:4 [SER] A:659 [U] 4.95 A:747 [A] 40.77
O:5 [THR] A:659 [U] 4.14 A:747 [A] 36.84
O:5 [THR] A:660 [C] 3.45 A:745 [G] 36.84
O:8 [THR] A:658 [C] 3.54 A:748 [G] 68.51
O:8 [THR] A:659 [U] 3.81 A:747 [A] 68.51
O:17 [ARG] A:751 [U] 4.36 A:655 [A] 36.76
O:20 [ASN] A:749 [A] 3.85 A:657 [U] sugar:BB 33.63
O:20 [ASN] A:750 [C] 3.5 A:656 [G] 33.63
O:21 [ASP] A:750 [C] 2.62 A:656 [G] sugar:SC 95.73
O:21 [ASP] A:751 [U] 3.35 A:655 [A] 95.73
O:22 [THR] A:657 [U] 2.59 A:749 [A] base:SC, sugar:BB 89.94
O:22 [THR] A:658 [C] 3.5 A:748 [G] 89.94
O:22 [THR] A:749 [A] 3.46 A:657 [U] 89.94
O:22 [THR] A:750 [C] 3.4 A:656 [G] 89.94
O:23 [GLY] A:656 [G] 3.26 A:750 [C] base:BB 98.95
O:23 [GLY] A:657 [U] 3.83 A:749 [A] 98.95
O:23 [GLY] A:750 [C] 3.02 A:656 [G] sugar:BB 98.95
O:23 [GLY] A:751 [U] 3.15 A:655 [A] 98.95
O:24 [SER] A:750 [C] 3.96 A:656 [G] 91.31
O:24 [SER] A:751 [U] 3.47 A:655 [A] 91.31
O:25 [THR] A:751 [U] 4.04 A:655 [A] 46.59
O:27 [VAL] A:657 [U] 4.54 A:749 [A] 83.97
O:28 [GLN] A:656 [G] 2.41 A:750 [C] sugar:SC 99.0
O:28 [GLN] A:657 [U] 3.11 A:749 [A] 99.0
O:28 [GLN] A:751 [U] 4.83 A:655 [A] 99.0
O:31 [LEU] A:657 [U] 3.65 A:749 [A] 57.07
O:31 [LEU] A:658 [C] 3.65 A:748 [G] 57.07
O:35 [GLN] A:740 [U] 4.44 A:666 [G] 68.24
O:35 [GLN] A:741 [G] 3.01 A:664 [G] 68.24
O:38 [HIS] A:739 [C] 4.61 A:667 [G] 12.99
O:38 [HIS] A:740 [U] 2.65 A:666 [G] 12.99
O:39 [LEU] A:740 [U] 3.36 A:666 [G] 83.38
O:39 [LEU] A:741 [G] 4.04 A:664 [G] 83.38
O:42 [HIS] A:667 [G] 3.51 A:739 [C] 96.88
O:42 [HIS] A:739 [C] 2.51 A:667 [G] sugar:SC 96.88
O:42 [HIS] A:740 [U] 3.18 A:666 [G] 96.88
O:45 [GLU] A:668 [G] 4.79 A:738 [C] 0.51
O:45 [GLU] A:669 [G] 4.84 A:737 [C] 0.51
O:46 [HIS] A:668 [G] 2.67 A:738 [C] sugar:SC 66.13
O:46 [HIS] A:669 [G] 3.27 A:737 [C] 66.13
O:46 [HIS] A:739 [C] 4.39 A:667 [G] 66.13
O:48 [LYS] A:667 [G] 4.34 A:739 [C] 72.63
O:48 [LYS] A:668 [G] 3.45 A:738 [C] 72.63
O:48 [LYS] A:808 [C] 3.8 A:771 [G] 72.63
O:48 [LYS] A:809 [G] 3.08 A:770 [C] 72.63
O:49 [ASP] A:666 [G] 4.48 A:740 [U] 98.76
O:49 [ASP] A:667 [G] 2.49 A:739 [C] base:SC, sugar:SC 98.76
O:49 [ASP] A:668 [G] 3.35 A:738 [C] 98.76
O:49 [ASP] A:740 [U] 4.37 A:666 [G] 98.76
O:50 [HIS] A:667 [G] 3.86 A:739 [C] 0.0
O:50 [HIS] A:764 [C] 3.78 A:577 [G] 0.0
O:50 [HIS] A:765 [G] 3.73 A:816 [A] 0.0
O:51 [HIS] A:666 [G] 3.38 A:740 [U] 43.73
O:51 [HIS] A:667 [G] 3.35 A:739 [C] sugar:BB 43.73
O:51 [HIS] A:727 [G] 4.09 A:730 [G] 43.73
O:51 [HIS] A:729 [A] 3.81 43.73
O:51 [HIS] A:730 [G] 2.89 A:727 [G] base:SC 43.73
O:51 [HIS] A:741 [G] 3.8 A:664 [G] sugar:BB 43.73
O:52 [SER] A:666 [G] 3.05 A:740 [U] base:SC 80.29
O:52 [SER] A:667 [G] 3.98 A:739 [C] 80.29
O:52 [SER] A:740 [U] 3.03 A:666 [G] sugar:SC 80.29
O:52 [SER] A:741 [G] 3.4 A:664 [G] 80.29
O:54 [ARG] A:579 [A] 3.23 A:762 [U] sugar:SC 83.65
O:54 [ARG] A:580 [C] 4.77 A:761 [G] 83.65
O:54 [ARG] A:727 [G] 4.96 A:730 [G] 83.65
O:54 [ARG] A:728 [A] 3.1 base/AA stacks 83.65
O:54 [ARG] A:741 [G] 4.77 A:664 [G] 83.65
O:55 [GLY] A:741 [G] 3.36 A:664 [G] 67.14
O:55 [GLY] A:742 [G] 4.59 A:663 [A] 67.14
O:56 [LEU] A:741 [G] 4.98 A:664 [G] 80.47
O:58 [ARG] A:656 [G] 4.87 A:750 [C] 11.95
O:58 [ARG] A:742 [G] 2.79 A:663 [A] 11.95
O:58 [ARG] A:743 [A] 2.72 A:662 [U] 11.95
O:59 [MET] A:741 [G] 4.01 A:664 [G] 62.82
O:59 [MET] A:742 [G] 3.66 A:663 [A] 62.82
O:61 [SER] A:580 [C] 3.64 A:761 [G] sugar:SC 50.04
O:61 [SER] A:581 [G] 3.25 A:760 [G] 50.04
O:62 [GLN] A:656 [G] 3.25 A:750 [C] 63.64
O:62 [GLN] A:657 [U] 3.49 A:749 [A] 63.64
O:65 [LYS] A:581 [G] 2.88 A:760 [G] 66.39
O:65 [LYS] A:582 [C] 4.61 A:759 [A] 66.39
O:65 [LYS] A:754 [C] 3.89 A:654 [G] 66.39
O:65 [LYS] A:755 [G] 3.52 A:586 [C] 66.39
O:65 [LYS] A:756 [C] 4.78 A:585 [G] 66.39
O:66 [LEU] A:656 [G] 4.97 A:750 [C] 69.72
O:66 [LEU] A:754 [C] 4.27 A:654 [G] 69.72
O:69 [TYR] A:752 [G] 3.15 92.11
O:69 [TYR] A:753 [A] 2.61 A:652 [U] 92.11
O:69 [TYR] A:754 [C] 3.25 A:654 [G] 92.11
O:72 [ARG] A:753 [A] 4.62 A:652 [U] 56.39
O:72 [ARG] A:754 [C] 2.25 A:654 [G] 56.39
O:73 [LYS] A:752 [G] 3.88 43.1
O:73 [LYS] A:753 [A] 3.03 A:652 [U] 43.1
O:77 [ARG] A:752 [G] 4.22 39.37

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group104 7K00_O_A O: 30s ribosomal protein s15, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) P0ADZ4 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
7K00_O_A 7RYG_o_a 0.93 0.93 1.84 0.71 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AO_AA 7K00_O_A 0.95 0.98 2.24 0.97 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7K00_O_A 0.82 0.98 1.4 0.61 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_o_a 7K00_O_A 0.62 0.95 2.51 0.57 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare