RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group104 > 7RYG_o_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7RYG_o
7RYG_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
o:2 [ALA] a:736 [C] 4.74 a:664 [G] 41.41
o:2 [ALA] a:737 [U] 2.82 a:663 [G] 41.41
o:5 [ASN] a:656 [U] 3.96 17.9
o:5 [ASN] a:657 [G] 3.58 a:742 [U] 17.9
o:8 [ARG] a:655 [A] 4.98 a:745 [U] 70.43
o:8 [ARG] a:656 [U] 2.71 70.43
o:12 [ILE] a:655 [A] 4.35 a:745 [U] 72.03
o:20 [ASN] a:746 [A] 3.42 a:654 [U] 37.6
o:20 [ASN] a:747 [C] 3.72 a:653 [G] 37.6
o:21 [ASP] a:747 [C] 3.37 a:653 [G] 95.4
o:21 [ASP] a:748 [U] 3.18 a:652 [A] 95.4
o:22 [THR] a:654 [U] 3.17 a:746 [A] base:SC 91.84
o:22 [THR] a:655 [A] 4.09 a:745 [U] 91.84
o:22 [THR] a:746 [A] 3.75 a:654 [U] 91.84
o:22 [THR] a:747 [C] 3.28 a:653 [G] sugar:BB 91.84
o:23 [GLY] a:653 [G] 3.44 a:747 [C] 98.83
o:23 [GLY] a:654 [U] 4.18 a:746 [A] 98.83
o:23 [GLY] a:747 [C] 3.09 a:653 [G] sugar:BB 98.83
o:23 [GLY] a:748 [U] 3.01 a:652 [A] 98.83
o:24 [SER] a:747 [C] 4.33 a:653 [G] 91.35
o:24 [SER] a:748 [U] 3.85 a:652 [A] 91.35
o:25 [PRO] a:748 [U] 3.97 a:652 [A] 60.12
o:28 [GLN] a:653 [G] 2.82 a:747 [C] sugar:SC 99.0
o:28 [GLN] a:654 [U] 3.27 a:746 [A] 99.0
o:31 [LEU] a:654 [U] 4.15 a:746 [A] 58.13
o:31 [LEU] a:655 [A] 3.77 a:745 [U] 58.13
o:35 [GLN] a:738 [G] 3.61 a:661 [G] 72.13
o:35 [GLN] a:739 [G] 4.81 a:660 [A] 72.13
o:38 [ASP] a:737 [U] 4.43 a:663 [G] 8.69
o:39 [LEU] a:737 [U] 3.45 a:663 [G] 82.39
o:39 [LEU] a:738 [G] 3.98 a:661 [G] 82.39
o:42 [HIS] a:664 [G] 4.04 a:736 [C] 98.97
o:42 [HIS] a:736 [C] 2.66 a:664 [G] sugar:SC 98.97
o:42 [HIS] a:737 [U] 3.62 a:663 [G] 98.97
o:46 [HIS] a:665 [A] 2.87 a:735 [U] sugar:SC 74.4
o:46 [HIS] a:666 [U] 4.1 a:734 [A] 74.4
o:46 [HIS] a:736 [C] 4.36 a:664 [G] 74.4
o:47 [LYS] a:805 [U] 4.85 a:768 [A] 54.15
o:47 [LYS] a:806 [G] 2.7 a:767 [C] 54.15
o:48 [HIS] a:664 [G] 4.62 a:736 [C] 76.88
o:48 [HIS] a:665 [A] 3.76 a:735 [U] 76.88
o:48 [HIS] a:805 [U] 4.25 a:768 [A] 76.88
o:48 [HIS] a:806 [G] 3.32 a:767 [C] 76.88
o:49 [ASP] a:663 [G] 4.77 a:737 [U] 98.63
o:49 [ASP] a:664 [G] 2.49 a:736 [C] sugar:SC 98.63
o:49 [ASP] a:665 [A] 3.95 a:735 [U] 98.63
o:49 [ASP] a:737 [U] 4.28 a:663 [G] 98.63
o:50 [HIS] a:664 [G] 4.21 a:736 [C] 0.06
o:50 [HIS] a:761 [C] 4.36 a:574 [G] 0.06
o:50 [HIS] a:762 [G] 3.93 a:813 [A] 0.06
o:51 [HIS] a:663 [G] 3.8 a:737 [U] 50.3
o:51 [HIS] a:664 [G] 3.56 a:736 [C] 50.3
o:51 [HIS] a:724 [G] 4.46 a:727 [G] 50.3
o:51 [HIS] a:726 [A] 4.02 50.3
o:51 [HIS] a:727 [G] 3.4 a:724 [G] base:SC 50.3
o:51 [HIS] a:738 [G] 3.86 a:661 [G] sugar:BB 50.3
o:52 [SER] a:663 [G] 3.62 a:737 [U] base:SC 83.73
o:52 [SER] a:664 [G] 4.85 a:736 [C] 83.73
o:52 [SER] a:737 [U] 2.72 a:663 [G] sugar:SC 83.73
o:52 [SER] a:738 [G] 3.01 a:661 [G] sugar:SC 83.73
o:54 [ARG] a:576 [G] 3.04 a:759 [U] sugar:SC 78.61
o:54 [ARG] a:577 [C] 4.94 a:758 [G] 78.61
o:54 [ARG] a:724 [G] 4.89 a:727 [G] 78.61
o:54 [ARG] a:725 [A] 3.02 base/AA stacks 78.61
o:55 [GLY] a:738 [G] 3.68 a:661 [G] 69.7
o:55 [GLY] a:739 [G] 4.44 a:660 [A] 69.7
o:57 [ILE] a:577 [C] 4.62 a:758 [G] 29.34
o:58 [ARG] a:739 [G] 3.11 a:660 [A] 3.09
o:58 [ARG] a:740 [C] 3.51 a:659 [G] 3.09
o:59 [MET] a:738 [G] 4.22 a:661 [G] 59.9
o:59 [MET] a:739 [G] 3.87 a:660 [A] 59.9
o:61 [ASN] a:577 [C] 3.14 a:758 [G] sugar:SC 59.3
o:61 [ASN] a:578 [G] 4.07 a:757 [G] 59.3
o:62 [GLN] a:653 [G] 3.0 a:747 [C] 60.85
o:62 [GLN] a:654 [U] 3.58 a:746 [A] 60.85
o:65 [LYS] a:578 [G] 2.78 a:757 [G] 54.84
o:65 [LYS] a:751 [C] 4.07 a:651 [G] 54.84
o:65 [LYS] a:752 [G] 3.54 a:583 [C] 54.84
o:65 [LYS] a:753 [C] 4.83 a:582 [G] 54.84
o:66 [LEU] a:751 [C] 4.7 a:651 [G] 66.8
o:69 [TYR] a:749 [G] 3.41 90.05
o:69 [TYR] a:750 [A] 2.75 a:649 [U] 90.05
o:69 [TYR] a:751 [C] 3.08 a:651 [G] 90.05
o:73 [LYS] a:749 [G] 4.92 35.81
o:73 [LYS] a:750 [A] 2.76 a:649 [U] 35.81

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group104 7RYG_o_a o: 30s ribosomal protein s15, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) B7I3U0 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_o_a 7RYG_o_a 0.58 0.96 3.38 0.26 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1o_1a 7RYG_o_a 0.84 0.92 2.14 0.59 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AO_AA 7RYG_o_a 0.87 0.97 2.04 0.71 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_O_A 7RYG_o_a 0.93 0.93 1.84 0.71 S15/NS1 RNA-binding domain Bacterial small subunit ribosomal RNA compare