Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 1K8W_A
|
1K8W_B
|
2AB4_A
|
2AB4_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:135 [LYS] | B:413 [A] | A:126 [ARG] | B:13 [A] | ✔ |
| A:135 [LYS] | B:414 [U] | A:126 [ARG] | B:14 [A] | ✔ |
| A:132 [GLN] | B:406 [C] | A:123 [LYS] | B:6 [C] | ✔ |
| A:132 [GLN] | B:407 [G] | A:123 [LYS] | B:7 [G] | ✔ |
| A:133 [GLY] | B:406 [C] | A:124 [GLY] | B:6 [C] | ✔ |
| A:133 [GLY] | B:407 [G] | A:124 [GLY] | B:7 [G] | ✔ |
| A:178 [THR] | B:410 [FHU] | A:169 [THR] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:200 [LEU] | B:410 [FHU] | A:191 [LEU] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:45 [GLY] | B:409 [U] | A:36 [GLY] | B:9 [U] | ✔ |
| A:45 [GLY] | B:410 [FHU] | A:36 [GLY] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:45 [GLY] | B:413 [A] | A:36 [GLY] | B:13 [A] | ✔ |
| A:141 [ARG] | B:411 [C] | A:132 [ARG] | B:11 [C] | ✔ |
| A:141 [ARG] | B:412 [G] | A:132 [ARG] | B:12 [G] | ✔ |
| A:90 [ASP] | B:411 [C] | A:81 [ASP] | B:11 [C] | ✔ |
| A:48 [ASP] | B:410 [FHU] | A:39 [ASP] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:48 [ASP] | B:411 [C] | A:39 [ASP] | B:11 [C] | ✔ |
| A:40 [ARG] | B:416 [C] | A:31 [LYS] | B:16 [C] | ✔ |
| A:40 [ARG] | B:417 [C] | A:31 [LYS] | B:17 [C] | ✔ |
| A:43 [HIS] | B:409 [U] | A:34 [HIS] | B:9 [U] | ✔ |
| A:43 [HIS] | B:413 [A] | A:34 [HIS] | B:13 [A] | ✔ |
| A:43 [HIS] | B:416 [C] | A:34 [HIS] | B:16 [C] | ✔ |
| A:130 [LYS] | B:407 [G] | A:121 [LYS] | B:7 [G] | ✔ |
| A:130 [LYS] | B:408 [G] | A:121 [LYS] | B:8 [G] | ✔ |
| A:129 [LEU] | B:408 [G] | A:120 [LYS] | B:8 [G] | ✔ |
| A:129 [LEU] | B:409 [U] | A:120 [LYS] | B:9 [U] | ✔ |
| A:129 [LEU] | B:411 [C] | A:120 [LYS] | B:11 [C] | ✔ |
| A:44 [THR] | B:409 [U] | A:35 [GLY] | B:9 [U] | ✔ |
| A:44 [THR] | B:410 [FHU] | A:35 [GLY] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:44 [THR] | B:413 [A] | A:35 [GLY] | B:13 [A] | ✔ |
| A:134 [LYS] | B:407 [G] | A:125 [GLU] | B:7 [G] | ✔ |
| A:307 [ARG] | B:418 [G] | A:304 [LYS] | B:18 [G] | ✔ |
| A:128 [ALA] | B:408 [G] | A:119 [ALA] | B:8 [G] | ✔ |
| A:128 [ALA] | B:409 [U] | A:119 [ALA] | B:9 [U] | ✔ |
| A:128 [ALA] | B:411 [C] | A:119 [ALA] | B:11 [C] | ✔ |
| A:128 [ALA] | B:412 [G] | A:119 [ALA] | B:12 [G] | ✔ |
| A:47 [LEU] | B:410 [FHU] | A:38 [LEU] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:127 [SER] | B:411 [C] | A:118 [SER] | B:11 [C] | ✔ |
| A:66 [SER] | B:416 [C] | A:57 [LEU] | B:16 [C] | ✔ |
| A:126 [TYR] | B:411 [C] | A:117 [TYR] | B:11 [C] | ✔ |
| A:181 [ARG] | B:410 [FHU] | A:172 [ARG] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:181 [ARG] | B:411 [C] | A:172 [ARG] | B:11 [C] | ✔ |
| A:64 [LYS] | B:417 [C] | A:55 [ARG] | B:17 [C] | ✔ |
| A:64 [LYS] | B:418 [G] | A:55 [ARG] | B:18 [G] | ✔ |
| A:25 [SER] | B:412 [G] | A:16 [SER] | B:12 [G] | ✔ |
| A:74 [LYS] | B:409 [U] | A:65 [LYS] | B:9 [U] | ✔ |
| A:74 [LYS] | B:410 [FHU] | A:65 [LYS] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:176 [LYS] | B:410 [FHU] | A:167 [PRO] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:76 [TYR] | B:410 [FHU] | A:67 [PHE] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:49 [PRO] | B:411 [C] | A:40 [PRO] | B:11 [C] | ✔ |
| A:49 [PRO] | B:412 [G] | A:40 [PRO] | B:12 [G] | ✔ |
| A:42 [GLY] | B:413 [A] | A:33 [GLY] | B:13 [A] | ✔ |
| A:42 [GLY] | B:416 [C] | A:33 [GLY] | B:16 [C] | ✔ |
| A:26 [ASN] | B:413 [A] | A:17 [HIS] | B:13 [A] | ✔ |
| A:26 [ASN] | B:415 [C] | A:17 [HIS] | B:15 [U] | ✔ |
| A:46 [ALA] | B:409 [U] | A:37 [THR] | B:9 [U] | ✔ |
| A:46 [ALA] | B:410 [FHU] | A:37 [THR] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:46 [ALA] | B:411 [C] | A:37 [THR] | B:11 [C] | ✔ |
| A:46 [ALA] | B:412 [G] | A:37 [THR] | B:12 [G] | ✔ |
| A:30 [GLN] | B:415 [C] | A:21 [ASP] | B:15 [U] | ✔ |
| A:137 [TYR] | B:411 [C] | A:128 [TYR] | B:11 [C] | ✔ |
| A:137 [TYR] | B:412 [G] | A:128 [TYR] | B:12 [G] | ✔ |
| A:137 [TYR] | B:413 [A] | A:128 [TYR] | B:13 [A] | ✔ |
| A:137 [TYR] | B:414 [U] | A:128 [TYR] | B:14 [A] | ✔ |
| A:177 [GLY] | B:409 [U] | A:168 [GLY] | B:9 [U] | ✔ |
| A:177 [GLY] | B:410 [FHU] | A:168 [GLY] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:51 [ALA] | B:410 [FHU] | A:42 [ALA] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:24 [SER] | B:412 [G] | A:15 [THR] | B:12 [G] | ✔ |
| A:24 [SER] | B:413 [A] | A:15 [THR] | B:13 [A] | ✔ |
| A:41 [ALA] | B:413 [A] | A:32 [VAL] | B:13 [A] | ✔ |
| A:41 [ALA] | B:416 [C] | A:32 [VAL] | B:16 [C] | ✔ |
| A:179 [TYR] | B:410 [FHU] | A:170 [TYR] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:179 [TYR] | B:411 [C] | A:170 [TYR] | B:11 [C] | ✔ |
| A:131 [TYR] | B:407 [G] | A:122 [TYR] | B:7 [G] | ✔ |
| A:27 [ASP] | B:413 [A] | A:18 [ASP] | B:13 [A] | ✔ |
| A:92 [ASP] | B:411 [C] | A:83 [THR] | B:11 [C] | ✔ |
| A:151 [ARG] | B:409 [U] | A:142 [LYS] | B:9 [U] | ✔ |
| A:70 [LEU] | B:408 [G] | A:61 [LYS] | B:8 [G] | ✔ |
| A:70 [LEU] | B:409 [U] | A:61 [LYS] | B:9 [U] | ✔ |
| A:70 [LEU] | B:410 [FHU] | A:61 [LYS] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:88 [THR] | B:411 [C] | A:79 [THR] | B:11 [C] | ✔ |
| A:182 [THR] | B:410 [FHU] | A:173 [SER] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:202 [ARG] | B:410 [FHU] | A:193 [ARG] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:63 [THR] | B:416 [C] | A:54 [THR] | B:16 [C] | ✔ |
| A:63 [THR] | B:417 [C] | A:54 [THR] | B:17 [C] | ✔ |
| A:29 [LEU] | B:413 [A] | A:20 [VAL] | B:13 [A] | ✔ |
| A:180 [ILE] | B:410 [FHU] | A:171 [ILE] | B:10 [FHU] | ✔ |
| A:67 [GLN] | B:417 [C] | A:58 [GLU] | B:17 [C] | ✔ |
| A:67 [GLN] | B:418 [G] | A:58 [GLU] | B:18 [G] | ✔ |
| A:130 [LYS] | B:409 [U] | A:121 [LYS] | B:9 [U] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:66 [SER] | B:417 [C] | A:57 [LEU] | B:17 [C] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:176 [LYS] | B:408 [G] | A:167 [PRO] | B:8 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:176 [LYS] | B:409 [U] | A:167 [PRO] | B:9 [U] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:41 [ALA] | B:415 [C] | A:32 [VAL] | B:15 [U] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:179 [TYR] | B:409 [U] | A:170 [TYR] | B:9 [U] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:151 [ARG] | B:408 [G] | A:142 [LYS] | B:8 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:70 [LEU] | B:413 [A] | A:61 [LYS] | B:13 [A] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:70 [LEU] | B:416 [C] | A:61 [LYS] | B:16 [C] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:70 [LEU] | B:417 [C] | A:61 [LYS] | B:17 [C] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:29 [LEU] | B:415 [C] | A:20 [VAL] | B:15 [U] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:67 [GLN] | B:408 [G] | A:58 [GLU] | B:8 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:130 [LYS] | B:406 [C] | A:121 [LYS] | B:6 [C] | ❌ 1K8W_A_B |
| A:135 [LYS] | B:409 [U] | A:126 [ARG] | B:9 [U] | ❌ 1K8W_A_B |
| A:135 [LYS] | B:407 [G] | A:126 [ARG] | B:7 [G] | ❌ 1K8W_A_B |
| A:135 [LYS] | B:416 [C] | A:126 [ARG] | B:16 [C] | ❌ 1K8W_A_B |
| A:135 [LYS] | B:408 [G] | A:126 [ARG] | B:8 [G] | ❌ 1K8W_A_B |
| A:307 [ARG] | B:417 [C] | A:304 [LYS] | B:17 [C] | ❌ 1K8W_A_B |
| A:46 [ALA] | B:413 [A] | A:37 [THR] | B:13 [A] | ❌ 1K8W_A_B |
| A:71 [ASP] | B:408 [G] | A:62 [ASP] | B:8 [G] | ❌ 2AB4_A:62 no longer at interface |
| A:93 [GLY] | B:411 [C] | A:84 [GLY] | B:11 [C] | ❌ 2AB4_A:84 no longer at interface |
| A:72 [SER] | B:410 [FHU] | A:63 [LEU] | B:10 [FHU] | ❌ 2AB4_A:63 no longer at interface |
| A:33 [LYS] | B:416 [C] | A:24 [ARG] | B:16 [C] | ❌ 1K8W_A:33 no longer at interface |
| A:33 [LYS] | B:415 [C] | A:24 [ARG] | B:15 [U] | ❌ 1K8W_A:33 no longer at interface |
| A:39 [ASN] | B:416 [C] | A:30 [ARG] | B:16 [C] | ❌ 1K8W_A:39 no longer at interface |
| A:39 [ASN] | B:415 [C] | A:30 [ARG] | B:15 [U] | ❌ 1K8W_A:39 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PUA domain & Pseudouridine synthase | 0.91 | 0.79 | 0.54 | 0.9 | 0.55 | 0.96 | 1.0 | 0.90 | 0.85 | 0.47 | 0.27 |
Other pairs involving 1K8W_A_B or 2AB4_A_B
Total number of entries: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2AB4_A_B | 3HJW_A_D,E | 0.81 | 0.78 | 1.4 | 0.15 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 1K8W_A_B | 2AB4_A_B | 0.90 | 0.91 | 0.79 | 0.54 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 1K8W_A_B | 3HJW_A_D,E | 0.82 | 0.76 | 1.31 | 0.15 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 1K8W_A_B | 3HAX_A_E,F | 0.84 | 0.76 | 1.22 | 0.15 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 1K8W_A_B | 1R3E_A_C | 0.91 | 0.9 | 0.72 | 0.54 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 1R3E_A_C | 2AB4_A_B | 0.97 | 0.98 | 0.48 | 0.54 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare |