RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group107 > 1R3E_A_C vs 2AB4_A_B

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1R3E_A
1R3E_C
2AB4_A
2AB4_B
Conserved?
A:133 [GLY] C:406 [G] A:124 [GLY] B:6 [C] ✔
A:133 [GLY] C:407 [U] A:124 [GLY] B:7 [G] ✔
A:151 [LYS] C:409 [U] A:142 [LYS] B:9 [U] ✔
A:24 [THR] C:412 [G] A:15 [THR] B:12 [G] ✔
A:24 [THR] C:413 [A] A:15 [THR] B:13 [A] ✔
A:178 [THR] C:410 [FHU] A:169 [THR] B:10 [FHU] ✔
A:200 [LEU] C:410 [FHU] A:191 [LEU] B:10 [FHU] ✔
A:45 [GLY] C:409 [U] A:36 [GLY] B:9 [U] ✔
A:45 [GLY] C:410 [FHU] A:36 [GLY] B:10 [FHU] ✔
A:45 [GLY] C:413 [A] A:36 [GLY] B:13 [A] ✔
A:141 [ARG] C:412 [G] A:132 [ARG] B:12 [G] ✔
A:90 [ASP] C:411 [C] A:81 [ASP] B:11 [C] ✔
A:48 [ASP] C:410 [FHU] A:39 [ASP] B:10 [FHU] ✔
A:48 [ASP] C:411 [C] A:39 [ASP] B:11 [C] ✔
A:43 [HIS] C:409 [U] A:34 [HIS] B:9 [U] ✔
A:43 [HIS] C:413 [A] A:34 [HIS] B:13 [A] ✔
A:43 [HIS] C:416 [C] A:34 [HIS] B:16 [C] ✔
A:130 [LYS] C:407 [U] A:121 [LYS] B:7 [G] ✔
A:130 [LYS] C:408 [G] A:121 [LYS] B:8 [G] ✔
A:44 [GLY] C:409 [U] A:35 [GLY] B:9 [U] ✔
A:44 [GLY] C:410 [FHU] A:35 [GLY] B:10 [FHU] ✔
A:44 [GLY] C:413 [A] A:35 [GLY] B:13 [A] ✔
A:33 [ARG] C:415 [C] A:24 [ARG] B:15 [U] ✔
A:41 [VAL] C:413 [A] A:32 [VAL] B:13 [A] ✔
A:41 [VAL] C:416 [C] A:32 [VAL] B:16 [C] ✔
A:128 [ALA] C:408 [G] A:119 [ALA] B:8 [G] ✔
A:128 [ALA] C:409 [U] A:119 [ALA] B:9 [U] ✔
A:128 [ALA] C:411 [C] A:119 [ALA] B:11 [C] ✔
A:128 [ALA] C:412 [G] A:119 [ALA] B:12 [G] ✔
A:47 [LEU] C:410 [FHU] A:38 [LEU] B:10 [FHU] ✔
A:127 [SER] C:411 [C] A:118 [SER] B:11 [C] ✔
A:126 [TYR] C:411 [C] A:117 [TYR] B:11 [C] ✔
A:181 [ARG] C:410 [FHU] A:172 [ARG] B:10 [FHU] ✔
A:181 [ARG] C:411 [C] A:172 [ARG] B:11 [C] ✔
A:64 [ARG] C:417 [A] A:55 [ARG] B:17 [C] ✔
A:64 [ARG] C:418 [C] A:55 [ARG] B:18 [G] ✔
A:25 [SER] C:412 [G] A:16 [SER] B:12 [G] ✔
A:74 [LYS] C:410 [FHU] A:65 [LYS] B:10 [FHU] ✔
A:76 [TYR] C:410 [FHU] A:67 [PHE] B:10 [FHU] ✔
A:49 [PRO] C:411 [C] A:40 [PRO] B:11 [C] ✔
A:49 [PRO] C:412 [G] A:40 [PRO] B:12 [G] ✔
A:67 [GLU] C:417 [A] A:58 [GLU] B:17 [C] ✔
A:67 [GLU] C:418 [C] A:58 [GLU] B:18 [G] ✔
A:132 [LYS] C:406 [G] A:123 [LYS] B:6 [C] ✔
A:132 [LYS] C:407 [U] A:123 [LYS] B:7 [G] ✔
A:42 [GLY] C:413 [A] A:33 [GLY] B:13 [A] ✔
A:42 [GLY] C:416 [C] A:33 [GLY] B:16 [C] ✔
A:137 [TYR] C:411 [C] A:128 [TYR] B:11 [C] ✔
A:137 [TYR] C:412 [G] A:128 [TYR] B:12 [G] ✔
A:137 [TYR] C:413 [A] A:128 [TYR] B:13 [A] ✔
A:137 [TYR] C:414 [U] A:128 [TYR] B:14 [A] ✔
A:30 [ASP] C:415 [C] A:21 [ASP] B:15 [U] ✔
A:177 [GLY] C:409 [U] A:168 [GLY] B:9 [U] ✔
A:177 [GLY] C:410 [FHU] A:168 [GLY] B:10 [FHU] ✔
A:134 [GLU] C:407 [U] A:125 [GLU] B:7 [G] ✔
A:182 [SER] C:410 [FHU] A:173 [SER] B:10 [FHU] ✔
A:313 [LYS] C:417 [A] A:304 [LYS] B:17 [C] ✔
A:313 [LYS] C:418 [C] A:304 [LYS] B:18 [G] ✔
A:46 [THR] C:409 [U] A:37 [THR] B:9 [U] ✔
A:46 [THR] C:410 [FHU] A:37 [THR] B:10 [FHU] ✔
A:46 [THR] C:411 [C] A:37 [THR] B:11 [C] ✔
A:46 [THR] C:412 [G] A:37 [THR] B:12 [G] ✔
A:39 [ARG] C:416 [C] A:30 [ARG] B:16 [C] ✔
A:135 [ARG] C:407 [U] A:126 [ARG] B:7 [G] ✔
A:135 [ARG] C:408 [G] A:126 [ARG] B:8 [G] ✔
A:135 [ARG] C:409 [U] A:126 [ARG] B:9 [U] ✔
A:135 [ARG] C:413 [A] A:126 [ARG] B:13 [A] ✔
A:135 [ARG] C:414 [U] A:126 [ARG] B:14 [A] ✔
A:135 [ARG] C:416 [C] A:126 [ARG] B:16 [C] ✔
A:26 [HIS] C:413 [A] A:17 [HIS] B:13 [A] ✔
A:26 [HIS] C:415 [C] A:17 [HIS] B:15 [U] ✔
A:179 [TYR] C:410 [FHU] A:170 [TYR] B:10 [FHU] ✔
A:179 [TYR] C:411 [C] A:170 [TYR] B:11 [C] ✔
A:131 [TYR] C:407 [U] A:122 [TYR] B:7 [G] ✔
A:129 [LYS] C:408 [G] A:120 [LYS] B:8 [G] ✔
A:129 [LYS] C:409 [U] A:120 [LYS] B:9 [U] ✔
A:129 [LYS] C:411 [C] A:120 [LYS] B:11 [C] ✔
A:40 [LYS] C:416 [C] A:31 [LYS] B:16 [C] ✔
A:40 [LYS] C:417 [A] A:31 [LYS] B:17 [C] ✔
A:92 [THR] C:411 [C] A:83 [THR] B:11 [C] ✔
A:88 [THR] C:411 [C] A:79 [THR] B:11 [C] ✔
A:70 [LYS] C:408 [G] A:61 [LYS] B:8 [G] ✔
A:70 [LYS] C:409 [U] A:61 [LYS] B:9 [U] ✔
A:70 [LYS] C:410 [FHU] A:61 [LYS] B:10 [FHU] ✔
A:66 [LEU] C:416 [C] A:57 [LEU] B:16 [C] ✔
A:202 [ARG] C:410 [FHU] A:193 [ARG] B:10 [FHU] ✔
A:63 [THR] C:416 [C] A:54 [THR] B:16 [C] ✔
A:63 [THR] C:417 [A] A:54 [THR] B:17 [C] ✔
A:29 [VAL] C:413 [A] A:20 [VAL] B:13 [A] ✔
A:180 [ILE] C:410 [FHU] A:171 [ILE] B:10 [FHU] ✔
A:41 [VAL] C:415 [C] A:32 [VAL] B:15 [U] ❌ 2AB4_A_B
A:179 [TYR] C:409 [U] A:170 [TYR] B:9 [U] ❌ 2AB4_A_B
A:66 [LEU] C:417 [A] A:57 [LEU] B:17 [C] ❌ 2AB4_A_B
A:130 [LYS] C:406 [G] A:121 [LYS] B:6 [C] ❌ 1R3E_A_C
A:141 [ARG] C:411 [C] A:132 [ARG] B:11 [C] ❌ 1R3E_A_C
A:33 [ARG] C:416 [C] A:24 [ARG] B:16 [C] ❌ 1R3E_A_C
A:39 [ARG] C:415 [C] A:30 [ARG] B:15 [U] ❌ 1R3E_A_C
A:46 [THR] C:413 [A] A:37 [THR] B:13 [A] ❌ 1R3E_A_C
A:74 [LYS] C:409 [U] A:65 [LYS] B:9 [U] ❌ 1R3E_A_C
A:50 [PHE] C:410 [FHU] A:41 [PHE] B:10 [FHU] ❌ 2AB4_A:41 no longer at interface
A:176 [PRO] C:410 [FHU] A:167 [PRO] B:10 [FHU] ❌ 1R3E_A:176 no longer at interface
A:27 [ASP] C:413 [A] A:18 [ASP] B:13 [A] ❌ 1R3E_A:27 no longer at interface
A:51 [ALA] C:410 [FHU] A:42 [ALA] B:10 [FHU] ❌ 1R3E_A:51 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
PUA domain & Pseudouridine synthase 0.98 0.48 0.54 0.99 0.48 0.98 1.0 0.97 0.96 0.62 0.31


Other pairs involving 1R3E_A_C or 2AB4_A_B

Total number of entries: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2AB4_A_B 3HJW_A_D,E 0.81 0.78 1.4 0.15 PUA domain & Pseudouridine synthase compare
1K8W_A_B 2AB4_A_B 0.90 0.91 0.79 0.54 PUA domain & Pseudouridine synthase compare
1K8W_A_B 1R3E_A_C 0.91 0.9 0.72 0.54 PUA domain & Pseudouridine synthase compare
1R3E_A_C 2AB4_A_B 0.97 0.98 0.48 0.54 PUA domain & Pseudouridine synthase compare