Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 2AB4_A
|
2AB4_B
|
3HJW_A
|
3HJW_D,E
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:38 [LEU] | B:10 [FHU] | A:84 [LEU] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:61 [LYS] | B:8 [G] | A:107 [LEU] | E:66 [C] | ✔ |
| A:61 [LYS] | B:9 [U] | A:107 [LEU] | E:67 [G] | ✔ |
| A:61 [LYS] | B:10 [FHU] | A:107 [LEU] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:193 [ARG] | B:10 [FHU] | A:205 [ARG] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:191 [LEU] | B:10 [FHU] | A:203 [LEU] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:118 [SER] | B:11 [C] | A:147 [SER] | E:69 [G] | ✔ |
| A:170 [TYR] | B:10 [FHU] | A:182 [TYR] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:170 [TYR] | B:11 [C] | A:182 [TYR] | E:69 [G] | ✔ |
| A:35 [GLY] | B:9 [U] | A:81 [GLY] | E:67 [G] | ✔ |
| A:171 [ILE] | B:10 [FHU] | A:183 [ILE] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:172 [ARG] | B:10 [FHU] | A:184 [ARG] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:65 [LYS] | B:9 [U] | A:111 [LYS] | E:67 [G] | ✔ |
| A:65 [LYS] | B:10 [FHU] | A:111 [LYS] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:168 [GLY] | B:9 [U] | A:180 [GLY] | E:67 [G] | ✔ |
| A:168 [GLY] | B:10 [FHU] | A:180 [GLY] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:34 [HIS] | B:9 [U] | A:80 [HIS] | E:67 [G] | ✔ |
| A:142 [LYS] | B:9 [U] | A:154 [ARG] | E:67 [G] | ✔ |
| A:121 [LYS] | B:6 [C] | A:150 [LYS] | E:64 [A] | ✔ |
| A:121 [LYS] | B:7 [G] | A:150 [LYS] | E:65 [G] | ✔ |
| A:121 [LYS] | B:8 [G] | A:150 [LYS] | E:66 [C] | ✔ |
| A:119 [ALA] | B:8 [G] | A:148 [ALA] | E:66 [C] | ✔ |
| A:119 [ALA] | B:9 [U] | A:148 [ALA] | E:67 [G] | ✔ |
| A:119 [ALA] | B:11 [C] | A:148 [ALA] | E:69 [G] | ✔ |
| A:119 [ALA] | B:12 [G] | A:148 [ALA] | E:70 [C] | ✔ |
| A:167 [PRO] | B:10 [FHU] | A:179 [ALA] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:36 [GLY] | B:9 [U] | A:82 [GLY] | E:67 [G] | ✔ |
| A:36 [GLY] | B:10 [FHU] | A:82 [GLY] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:42 [ALA] | B:10 [FHU] | A:88 [VAL] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:67 [PHE] | B:10 [FHU] | A:113 [TYR] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:39 [ASP] | B:10 [FHU] | A:85 [ASP] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:39 [ASP] | B:11 [C] | A:85 [ASP] | E:69 [G] | ✔ |
| A:117 [TYR] | B:11 [C] | A:146 [ARG] | E:69 [G] | ✔ |
| A:169 [THR] | B:10 [FHU] | A:181 [THR] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:120 [LYS] | B:8 [G] | A:149 [VAL] | E:66 [C] | ✔ |
| A:120 [LYS] | B:9 [U] | A:149 [VAL] | E:67 [G] | ✔ |
| A:120 [LYS] | B:11 [C] | A:149 [VAL] | E:69 [G] | ✔ |
| A:37 [THR] | B:9 [U] | A:83 [THR] | E:67 [G] | ✔ |
| A:37 [THR] | B:10 [FHU] | A:83 [THR] | E:68 [FHU] | ✔ |
| A:37 [THR] | B:11 [C] | A:83 [THR] | E:69 [G] | ✔ |
| A:37 [THR] | B:12 [G] | A:83 [THR] | E:70 [C] | ✔ |
| A:40 [PRO] | B:11 [C] | A:86 [PRO] | E:69 [G] | ✔ |
| A:35 [GLY] | B:10 [FHU] | A:81 [GLY] | E:68 [FHU] | ❌ 3HJW_A_D,E |
| A:172 [ARG] | B:11 [C] | A:184 [ARG] | E:69 [G] | ❌ 3HJW_A_D,E |
| A:40 [PRO] | B:12 [G] | A:86 [PRO] | E:70 [C] | ❌ 3HJW_A_D,E |
| A:15 [THR] | B:12 [G] | A:61 [THR] | E:70 [C] | ❌ 3HJW_A_D,E |
| A:117 [TYR] | B:12 [G] | A:146 [ARG] | E:70 [C] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:118 [SER] | B:12 [G] | A:147 [SER] | E:70 [C] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:142 [LYS] | B:8 [G] | A:154 [ARG] | E:66 [C] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:167 [PRO] | B:9 [U] | A:179 [ALA] | E:67 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:193 [ARG] | B:9 [U] | A:205 [ARG] | E:67 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:15 [THR] | B:11 [C] | A:61 [THR] | E:69 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:17 [HIS] | B:12 [G] | A:63 [HIS] | E:70 [C] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:17 [HIS] | B:9 [U] | A:63 [HIS] | E:67 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:17 [HIS] | B:11 [C] | A:63 [HIS] | E:69 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:38 [LEU] | B:11 [C] | A:84 [LEU] | E:69 [G] | ❌ 2AB4_A_B |
| A:122 [TYR] | B:7 [G] | A:151 [ARG] | E:65 [G] | ❌ 3HJW_A:151 no longer at interface |
| A:173 [SER] | B:10 [FHU] | A:185 [SER] | E:68 [FHU] | ❌ 3HJW_A:185 no longer at interface |
| A:16 [SER] | B:12 [G] | A:62 [SER] | E:70 [C] | ❌ 3HJW_A:62 no longer at interface |
| A:116 [ALA] | B:12 [G] | A:145 [LEU] | E:70 [C] | ❌ 2AB4_A:116 no longer at interface |
| A:139 [LEU] | B:7 [G] | A:152 [ARG] | E:65 [G] | ❌ 2AB4_A:139 no longer at interface |
| A:139 [LEU] | B:8 [G] | A:152 [ARG] | E:66 [C] | ❌ 2AB4_A:139 no longer at interface |
| A:144 [VAL] | B:9 [U] | A:156 [ARG] | E:67 [G] | ❌ 2AB4_A:144 no longer at interface |
| A:144 [VAL] | B:8 [G] | A:156 [ARG] | E:66 [C] | ❌ 2AB4_A:144 no longer at interface |
| A:166 [SER] | B:10 [FHU] | A:178 [GLU] | E:68 [FHU] | ❌ 2AB4_A:166 no longer at interface |
| A:188 [ALA] | B:10 [FHU] | A:200 [MET] | E:68 [FHU] | ❌ 2AB4_A:188 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PUA domain & Pseudouridine synthase | 0.78 | 1.4 | 0.15 | 0.8 | 0.33 | 0.77 | 0.54 | 0.81 | 0.75 | 0.44 | 0.42 |
Other pairs involving 2AB4_A_B or 3HJW_A_D,E
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3HAX_A_E,F | 3HJW_A_D,E | 0.94 | 0.99 | 0.57 | 0.42 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 2AB4_A_B | 3HJW_A_D,E | 0.81 | 0.78 | 1.4 | 0.15 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 2HVY_A_E | 3HJW_A_D,E | 0.77 | 0.93 | 1.3 | 0.5 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 1K8W_A_B | 2AB4_A_B | 0.90 | 0.91 | 0.79 | 0.54 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 1K8W_A_B | 3HJW_A_D,E | 0.82 | 0.76 | 1.31 | 0.15 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare | |
| 3HJW_A_D,E | 3LWR_A_D,E | 0.97 | 0.99 | 0.47 | 0.93 | PUA domain & Pseudouridine synthase | Pab160 RNA | compare |
| 1R3E_A_C | 2AB4_A_B | 0.97 | 0.98 | 0.48 | 0.54 | PUA domain & Pseudouridine synthase | compare |