RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group110 > 3U4M_A_B vs 3U56_A_B

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

3U4M_A
3U4M_B
3U56_A
3U56_B
Conserved?
A:4 [GLY] B:2129 [C] A:4 [GLY] B:2129 [C] ✔
A:4 [GLY] B:2130 [U] A:4 [GLY] B:2130 [U] ✔
A:4 [GLY] B:2175 [C] A:4 [GLY] B:2175 [C] ✔
A:164 [ARG] B:2122 [U] A:164 [ARG] B:2122 [U] ✔
A:170 [ALA] B:2121 [G] A:170 [ALA] B:2121 [G] ✔
A:170 [ALA] B:2177 [C] A:170 [ALA] B:2177 [C] ✔
A:170 [ALA] B:2178 [C] A:170 [ALA] B:2178 [C] ✔
A:7 [TYR] B:2129 [C] A:7 [TYR] B:2129 [C] ✔
A:7 [TYR] B:2175 [C] A:7 [TYR] B:2175 [C] ✔
A:7 [TYR] B:2176 [A] A:7 [TYR] B:2176 [A] ✔
A:37 [PHE] B:2125 [G] A:37 [PHE] B:2125 [G] ✔
A:37 [PHE] B:2126 [A] A:37 [PHE] B:2126 [A] ✔
A:37 [PHE] B:2127 [G] A:37 [PHE] B:2127 [G] ✔
A:37 [PHE] B:2128 [C] A:37 [PHE] B:2128 [C] ✔
A:42 [GLU] B:2123 [G] A:42 [GLU] B:2123 [G] ✔
A:42 [GLU] B:2124 [G] A:42 [GLU] B:2124 [G] ✔
A:42 [GLU] B:2175 [C] A:42 [GLU] B:2175 [C] ✔
A:42 [GLU] B:2176 [A] A:42 [GLU] B:2176 [A] ✔
A:221 [SER] B:2176 [A] A:221 [SER] B:2176 [A] ✔
A:221 [SER] B:2177 [C] A:221 [SER] B:2177 [C] ✔
A:36 [LYS] B:2127 [G] A:36 [LYS] B:2127 [G] ✔
A:36 [LYS] B:2128 [C] A:36 [LYS] B:2128 [C] ✔
A:210 [ARG] B:2179 [C] A:210 [ARG] B:2179 [C] ✔
A:216 [THR] B:2175 [C] A:216 [THR] B:2175 [C] ✔
A:211 [SER] B:2177 [C] A:211 [SER] B:2177 [C] ✔
A:211 [SER] B:2178 [C] A:211 [SER] B:2178 [C] ✔
A:220 [PRO] B:2175 [C] A:220 [PRO] B:2175 [C] ✔
A:220 [PRO] B:2176 [A] A:220 [PRO] B:2176 [A] ✔
A:169 [GLY] B:2178 [C] A:169 [GLY] B:2178 [C] ✔
A:2 [LYS] B:2175 [C] A:2 [LYS] B:2175 [C] ✔
A:40 [THR] B:2124 [G] A:40 [THR] B:2124 [G] ✔
A:40 [THR] B:2125 [G] A:40 [THR] B:2125 [G] ✔
A:134 [ARG] B:2168 [G] A:134 [ARG] B:2168 [G] ✔
A:134 [ARG] B:2169 [A] A:134 [ARG] B:2169 [A] ✔
A:134 [ARG] B:2170 [A] A:134 [ARG] B:2170 [A] ✔
A:134 [ARG] B:2171 [A] A:134 [ARG] B:2171 [A] ✔
A:213 [TYR] B:2176 [A] A:213 [TYR] B:2176 [A] ✔
A:213 [TYR] B:2177 [C] A:213 [TYR] B:2177 [C] ✔
A:213 [TYR] B:2178 [C] A:213 [TYR] B:2178 [C] ✔
A:219 [GLY] B:2175 [C] A:219 [GLY] B:2175 [C] ✔
A:219 [GLY] B:2176 [A] A:219 [GLY] B:2176 [A] ✔
A:166 [ASP] B:2121 [G] A:166 [ASP] B:2121 [G] ✔
A:166 [ASP] B:2122 [U] A:166 [ASP] B:2122 [U] ✔
A:166 [ASP] B:2177 [C] A:166 [ASP] B:2177 [C] ✔
A:168 [THR] B:2120 [G] A:168 [THR] B:2120 [G] ✔
A:168 [THR] B:2121 [G] A:168 [THR] B:2121 [G] ✔
A:168 [THR] B:2178 [C] A:168 [THR] B:2178 [C] ✔
A:168 [THR] B:2179 [C] A:168 [THR] B:2179 [C] ✔
A:35 [ALA] B:2127 [G] A:35 [ALA] B:2127 [G] ✔
A:35 [ALA] B:2128 [C] A:35 [ALA] B:2128 [C] ✔
A:8 [ARG] B:2130 [U] A:8 [ARG] B:2130 [U] ✔
A:8 [ARG] B:2132 [U] A:8 [ARG] B:2132 [U] ✔
A:3 [HIS] B:2175 [C] A:3 [HIS] B:2175 [C] ✔
A:3 [HIS] B:2176 [A] A:3 [HIS] B:2176 [A] ✔
A:45 [ALA] B:2177 [C] A:45 [ALA] B:2177 [C] ✔
A:217 [THR] B:2124 [G] A:217 [VAL] B:2124 [G] ✔
A:217 [THR] B:2125 [G] A:217 [VAL] B:2125 [G] ✔
A:217 [THR] B:2174 [C] A:217 [VAL] B:2174 [C] ✔
A:217 [THR] B:2175 [C] A:217 [VAL] B:2175 [C] ✔
A:6 [ARG] B:2128 [C] A:6 [ARG] B:2128 [C] ✔
A:6 [ARG] B:2129 [C] A:6 [ARG] B:2129 [C] ✔
A:6 [ARG] B:2174 [C] A:6 [ARG] B:2174 [C] ✔
A:6 [ARG] B:2175 [C] A:6 [ARG] B:2175 [C] ✔
A:174 [PRO] B:2123 [G] A:174 [PRO] B:2123 [G] ✔
A:174 [PRO] B:2124 [G] A:174 [PRO] B:2124 [G] ✔
A:167 [LYS] B:2120 [G] A:167 [LYS] B:2120 [G] ✔
A:167 [LYS] B:2121 [G] A:167 [LYS] B:2121 [G] ✔
A:133 [PRO] B:2169 [A] A:133 [PRO] B:2169 [A] ✔
A:133 [PRO] B:2170 [A] A:133 [PRO] B:2170 [A] ✔
A:173 [ALA] B:2123 [G] A:173 [ALA] B:2123 [G] ✔
A:215 [THR] B:2175 [C] A:215 [THR] B:2175 [C] ✔
A:215 [THR] B:2176 [A] A:215 [THR] B:2176 [A] ✔
A:172 [HIS] B:2121 [G] A:172 [HIS] B:2121 [G] ✔
A:172 [HIS] B:2122 [U] A:172 [HIS] B:2122 [U] ✔
A:172 [HIS] B:2123 [G] A:172 [HIS] B:2123 [G] ✔
A:172 [HIS] B:2176 [A] A:172 [HIS] B:2176 [A] ✔
A:172 [HIS] B:2177 [C] A:172 [HIS] B:2177 [C] ✔
A:218 [MET] B:2124 [G] A:218 [MET] B:2124 [G] ✔
A:218 [MET] B:2125 [G] A:218 [MET] B:2125 [G] ✔
A:218 [MET] B:2127 [G] A:218 [MET] B:2127 [G] ✔
A:218 [MET] B:2128 [C] A:218 [MET] B:2128 [C] ✔
A:218 [MET] B:2173 [A] A:218 [MET] B:2173 [A] ✔
A:218 [MET] B:2174 [C] A:218 [MET] B:2174 [C] ✔
A:218 [MET] B:2175 [C] A:218 [MET] B:2175 [C] ✔
A:5 [LYS] B:2129 [C] A:5 [LYS] B:2129 [C] ✔
A:5 [LYS] B:2130 [U] A:5 [LYS] B:2130 [U] ✔
A:5 [LYS] B:2131 [G] A:5 [LYS] B:2131 [G] ✔
A:5 [LYS] B:2132 [U] A:5 [LYS] B:2132 [U] ✔
A:46 [LYS] B:2177 [C] A:46 [LYS] B:2177 [C] ✔
A:46 [LYS] B:2178 [C] A:46 [LYS] B:2178 [C] ✔
A:46 [LYS] B:2179 [C] A:46 [LYS] B:2179 [C] ✔
A:129 [ARG] B:2169 [A] A:129 [ARG] B:2169 [A] ✔
A:177 [LYS] B:2125 [G] A:177 [LYS] B:2125 [G] ✔
A:70 [LYS] B:2125 [G] A:70 [LYS] B:2125 [G] ✔
A:44 [HIS] B:2123 [G] A:44 [HIS] B:2123 [G] ✔
A:44 [HIS] B:2176 [A] A:44 [HIS] B:2176 [A] ✔
A:44 [HIS] B:2177 [C] A:44 [HIS] B:2177 [C] ✔
A:36 [LYS] B:2129 [C] A:36 [LYS] B:2129 [C] ❌ 3U56_A_B
A:133 [PRO] B:2122 [U] A:133 [PRO] B:2122 [U] ❌ 3U4M_A_B
A:166 [ASP] B:2178 [C] A:166 [ASP] B:2178 [C] ❌ 3U4M_A_B
A:6 [ARG] B:2130 [U] A:6 [ARG] B:2130 [U] ❌ 3U4M_A_B
A:70 [LYS] B:2126 [A] A:70 [LYS] B:2126 [A] ❌ 3U4M_A_B
A:1 [PRO] B:2133 [G] A:1 [PRO] B:2133 [G] ❌ 3U56_B:2133 no longer at interface
A:1 [PRO] B:2152 [G] A:1 [PRO] B:2152 [G] ❌ 3U4M_B:2152 no longer at interface
A:2 [LYS] B:2108 [A] A:2 [LYS] B:2108 [A] ❌ 3U4M_B:2108 no longer at interface
A:2 [LYS] B:2151 [G] A:2 [LYS] B:2151 [G] ❌ 3U4M_B:2151 no longer at interface
A:34 [THR] B:2128 [C] A:34 [THR] B:2128 [C] ❌ 3U56_A:34 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 0.5 0.96 0.98 0.87 1.0 0.96 0.98 0.96 0.84 0.50


Other pairs involving 3U4M_A_B or 3U56_A_B

Total number of entries: 11

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
3U4M_A_B 4QVI_A_B 0.96 0.96 0.81 0.93 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
3U4M_A_B 3U56_A_B 0.98 0.97 0.5 0.96 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
3U4M_A_B 7O7Y_Bv_B5 0.77 0.72 1.64 0.26 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 compare
3U4M_A_B 3UMY_A_B 0.87 0.93 1.74 0.93 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
3U4M_A_B 4QG3_A_B 0.98 0.97 0.7 0.97 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
2HW8_A_B 3U56_A_B 0.91 0.95 0.83 0.58 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 compare
2HW8_A_B 3U4M_A_B 0.91 0.96 0.54 0.58 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 compare
3U56_A_B 4QG3_A_B 0.98 0.98 0.75 0.95 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
3U56_A_B 3UMY_A_B 0.90 0.96 1.45 0.95 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
3U56_A_B 7O7Y_Bv_B5 0.73 0.72 1.94 0.21 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 compare
3U56_A_B 4QVI_A_B 0.96 0.97 0.76 0.9 Rossmann-like domain in Ribosomal protein L1 & a+b domain in Ribosomal protein L1 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare