RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group112 > 4YBB_AG_AA vs 6S0X_g_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4YBB_AG
4YBB_AA
6S0X_g
6S0X_a
Conserved?
AG:33 [ASP] AA:1350 [A] g:33 [ASP] a:1360 [A] ✔
AG:33 [ASP] AA:1351 [U] g:33 [ASP] a:1361 [U] ✔
AG:78 [ARG] AA:1381 [U] g:78 [ARG] a:1391 [U] ✔
AG:6 [VAL] AA:1378 [C] g:6 [SER] a:1388 [C] ✔
AG:6 [VAL] AA:1379 [G] g:6 [SER] a:1389 [G] ✔
AG:116 [MET] AA:1240 [U] g:116 [MET] a:1250 [U] ✔
AG:4 [ARG] AA:932 [C] g:4 [LYS] a:941 [C] ✔
AG:4 [ARG] AA:933 [G] g:4 [LYS] a:942 [G] ✔
AG:115 [SER] AA:1239 [A] g:115 [THR] a:1249 [A] ✔
AG:115 [SER] AA:1240 [U] g:115 [THR] a:1250 [U] ✔
AG:115 [SER] AA:1298 [U] g:115 [THR] a:1308 [C] ✔
AG:41 [SER] AA:1291 [U] g:41 [ARG] a:1301 [U] ✔
AG:36 [LYS] AA:1372 [U] g:36 [ARG] a:1382 [U] ✔
AG:36 [LYS] AA:1373 [G] g:36 [ARG] a:1383 [G] ✔
AG:36 [LYS] AA:1374 [A] g:36 [ARG] a:1384 [A] ✔
AG:39 [ALA] AA:1240 [U] g:39 [ALA] a:1250 [U] ✔
AG:35 [LYS] AA:1241 [G] g:35 [LYS] a:1251 [G] ✔
AG:35 [LYS] AA:1289 [A] g:35 [LYS] a:1299 [A] ✔
AG:35 [LYS] AA:1290 [G] g:35 [LYS] a:1300 [G] ✔
AG:35 [LYS] AA:1372 [U] g:35 [LYS] a:1382 [U] ✔
AG:10 [ARG] AA:1346 [A] g:10 [ARG] a:1356 [A] ✔
AG:10 [ARG] AA:1375 [A] g:10 [ARG] a:1385 [A] ✔
AG:10 [ARG] AA:1376 [U] g:10 [ARG] a:1386 [U] ✔
AG:79 [ARG] AA:1381 [U] g:79 [ARG] a:1391 [U] ✔
AG:79 [ARG] AA:1382 [C] g:79 [ARG] a:1392 [C] ✔
AG:3 [ARG] AA:932 [C] g:3 [ARG] a:941 [C] ✔
AG:3 [ARG] AA:933 [G] g:3 [ARG] a:942 [G] ✔
AG:3 [ARG] AA:935 [A] g:3 [ARG] a:944 [A] ✔
AG:3 [ARG] AA:1380 [U] g:3 [ARG] a:1390 [U] ✔
AG:3 [ARG] AA:1384 [C] g:3 [ARG] a:1394 [C] ✔
AG:42 [ILE] AA:1240 [U] g:42 [ILE] a:1250 [U] ✔
AG:5 [ARG] AA:1377 [A] g:5 [GLY] a:1387 [A] ✔
AG:98 [ALA] AA:1376 [U] g:98 [THR] a:1386 [U] ✔
AG:28 [ASN] AA:1374 [A] g:28 [ASN] a:1384 [A] ✔
AG:28 [ASN] AA:1375 [A] g:28 [ASN] a:1385 [A] ✔
AG:2 [PRO] AA:935 [A] g:2 [PRO] a:944 [A] ✔
AG:2 [PRO] AA:936 [C] g:2 [PRO] a:945 [C] ✔
AG:2 [PRO] AA:937 [A] g:2 [PRO] a:946 [A] ✔
AG:2 [PRO] AA:1377 [A] g:2 [PRO] a:1387 [A] ✔
AG:2 [PRO] AA:1379 [G] g:2 [PRO] a:1389 [G] ✔
AG:2 [PRO] AA:1380 [U] g:2 [PRO] a:1390 [U] ✔
AG:32 [VAL] AA:1240 [U] g:32 [LEU] a:1250 [U] ✔
AG:102 [ARG] AA:939 [G] g:102 [ARG] a:948 [G] ✔
AG:102 [ARG] AA:940 [C] g:102 [ARG] a:949 [C] ✔
AG:102 [ARG] AA:1375 [A] g:102 [ARG] a:1385 [A] ✔
AG:106 [GLU] AA:940 [C] g:106 [ASN] a:949 [C] ✔
AG:114 [LYS] AA:1239 [A] g:114 [LYS] a:1249 [A] ✔
AG:114 [LYS] AA:1298 [U] g:114 [LYS] a:1308 [C] ✔
AG:119 [ARG] AA:1239 [A] g:119 [ARG] a:1249 [A] ✔
AG:119 [ARG] AA:1240 [U] g:119 [ARG] a:1250 [U] ✔
AG:7 [ILE] AA:1377 [A] g:7 [VAL] a:1387 [A] ✔
AG:7 [ILE] AA:1378 [C] g:7 [VAL] a:1388 [C] ✔
AG:38 [THR] AA:1240 [U] g:38 [THR] a:1250 [U] ✔
AG:38 [THR] AA:1290 [G] g:38 [THR] a:1300 [G] ✔
AG:38 [THR] AA:1291 [U] g:38 [THR] a:1301 [U] ✔
AG:25 [LYS] AA:1375 [A] g:25 [LYS] a:1385 [A] ✔
AG:117 [ALA] AA:1240 [U] g:117 [GLU] a:1250 [U] ✔
AG:34 [GLY] AA:1349 [A] g:34 [GLY] a:1359 [A] ✔
AG:34 [GLY] AA:1372 [U] g:34 [GLY] a:1382 [U] ✔
AG:34 [GLY] AA:1373 [G] g:34 [GLY] a:1383 [G] ✔
AG:29 [ILE] AA:1374 [A] g:29 [LYS] a:1384 [A] ✔
AG:29 [ILE] AA:1375 [A] g:29 [LYS] a:1385 [A] ✔
AG:31 [MET] AA:1373 [G] g:31 [MET] a:1383 [G] ✔
AG:31 [MET] AA:1374 [A] g:31 [MET] a:1384 [A] ✔
AG:37 [SER] AA:1290 [G] g:37 [GLY] a:1300 [G] ✔
AG:37 [SER] AA:1291 [U] g:37 [GLY] a:1301 [U] ✔
AG:113 [ASP] AA:1298 [U] g:113 [GLU] a:1308 [C] ✔
AG:95 [ARG] AA:938 [A] g:95 [ARG] a:947 [A] ✔
AG:112 [GLY] AA:1298 [U] g:112 [GLY] a:1308 [C] ✔
AG:33 [ASP] AA:1372 [U] g:33 [ASP] a:1382 [U] ❌ 6S0X_g_a
AG:116 [MET] AA:1239 [A] g:116 [MET] a:1249 [A] ❌ 6S0X_g_a
AG:35 [LYS] AA:1351 [U] g:35 [LYS] a:1361 [U] ❌ 6S0X_g_a
AG:3 [ARG] AA:1379 [G] g:3 [ARG] a:1389 [G] ❌ 6S0X_g_a
AG:109 [ARG] AA:1238 [A] g:109 [ARG] a:1248 [A] ❌ 6S0X_g_a
AG:109 [ARG] AA:1239 [A] g:109 [ARG] a:1249 [A] ❌ 6S0X_g_a
AG:109 [ARG] AA:1240 [U] g:109 [ARG] a:1250 [U] ❌ 6S0X_g_a
AG:5 [ARG] AA:1345 [U] g:5 [GLY] a:1355 [U] ❌ 6S0X_g_a
AG:2 [PRO] AA:1378 [C] g:2 [PRO] a:1388 [C] ❌ 6S0X_g_a
AG:102 [ARG] AA:1376 [U] g:102 [ARG] a:1386 [U] ❌ 6S0X_g_a
AG:34 [GLY] AA:1350 [A] g:34 [GLY] a:1360 [A] ❌ 6S0X_g_a
AG:29 [ILE] AA:1376 [U] g:29 [LYS] a:1386 [U] ❌ 6S0X_g_a
AG:95 [ARG] AA:939 [G] g:95 [ARG] a:948 [G] ❌ 6S0X_g_a
AG:95 [ARG] AA:1376 [U] g:95 [ARG] a:1386 [U] ❌ 6S0X_g_a
AG:95 [ARG] AA:1377 [A] g:95 [ARG] a:1387 [A] ❌ 6S0X_g_a
AG:10 [ARG] AA:1374 [A] g:10 [ARG] a:1384 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:10 [ARG] AA:1377 [A] g:10 [ARG] a:1387 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:102 [ARG] AA:938 [A] g:102 [ARG] a:947 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:114 [LYS] AA:1238 [A] g:114 [LYS] a:1248 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:117 [ALA] AA:1239 [A] g:117 [GLU] a:1249 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:2 [PRO] AA:1345 [U] g:2 [PRO] a:1355 [U] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:25 [LYS] AA:1376 [U] g:25 [LYS] a:1386 [U] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:29 [ILE] AA:939 [G] g:29 [LYS] a:948 [G] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:29 [ILE] AA:940 [C] g:29 [LYS] a:949 [C] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:33 [ASP] AA:1349 [A] g:33 [ASP] a:1359 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:33 [ASP] AA:1373 [G] g:33 [ASP] a:1383 [G] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:34 [GLY] AA:1374 [A] g:34 [GLY] a:1384 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:35 [LYS] AA:1240 [U] g:35 [LYS] a:1250 [U] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:35 [LYS] AA:1373 [G] g:35 [LYS] a:1383 [G] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:37 [SER] AA:1372 [U] g:37 [GLY] a:1382 [U] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:38 [THR] AA:1241 [G] g:38 [THR] a:1251 [G] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:4 [ARG] AA:1380 [U] g:4 [LYS] a:1390 [U] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:41 [SER] AA:1290 [G] g:41 [ARG] a:1300 [G] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:5 [ARG] AA:1379 [G] g:5 [GLY] a:1389 [G] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:5 [ARG] AA:1380 [U] g:5 [GLY] a:1390 [U] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:5 [ARG] AA:1378 [C] g:5 [GLY] a:1388 [C] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:6 [VAL] AA:1380 [U] g:6 [SER] a:1390 [U] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:7 [ILE] AA:1379 [G] g:7 [VAL] a:1389 [G] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:95 [ARG] AA:1378 [C] g:95 [ARG] a:1388 [C] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:98 [ALA] AA:1375 [A] g:98 [THR] a:1385 [A] ❌ 4YBB_AG_AA
AG:4 [ARG] AA:1091 [U] g:4 [LYS] a:1102 [U] ❌ 6S0X_a:1102 no longer at interface
AG:4 [ARG] AA:1092 [A] g:4 [LYS] a:1103 [A] ❌ 6S0X_a:1103 no longer at interface
AG:4 [ARG] AA:1093 [A] g:4 [LYS] a:1104 [A] ❌ 6S0X_a:1104 no longer at interface
AG:115 [SER] AA:1297 [G] g:115 [THR] a:1307 [U] ❌ 6S0X_a:1307 no longer at interface
AG:114 [LYS] AA:1297 [G] g:114 [LYS] a:1307 [U] ❌ 6S0X_a:1307 no longer at interface
AG:109 [ARG] AA:941 [G] g:109 [ARG] a:950 [G] ❌ 4YBB_AA:941 no longer at interface
AG:2 [PRO] AA:934 [C] g:2 [PRO] a:943 [C] ❌ 4YBB_AA:934 no longer at interface
AG:3 [ARG] AA:1385 [G] g:3 [ARG] a:1395 [G] ❌ 4YBB_AA:1385 no longer at interface
AG:3 [ARG] AA:1383 [C] g:3 [ARG] a:1393 [C] ❌ 4YBB_AA:1383 no longer at interface
AG:32 [VAL] AA:941 [G] g:32 [LEU] a:950 [G] ❌ 4YBB_AA:941 no longer at interface
AG:41 [SER] AA:1292 [G] g:41 [ARG] a:1302 [U] ❌ 4YBB_AA:1292 no longer at interface
AG:24 [ALA] AA:1375 [A] g:24 [THR] a:1385 [A] ❌ 6S0X_g:24 no longer at interface
AG:99 [LEU] AA:939 [G] g:99 [LEU] a:948 [G] ❌ 6S0X_g:99 no longer at interface
AG:80 [VAL] AA:1381 [U] g:80 [VAL] a:1391 [U] ❌ 6S0X_g:80 no longer at interface
AG:80 [VAL] AA:1382 [C] g:80 [VAL] a:1392 [C] ❌ 6S0X_g:80 no longer at interface
AG:12 [ILE] AA:1375 [A] g:12 [VAL] a:1385 [A] ❌ 6S0X_g:12 no longer at interface
AG:105 [VAL] AA:1240 [U] g:105 [VAL] a:1250 [U] ❌ 6S0X_g:105 no longer at interface
AG:76 [LYS] AA:937 [A] g:76 [LYS] a:946 [A] ❌ 6S0X_g:76 no longer at interface
AG:76 [LYS] AA:938 [A] g:76 [LYS] a:947 [A] ❌ 6S0X_g:76 no longer at interface
AG:76 [LYS] AA:1378 [C] g:76 [LYS] a:1388 [C] ❌ 6S0X_g:76 no longer at interface
AG:30 [LEU] AA:1240 [U] g:30 [ILE] a:1250 [U] ❌ 6S0X_g:30 no longer at interface
AG:77 [SER] AA:1381 [U] g:77 [ALA] a:1391 [U] ❌ 4YBB_AG:77 no longer at interface
AG:8 [GLY] AA:1377 [A] g:8 [PRO] a:1387 [A] ❌ 4YBB_AG:8 no longer at interface
AG:8 [GLY] AA:1378 [C] g:8 [PRO] a:1388 [C] ❌ 4YBB_AG:8 no longer at interface
AG:9 [GLN] AA:1376 [U] g:9 [LYS] a:1386 [U] ❌ 4YBB_AG:9 no longer at interface
AG:9 [GLN] AA:1377 [A] g:9 [LYS] a:1387 [A] ❌ 4YBB_AG:9 no longer at interface
AG:9 [GLN] AA:1378 [C] g:9 [LYS] a:1388 [C] ❌ 4YBB_AG:9 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.97 3.42 0.54 0.83 0.96 0.9 0.89 0.72 0.65 0.22 0.40


Other pairs involving 4YBB_AG_AA or 6S0X_g_a

Total number of entries: 11

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1g_1a 6S0X_g_a 0.59 0.95 3.23 0.23 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1g_1a 4YBB_AG_AA 0.76 0.96 4.23 0.43 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_g_a 7O7Y_Ae_A2 0.53 0.9 3.5 0.26 Ribosomal protein S7 compare
6S0X_g_a 7RYG_g_a 0.22 0.95 5.27 0.12 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_g_a 7K00_G_A 0.64 0.95 3.32 0.41 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AG_AA 7K00_G_A 0.76 0.97 4.0 0.6 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AG_AA 6S0X_g_a 0.72 0.97 3.42 0.54 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4YBB_AG_AA 7O7Y_Ae_A2 0.47 0.9 4.12 0.19 Ribosomal protein S7 compare
4YBB_AG_AA 7RYG_g_a 0.41 0.96 4.99 0.31 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AG_AA 6S0X_g_a 0.72 0.96 2.93 0.41 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AG_AA 4YBB_AG_AA 0.82 0.96 3.89 0.45 Ribosomal protein S7 Bacterial small subunit ribosomal RNA compare