Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0X_g
|
6S0X_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| g:1 [MET] | a:942 [G] | 3.26 | a:1394 [C] | 94.08 | ||
| g:1 [MET] | a:943 [C] | 2.84 | a:947 [A] | 94.08 | ||
| g:1 [MET] | a:1355 [U] | 4.45 | a:946 [A] | 94.08 | ||
| g:1 [MET] | a:1387 [A] | 3.19 | 94.08 | |||
| g:2 [PRO] | a:943 [C] | 3.28 | a:947 [A] | 55.34 | ||
| g:2 [PRO] | a:944 [A] | 3.32 | a:1390 [U] | 55.34 | ||
| g:2 [PRO] | a:945 [C] | 3.31 | a:1392 [C] | 55.34 | ||
| g:2 [PRO] | a:946 [A] | 3.86 | a:1355 [U] | 55.34 | ||
| g:2 [PRO] | a:1355 [U] | 4.41 | a:946 [A] | 55.34 | ||
| g:2 [PRO] | a:1387 [A] | 3.26 | 55.34 | |||
| g:2 [PRO] | a:1389 [G] | 4.03 | 55.34 | |||
| g:2 [PRO] | a:1390 [U] | 3.13 | a:944 [A] | 55.34 | ||
| g:3 [ARG] | a:941 [C] | 3.35 | a:1395 [G] | base/AA stacks | 79.28 | |
| g:3 [ARG] | a:942 [G] | 2.64 | a:1394 [C] | base:SC | 79.28 | |
| g:3 [ARG] | a:944 [A] | 3.46 | a:1390 [U] | 79.28 | ||
| g:3 [ARG] | a:1390 [U] | 3.23 | a:944 [A] | base/AA stacks | 79.28 | |
| g:3 [ARG] | a:1393 [C] | 3.05 | 79.28 | |||
| g:3 [ARG] | a:1394 [C] | 3.07 | a:942 [G] | base:SC | 79.28 | |
| g:3 [ARG] | a:1395 [G] | 3.85 | a:941 [C] | 79.28 | ||
| g:4 [LYS] | a:941 [C] | 4.07 | a:1395 [G] | 57.11 | ||
| g:4 [LYS] | a:942 [G] | 3.57 | a:1394 [C] | 57.11 | ||
| g:4 [LYS] | a:1390 [U] | 4.08 | a:944 [A] | 57.11 | ||
| g:5 [GLY] | a:1387 [A] | 3.7 | sugar:BB | 25.05 | ||
| g:5 [GLY] | a:1388 [C] | 4.3 | 25.05 | |||
| g:5 [GLY] | a:1389 [G] | 3.5 | 25.05 | |||
| g:5 [GLY] | a:1390 [U] | 3.23 | a:944 [A] | 25.05 | ||
| g:6 [SER] | a:1388 [C] | 3.8 | 9.04 | |||
| g:6 [SER] | a:1389 [G] | 2.56 | 9.04 | |||
| g:6 [SER] | a:1390 [U] | 4.73 | a:944 [A] | 9.04 | ||
| g:7 [VAL] | a:1387 [A] | 3.38 | 23.11 | |||
| g:7 [VAL] | a:1388 [C] | 2.76 | 23.11 | |||
| g:7 [VAL] | a:1389 [G] | 4.3 | 23.11 | |||
| g:8 [PRO] | a:1387 [A] | 4.89 | 12.15 | |||
| g:8 [PRO] | a:1388 [C] | 4.82 | 12.15 | |||
| g:9 [LYS] | a:1386 [U] | 3.9 | 40.1 | |||
| g:9 [LYS] | a:1387 [A] | 4.68 | 40.1 | |||
| g:9 [LYS] | a:1388 [C] | 4.6 | 40.1 | |||
| g:10 [ARG] | a:1356 [A] | 3.02 | a:1385 [A] | 62.4 | ||
| g:10 [ARG] | a:1384 [A] | 4.7 | 62.4 | |||
| g:10 [ARG] | a:1385 [A] | 2.39 | a:1356 [A] | base:SC | 62.4 | |
| g:10 [ARG] | a:1386 [U] | 3.25 | base/AA stacks | 62.4 | ||
| g:10 [ARG] | a:1387 [A] | 4.65 | 62.4 | |||
| g:25 [LYS] | a:1385 [A] | 3.75 | a:1356 [A] | 83.92 | ||
| g:25 [LYS] | a:1386 [U] | 3.15 | 83.92 | |||
| g:28 [ASN] | a:1384 [A] | 2.31 | sugar:BB | 88.31 | ||
| g:28 [ASN] | a:1385 [A] | 3.18 | a:1356 [A] | 88.31 | ||
| g:29 [LYS] | a:948 [G] | 4.05 | a:1354 [C] | 8.78 | ||
| g:29 [LYS] | a:949 [C] | 2.68 | a:1353 [G] | 8.78 | ||
| g:29 [LYS] | a:1384 [A] | 4.51 | 8.78 | |||
| g:29 [LYS] | a:1385 [A] | 3.02 | a:1356 [A] | sugar:SC | 8.78 | |
| g:31 [MET] | a:1383 [G] | 3.32 | 92.11 | |||
| g:31 [MET] | a:1384 [A] | 4.06 | 92.11 | |||
| g:32 [LEU] | a:950 [G] | 4.03 | a:1352 [C] | 60.61 | ||
| g:32 [LEU] | a:1250 [U] | 4.51 | 60.61 | |||
| g:33 [ASP] | a:1359 [A] | 3.67 | 54.45 | |||
| g:33 [ASP] | a:1360 [A] | 2.64 | a:1382 [U] | sugar:SC | 54.45 | |
| g:33 [ASP] | a:1361 [U] | 3.29 | a:1381 [G] | sugar:SC | 54.45 | |
| g:33 [ASP] | a:1383 [G] | 4.78 | 54.45 | |||
| g:34 [GLY] | a:1359 [A] | 4.28 | 99.0 | |||
| g:34 [GLY] | a:1382 [U] | 4.57 | a:1360 [A] | 99.0 | ||
| g:34 [GLY] | a:1383 [G] | 2.61 | sugar:BB | 99.0 | ||
| g:34 [GLY] | a:1384 [A] | 4.26 | 99.0 | |||
| g:35 [LYS] | a:1250 [U] | 4.82 | 86.25 | |||
| g:35 [LYS] | a:1251 [G] | 2.46 | a:1306 [C] | 86.25 | ||
| g:35 [LYS] | a:1299 [A] | 4.79 | 86.25 | |||
| g:35 [LYS] | a:1300 [G] | 3.86 | a:1257 [U] | 86.25 | ||
| g:35 [LYS] | a:1382 [U] | 4.85 | a:1360 [A] | 86.25 | ||
| g:35 [LYS] | a:1383 [G] | 4.62 | 86.25 | |||
| g:36 [ARG] | a:1382 [U] | 3.96 | a:1360 [A] | 88.7 | ||
| g:36 [ARG] | a:1383 [G] | 2.75 | 88.7 | |||
| g:36 [ARG] | a:1384 [A] | 2.66 | 88.7 | |||
| g:37 [GLY] | a:1300 [G] | 3.96 | a:1257 [U] | 63.39 | ||
| g:37 [GLY] | a:1301 [U] | 3.53 | a:1256 [A] | 63.39 | ||
| g:37 [GLY] | a:1382 [U] | 4.91 | a:1360 [A] | 63.39 | ||
| g:38 [THR] | a:1250 [U] | 2.38 | sugar:BB | 47.45 | ||
| g:38 [THR] | a:1251 [G] | 3.28 | a:1306 [C] | 47.45 | ||
| g:38 [THR] | a:1300 [G] | 3.33 | a:1257 [U] | 47.45 | ||
| g:38 [THR] | a:1301 [U] | 3.28 | a:1256 [A] | 47.45 | ||
| g:39 [ALA] | a:1250 [U] | 3.85 | 95.19 | |||
| g:41 [ARG] | a:1300 [G] | 4.64 | a:1257 [U] | 59.11 | ||
| g:41 [ARG] | a:1301 [U] | 2.49 | a:1256 [A] | 59.11 | ||
| g:41 [ARG] | a:1302 [U] | 3.13 | a:1255 [A] | 59.11 | ||
| g:42 [ILE] | a:1250 [U] | 3.34 | 83.1 | |||
| g:77 [ALA] | a:1391 [U] | 4.18 | 69.23 | |||
| g:78 [ARG] | a:1391 [U] | 3.4 | 56.23 | |||
| g:79 [ARG] | a:1391 [U] | 3.34 | base:BB | 80.3 | ||
| g:79 [ARG] | a:1392 [C] | 4.2 | a:945 [C] | 80.3 | ||
| g:95 [ARG] | a:947 [A] | 4.22 | a:943 [C] | 84.69 | ||
| g:95 [ARG] | a:1388 [C] | 3.4 | 84.69 | |||
| g:98 [THR] | a:1385 [A] | 4.87 | a:1356 [A] | 55.51 | ||
| g:98 [THR] | a:1386 [U] | 3.27 | 55.51 | |||
| g:102 [ARG] | a:947 [A] | 4.75 | a:943 [C] | 81.7 | ||
| g:102 [ARG] | a:948 [G] | 2.4 | a:1354 [C] | 81.7 | ||
| g:102 [ARG] | a:949 [C] | 2.7 | a:1353 [G] | 81.7 | ||
| g:102 [ARG] | a:1385 [A] | 3.59 | a:1356 [A] | 81.7 | ||
| g:106 [ASN] | a:949 [C] | 3.91 | a:1353 [G] | 43.19 | ||
| g:109 [ARG] | a:950 [G] | 3.55 | a:1352 [C] | 72.92 | ||
| g:112 [GLY] | a:1308 [C] | 4.31 | 45.47 | |||
| g:113 [GLU] | a:1308 [C] | 3.4 | 46.73 | |||
| g:114 [LYS] | a:1248 [A] | 4.65 | 51.55 | |||
| g:114 [LYS] | a:1249 [A] | 2.82 | 51.55 | |||
| g:114 [LYS] | a:1308 [C] | 2.65 | base:BB | 51.55 | ||
| g:115 [THR] | a:1249 [A] | 3.79 | 54.97 | |||
| g:115 [THR] | a:1250 [U] | 3.12 | 54.97 | |||
| g:115 [THR] | a:1308 [C] | 3.47 | 54.97 | |||
| g:116 [MET] | a:1250 [U] | 3.04 | 70.64 | |||
| g:117 [GLU] | a:1249 [A] | 4.8 | 6.26 | |||
| g:117 [GLU] | a:1250 [U] | 2.97 | 6.26 | |||
| g:119 [ARG] | a:1249 [A] | 4.32 | 54.12 | |||
| g:119 [ARG] | a:1250 [U] | 3.26 | 54.12 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group112 | 6S0X_g_a | g: 30s ribosomal protein s7, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A077VHU6 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_1g_1a | 6S0X_g_a | 0.59 | 0.95 | 3.23 | 0.23 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_g_a | 7O7Y_Ae_A2 | 0.53 | 0.9 | 3.5 | 0.26 | Ribosomal protein S7 | compare | |
| 6S0X_g_a | 7RYG_g_a | 0.22 | 0.95 | 5.27 | 0.12 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_g_a | 7K00_G_A | 0.64 | 0.95 | 3.32 | 0.41 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4YBB_AG_AA | 6S0X_g_a | 0.72 | 0.97 | 3.42 | 0.54 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AG_AA | 6S0X_g_a | 0.72 | 0.96 | 2.93 | 0.41 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |