Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6S0X_g
|
6S0X_a
|
7K00_G
|
7K00_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
g:78 [ARG] | a:1391 [U] | G:78 [ARG] | A:1381 [U] | ✔ |
g:98 [THR] | a:1386 [U] | G:98 [ALA] | A:1376 [U] | ✔ |
g:116 [MET] | a:1250 [U] | G:116 [MET] | A:1240 [U] | ✔ |
g:39 [ALA] | a:1250 [U] | G:39 [ALA] | A:1240 [U] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1250 [U] | G:35 [LYS] | A:1240 [U] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1251 [G] | G:35 [LYS] | A:1241 [G] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1299 [A] | G:35 [LYS] | A:1289 [A] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1300 [G] | G:35 [LYS] | A:1290 [G] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1382 [U] | G:35 [LYS] | A:1372 [U] | ✔ |
g:10 [ARG] | a:1356 [A] | G:10 [ARG] | A:1346 [A] | ✔ |
g:10 [ARG] | a:1385 [A] | G:10 [ARG] | A:1375 [A] | ✔ |
g:10 [ARG] | a:1386 [U] | G:10 [ARG] | A:1376 [U] | ✔ |
g:10 [ARG] | a:1387 [A] | G:10 [ARG] | A:1377 [A] | ✔ |
g:79 [ARG] | a:1391 [U] | G:79 [ARG] | A:1381 [U] | ✔ |
g:79 [ARG] | a:1392 [C] | G:79 [ARG] | A:1382 [C] | ✔ |
g:117 [GLU] | a:1250 [U] | G:117 [ALA] | A:1240 [U] | ✔ |
g:3 [ARG] | a:941 [C] | G:3 [ARG] | A:932 [C] | ✔ |
g:3 [ARG] | a:942 [G] | G:3 [ARG] | A:933 [G] | ✔ |
g:3 [ARG] | a:944 [A] | G:3 [ARG] | A:935 [A] | ✔ |
g:3 [ARG] | a:1390 [U] | G:3 [ARG] | A:1380 [U] | ✔ |
g:3 [ARG] | a:1393 [C] | G:3 [ARG] | A:1383 [C] | ✔ |
g:3 [ARG] | a:1394 [C] | G:3 [ARG] | A:1384 [C] | ✔ |
g:3 [ARG] | a:1395 [G] | G:3 [ARG] | A:1385 [G] | ✔ |
g:42 [ILE] | a:1250 [U] | G:42 [ILE] | A:1240 [U] | ✔ |
g:109 [ARG] | a:950 [G] | G:109 [ARG] | A:941 [G] | ✔ |
g:115 [THR] | a:1249 [A] | G:115 [SER] | A:1239 [A] | ✔ |
g:115 [THR] | a:1250 [U] | G:115 [SER] | A:1240 [U] | ✔ |
g:115 [THR] | a:1308 [C] | G:115 [SER] | A:1298 [U] | ✔ |
g:28 [ASN] | a:1385 [A] | G:25 [LYS] | A:1375 [A] | ✔ |
g:7 [VAL] | a:1387 [A] | G:7 [ILE] | A:1377 [A] | ✔ |
g:7 [VAL] | a:1388 [C] | G:7 [ILE] | A:1378 [C] | ✔ |
g:2 [PRO] | a:944 [A] | G:2 [PRO] | A:935 [A] | ✔ |
g:2 [PRO] | a:945 [C] | G:2 [PRO] | A:936 [C] | ✔ |
g:2 [PRO] | a:946 [A] | G:2 [PRO] | A:937 [A] | ✔ |
g:2 [PRO] | a:1387 [A] | G:2 [PRO] | A:1377 [A] | ✔ |
g:2 [PRO] | a:1389 [G] | G:2 [PRO] | A:1379 [G] | ✔ |
g:2 [PRO] | a:1390 [U] | G:2 [PRO] | A:1380 [U] | ✔ |
g:4 [LYS] | a:941 [C] | G:4 [ARG] | A:932 [C] | ✔ |
g:4 [LYS] | a:942 [G] | G:4 [ARG] | A:933 [G] | ✔ |
g:102 [ARG] | a:947 [A] | G:102 [ARG] | A:938 [A] | ✔ |
g:102 [ARG] | a:948 [G] | G:102 [ARG] | A:939 [G] | ✔ |
g:102 [ARG] | a:949 [C] | G:102 [ARG] | A:940 [C] | ✔ |
g:102 [ARG] | a:1385 [A] | G:102 [ARG] | A:1375 [A] | ✔ |
g:77 [ALA] | a:1391 [U] | G:77 [SER] | A:1381 [U] | ✔ |
g:114 [LYS] | a:1249 [A] | G:114 [LYS] | A:1239 [A] | ✔ |
g:114 [LYS] | a:1308 [C] | G:114 [LYS] | A:1298 [U] | ✔ |
g:37 [GLY] | a:1300 [G] | G:37 [SER] | A:1290 [G] | ✔ |
g:37 [GLY] | a:1301 [U] | G:37 [SER] | A:1291 [U] | ✔ |
g:32 [LEU] | a:1250 [U] | G:31 [MET] | A:1240 [U] | ✔ |
g:36 [ARG] | a:1382 [U] | G:36 [LYS] | A:1372 [U] | ✔ |
g:36 [ARG] | a:1383 [G] | G:36 [LYS] | A:1373 [G] | ✔ |
g:36 [ARG] | a:1384 [A] | G:36 [LYS] | A:1374 [A] | ✔ |
g:119 [ARG] | a:1249 [A] | G:119 [ARG] | A:1239 [A] | ✔ |
g:119 [ARG] | a:1250 [U] | G:119 [ARG] | A:1240 [U] | ✔ |
g:38 [THR] | a:1250 [U] | G:38 [THR] | A:1240 [U] | ✔ |
g:38 [THR] | a:1251 [G] | G:38 [THR] | A:1241 [G] | ✔ |
g:38 [THR] | a:1300 [G] | G:38 [THR] | A:1290 [G] | ✔ |
g:38 [THR] | a:1301 [U] | G:38 [THR] | A:1291 [U] | ✔ |
g:106 [ASN] | a:949 [C] | G:106 [GLU] | A:940 [C] | ✔ |
g:5 [GLY] | a:1388 [C] | G:5 [ARG] | A:1378 [C] | ✔ |
g:5 [GLY] | a:1389 [G] | G:5 [ARG] | A:1379 [G] | ✔ |
g:34 [GLY] | a:1359 [A] | G:34 [GLY] | A:1349 [A] | ✔ |
g:34 [GLY] | a:1382 [U] | G:34 [GLY] | A:1372 [U] | ✔ |
g:34 [GLY] | a:1383 [G] | G:34 [GLY] | A:1373 [G] | ✔ |
g:31 [MET] | a:1384 [A] | G:28 [ASN] | A:1374 [A] | ✔ |
g:95 [ARG] | a:947 [A] | G:95 [ARG] | A:938 [A] | ✔ |
g:33 [ASP] | a:1359 [A] | G:32 [VAL] | A:1349 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:33 [ASP] | a:1360 [A] | G:32 [VAL] | A:1350 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:33 [ASP] | a:1361 [U] | G:32 [VAL] | A:1351 [U] | ❌ 7K00_G_A |
g:33 [ASP] | a:1383 [G] | G:32 [VAL] | A:1373 [G] | ❌ 7K00_G_A |
g:98 [THR] | a:1385 [A] | G:98 [ALA] | A:1375 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:35 [LYS] | a:1383 [G] | G:35 [LYS] | A:1373 [G] | ❌ 7K00_G_A |
g:10 [ARG] | a:1384 [A] | G:10 [ARG] | A:1374 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:117 [GLU] | a:1249 [A] | G:117 [ALA] | A:1239 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:28 [ASN] | a:1384 [A] | G:25 [LYS] | A:1374 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:7 [VAL] | a:1389 [G] | G:7 [ILE] | A:1379 [G] | ❌ 7K00_G_A |
g:4 [LYS] | a:1390 [U] | G:4 [ARG] | A:1380 [U] | ❌ 7K00_G_A |
g:37 [GLY] | a:1382 [U] | G:37 [SER] | A:1372 [U] | ❌ 7K00_G_A |
g:32 [LEU] | a:950 [G] | G:31 [MET] | A:941 [G] | ❌ 7K00_G_A |
g:5 [GLY] | a:1387 [A] | G:5 [ARG] | A:1377 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:5 [GLY] | a:1390 [U] | G:5 [ARG] | A:1380 [U] | ❌ 7K00_G_A |
g:34 [GLY] | a:1384 [A] | G:34 [GLY] | A:1374 [A] | ❌ 7K00_G_A |
g:31 [MET] | a:1383 [G] | G:28 [ASN] | A:1373 [G] | ❌ 7K00_G_A |
g:95 [ARG] | a:1388 [C] | G:95 [ARG] | A:1378 [C] | ❌ 7K00_G_A |
g:102 [ARG] | a:1386 [U] | G:102 [ARG] | A:1376 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:109 [ARG] | a:1250 [U] | G:109 [ARG] | A:1240 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:114 [LYS] | a:1250 [U] | G:114 [LYS] | A:1240 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:116 [MET] | a:1249 [A] | G:116 [MET] | A:1239 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:2 [PRO] | a:1388 [C] | G:2 [PRO] | A:1378 [C] | ❌ 6S0X_g_a |
g:28 [ASN] | a:1386 [U] | G:25 [LYS] | A:1376 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:31 [MET] | a:1385 [A] | G:28 [ASN] | A:1375 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:3 [ARG] | a:1389 [G] | G:3 [ARG] | A:1379 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:32 [LEU] | a:1383 [G] | G:31 [MET] | A:1373 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:32 [LEU] | a:1384 [A] | G:31 [MET] | A:1374 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:33 [ASP] | a:1250 [U] | G:32 [VAL] | A:1240 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:34 [GLY] | a:1360 [A] | G:34 [GLY] | A:1350 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:35 [LYS] | a:1361 [U] | G:35 [LYS] | A:1351 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:78 [ARG] | a:1389 [G] | G:78 [ARG] | A:1379 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:79 [ARG] | a:1393 [C] | G:79 [ARG] | A:1383 [C] | ❌ 6S0X_g_a |
g:95 [ARG] | a:1387 [A] | G:95 [ARG] | A:1377 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:95 [ARG] | a:948 [G] | G:95 [ARG] | A:939 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:41 [ARG] | a:1302 [U] | G:41 [SER] | A:1292 [G] | ❌ 7K00_G:41, 7K00_A:1292 no longer at interface |
g:2 [PRO] | a:943 [C] | G:2 [PRO] | A:934 [C] | ❌ 7K00_A:934 no longer at interface |
g:2 [PRO] | a:1355 [U] | G:2 [PRO] | A:1345 [U] | ❌ 7K00_A:1345 no longer at interface |
g:114 [LYS] | a:1248 [A] | G:114 [LYS] | A:1238 [A] | ❌ 7K00_A:1238 no longer at interface |
g:114 [LYS] | a:1307 [U] | G:114 [LYS] | A:1297 [G] | ❌ 6S0X_a:1307 no longer at interface |
g:115 [THR] | a:1307 [U] | G:115 [SER] | A:1297 [G] | ❌ 6S0X_a:1307 no longer at interface |
g:4 [LYS] | a:1103 [A] | G:4 [ARG] | A:1092 [A] | ❌ 6S0X_a:1103 no longer at interface |
g:4 [LYS] | a:1104 [A] | G:4 [ARG] | A:1093 [A] | ❌ 6S0X_a:1104 no longer at interface |
g:81 [GLY] | a:701 [G] | G:81 [GLY] | A:693 [G] | ❌ 6S0X_g:81, 6S0X_a:701 no longer at interface |
g:82 [GLY] | a:701 [G] | G:83 [SER] | A:693 [G] | ❌ 6S0X_g:82, 6S0X_a:701 no longer at interface |
g:41 [ARG] | a:1300 [G] | G:41 [SER] | A:1290 [G] | ❌ 7K00_G:41 no longer at interface |
g:41 [ARG] | a:1301 [U] | G:41 [SER] | A:1291 [U] | ❌ 7K00_G:41 no longer at interface |
g:6 [SER] | a:1388 [C] | G:6 [VAL] | A:1378 [C] | ❌ 7K00_G:6 no longer at interface |
g:6 [SER] | a:1389 [G] | G:6 [VAL] | A:1379 [G] | ❌ 7K00_G:6 no longer at interface |
g:6 [SER] | a:1390 [U] | G:6 [VAL] | A:1380 [U] | ❌ 7K00_G:6 no longer at interface |
g:9 [LYS] | a:1386 [U] | G:9 [GLN] | A:1376 [U] | ❌ 7K00_G:9 no longer at interface |
g:9 [LYS] | a:1387 [A] | G:9 [GLN] | A:1377 [A] | ❌ 7K00_G:9 no longer at interface |
g:9 [LYS] | a:1388 [C] | G:9 [GLN] | A:1378 [C] | ❌ 7K00_G:9 no longer at interface |
g:8 [PRO] | a:1387 [A] | G:8 [GLY] | A:1377 [A] | ❌ 7K00_G:8 no longer at interface |
g:8 [PRO] | a:1388 [C] | G:8 [GLY] | A:1378 [C] | ❌ 7K00_G:8 no longer at interface |
g:25 [LYS] | a:1385 [A] | G:22 [LEU] | A:1375 [A] | ❌ 7K00_G:22 no longer at interface |
g:25 [LYS] | a:1386 [U] | G:22 [LEU] | A:1376 [U] | ❌ 7K00_G:22 no longer at interface |
g:29 [LYS] | a:948 [G] | G:26 [PHE] | A:939 [G] | ❌ 7K00_G:26 no longer at interface |
g:29 [LYS] | a:949 [C] | G:26 [PHE] | A:940 [C] | ❌ 7K00_G:26 no longer at interface |
g:29 [LYS] | a:1384 [A] | G:26 [PHE] | A:1374 [A] | ❌ 7K00_G:26 no longer at interface |
g:29 [LYS] | a:1385 [A] | G:26 [PHE] | A:1375 [A] | ❌ 7K00_G:26 no longer at interface |
g:113 [GLU] | a:1308 [C] | G:113 [ASP] | A:1298 [U] | ❌ 7K00_G:113 no longer at interface |
g:112 [GLY] | a:1308 [C] | G:112 [GLY] | A:1298 [U] | ❌ 7K00_G:112 no longer at interface |
g:105 [VAL] | a:1250 [U] | G:105 [VAL] | A:1240 [U] | ❌ 6S0X_g:105 no longer at interface |
g:12 [VAL] | a:1385 [A] | G:12 [ILE] | A:1375 [A] | ❌ 6S0X_g:12 no longer at interface |
g:12 [VAL] | a:1384 [A] | G:12 [ILE] | A:1374 [A] | ❌ 6S0X_g:12 no longer at interface |
g:76 [LYS] | a:1388 [C] | G:76 [LYS] | A:1378 [C] | ❌ 6S0X_g:76 no longer at interface |
g:92 [ARG] | a:1387 [A] | G:92 [ARG] | A:1377 [A] | ❌ 6S0X_g:92 no longer at interface |
g:92 [ARG] | a:1388 [C] | G:92 [ARG] | A:1378 [C] | ❌ 6S0X_g:92 no longer at interface |
g:99 [LEU] | a:948 [G] | G:99 [LEU] | A:939 [G] | ❌ 6S0X_g:99 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.95 | 3.32 | 0.41 | 0.83 | 0.95 | 0.77 | 0.89 | 0.64 | 0.57 | 0.12 | 0.50 |
Other pairs involving 6S0X_g_a or 7K00_G_A
Total number of entries: 10