Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6S0X_g
|
6S0X_a
|
7RYG_g
|
7RYG_a
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
g:39 [ALA] | a:1250 [U] | g:38 [ILE] | a:1237 [U] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1382 [U] | g:34 [GLY] | a:1369 [U] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1383 [G] | g:34 [GLY] | a:1370 [G] | ✔ |
g:117 [GLU] | a:1250 [U] | g:115 [THR] | a:1237 [U] | ✔ |
g:9 [LYS] | a:1387 [A] | g:8 [ALA] | a:1374 [A] | ✔ |
g:28 [ASN] | a:1384 [A] | g:28 [ASN] | a:1371 [A] | ✔ |
g:28 [ASN] | a:1385 [A] | g:28 [ASN] | a:1372 [A] | ✔ |
g:7 [VAL] | a:1388 [C] | g:6 [VAL] | a:1375 [C] | ✔ |
g:4 [LYS] | a:941 [C] | g:3 [ARG] | a:929 [C] | ✔ |
g:4 [LYS] | a:942 [G] | g:3 [ARG] | a:930 [G] | ✔ |
g:4 [LYS] | a:1390 [U] | g:3 [ARG] | a:1377 [U] | ✔ |
g:37 [GLY] | a:1382 [U] | g:36 [LYS] | a:1369 [U] | ✔ |
g:32 [LEU] | a:1250 [U] | g:32 [GLN] | a:1237 [U] | ✔ |
g:1 [MET] | a:942 [G] | g:2 [PRO] | a:930 [G] | ✔ |
g:1 [MET] | a:1387 [A] | g:2 [PRO] | a:1374 [A] | ✔ |
g:36 [ARG] | a:1382 [U] | g:35 [LYS] | a:1369 [U] | ✔ |
g:38 [THR] | a:1300 [G] | g:37 [SER] | a:1287 [G] | ✔ |
g:38 [THR] | a:1301 [U] | g:37 [SER] | a:1288 [C] | ✔ |
g:8 [PRO] | a:1387 [A] | g:7 [VAL] | a:1374 [A] | ✔ |
g:8 [PRO] | a:1388 [C] | g:7 [VAL] | a:1375 [C] | ✔ |
g:25 [LYS] | a:1385 [A] | g:25 [LYS] | a:1372 [A] | ✔ |
g:25 [LYS] | a:1386 [U] | g:25 [LYS] | a:1373 [U] | ✔ |
g:34 [GLY] | a:1382 [U] | g:33 [ASP] | a:1369 [U] | ✔ |
g:29 [LYS] | a:1385 [A] | g:29 [HIS] | a:1372 [A] | ✔ |
g:31 [MET] | a:1383 [G] | g:31 [MET] | a:1370 [G] | ✔ |
g:31 [MET] | a:1384 [A] | g:31 [MET] | a:1371 [A] | ✔ |
g:35 [LYS] | a:1250 [U] | g:34 [GLY] | a:1237 [U] | ❌ 7RYG_g_a |
g:35 [LYS] | a:1251 [G] | g:34 [GLY] | a:1238 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:35 [LYS] | a:1299 [A] | g:34 [GLY] | a:1286 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:35 [LYS] | a:1300 [G] | g:34 [GLY] | a:1287 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:117 [GLU] | a:1249 [A] | g:115 [THR] | a:1236 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:6 [SER] | a:1388 [C] | g:5 [ARG] | a:1375 [C] | ❌ 7RYG_g_a |
g:6 [SER] | a:1389 [G] | g:5 [ARG] | a:1376 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:6 [SER] | a:1390 [U] | g:5 [ARG] | a:1377 [U] | ❌ 7RYG_g_a |
g:9 [LYS] | a:1386 [U] | g:8 [ALA] | a:1373 [U] | ❌ 7RYG_g_a |
g:9 [LYS] | a:1388 [C] | g:8 [ALA] | a:1375 [C] | ❌ 7RYG_g_a |
g:7 [VAL] | a:1387 [A] | g:6 [VAL] | a:1374 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:7 [VAL] | a:1389 [G] | g:6 [VAL] | a:1376 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:37 [GLY] | a:1300 [G] | g:36 [LYS] | a:1287 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:37 [GLY] | a:1301 [U] | g:36 [LYS] | a:1288 [C] | ❌ 7RYG_g_a |
g:1 [MET] | a:1355 [U] | g:2 [PRO] | a:1342 [U] | ❌ 7RYG_g_a |
g:36 [ARG] | a:1383 [G] | g:35 [LYS] | a:1370 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:36 [ARG] | a:1384 [A] | g:35 [LYS] | a:1371 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:38 [THR] | a:1250 [U] | g:37 [SER] | a:1237 [U] | ❌ 7RYG_g_a |
g:38 [THR] | a:1251 [G] | g:37 [SER] | a:1238 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:5 [GLY] | a:1387 [A] | g:4 [ARG] | a:1374 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:5 [GLY] | a:1388 [C] | g:4 [ARG] | a:1375 [C] | ❌ 7RYG_g_a |
g:5 [GLY] | a:1389 [G] | g:4 [ARG] | a:1376 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:5 [GLY] | a:1390 [U] | g:4 [ARG] | a:1377 [U] | ❌ 7RYG_g_a |
g:34 [GLY] | a:1383 [G] | g:33 [ASP] | a:1370 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:34 [GLY] | a:1384 [A] | g:33 [ASP] | a:1371 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:29 [LYS] | a:948 [G] | g:29 [HIS] | a:936 [G] | ❌ 7RYG_g_a |
g:29 [LYS] | a:949 [C] | g:29 [HIS] | a:937 [C] | ❌ 7RYG_g_a |
g:29 [LYS] | a:1384 [A] | g:29 [HIS] | a:1371 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:95 [ARG] | a:947 [A] | g:94 [SER] | a:935 [A] | ❌ 7RYG_g_a |
g:95 [ARG] | a:1388 [C] | g:94 [SER] | a:1375 [C] | ❌ 7RYG_g_a |
g:1 [MET] | a:945 [C] | g:2 [PRO] | a:933 [C] | ❌ 6S0X_g_a |
g:1 [MET] | a:1388 [C] | g:2 [PRO] | a:1375 [C] | ❌ 6S0X_g_a |
g:1 [MET] | a:1390 [U] | g:2 [PRO] | a:1377 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:1 [MET] | a:1389 [G] | g:2 [PRO] | a:1376 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:1 [MET] | a:941 [C] | g:2 [PRO] | a:929 [C] | ❌ 6S0X_g_a |
g:29 [LYS] | a:1386 [U] | g:29 [HIS] | a:1373 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:4 [LYS] | a:944 [A] | g:3 [ARG] | a:932 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:31 [MET] | a:1250 [U] | g:31 [MET] | a:1237 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:34 [GLY] | a:1361 [U] | g:33 [ASP] | a:1348 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:34 [GLY] | a:1360 [A] | g:33 [ASP] | a:1347 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:35 [LYS] | a:1360 [A] | g:34 [GLY] | a:1347 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:36 [ARG] | a:1299 [A] | g:35 [LYS] | a:1286 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:36 [ARG] | a:1300 [G] | g:35 [LYS] | a:1287 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:36 [ARG] | a:1251 [G] | g:35 [LYS] | a:1238 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:37 [GLY] | a:1383 [G] | g:36 [LYS] | a:1370 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:37 [GLY] | a:1384 [A] | g:36 [LYS] | a:1371 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:39 [ALA] | a:1301 [U] | g:38 [ILE] | a:1288 [C] | ❌ 6S0X_g_a |
g:39 [ALA] | a:1300 [G] | g:38 [ILE] | a:1287 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:39 [ALA] | a:1251 [G] | g:38 [ILE] | a:1238 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:5 [GLY] | a:942 [G] | g:4 [ARG] | a:930 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:5 [GLY] | a:941 [C] | g:4 [ARG] | a:929 [C] | ❌ 6S0X_g_a |
g:6 [SER] | a:1355 [U] | g:5 [ARG] | a:1342 [U] | ❌ 6S0X_g_a |
g:6 [SER] | a:942 [G] | g:5 [ARG] | a:930 [G] | ❌ 6S0X_g_a |
g:95 [ARG] | a:1387 [A] | g:94 [SER] | a:1374 [A] | ❌ 6S0X_g_a |
g:41 [ARG] | a:1302 [U] | g:40 [GLU] | a:1289 [C] | ❌ 7RYG_g:40, 7RYG_a:1289 no longer at interface |
g:32 [LEU] | a:950 [G] | g:32 [GLN] | a:938 [G] | ❌ 7RYG_a:938 no longer at interface |
g:1 [MET] | a:943 [C] | g:2 [PRO] | a:931 [C] | ❌ 7RYG_a:931 no longer at interface |
g:34 [GLY] | a:1359 [A] | g:33 [ASP] | a:1346 [A] | ❌ 7RYG_a:1346 no longer at interface |
g:113 [GLU] | a:1308 [C] | g:112 [SER] | a:1295 [U] | ❌ 7RYG_g:112, 7RYG_a:1295 no longer at interface |
g:112 [GLY] | a:1308 [C] | g:111 [ARG] | a:1295 [U] | ❌ 7RYG_g:111, 7RYG_a:1295 no longer at interface |
g:121 [ALA] | a:1307 [U] | g:119 [ARG] | a:1294 [G] | ❌ 6S0X_g:121, 6S0X_a:1307 no longer at interface |
g:5 [GLY] | a:1103 [A] | g:4 [ARG] | a:1089 [A] | ❌ 6S0X_a:1103 no longer at interface |
g:5 [GLY] | a:1104 [A] | g:4 [ARG] | a:1090 [A] | ❌ 6S0X_a:1104 no longer at interface |
g:5 [GLY] | a:1102 [U] | g:4 [ARG] | a:1088 [U] | ❌ 6S0X_a:1102 no longer at interface |
g:5 [GLY] | a:940 [C] | g:4 [ARG] | a:928 [C] | ❌ 6S0X_a:940 no longer at interface |
g:98 [THR] | a:1385 [A] | g:97 [THR] | a:1372 [A] | ❌ 7RYG_g:97 no longer at interface |
g:98 [THR] | a:1386 [U] | g:97 [THR] | a:1373 [U] | ❌ 7RYG_g:97 no longer at interface |
g:41 [ARG] | a:1300 [G] | g:40 [GLU] | a:1287 [G] | ❌ 7RYG_g:40 no longer at interface |
g:41 [ARG] | a:1301 [U] | g:40 [GLU] | a:1288 [C] | ❌ 7RYG_g:40 no longer at interface |
g:10 [ARG] | a:1356 [A] | g:9 [ALA] | a:1343 [A] | ❌ 7RYG_g:9 no longer at interface |
g:10 [ARG] | a:1384 [A] | g:9 [ALA] | a:1371 [A] | ❌ 7RYG_g:9 no longer at interface |
g:10 [ARG] | a:1385 [A] | g:9 [ALA] | a:1372 [A] | ❌ 7RYG_g:9 no longer at interface |
g:10 [ARG] | a:1386 [U] | g:9 [ALA] | a:1373 [U] | ❌ 7RYG_g:9 no longer at interface |
g:10 [ARG] | a:1387 [A] | g:9 [ALA] | a:1374 [A] | ❌ 7RYG_g:9 no longer at interface |
g:42 [ILE] | a:1250 [U] | g:41 [SER] | a:1237 [U] | ❌ 7RYG_g:41 no longer at interface |
g:102 [ARG] | a:947 [A] | g:101 [MET] | a:935 [A] | ❌ 7RYG_g:101 no longer at interface |
g:102 [ARG] | a:948 [G] | g:101 [MET] | a:936 [G] | ❌ 7RYG_g:101 no longer at interface |
g:102 [ARG] | a:949 [C] | g:101 [MET] | a:937 [C] | ❌ 7RYG_g:101 no longer at interface |
g:102 [ARG] | a:1385 [A] | g:101 [MET] | a:1372 [A] | ❌ 7RYG_g:101 no longer at interface |
g:11 [ASP] | a:1355 [U] | g:10 [ARG] | a:1342 [U] | ❌ 6S0X_g:11 no longer at interface |
g:11 [ASP] | a:1387 [A] | g:10 [ARG] | a:1374 [A] | ❌ 6S0X_g:11 no longer at interface |
g:11 [ASP] | a:1385 [A] | g:10 [ARG] | a:1372 [A] | ❌ 6S0X_g:11 no longer at interface |
g:11 [ASP] | a:1386 [U] | g:10 [ARG] | a:1373 [U] | ❌ 6S0X_g:11 no longer at interface |
g:11 [ASP] | a:1356 [A] | g:10 [ARG] | a:1343 [A] | ❌ 6S0X_g:11 no longer at interface |
g:103 [TRP] | a:1385 [A] | g:102 [ARG] | a:1372 [A] | ❌ 6S0X_g:103 no longer at interface |
g:103 [TRP] | a:1386 [U] | g:102 [ARG] | a:1373 [U] | ❌ 6S0X_g:103 no longer at interface |
g:103 [TRP] | a:948 [G] | g:102 [ARG] | a:936 [G] | ❌ 6S0X_g:103 no longer at interface |
g:103 [TRP] | a:949 [C] | g:102 [ARG] | a:937 [C] | ❌ 6S0X_g:103 no longer at interface |
g:118 [ASP] | a:1250 [U] | g:116 [MET] | a:1237 [U] | ❌ 6S0X_g:118 no longer at interface |
g:121 [ALA] | a:1249 [A] | g:119 [ARG] | a:1236 [A] | ❌ 6S0X_g:121 no longer at interface |
g:121 [ALA] | a:1250 [U] | g:119 [ARG] | a:1237 [U] | ❌ 6S0X_g:121 no longer at interface |
g:13 [LEU] | a:1385 [A] | g:12 [ILE] | a:1372 [A] | ❌ 6S0X_g:13 no longer at interface |
g:30 [ILE] | a:1250 [U] | g:30 [VAL] | a:1237 [U] | ❌ 6S0X_g:30 no longer at interface |
g:43 [LEU] | a:1250 [U] | g:42 [ILE] | a:1237 [U] | ❌ 6S0X_g:43 no longer at interface |
g:93 [PRO] | a:1388 [C] | g:92 [ARG] | a:1375 [C] | ❌ 6S0X_g:93 no longer at interface |
g:93 [PRO] | a:1387 [A] | g:92 [ARG] | a:1374 [A] | ❌ 6S0X_g:93 no longer at interface |
g:93 [PRO] | a:1386 [U] | g:92 [ARG] | a:1373 [U] | ❌ 6S0X_g:93 no longer at interface |
g:96 [ARG] | a:947 [A] | g:95 [ARG] | a:935 [A] | ❌ 6S0X_g:96 no longer at interface |
g:96 [ARG] | a:948 [G] | g:95 [ARG] | a:936 [G] | ❌ 6S0X_g:96 no longer at interface |
g:96 [ARG] | a:1387 [A] | g:95 [ARG] | a:1374 [A] | ❌ 6S0X_g:96 no longer at interface |
g:96 [ARG] | a:1386 [U] | g:95 [ARG] | a:1373 [U] | ❌ 6S0X_g:96 no longer at interface |
g:99 [LEU] | a:1386 [U] | g:98 [ALA] | a:1373 [U] | ❌ 6S0X_g:99 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.95 | 5.27 | 0.12 | 0.81 | 0.96 | 0.62 | 0.84 | 0.22 | 0.07 | 0.04 | 0.47 |
Other pairs involving 6S0X_g_a or 7RYG_g_a
Total number of entries: 9