Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_G
|
7K00_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| G:2 [PRO] | A:935 [A] | 4.33 | A:1380 [U] | 21.95 | ||
| G:2 [PRO] | A:936 [C] | 4.61 | A:1379 [G] | 21.95 | ||
| G:2 [PRO] | A:937 [A] | 4.94 | A:1378 [C] | 21.95 | ||
| G:2 [PRO] | A:1377 [A] | 3.35 | sugar:BB | 21.95 | ||
| G:2 [PRO] | A:1378 [C] | 4.58 | A:937 [A] | 21.95 | ||
| G:2 [PRO] | A:1379 [G] | 2.92 | A:936 [C] | base:BB, base:BB | 21.95 | |
| G:2 [PRO] | A:1380 [U] | 2.95 | A:935 [A] | 21.95 | ||
| G:3 [ARG] | A:932 [C] | 3.3 | A:1385 [G] | base/AA stacks | 65.6 | |
| G:3 [ARG] | A:933 [G] | 2.21 | A:1384 [C] | base:SC, base:SC | 65.6 | |
| G:3 [ARG] | A:935 [A] | 3.14 | A:1380 [U] | base/AA stacks | 65.6 | |
| G:3 [ARG] | A:1379 [G] | 4.78 | A:936 [C] | 65.6 | ||
| G:3 [ARG] | A:1380 [U] | 2.89 | A:935 [A] | base/AA stacks | 65.6 | |
| G:3 [ARG] | A:1383 [C] | 4.36 | 65.6 | |||
| G:3 [ARG] | A:1384 [C] | 3.81 | A:933 [G] | 65.6 | ||
| G:3 [ARG] | A:1385 [G] | 4.5 | A:932 [C] | 65.6 | ||
| G:4 [ARG] | A:932 [C] | 3.3 | A:1385 [G] | 52.63 | ||
| G:4 [ARG] | A:933 [G] | 3.4 | A:1384 [C] | 52.63 | ||
| G:4 [ARG] | A:1092 [A] | 3.32 | 52.63 | |||
| G:4 [ARG] | A:1093 [A] | 4.35 | 52.63 | |||
| G:5 [ARG] | A:1378 [C] | 3.4 | A:937 [A] | 13.65 | ||
| G:5 [ARG] | A:1379 [G] | 4.75 | A:936 [C] | 13.65 | ||
| G:7 [ILE] | A:1377 [A] | 3.78 | 11.41 | |||
| G:7 [ILE] | A:1378 [C] | 4.34 | A:937 [A] | 11.41 | ||
| G:10 [ARG] | A:1346 [A] | 3.42 | A:1375 [A] | sugar:SC | base/AA stacks | 57.78 |
| G:10 [ARG] | A:1375 [A] | 4.67 | A:1346 [A] | 57.78 | ||
| G:10 [ARG] | A:1376 [U] | 3.19 | A:1345 [U] | base:SC | 57.78 | |
| G:10 [ARG] | A:1377 [A] | 4.43 | 57.78 | |||
| G:12 [ILE] | A:1374 [A] | 4.86 | A:1348 [U] | 45.49 | ||
| G:12 [ILE] | A:1375 [A] | 4.83 | A:1346 [A] | 45.49 | ||
| G:25 [LYS] | A:1375 [A] | 2.88 | A:1346 [A] | 77.56 | ||
| G:25 [LYS] | A:1376 [U] | 2.55 | A:1345 [U] | 77.56 | ||
| G:28 [ASN] | A:1374 [A] | 3.0 | A:1348 [U] | sugar:BB | 87.16 | |
| G:28 [ASN] | A:1375 [A] | 2.8 | A:1346 [A] | 87.16 | ||
| G:29 [ILE] | A:1374 [A] | 4.81 | A:1348 [U] | 7.64 | ||
| G:29 [ILE] | A:1375 [A] | 4.42 | A:1346 [A] | 7.64 | ||
| G:29 [ILE] | A:1376 [U] | 4.71 | A:1345 [U] | 7.64 | ||
| G:30 [LEU] | A:1240 [U] | 3.13 | base:BB | 68.38 | ||
| G:31 [MET] | A:1240 [U] | 4.77 | 90.42 | |||
| G:31 [MET] | A:1373 [G] | 3.71 | A:1349 [A] | 90.42 | ||
| G:31 [MET] | A:1374 [A] | 3.27 | A:1348 [U] | 90.42 | ||
| G:32 [VAL] | A:1240 [U] | 4.07 | 55.06 | |||
| G:33 [ASP] | A:1350 [A] | 2.16 | A:1372 [U] | sugar:SC | 52.69 | |
| G:33 [ASP] | A:1351 [U] | 3.26 | A:1371 [G] | 52.69 | ||
| G:33 [ASP] | A:1372 [U] | 3.94 | A:1350 [A] | 52.69 | ||
| G:34 [GLY] | A:1349 [A] | 4.74 | A:1373 [G] | 98.9 | ||
| G:34 [GLY] | A:1350 [A] | 3.97 | A:1372 [U] | 98.9 | ||
| G:34 [GLY] | A:1372 [U] | 2.59 | A:1350 [A] | sugar:BB | 98.9 | |
| G:34 [GLY] | A:1373 [G] | 3.13 | A:1349 [A] | sugar:BB | 98.9 | |
| G:35 [LYS] | A:1240 [U] | 4.53 | 84.41 | |||
| G:35 [LYS] | A:1241 [G] | 3.34 | A:1296 [C] | 84.41 | ||
| G:35 [LYS] | A:1289 [A] | 2.91 | A:1248 [A] | 84.41 | ||
| G:35 [LYS] | A:1290 [G] | 2.61 | A:1247 [U] | 84.41 | ||
| G:35 [LYS] | A:1351 [U] | 4.74 | A:1371 [G] | 84.41 | ||
| G:35 [LYS] | A:1372 [U] | 4.38 | A:1350 [A] | 84.41 | ||
| G:36 [LYS] | A:1372 [U] | 4.42 | A:1350 [A] | 92.33 | ||
| G:36 [LYS] | A:1373 [G] | 3.66 | A:1349 [A] | 92.33 | ||
| G:36 [LYS] | A:1374 [A] | 2.74 | A:1348 [U] | 92.33 | ||
| G:37 [SER] | A:1290 [G] | 3.8 | A:1247 [U] | 53.46 | ||
| G:37 [SER] | A:1291 [U] | 2.94 | A:1246 [A] | 53.46 | ||
| G:38 [THR] | A:1240 [U] | 3.27 | 30.02 | |||
| G:38 [THR] | A:1241 [G] | 4.39 | A:1296 [C] | 30.02 | ||
| G:38 [THR] | A:1290 [G] | 4.5 | A:1247 [U] | 30.02 | ||
| G:38 [THR] | A:1291 [U] | 3.87 | A:1246 [A] | 30.02 | ||
| G:39 [ALA] | A:1240 [U] | 4.7 | 94.95 | |||
| G:42 [ILE] | A:1240 [U] | 3.28 | 84.72 | |||
| G:76 [LYS] | A:1378 [C] | 2.32 | A:937 [A] | base:SC | 68.03 | |
| G:77 [SER] | A:1381 [U] | 4.63 | 66.06 | |||
| G:78 [ARG] | A:1379 [G] | 4.83 | A:936 [C] | 60.96 | ||
| G:78 [ARG] | A:1381 [U] | 3.73 | base/AA stacks | 60.96 | ||
| G:79 [ARG] | A:1381 [U] | 4.78 | 82.75 | |||
| G:79 [ARG] | A:1382 [C] | 3.38 | sugar:SC | 82.75 | ||
| G:79 [ARG] | A:1383 [C] | 4.91 | 82.75 | |||
| G:81 [GLY] | A:693 [G] | 3.55 | sugar:BB | 82.45 | ||
| G:83 [SER] | A:693 [G] | 4.88 | 55.87 | |||
| G:92 [ARG] | A:1377 [A] | 3.14 | 58.76 | |||
| G:92 [ARG] | A:1378 [C] | 4.13 | A:937 [A] | 58.76 | ||
| G:95 [ARG] | A:938 [A] | 3.42 | A:934 [C] | 83.67 | ||
| G:95 [ARG] | A:939 [G] | 2.97 | A:1344 [C] | 83.67 | ||
| G:95 [ARG] | A:1377 [A] | 4.57 | 83.67 | |||
| G:98 [ALA] | A:1376 [U] | 3.48 | A:1345 [U] | 53.0 | ||
| G:99 [LEU] | A:939 [G] | 3.86 | A:1344 [C] | 55.15 | ||
| G:102 [ARG] | A:938 [A] | 4.75 | A:934 [C] | 80.03 | ||
| G:102 [ARG] | A:939 [G] | 2.65 | A:1344 [C] | 80.03 | ||
| G:102 [ARG] | A:940 [C] | 3.57 | A:1343 [G] | 80.03 | ||
| G:102 [ARG] | A:1375 [A] | 4.31 | A:1346 [A] | 80.03 | ||
| G:102 [ARG] | A:1376 [U] | 3.75 | A:1345 [U] | 80.03 | ||
| G:105 [VAL] | A:1240 [U] | 4.6 | 67.43 | |||
| G:106 [GLU] | A:940 [C] | 4.59 | A:1343 [G] | 49.68 | ||
| G:109 [ARG] | A:941 [G] | 4.68 | A:1342 [C] | 61.81 | ||
| G:109 [ARG] | A:1240 [U] | 2.85 | base:SC, base:SC | 61.81 | ||
| G:114 [LYS] | A:1239 [A] | 2.9 | A:1299 [A] | 41.76 | ||
| G:114 [LYS] | A:1240 [U] | 4.51 | 41.76 | |||
| G:114 [LYS] | A:1297 [G] | 2.91 | A:1298 [U] | sugar:SC | 41.76 | |
| G:114 [LYS] | A:1298 [U] | 3.38 | A:1297 [G] | 41.76 | ||
| G:115 [SER] | A:1239 [A] | 3.89 | A:1299 [A] | 42.55 | ||
| G:115 [SER] | A:1240 [U] | 3.61 | 42.55 | |||
| G:115 [SER] | A:1297 [G] | 4.37 | A:1298 [U] | 42.55 | ||
| G:115 [SER] | A:1298 [U] | 4.95 | A:1297 [G] | 42.55 | ||
| G:116 [MET] | A:1239 [A] | 4.59 | A:1299 [A] | 57.59 | ||
| G:116 [MET] | A:1240 [U] | 2.88 | 57.59 | |||
| G:117 [ALA] | A:1240 [U] | 4.59 | 23.09 | |||
| G:119 [ARG] | A:1239 [A] | 3.99 | A:1299 [A] | 49.6 | ||
| G:119 [ARG] | A:1240 [U] | 2.37 | 49.6 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group112 | 7K00_G_A | G: 30s ribosomal protein s7, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) | P02359 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2F_AG_AA | 7K00_G_A | 0.83 | 0.98 | 1.2 | 0.47 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1g_1a | 7K00_G_A | 0.78 | 0.98 | 1.18 | 0.45 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4YBB_AG_AA | 7K00_G_A | 0.76 | 0.97 | 4.0 | 0.6 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_g_a | 7K00_G_A | 0.64 | 0.95 | 3.32 | 0.41 | Ribosomal protein S7 | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_G_A | 7O7Y_Ae_A2 | 0.46 | 0.91 | 2.33 | 0.23 | Ribosomal protein S7 | compare |