RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group114 > 1FFY_A_T vs 1U0B_B_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1FFY_A
1FFY_T
1U0B_B
1U0B_A
Conserved?
A:443 [ASN] T:3 [G] B:158 [GLN] A:3 [C] ✔
A:644 [ASP] T:25 [C] B:315 [ALA] A:24 [G] ✔
A:594 [LYS] T:68 [G] B:265 [GLU] A:69 [C] ✔
A:594 [LYS] T:69 [G] B:265 [GLU] A:70 [G] ✔
A:709 [GLN] T:24 [G] B:360 [PHE] A:23 [U] ✔
A:709 [GLN] T:25 [C] B:360 [PHE] A:24 [G] ✔
A:643 [ASP] T:25 [C] B:314 [ALA] A:24 [G] ✔
A:643 [ASP] T:26 [G] B:314 [ALA] A:25 [U] ✔
A:717 [SER] T:39 [G] B:367 [ASN] A:39 [U] ✔
A:717 [SER] T:40 [G] B:367 [ASN] A:40 [C] ✔
A:587 [PHE] T:69 [G] B:259 [MET] A:70 [G] ✔
A:702 [LEU] T:12 [U] B:353 [PRO] A:13 [A] ✔
A:702 [LEU] T:13 [C] B:353 [PRO] A:14 [A] ✔
A:640 [GLN] T:10 [G] B:311 [GLN] A:11 [C] ✔
A:640 [GLN] T:25 [C] B:311 [GLN] A:24 [G] ✔
A:710 [ASN] T:24 [G] B:361 [ASP] A:23 [U] ✔
A:624 [SER] T:12 [U] B:295 [SER] A:13 [A] ✔
A:703 [ASN] T:14 [A] B:354 [GLU] A:15 [G] ✔
A:647 [LYS] T:39 [G] B:318 [ARG] A:39 [U] ✔
A:647 [LYS] T:40 [G] B:318 [ARG] A:40 [C] ✔
A:632 [ARG] T:12 [U] B:303 [ASN] A:13 [A] ✔
A:630 [ASP] T:68 [G] B:301 [GLN] A:69 [C] ✔
A:630 [ASP] T:69 [G] B:301 [GLN] A:70 [G] ✔
A:560 [ARG] T:71 [C] B:232 [PHE] A:71 [C] ✔
A:560 [ARG] T:72 [C] B:232 [PHE] A:72 [C] ✔
A:557 [ASP] T:71 [C] B:229 [ASP] A:71 [C] ✔
A:626 [ASP] T:12 [U] B:297 [HIS] A:13 [A] ✔
A:626 [ASP] T:13 [C] B:297 [HIS] A:14 [A] ✔
A:589 [MET] T:68 [G] B:261 [MET] A:69 [C] ✔
A:589 [MET] T:69 [G] B:261 [MET] A:70 [G] ✔
A:637 [ILE] T:11 [C] B:308 [ASN] A:12 [A] ✔
A:636 [GLU] T:10 [G] B:307 [GLU] A:11 [C] ✔
A:713 [ASN] T:25 [C] B:364 [ARG] A:24 [G] ✔
A:713 [ASN] T:40 [G] B:364 [ARG] A:40 [C] ✔
A:595 [LYS] T:69 [G] B:266 [LYS] A:70 [G] ✔
A:650 [ASN] T:38 [A] B:321 [THR] A:38 [A] ✔
A:650 [ASN] T:39 [G] B:321 [THR] A:39 [U] ✔
A:706 [GLN] T:23 [A] B:357 [SER] A:22 [A] ✔
A:706 [GLN] T:24 [G] B:357 [SER] A:23 [U] ✔
A:593 [GLY] T:68 [G] B:264 [ARG] A:69 [C] ✔
A:593 [GLY] T:69 [G] B:264 [ARG] A:70 [G] ✔
A:625 [THR] T:12 [U] B:296 [GLY] A:13 [A] ✔
A:625 [THR] T:13 [C] B:296 [GLY] A:14 [A] ✔
A:443 [ASN] T:4 [C] B:158 [GLN] A:4 [G] ❌ 1U0B_B_A
A:644 [ASP] T:24 [G] B:315 [ALA] A:23 [U] ❌ 1U0B_B_A
A:587 [PHE] T:71 [C] B:259 [MET] A:71 [C] ❌ 1U0B_B_A
A:702 [LEU] T:14 [A] B:353 [PRO] A:15 [G] ❌ 1U0B_B_A
A:640 [GLN] T:11 [C] B:311 [GLN] A:12 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:640 [GLN] T:12 [U] B:311 [GLN] A:13 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:640 [GLN] T:24 [G] B:311 [GLN] A:23 [U] ❌ 1U0B_B_A
A:710 [ASN] T:23 [A] B:361 [ASP] A:22 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:624 [SER] T:13 [C] B:295 [SER] A:14 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:705 [TYR] T:12 [U] B:356 [TYR] A:13 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:632 [ARG] T:11 [C] B:303 [ASN] A:12 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:632 [ARG] T:13 [C] B:303 [ASN] A:14 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:629 [ALA] T:5 [U] B:300 [SER] A:5 [C] ❌ 1U0B_B_A
A:626 [ASP] T:14 [A] B:297 [HIS] A:15 [G] ❌ 1U0B_B_A
A:637 [ILE] T:12 [U] B:308 [ASN] A:13 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:636 [GLU] T:11 [C] B:307 [GLU] A:12 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:713 [ASN] T:24 [G] B:364 [ARG] A:23 [U] ❌ 1U0B_B_A
A:595 [LYS] T:68 [G] B:266 [LYS] A:69 [C] ❌ 1U0B_B_A
A:706 [GLN] T:12 [U] B:357 [SER] A:13 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:706 [GLN] T:13 [C] B:357 [SER] A:14 [A] ❌ 1U0B_B_A
A:556 [SER] T:69 [G] B:228 [SER] A:70 [G] ❌ 1FFY_A_T
A:629 [ALA] T:13 [C] B:300 [SER] A:14 [A] ❌ 1FFY_A_T
A:630 [ASP] T:12 [U] B:301 [GLN] A:13 [A] ❌ 1FFY_A_T
A:640 [GLN] T:26 [G] B:311 [GLN] A:25 [U] ❌ 1FFY_A_T
A:647 [LYS] T:25 [C] B:318 [ARG] A:24 [G] ❌ 1FFY_A_T
A:647 [LYS] T:26 [G] B:318 [ARG] A:25 [U] ❌ 1FFY_A_T
A:653 [ARG] T:38 [A] B:324 [ARG] A:38 [A] ❌ 1FFY_A_T
A:702 [LEU] T:23 [A] B:353 [PRO] A:22 [A] ❌ 1FFY_A_T
A:703 [ASN] T:23 [A] B:354 [GLU] A:22 [A] ❌ 1FFY_A_T
A:703 [ASN] T:13 [C] B:354 [GLU] A:14 [A] ❌ 1FFY_A_T
A:705 [TYR] T:24 [G] B:356 [TYR] A:23 [U] ❌ 1FFY_A_T
A:713 [ASN] T:41 [G] B:364 [ARG] A:41 [C] ❌ 1FFY_A_T
A:629 [ALA] T:6 [U] B:300 [SER] A:6 [G] ❌ 1U0B_A:6 no longer at interface
A:443 [ASN] T:2 [G] B:158 [GLN] A:2 [G] ❌ 1FFY_T:2 no longer at interface
A:447 [ASP] T:2 [G] B:162 [GLN] A:2 [G] ❌ 1FFY_A:447, 1FFY_T:2 no longer at interface
A:639 [LYS] T:26 [G] B:310 [LYS] A:25 [U] ❌ 1U0B_B:310 no longer at interface
A:722 [ASP] T:39 [G] B:371 [ALA] A:39 [U] ❌ 1U0B_B:371 no longer at interface
A:722 [ASP] T:40 [G] B:371 [ALA] A:40 [C] ❌ 1U0B_B:371 no longer at interface
A:440 [ARG] T:3 [G] B:155 [LEU] A:3 [C] ❌ 1U0B_B:155 no longer at interface
A:440 [ARG] T:4 [C] B:155 [LEU] A:4 [G] ❌ 1U0B_B:155 no longer at interface
A:440 [ARG] T:69 [G] B:155 [LEU] A:70 [G] ❌ 1U0B_B:155 no longer at interface
A:440 [ARG] T:71 [C] B:155 [LEU] A:71 [C] ❌ 1U0B_B:155 no longer at interface
A:592 [GLU] T:68 [G] B:263 [ASP] A:69 [C] ❌ 1U0B_B:263 no longer at interface
A:441 [ILE] T:3 [G] B:156 [SER] A:3 [C] ❌ 1FFY_A:441 no longer at interface
A:442 [TYR] T:3 [G] B:157 [ARG] A:3 [C] ❌ 1FFY_A:442 no longer at interface
A:448 [ARG] T:72 [C] B:163 [LEU] A:72 [C] ❌ 1FFY_A:448 no longer at interface
A:700 [ASP] T:14 [A] B:351 [ASN] A:15 [G] ❌ 1FFY_A:700 no longer at interface
A:700 [ASP] T:13 [C] B:351 [ASN] A:14 [A] ❌ 1FFY_A:700 no longer at interface
A:712 [ILE] T:40 [G] B:363 [ALA] A:40 [C] ❌ 1FFY_A:712 no longer at interface
A:719 [PHE] T:40 [G] B:368 [ARG] A:40 [C] ❌ 1FFY_A:719 no longer at interface
A:719 [PHE] T:41 [G] B:368 [ARG] A:41 [C] ❌ 1FFY_A:719 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA 0.69 1.86 0.12 0.69 0.52 0.42 0.7 0.54 0.27 0.12 0.37


Other pairs involving 1FFY_A_T or 1U0B_B_A

Total number of entries: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1FFY_A_T 1U0B_B_A 0.54 0.69 1.86 0.12 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA compare
1U0B_B_A 3ZGZ_A_B 0.33 0.69 2.56 0.06 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA compare
1U0B_B_A 4CQN_A_B 0.35 0.69 2.61 0.05 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA compare