RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group114 > 1U0B_B_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

1U0B_B
1U0B_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
B:10 [ARG] A:4 [G] 3.4 A:69 [C] 51.47
B:10 [ARG] A:5 [C] 2.92 A:68 [G] 51.47
B:12 [LYS] A:15 [G] 4.51 A:48 [G] 60.8
B:29 [GLY] A:76 [A] 4.14 97.64
B:30 [ILE] A:76 [A] 3.61 80.25
B:31 [THR] A:76 [A] 4.86 97.39
B:37 [HIS] A:76 [A] 3.7 98.6
B:39 [GLY] A:76 [A] 2.77 95.27
B:40 [HIS] A:76 [A] 3.03 sugar:SC 94.14
B:42 [ARG] A:76 [A] 4.23 87.44
B:43 [THR] A:76 [A] 2.66 base:SC 79.4
B:44 [PHE] A:76 [A] 4.34 53.37
B:156 [SER] A:3 [C] 3.7 A:70 [G] sugar:BB 88.89
B:157 [ARG] A:3 [C] 4.49 A:70 [G] 47.12
B:158 [GLN] A:2 [G] 2.54 A:71 [C] sugar:SC, sugar:SC 65.54
B:158 [GLN] A:3 [C] 3.97 A:70 [G] 65.54
B:162 [GLN] A:2 [G] 4.11 A:71 [C] 51.3
B:163 [LEU] A:72 [C] 4.37 A:1 [G] 57.14
B:163 [LEU] A:73 [U] 4.87 57.14
B:166 [GLY] A:1 [G] 3.33 A:72 [C] base:BB 55.45
B:166 [GLY] A:72 [C] 3.48 A:1 [G] 55.45
B:166 [GLY] A:73 [U] 3.87 55.45
B:167 [ALA] A:72 [C] 4.79 A:1 [G] 60.11
B:167 [ALA] A:73 [U] 3.32 60.11
B:168 [ARG] A:73 [U] 2.89 base/AA stacks 84.01
B:168 [ARG] A:74 [C] 4.49 84.01
B:179 [MET] A:73 [U] 4.74 42.65
B:205 [TRP] A:74 [C] 3.64 96.43
B:205 [TRP] A:75 [C] 4.92 96.43
B:206 [HIS] A:74 [C] 4.34 98.89
B:206 [HIS] A:75 [C] 4.02 98.89
B:226 [GLY] A:76 [A] 3.67 98.21
B:227 [GLY] A:76 [A] 2.62 sugar:BB 96.06
B:228 [SER] A:70 [G] 4.87 A:3 [C] 41.94
B:229 [ASP] A:71 [C] 4.12 A:2 [G] 98.69
B:229 [ASP] A:75 [C] 3.76 base/AA stacks 98.69
B:229 [ASP] A:76 [A] 4.11 98.69
B:230 [LEU] A:75 [C] 3.55 92.25
B:230 [LEU] A:76 [A] 2.62 92.25
B:232 [PHE] A:71 [C] 4.23 A:2 [G] 91.37
B:232 [PHE] A:72 [C] 3.32 A:1 [G] 91.37
B:232 [PHE] A:73 [U] 4.21 91.37
B:233 [PRO] A:73 [U] 3.7 95.44
B:233 [PRO] A:74 [C] 3.92 95.44
B:233 [PRO] A:75 [C] 4.17 95.44
B:234 [HIS] A:75 [C] 3.56 99.0
B:257 [SER] A:76 [A] 4.29 76.41
B:258 [GLY] A:76 [A] 3.55 85.38
B:259 [MET] A:70 [G] 4.75 A:3 [C] 63.04
B:259 [MET] A:76 [A] 3.51 63.04
B:260 [VAL] A:76 [A] 2.8 base:BB, base:BB 80.49
B:261 [MET] A:69 [C] 3.28 A:4 [G] 55.6
B:261 [MET] A:70 [G] 3.74 A:3 [C] 55.6
B:264 [ARG] A:69 [C] 3.73 A:4 [G] 77.03
B:264 [ARG] A:70 [G] 4.07 A:3 [C] 77.03
B:265 [GLU] A:69 [C] 4.63 A:4 [G] 70.17
B:265 [GLU] A:70 [G] 4.16 A:3 [C] 70.17
B:266 [LYS] A:70 [G] 3.66 A:3 [C] 98.77
B:267 [MET] A:76 [A] 2.64 base:BB 98.38
B:268 [SER] A:75 [C] 3.84 96.49
B:268 [SER] A:76 [A] 4.9 96.49
B:270 [SER] A:74 [C] 4.46 98.97
B:270 [SER] A:75 [C] 4.92 98.97
B:295 [SER] A:13 [A] 3.74 A:9 [A] 74.89
B:296 [GLY] A:13 [A] 3.65 A:9 [A] 61.55
B:296 [GLY] A:14 [A] 3.62 A:8 [U] 61.55
B:297 [HIS] A:13 [A] 4.12 A:9 [A] 88.8
B:297 [HIS] A:14 [A] 2.65 A:8 [U] 88.8
B:300 [SER] A:14 [A] 3.44 A:8 [U] 65.44
B:301 [GLN] A:13 [A] 4.48 A:9 [A] 70.03
B:301 [GLN] A:69 [C] 2.96 A:4 [G] sugar:SC 70.03
B:301 [GLN] A:70 [G] 3.69 A:3 [C] 70.03
B:303 [ASN] A:13 [A] 4.79 A:9 [A] 78.54
B:307 [GLU] A:11 [C] 4.41 A:24 [G] 57.25
B:308 [ASN] A:12 [A] 3.5 A:23 [U] 40.44
B:311 [GLN] A:11 [C] 4.57 A:24 [G] 44.38
B:311 [GLN] A:24 [G] 2.91 A:11 [C] base:SC 44.38
B:311 [GLN] A:25 [U] 2.83 A:10 [A] sugar:SC 44.38
B:314 [ALA] A:24 [G] 4.54 A:11 [C] 39.84
B:314 [ALA] A:25 [U] 4.19 A:10 [A] 39.84
B:315 [ALA] A:24 [G] 3.33 A:11 [C] 46.56
B:318 [ARG] A:24 [G] 3.82 A:11 [C] 71.31
B:318 [ARG] A:25 [U] 3.68 A:10 [A] 71.31
B:318 [ARG] A:39 [U] 2.84 A:31 [A] 71.31
B:318 [ARG] A:40 [C] 2.63 A:30 [G] 71.31
B:321 [THR] A:38 [A] 3.59 A:32 [U] 42.32
B:321 [THR] A:39 [U] 3.97 A:31 [A] 42.32
B:324 [ARG] A:38 [A] 3.65 A:32 [U] sugar:SC 10.2
B:348 [ASP] A:15 [G] 4.18 A:48 [G] 81.8
B:351 [ASN] A:14 [A] 3.23 A:8 [U] 88.63
B:351 [ASN] A:15 [G] 3.31 A:48 [G] 88.63
B:353 [PRO] A:13 [A] 3.47 A:9 [A] 72.14
B:353 [PRO] A:14 [A] 3.72 A:8 [U] 72.14
B:353 [PRO] A:22 [A] 4.12 72.14
B:354 [GLU] A:14 [A] 2.95 A:8 [U] sugar:SC 34.96
B:354 [GLU] A:15 [G] 3.91 A:48 [G] 34.96
B:354 [GLU] A:22 [A] 3.39 34.96
B:356 [TYR] A:23 [U] 4.74 A:12 [A] 62.1
B:357 [SER] A:22 [A] 3.27 76.61
B:357 [SER] A:23 [U] 3.5 A:12 [A] 76.61
B:360 [PHE] A:23 [U] 3.34 A:12 [A] 10.28
B:360 [PHE] A:24 [G] 3.31 A:11 [C] 10.28
B:361 [ASP] A:23 [U] 3.52 A:12 [A] 48.73
B:363 [ALA] A:40 [C] 4.74 A:30 [G] 65.4
B:364 [ARG] A:24 [G] 3.27 A:11 [C] 50.27
B:364 [ARG] A:40 [C] 3.67 A:30 [G] 50.27
B:364 [ARG] A:41 [C] 2.7 A:29 [G] 50.27
B:367 [ASN] A:39 [U] 3.13 A:31 [A] 76.82
B:367 [ASN] A:40 [C] 2.72 A:30 [G] 76.82
B:368 [ARG] A:40 [C] 4.32 A:30 [G] 38.18
B:368 [ARG] A:41 [C] 4.88 A:29 [G] 38.18
B:423 [ARG] A:34 [G] 3.53 95.04
B:423 [ARG] A:35 [C] 4.35 95.04
B:423 [ARG] A:36 [A] 4.86 A:33 [U] 95.04
B:427 [ARG] A:34 [G] 2.64 base:SC, base:SC 84.39
B:427 [ARG] A:35 [C] 3.8 84.39
B:432 [TRP] A:34 [G] 3.4 base/AA stacks 63.12
B:435 [ALA] A:34 [G] 4.29 87.58
B:436 [ASP] A:34 [G] 3.01 base:SC, base:SC 98.07
B:436 [ASP] A:35 [C] 4.04 98.07
B:439 [ARG] A:34 [G] 4.48 96.71
B:439 [ARG] A:35 [C] 2.58 base:SC, base:SC 96.71
B:439 [ARG] A:36 [A] 3.14 A:33 [U] base/AA stacks 96.71
B:448 [VAL] A:37 [A] 3.73 6.67
B:449 [LEU] A:36 [A] 3.59 A:33 [U] 77.26
B:449 [LEU] A:37 [A] 3.57 77.26
B:450 [GLU] A:36 [A] 3.77 A:33 [U] 52.43
B:450 [GLU] A:37 [A] 3.62 52.43
B:450 [GLU] A:38 [A] 3.16 A:32 [U] 52.43
B:451 [ASP] A:34 [G] 4.37 98.52
B:451 [ASP] A:35 [C] 2.77 base:SC 98.52
B:451 [ASP] A:36 [A] 2.8 A:33 [U] base:BB, base:BB base/AA stacks 98.52
B:451 [ASP] A:37 [A] 3.61 98.52
B:452 [GLY] A:36 [A] 4.97 A:33 [U] 66.32
B:459 [ARG] A:37 [A] 3.52 sugar:SC 29.52
B:459 [ARG] A:38 [A] 3.48 A:32 [U] 29.52

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group114 1U0B_B_A B: Cysteine--tRNA ligase, Escherichia coli (genetically engineered) A: Cysteinyl tRNA, Escherichia coli (synthetic) P21888 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA ✘

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1U0B_B_A 3ZGZ_A_B 0.33 0.69 2.56 0.06 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA compare
1U0B_B_A 4CQN_A_B 0.35 0.69 2.61 0.05 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA compare
1FFY_A_T 1U0B_B_A 0.54 0.69 1.86 0.12 Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases tRNA compare