RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 2VQE_L_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

2VQE_L
2VQE_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
L:5 [PRO] A:567 [G] 3.2 A:883 [C] 6.89
L:5 [PRO] A:568 [G] 3.05 A:882 [C] base:BB 6.89
L:5 [PRO] A:882 [C] 3.68 A:568 [G] 6.89
L:5 [PRO] A:883 [C] 4.62 A:567 [G] 6.89
L:6 [THR] A:879 [C] 3.73 A:821 [G] 85.36
L:6 [THR] A:880 [C] 2.61 A:575 [G] 85.36
L:7 [ILE] A:564 [C] 4.37 45.59
L:8 [ASN] A:585 [G] 3.38 A:756 [C] 67.52
L:8 [ASN] A:879 [C] 3.76 A:821 [G] 67.52
L:8 [ASN] A:880 [C] 2.77 A:575 [G] 67.52
L:9 [GLN] A:880 [C] 3.19 A:575 [G] 85.53
L:9 [GLN] A:881 [G] 2.89 A:569 [C] base:SC 85.53
L:9 [GLN] A:882 [C] 4.29 A:568 [G] 85.53
L:10 [LEU] A:564 [C] 3.09 41.9
L:12 [ARG] A:880 [C] 3.25 A:575 [G] 56.33
L:12 [ARG] A:881 [G] 2.66 A:569 [C] 56.33
L:13 [LYS] A:881 [G] 3.78 A:569 [C] 36.47
L:13 [LYS] A:882 [C] 3.43 A:568 [G] 36.47
L:14 [GLY] A:562 [C] 4.87 7.26
L:15 [ARG] A:562 [C] 3.28 77.46
L:15 [ARG] A:563 [A] 3.51 A:884 [U] 77.46
L:15 [ARG] A:564 [C] 2.79 77.46
L:15 [ARG] A:567 [G] 3.22 A:883 [C] base:SC, base:SC 77.46
L:15 [ARG] A:883 [C] 4.47 A:567 [G] 77.46
L:15 [ARG] A:884 [U] 3.31 A:563 [A] base:SC 77.46
L:16 [GLU] A:242 [C] 4.82 A:284 [G] 0.0
L:16 [GLU] A:562 [C] 2.98 base:BB base/AA stacks 0.0
L:17 [LYS] A:302 [G] 3.31 A:295 [C] 3.57
L:17 [LYS] A:303 [A] 2.55 A:294 [U] 3.57
L:17 [LYS] A:562 [C] 4.02 3.57
L:18 [VAL] A:562 [C] 3.85 59.77
L:19 [ARG] A:241 [C] 2.86 A:285 [G] sugar:SC 2.67
L:20 [LYS] A:555 [C] 3.0 A:28 [G] 11.2
L:20 [LYS] A:556 [C] 4.5 A:27 [G] 11.2
L:21 [LYS] A:908 [A] 4.09 A:889 [A] 36.44
L:21 [LYS] A:909 [A] 3.38 A:888 [G] 36.44
L:22 [SER] A:554 [C] 3.67 A:29 [G] 7.96
L:23 [LYS] A:23 [C] 4.54 A:11 [G] 49.94
L:23 [LYS] A:24 [U] 2.61 A:10 [A] 49.94
L:23 [LYS] A:554 [C] 4.96 A:29 [G] 49.94
L:24 [VAL] A:553 [A] 3.56 A:30 [U] 39.13
L:24 [VAL] A:554 [C] 4.82 A:29 [G] 39.13
L:25 [PRO] A:910 [C] 4.72 A:887 [G] 10.67
L:28 [LYS] A:48 [C] 4.77 11.28
L:28 [LYS] A:49 [U] 3.73 A:362 [G] 11.28
L:28 [LYS] A:362 [G] 3.92 A:49 [U] 11.28
L:28 [LYS] A:363 [A] 3.18 base:SC 11.28
L:28 [LYS] A:364 [A] 2.97 11.28
L:29 [GLY] A:553 [A] 2.63 A:30 [U] sugar:BB 14.07
L:30 [ALA] A:363 [A] 3.7 24.54
L:30 [ALA] A:553 [A] 4.07 A:30 [U] 24.54
L:31 [PRO] A:32 [A] 4.09 A:552 [U] 90.05
L:31 [PRO] A:33 [A] 4.1 A:551 [U] 90.05
L:31 [PRO] A:363 [A] 3.44 90.05
L:31 [PRO] A:552 [U] 2.75 A:32 [A] sugar:BB 90.05
L:31 [PRO] A:553 [A] 3.6 A:30 [U] 90.05
L:32 [PHE] A:33 [A] 3.22 A:551 [U] 74.63
L:32 [PHE] A:34 [C] 3.23 A:550 [G] 74.63
L:32 [PHE] A:363 [A] 3.28 74.63
L:32 [PHE] A:551 [U] 4.17 A:33 [A] 74.63
L:32 [PHE] A:552 [U] 4.19 A:32 [A] 74.63
L:33 [ARG] A:362 [G] 4.33 A:49 [U] 71.84
L:33 [ARG] A:363 [A] 3.45 71.84
L:34 [ARG] A:362 [G] 3.85 A:49 [U] 77.19
L:34 [ARG] A:363 [A] 2.88 77.19
L:41 [ARG] A:1411 [C] 4.21 A:1489 [G] 2.79
L:44 [THR] A:1491 [G] 3.79 A:1409 [C] 72.01
L:45 [PRO] A:1491 [G] 4.48 A:1409 [C] 97.9
L:45 [PRO] A:1492 [A] 4.65 97.9
L:46 [LYS] A:912 [C] 3.91 A:885 [G] 89.49
L:46 [LYS] A:913 [A] 3.98 89.49
L:46 [LYS] A:1490 [C] 4.58 A:1410 [G] 89.49
L:46 [LYS] A:1491 [G] 3.3 A:1409 [C] 89.49
L:46 [LYS] A:1492 [A] 3.2 89.49
L:47 [LYS] A:1491 [G] 4.18 A:1409 [C] 97.42
L:47 [LYS] A:1492 [A] 2.19 97.42
L:48 [PRO] A:518 [C] 4.01 94.38
L:48 [PRO] A:529 [G] 4.23 A:520 [A] 94.38
L:49 [ASN] A:518 [C] 4.55 98.21
L:49 [ASN] A:521 [G] 4.34 A:528 [C] 98.21
L:49 [ASN] A:522 [C] 3.45 A:527 [G] base:SC 98.21
L:49 [ASN] A:523 [A] 4.48 98.21
L:49 [ASN] A:527 [G] 2.78 A:522 [C] base:SC 98.21
L:49 [ASN] A:528 [C] 2.84 A:521 [G] base:SC 98.21
L:49 [ASN] A:529 [G] 3.37 A:520 [A] 98.21
L:50 [SER] A:518 [C] 3.47 99.0
L:50 [SER] A:519 [C] 2.67 99.0
L:50 [SER] A:529 [G] 2.97 A:520 [A] base:BB, base:BB 99.0
L:50 [SER] A:1492 [A] 3.29 99.0
L:51 [ALA] A:519 [C] 4.1 92.44
L:51 [ALA] A:520 [A] 3.2 A:529 [G] 92.44
L:51 [ALA] A:521 [G] 4.29 A:528 [C] 92.44
L:51 [ALA] A:529 [G] 4.06 A:520 [A] 92.44
L:52 [LEU] A:519 [C] 4.84 36.05
L:52 [LEU] A:520 [A] 2.86 A:529 [G] 36.05
L:52 [LEU] A:521 [G] 3.99 A:528 [C] 36.05
L:53 [ARG] A:521 [G] 3.04 A:528 [C] base:SC, base:SC 97.34
L:53 [ARG] A:522 [C] 3.16 A:527 [G] 97.34
L:53 [ARG] A:523 [A] 3.05 97.34
L:53 [ARG] A:528 [C] 4.29 A:521 [G] 97.34
L:53 [ARG] A:529 [G] 4.82 A:520 [A] 97.34
L:54 [LYS] A:520 [A] 3.75 A:529 [G] 87.38
L:54 [LYS] A:521 [G] 2.64 A:528 [C] 87.38
L:57 [LYS] A:1411 [C] 3.78 A:1489 [G] 73.04
L:57 [LYS] A:1412 [C] 2.97 A:1488 [G] 73.04
L:61 [THR] A:362 [G] 3.66 A:49 [U] 78.48
L:61 [THR] A:363 [A] 2.74 78.48
L:65 [GLU] A:1413 [A] 4.63 A:1487 [G] 25.55
L:69 [TYR] A:521 [G] 4.27 A:528 [C] 67.13
L:69 [TYR] A:522 [C] 2.24 A:527 [G] 67.13
L:71 [PRO] A:522 [C] 3.57 A:527 [G] 83.74
L:72 [GLY] A:521 [G] 3.44 A:528 [C] 90.53
L:72 [GLY] A:522 [C] 2.98 A:527 [G] 90.53
L:73 [GLU] A:520 [A] 2.86 A:529 [G] sugar:SC 59.08
L:73 [GLU] A:521 [G] 2.29 A:528 [C] 59.08
L:73 [GLU] A:537 [G] 3.61 A:514 [C] 59.08
L:74 [GLY] A:521 [G] 4.41 A:528 [C] 74.04
L:84 [LEU] A:34 [C] 4.27 A:550 [G] 83.77
L:84 [LEU] A:363 [A] 3.85 83.77
L:86 [ARG] A:551 [U] 3.82 A:33 [A] 73.22
L:86 [ARG] A:552 [U] 3.44 A:32 [A] 73.22
L:87 [GLY] A:552 [U] 3.33 A:32 [A] sugar:BB 83.31
L:87 [GLY] A:553 [A] 3.71 A:30 [U] 83.31
L:88 [GLY] A:552 [U] 4.43 A:32 [A] 80.13
L:88 [GLY] A:553 [A] 4.05 A:30 [U] 80.13
L:89 [ARG] A:524 [G] 4.73 A:507 [C] 77.2
L:89 [ARG] A:525 [C] 3.05 A:506 [G] 77.2
L:89 [ARG] A:912 [C] 3.49 A:885 [G] 77.2
L:89 [ARG] A:913 [A] 4.29 77.2
L:90 [VAL] A:523 [A] 3.41 56.4
L:91 [LYS] A:523 [A] 3.88 62.49
L:91 [LYS] A:525 [C] 4.4 A:506 [G] 62.49
L:91 [LYS] A:526 [C] 2.95 A:505 [G] 62.49
L:91 [LYS] A:912 [C] 4.69 A:885 [G] 62.49
L:91 [LYS] A:913 [A] 3.15 62.49
L:92 [ASP] A:522 [C] 3.46 A:527 [G] base:SC 94.84
L:92 [ASP] A:523 [A] 2.88 base:SC 94.84
L:92 [ASP] A:527 [G] 3.63 A:522 [C] 94.84
L:92 [ASP] A:528 [C] 4.88 A:521 [G] 94.84
L:94 [PRO] A:911 [U] 4.18 A:886 [G] 83.08
L:94 [PRO] A:912 [C] 3.55 A:885 [G] 83.08
L:94 [PRO] A:1490 [C] 3.57 A:1410 [G] 83.08
L:94 [PRO] A:1491 [G] 4.5 A:1409 [C] 83.08
L:95 [GLY] A:911 [U] 3.56 A:886 [G] 87.59
L:97 [ARG] A:910 [C] 2.97 A:887 [G] 63.94
L:97 [ARG] A:911 [U] 3.51 A:886 [G] 63.94
L:99 [HIS] A:523 [A] 4.99 61.05
L:101 [VAL] A:34 [C] 3.7 A:550 [G] 78.19
L:101 [VAL] A:35 [G] 4.7 A:549 [C] 78.19
L:103 [GLY] A:35 [G] 4.2 A:549 [C] 81.2
L:104 [VAL] A:34 [C] 3.45 A:550 [G] 49.35
L:104 [VAL] A:35 [G] 3.49 A:549 [C] 49.35
L:105 [TYR] A:363 [A] 3.75 0.0
L:105 [TYR] A:364 [A] 4.84 0.0
L:112 [ASP] A:538 [G] 4.31 A:513 [C] 38.51
L:113 [ARG] A:536 [C] 4.99 A:515 [G] 86.21
L:113 [ARG] A:537 [G] 2.58 A:514 [C] 86.21
L:113 [ARG] A:538 [G] 3.36 A:513 [C] 86.21
L:114 [LYS] A:537 [G] 4.93 A:514 [C] 40.23
L:114 [LYS] A:538 [G] 2.71 A:513 [C] 40.23
L:114 [LYS] A:539 [A] 3.18 A:512 [U] 40.23
L:115 [LYS] A:502 [G] 3.52 A:543 [C] 48.98
L:115 [LYS] A:503 [C] 4.93 A:542 [G] 48.98
L:115 [LYS] A:537 [G] 4.83 A:514 [C] 48.98
L:115 [LYS] A:538 [G] 2.65 A:513 [C] 48.98
L:115 [LYS] A:539 [A] 3.19 A:512 [U] 48.98
L:115 [LYS] A:540 [G] 4.9 A:511 [C] 48.98
L:115 [LYS] A:541 [G] 4.74 A:504 [C] 48.98
L:116 [SER] A:502 [G] 3.55 A:543 [C] 65.18
L:116 [SER] A:503 [C] 2.7 A:542 [G] 65.18
L:117 [ARG] A:35 [G] 4.39 A:549 [C] 85.42
L:117 [ARG] A:36 [C] 3.12 A:548 [G] sugar:SC 85.42
L:117 [ARG] A:37 [U] 4.75 A:397 [A] 85.42
L:117 [ARG] A:500 [G] 4.97 A:545 [C] 85.42
L:117 [ARG] A:501 [C] 2.61 A:544 [G] 85.42
L:117 [ARG] A:502 [G] 3.37 A:543 [C] 85.42
L:118 [SER] A:35 [G] 2.7 A:549 [C] base:SC, sugar:BB 95.51
L:118 [SER] A:36 [C] 3.54 A:548 [G] 95.51
L:118 [SER] A:501 [C] 3.44 A:544 [G] 95.51
L:118 [SER] A:502 [G] 2.61 A:543 [C] 95.51
L:118 [SER] A:550 [G] 4.64 A:34 [C] 95.51
L:119 [LYS] A:35 [G] 4.67 A:549 [C] 73.84
L:119 [LYS] A:502 [G] 3.38 A:543 [C] 73.84
L:119 [LYS] A:503 [C] 2.74 A:542 [G] 73.84
L:119 [LYS] A:550 [G] 3.6 A:34 [C] 73.84
L:119 [LYS] A:551 [U] 4.07 A:33 [A] 73.84
L:120 [TYR] A:522 [C] 3.81 A:527 [G] 72.39
L:120 [TYR] A:523 [A] 3.78 72.39
L:120 [TYR] A:537 [G] 4.59 A:514 [C] 72.39
L:121 [GLY] A:35 [G] 3.8 A:549 [C] sugar:BB 80.42
L:121 [GLY] A:36 [C] 4.35 A:548 [G] 80.42
L:122 [THR] A:35 [G] 4.92 A:549 [C] 48.14
L:122 [THR] A:36 [C] 3.87 A:548 [G] 48.14
L:123 [LYS] A:36 [C] 3.24 A:548 [G] 62.36
L:123 [LYS] A:37 [U] 3.19 A:397 [A] 62.36
L:124 [LYS] A:36 [C] 3.23 A:548 [G] 52.45
L:124 [LYS] A:37 [U] 2.93 A:397 [A] 52.45
L:124 [LYS] A:500 [G] 4.25 A:545 [C] 52.45
L:124 [LYS] A:501 [C] 3.0 A:544 [G] 52.45

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group118 2VQE_L_A L: 30s ribosomal protein s12, Thermus thermophilus (natural) A: 16s rRNA, Thermus thermophilus (natural) Q5SHN3 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_L_A 6S0X_l_a 0.80 0.96 2.89 0.62 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.16 0.66 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 4W2F_AL_AA 0.95 0.99 0.86 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 7PJS_l_a 0.90 0.97 1.1 0.73 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 7K00_L_A 0.91 0.97 0.91 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 7O7Y_Aw_A2 0.33 0.92 4.13 0.12 Nucleic acid-binding proteins compare
2VQE_L_A 4Y4O_1l_1a 0.93 0.99 0.99 0.95 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare