RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 4W2F_AL_AA

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4W2F_AL
4W2F_AA
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
AL:5 [PRO] AA:567 [G] 3.31 AA:883 [C] 12.08
AL:5 [PRO] AA:568 [G] 2.85 AA:882 [C] base:BB 12.08
AL:5 [PRO] AA:881 [G] 4.85 AA:569 [C] 12.08
AL:5 [PRO] AA:882 [C] 3.65 AA:568 [G] 12.08
AL:5 [PRO] AA:883 [C] 4.47 AA:567 [G] 12.08
AL:6 [THR] AA:879 [C] 3.82 AA:821 [G] 87.31
AL:6 [THR] AA:880 [C] 2.86 AA:575 [G] 87.31
AL:7 [ILE] AA:564 [C] 4.84 47.06
AL:8 [ASN] AA:585 [G] 3.49 AA:756 [C] 66.24
AL:8 [ASN] AA:879 [C] 3.95 AA:821 [G] 66.24
AL:8 [ASN] AA:880 [C] 2.65 AA:575 [G] 66.24
AL:9 [GLN] AA:880 [C] 3.39 AA:575 [G] 85.64
AL:9 [GLN] AA:881 [G] 2.8 AA:569 [C] base:SC 85.64
AL:9 [GLN] AA:882 [C] 4.05 AA:568 [G] 85.64
AL:10 [LEU] AA:564 [C] 3.52 45.23
AL:12 [ARG] AA:759 [A] 4.66 AA:582 [U] 48.02
AL:12 [ARG] AA:880 [C] 3.17 AA:575 [G] 48.02
AL:12 [ARG] AA:881 [G] 2.59 AA:569 [C] 48.02
AL:13 [LYS] AA:881 [G] 4.61 AA:569 [C] 32.82
AL:13 [LYS] AA:882 [C] 3.65 AA:568 [G] 32.82
AL:14 [GLY] AA:562 [C] 4.8 7.31
AL:15 [ARG] AA:562 [C] 3.46 77.28
AL:15 [ARG] AA:563 [A] 3.42 AA:884 [U] 77.28
AL:15 [ARG] AA:564 [C] 2.76 77.28
AL:15 [ARG] AA:567 [G] 2.84 AA:883 [C] base:SC, base:SC 77.28
AL:15 [ARG] AA:883 [C] 4.31 AA:567 [G] 77.28
AL:15 [ARG] AA:884 [U] 3.52 AA:563 [A] base:SC 77.28
AL:16 [GLU] AA:562 [C] 2.79 2.45
AL:17 [LYS] AA:562 [C] 4.07 2.09
AL:18 [VAL] AA:562 [C] 4.15 59.76
AL:21 [LYS] AA:909 [A] 4.47 AA:888 [G] 36.89
AL:22 [SER] AA:554 [C] 3.78 AA:29 [G] 24.6
AL:23 [LYS] AA:24 [U] 3.49 AA:10 [A] 45.91
AL:23 [LYS] AA:554 [C] 4.81 AA:29 [G] 45.91
AL:24 [VAL] AA:553 [A] 3.79 AA:30 [U] 29.99
AL:24 [VAL] AA:554 [C] 3.95 AA:29 [G] 29.99
AL:25 [PRO] AA:910 [C] 3.86 AA:887 [G] 2.03
AL:27 [LEU] AA:552 [U] 4.41 AA:32 [A] 68.92
AL:27 [LEU] AA:553 [A] 3.83 AA:30 [U] 68.92
AL:29 [GLY] AA:553 [A] 3.42 AA:30 [U] 18.68
AL:30 [ALA] AA:363 [A] 3.39 24.38
AL:30 [ALA] AA:553 [A] 3.9 AA:30 [U] 24.38
AL:31 [PRO] AA:32 [A] 3.99 AA:552 [U] 91.1
AL:31 [PRO] AA:33 [A] 4.41 AA:551 [U] 91.1
AL:31 [PRO] AA:363 [A] 3.47 91.1
AL:31 [PRO] AA:552 [U] 2.92 AA:32 [A] sugar:BB 91.1
AL:31 [PRO] AA:553 [A] 3.61 AA:30 [U] 91.1
AL:32 [PHE] AA:33 [A] 3.29 AA:551 [U] 74.11
AL:32 [PHE] AA:34 [C] 3.46 AA:550 [G] 74.11
AL:32 [PHE] AA:363 [A] 3.33 74.11
AL:32 [PHE] AA:551 [U] 4.18 AA:33 [A] 74.11
AL:32 [PHE] AA:552 [U] 3.83 AA:32 [A] 74.11
AL:33 [ARG] AA:362 [G] 3.75 AA:49 [U] 63.12
AL:33 [ARG] AA:363 [A] 3.41 63.12
AL:34 [ARG] AA:362 [G] 3.25 AA:49 [U] 76.74
AL:34 [ARG] AA:363 [A] 2.43 76.74
AL:41 [ARG] AA:1411 [C] 4.4 AA:1489 [G] 17.32
AL:44 [THR] AA:1491 [G] 4.75 AA:1409 [C] 70.96
AL:45 [PRO] AA:1491 [G] 4.38 AA:1409 [C] 98.21
AL:45 [PRO] AA:1492 [A] 3.81 98.21
AL:46 [LYS] AA:912 [C] 3.76 AA:885 [G] 91.92
AL:46 [LYS] AA:913 [A] 2.62 91.92
AL:46 [LYS] AA:1491 [G] 3.89 AA:1409 [C] 91.92
AL:46 [LYS] AA:1492 [A] 3.26 91.92
AL:47 [LYS] AA:1491 [G] 4.72 AA:1409 [C] 98.04
AL:47 [LYS] AA:1492 [A] 2.97 98.04
AL:48 [PRO] AA:518 [C] 3.55 95.05
AL:48 [PRO] AA:529 [G] 4.23 AA:520 [A] 95.05
AL:49 [ASN] AA:518 [C] 4.36 98.66
AL:49 [ASN] AA:521 [G] 4.77 AA:528 [C] 98.66
AL:49 [ASN] AA:522 [C] 3.72 AA:527 [G] 98.66
AL:49 [ASN] AA:523 [A] 4.53 98.66
AL:49 [ASN] AA:527 [G] 2.84 AA:522 [C] base:SC 98.66
AL:49 [ASN] AA:528 [C] 3.02 AA:521 [G] base:SC 98.66
AL:49 [ASN] AA:529 [G] 3.05 AA:520 [A] 98.66
AL:50 [SER] AA:518 [C] 3.42 99.0
AL:50 [SER] AA:519 [C] 2.36 99.0
AL:50 [SER] AA:529 [G] 2.85 AA:520 [A] base:BB, base:BB 99.0
AL:50 [SER] AA:1492 [A] 3.19 base:SC 99.0
AL:51 [ALA] AA:518 [C] 4.95 90.68
AL:51 [ALA] AA:519 [C] 3.73 90.68
AL:51 [ALA] AA:520 [A] 3.61 AA:529 [G] 90.68
AL:51 [ALA] AA:521 [G] 4.25 AA:528 [C] 90.68
AL:51 [ALA] AA:529 [G] 4.15 AA:520 [A] 90.68
AL:52 [LEU] AA:519 [C] 4.91 44.49
AL:52 [LEU] AA:520 [A] 2.94 AA:529 [G] 44.49
AL:52 [LEU] AA:521 [G] 4.33 AA:528 [C] 44.49
AL:53 [ARG] AA:521 [G] 2.96 AA:528 [C] base:SC, base:SC 98.49
AL:53 [ARG] AA:522 [C] 3.38 AA:527 [G] 98.49
AL:53 [ARG] AA:523 [A] 3.47 98.49
AL:53 [ARG] AA:528 [C] 4.61 AA:521 [G] 98.49
AL:53 [ARG] AA:529 [G] 4.88 AA:520 [A] 98.49
AL:54 [LYS] AA:520 [A] 3.81 AA:529 [G] 88.03
AL:54 [LYS] AA:521 [G] 2.68 AA:528 [C] 88.03
AL:57 [LYS] AA:1412 [C] 3.79 AA:1488 [G] 69.05
AL:61 [THR] AA:362 [G] 3.39 AA:49 [U] 76.12
AL:61 [THR] AA:363 [A] 2.52 76.12
AL:65 [GLU] AA:1413 [A] 4.81 AA:1487 [G] 16.0
AL:69 [TYR] AA:521 [G] 4.45 AA:528 [C] 64.35
AL:69 [TYR] AA:522 [C] 2.62 AA:527 [G] 64.35
AL:71 [PRO] AA:522 [C] 3.68 AA:527 [G] 82.77
AL:72 [GLY] AA:521 [G] 3.38 AA:528 [C] 90.62
AL:72 [GLY] AA:522 [C] 3.18 AA:527 [G] 90.62
AL:73 [GLU] AA:520 [A] 2.45 AA:529 [G] sugar:SC 52.33
AL:73 [GLU] AA:521 [G] 3.61 AA:528 [C] 52.33
AL:73 [GLU] AA:536 [C] 4.9 AA:515 [G] 52.33
AL:73 [GLU] AA:537 [G] 3.21 AA:514 [C] 52.33
AL:74 [GLY] AA:520 [A] 4.99 AA:529 [G] 71.87
AL:74 [GLY] AA:521 [G] 3.13 AA:528 [C] 71.87
AL:84 [LEU] AA:363 [A] 4.21 83.38
AL:86 [ARG] AA:551 [U] 3.68 AA:33 [A] 69.46
AL:86 [ARG] AA:552 [U] 3.74 AA:32 [A] 69.46
AL:87 [GLY] AA:552 [U] 3.06 AA:32 [A] sugar:BB 83.71
AL:87 [GLY] AA:553 [A] 3.79 AA:30 [U] 83.71
AL:88 [GLY] AA:552 [U] 4.45 AA:32 [A] 77.47
AL:88 [GLY] AA:553 [A] 4.16 AA:30 [U] 77.47
AL:89 [ARG] AA:524 [G] 4.63 AA:507 [C] 76.52
AL:89 [ARG] AA:525 [C] 3.18 AA:506 [G] 76.52
AL:89 [ARG] AA:912 [C] 3.22 AA:885 [G] 76.52
AL:89 [ARG] AA:913 [A] 4.41 76.52
AL:90 [VAL] AA:523 [A] 3.3 52.31
AL:91 [LYS] AA:523 [A] 4.02 61.78
AL:91 [LYS] AA:525 [C] 4.62 AA:506 [G] 61.78
AL:91 [LYS] AA:526 [C] 3.08 AA:505 [G] 61.78
AL:91 [LYS] AA:912 [C] 4.81 AA:885 [G] 61.78
AL:91 [LYS] AA:913 [A] 3.09 61.78
AL:92 [ASP] AA:522 [C] 3.56 AA:527 [G] base:SC 94.68
AL:92 [ASP] AA:523 [A] 3.19 94.68
AL:92 [ASP] AA:527 [G] 3.85 AA:522 [C] 94.68
AL:92 [ASP] AA:528 [C] 4.61 AA:521 [G] 94.68
AL:94 [PRO] AA:911 [U] 4.32 AA:886 [G] 79.52
AL:94 [PRO] AA:912 [C] 3.69 AA:885 [G] 79.52
AL:94 [PRO] AA:1490 [C] 3.78 AA:1410 [G] 79.52
AL:94 [PRO] AA:1491 [G] 4.69 AA:1409 [C] 79.52
AL:95 [GLY] AA:911 [U] 3.22 AA:886 [G] 85.14
AL:97 [ARG] AA:910 [C] 3.09 AA:887 [G] 59.01
AL:97 [ARG] AA:911 [U] 2.32 AA:886 [G] 59.01
AL:99 [HIS] AA:523 [A] 4.89 50.68
AL:99 [HIS] AA:524 [G] 4.89 AA:507 [C] 50.68
AL:101 [VAL] AA:34 [C] 3.78 AA:550 [G] 74.84
AL:101 [VAL] AA:35 [G] 4.85 AA:549 [C] 74.84
AL:102 [ARG] AA:35 [G] 4.39 AA:549 [C] 91.75
AL:103 [GLY] AA:35 [G] 4.22 AA:549 [C] 79.21
AL:103 [GLY] AA:36 [C] 4.99 AA:548 [G] 79.21
AL:104 [VAL] AA:34 [C] 3.96 AA:550 [G] 49.92
AL:104 [VAL] AA:35 [G] 3.74 AA:549 [C] 49.92
AL:105 [TYR] AA:363 [A] 3.75 0.31
AL:105 [TYR] AA:364 [A] 4.78 0.31
AL:112 [ASP] AA:538 [G] 4.49 AA:513 [C] 23.53
AL:113 [ARG] AA:537 [G] 3.06 AA:514 [C] 82.84
AL:113 [ARG] AA:538 [G] 3.3 AA:513 [C] 82.84
AL:114 [LYS] AA:537 [G] 4.97 AA:514 [C] 31.93
AL:114 [LYS] AA:538 [G] 2.76 AA:513 [C] 31.93
AL:114 [LYS] AA:539 [A] 3.26 AA:512 [U] 31.93
AL:115 [LYS] AA:538 [G] 2.73 AA:513 [C] 43.02
AL:115 [LYS] AA:539 [A] 2.29 AA:512 [U] 43.02
AL:116 [SER] AA:502 [G] 3.07 AA:543 [C] 59.24
AL:116 [SER] AA:503 [C] 2.49 AA:542 [G] 59.24
AL:117 [ARG] AA:35 [G] 4.16 AA:549 [C] 86.97
AL:117 [ARG] AA:36 [C] 2.98 AA:548 [G] sugar:SC 86.97
AL:117 [ARG] AA:37 [U] 4.72 AA:397 [A] 86.97
AL:117 [ARG] AA:501 [C] 2.72 AA:544 [G] 86.97
AL:117 [ARG] AA:502 [G] 3.12 AA:543 [C] 86.97
AL:118 [SER] AA:35 [G] 2.36 AA:549 [C] base:SC, sugar:BB 96.66
AL:118 [SER] AA:36 [C] 3.49 AA:548 [G] 96.66
AL:118 [SER] AA:501 [C] 3.63 AA:544 [G] 96.66
AL:118 [SER] AA:502 [G] 2.86 AA:543 [C] 96.66
AL:118 [SER] AA:550 [G] 4.46 AA:34 [C] 96.66
AL:119 [LYS] AA:35 [G] 4.42 AA:549 [C] 68.35
AL:119 [LYS] AA:502 [G] 3.43 AA:543 [C] 68.35
AL:119 [LYS] AA:503 [C] 2.73 AA:542 [G] 68.35
AL:119 [LYS] AA:550 [G] 3.46 AA:34 [C] 68.35
AL:119 [LYS] AA:551 [U] 3.99 AA:33 [A] 68.35
AL:120 [TYR] AA:35 [G] 4.84 AA:549 [C] 74.31
AL:120 [TYR] AA:522 [C] 3.99 AA:527 [G] 74.31
AL:120 [TYR] AA:523 [A] 4.11 74.31
AL:120 [TYR] AA:537 [G] 4.1 AA:514 [C] 74.31
AL:121 [GLY] AA:35 [G] 3.71 AA:549 [C] sugar:BB 78.52
AL:121 [GLY] AA:36 [C] 4.41 AA:548 [G] 78.52
AL:122 [THR] AA:36 [C] 3.54 AA:548 [G] 41.78
AL:123 [LYS] AA:35 [G] 4.75 AA:549 [C] 55.18
AL:123 [LYS] AA:36 [C] 2.29 AA:548 [G] 55.18
AL:123 [LYS] AA:37 [U] 3.72 AA:397 [A] 55.18
AL:124 [LYS] AA:36 [C] 3.6 AA:548 [G] 47.94
AL:124 [LYS] AA:37 [U] 2.92 AA:397 [A] 47.94
AL:124 [LYS] AA:500 [G] 3.88 AA:545 [C] 47.94
AL:124 [LYS] AA:501 [C] 3.54 AA:544 [G] 47.94

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group118 4W2F_AL_AA AL: 30s ribosomal protein s12, Thermus thermophilus (natural) AA: 16s ribosomal RNA, Thermus thermophilus (natural) Q5SHN3 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_L_A 4W2F_AL_AA 0.95 0.99 0.86 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7O7Y_Aw_A2 0.34 0.93 4.24 0.12 Nucleic acid-binding proteins compare
4W2F_AL_AA 7PJS_l_a 0.94 0.98 0.67 0.76 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 6S0X_l_a 0.77 0.96 3.37 0.57 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7K00_L_A 0.94 0.98 0.56 0.75 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 4Y4O_1l_1a 0.97 1.0 0.35 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7RYG_l_a 0.80 0.92 3.45 0.65 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare