RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 4W2F_AL_AA vs 4Y4O_1l_1a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4W2F_AL
4W2F_AA
4Y4O_1l
4Y4O_1a
Conserved?
AL:104 [VAL] AA:34 [C] 1l:104 [VAL] 1a:34 [C] ✔
AL:104 [VAL] AA:35 [G] 1l:104 [VAL] 1a:35 [G] ✔
AL:24 [VAL] AA:553 [A] 1l:24 [VAL] 1a:553 [A] ✔
AL:24 [VAL] AA:554 [C] 1l:24 [VAL] 1a:554 [C] ✔
AL:23 [LYS] AA:24 [U] 1l:23 [LYS] 1a:24 [U] ✔
AL:23 [LYS] AA:554 [C] 1l:23 [LYS] 1a:554 [C] ✔
AL:112 [ASP] AA:538 [G] 1l:112 [ASP] 1a:538 [G] ✔
AL:30 [ALA] AA:363 [A] 1l:30 [ALA] 1a:363 [A] ✔
AL:30 [ALA] AA:553 [A] 1l:30 [ALA] 1a:553 [A] ✔
AL:115 [LYS] AA:538 [G] 1l:115 [LYS] 1a:538 [G] ✔
AL:115 [LYS] AA:539 [A] 1l:115 [LYS] 1a:539 [A] ✔
AL:41 [ARG] AA:1411 [C] 1l:41 [ARG] 1a:1411 [C] ✔
AL:5 [PRO] AA:567 [G] 1l:5 [PRO] 1a:567 [G] ✔
AL:5 [PRO] AA:568 [G] 1l:5 [PRO] 1a:568 [G] ✔
AL:5 [PRO] AA:882 [C] 1l:5 [PRO] 1a:882 [C] ✔
AL:5 [PRO] AA:883 [C] 1l:5 [PRO] 1a:883 [C] ✔
AL:88 [GLY] AA:552 [U] 1l:88 [GLY] 1a:552 [U] ✔
AL:88 [GLY] AA:553 [A] 1l:88 [GLY] 1a:553 [A] ✔
AL:74 [GLY] AA:520 [A] 1l:74 [GLY] 1a:520 [A] ✔
AL:74 [GLY] AA:521 [G] 1l:74 [GLY] 1a:521 [G] ✔
AL:69 [TYR] AA:521 [G] 1l:69 [TYR] 1a:521 [G] ✔
AL:69 [TYR] AA:522 [C] 1l:69 [TYR] 1a:522 [C] ✔
AL:118 [SER] AA:35 [G] 1l:118 [SER] 1a:35 [G] ✔
AL:118 [SER] AA:36 [C] 1l:118 [SER] 1a:36 [C] ✔
AL:118 [SER] AA:501 [C] 1l:118 [SER] 1a:501 [C] ✔
AL:118 [SER] AA:502 [G] 1l:118 [SER] 1a:502 [G] ✔
AL:118 [SER] AA:550 [G] 1l:118 [SER] 1a:550 [G] ✔
AL:57 [LYS] AA:1412 [C] 1l:57 [LYS] 1a:1412 [C] ✔
AL:8 [ASN] AA:585 [G] 1l:8 [ASN] 1a:585 [G] ✔
AL:8 [ASN] AA:879 [C] 1l:8 [ASN] 1a:879 [C] ✔
AL:8 [ASN] AA:880 [C] 1l:8 [ASN] 1a:880 [C] ✔
AL:113 [ARG] AA:537 [G] 1l:113 [ARG] 1a:537 [G] ✔
AL:113 [ARG] AA:538 [G] 1l:113 [ARG] 1a:538 [G] ✔
AL:25 [PRO] AA:910 [C] 1l:25 [PRO] 1a:910 [C] ✔
AL:21 [LYS] AA:909 [A] 1l:21 [LYS] 1a:909 [A] ✔
AL:91 [LYS] AA:523 [A] 1l:91 [LYS] 1a:523 [A] ✔
AL:91 [LYS] AA:525 [C] 1l:91 [LYS] 1a:525 [C] ✔
AL:91 [LYS] AA:526 [C] 1l:91 [LYS] 1a:526 [C] ✔
AL:91 [LYS] AA:912 [C] 1l:91 [LYS] 1a:912 [C] ✔
AL:91 [LYS] AA:913 [A] 1l:91 [LYS] 1a:913 [A] ✔
AL:53 [ARG] AA:521 [G] 1l:53 [ARG] 1a:521 [G] ✔
AL:53 [ARG] AA:522 [C] 1l:53 [ARG] 1a:522 [C] ✔
AL:53 [ARG] AA:523 [A] 1l:53 [ARG] 1a:523 [A] ✔
AL:53 [ARG] AA:528 [C] 1l:53 [ARG] 1a:528 [C] ✔
AL:53 [ARG] AA:529 [G] 1l:53 [ARG] 1a:529 [G] ✔
AL:22 [SER] AA:554 [C] 1l:22 [SER] 1a:554 [C] ✔
AL:84 [LEU] AA:363 [A] 1l:84 [LEU] 1a:363 [A] ✔
AL:117 [ARG] AA:35 [G] 1l:117 [ARG] 1a:35 [G] ✔
AL:117 [ARG] AA:36 [C] 1l:117 [ARG] 1a:36 [C] ✔
AL:117 [ARG] AA:37 [U] 1l:117 [ARG] 1a:37 [U] ✔
AL:117 [ARG] AA:501 [C] 1l:117 [ARG] 1a:501 [C] ✔
AL:117 [ARG] AA:502 [G] 1l:117 [ARG] 1a:502 [G] ✔
AL:101 [VAL] AA:34 [C] 1l:101 [VAL] 1a:34 [C] ✔
AL:101 [VAL] AA:35 [G] 1l:101 [VAL] 1a:35 [G] ✔
AL:97 [ARG] AA:910 [C] 1l:97 [ARG] 1a:910 [C] ✔
AL:97 [ARG] AA:911 [U] 1l:97 [ARG] 1a:911 [U] ✔
AL:45 [PRO] AA:1492 [A] 1l:45 [PRO] 1a:1492 [A] ✔
AL:72 [GLY] AA:521 [G] 1l:72 [GLY] 1a:521 [G] ✔
AL:72 [GLY] AA:522 [C] 1l:72 [GLY] 1a:522 [C] ✔
AL:33 [ARG] AA:362 [G] 1l:33 [ARG] 1a:362 [G] ✔
AL:33 [ARG] AA:363 [A] 1l:33 [ARG] 1a:363 [A] ✔
AL:9 [GLN] AA:880 [C] 1l:9 [GLN] 1a:880 [C] ✔
AL:9 [GLN] AA:881 [G] 1l:9 [GLN] 1a:881 [G] ✔
AL:9 [GLN] AA:882 [C] 1l:9 [GLN] 1a:882 [C] ✔
AL:94 [PRO] AA:911 [U] 1l:94 [PRO] 1a:911 [U] ✔
AL:94 [PRO] AA:912 [C] 1l:94 [PRO] 1a:912 [C] ✔
AL:94 [PRO] AA:1490 [C] 1l:94 [PRO] 1a:1490 [C] ✔
AL:17 [LYS] AA:562 [C] 1l:17 [LYS] 1a:562 [C] ✔
AL:48 [PRO] AA:518 [C] 1l:48 [PRO] 1a:518 [C] ✔
AL:48 [PRO] AA:529 [G] 1l:48 [PRO] 1a:529 [G] ✔
AL:34 [ARG] AA:362 [G] 1l:34 [ARG] 1a:362 [G] ✔
AL:34 [ARG] AA:363 [A] 1l:34 [ARG] 1a:363 [A] ✔
AL:6 [THR] AA:879 [C] 1l:6 [THR] 1a:879 [C] ✔
AL:6 [THR] AA:880 [C] 1l:6 [THR] 1a:880 [C] ✔
AL:124 [LYS] AA:36 [C] 1l:124 [LYS] 1a:36 [C] ✔
AL:124 [LYS] AA:37 [U] 1l:124 [LYS] 1a:37 [U] ✔
AL:124 [LYS] AA:500 [G] 1l:124 [LYS] 1a:500 [G] ✔
AL:124 [LYS] AA:501 [C] 1l:124 [LYS] 1a:501 [C] ✔
AL:10 [LEU] AA:564 [C] 1l:10 [LEU] 1a:564 [C] ✔
AL:50 [SER] AA:518 [C] 1l:50 [SER] 1a:518 [C] ✔
AL:50 [SER] AA:519 [C] 1l:50 [SER] 1a:519 [C] ✔
AL:50 [SER] AA:529 [G] 1l:50 [SER] 1a:529 [G] ✔
AL:29 [GLY] AA:553 [A] 1l:29 [GLY] 1a:553 [A] ✔
AL:122 [THR] AA:36 [C] 1l:122 [THR] 1a:36 [C] ✔
AL:71 [PRO] AA:522 [C] 1l:71 [PRO] 1a:522 [C] ✔
AL:102 [ARG] AA:35 [G] 1l:102 [ARG] 1a:35 [G] ✔
AL:54 [LYS] AA:520 [A] 1l:54 [LYS] 1a:520 [A] ✔
AL:54 [LYS] AA:521 [G] 1l:54 [LYS] 1a:521 [G] ✔
AL:103 [GLY] AA:35 [G] 1l:103 [GLY] 1a:35 [G] ✔
AL:114 [LYS] AA:537 [G] 1l:114 [LYS] 1a:537 [G] ✔
AL:114 [LYS] AA:538 [G] 1l:114 [LYS] 1a:538 [G] ✔
AL:114 [LYS] AA:539 [A] 1l:114 [LYS] 1a:539 [A] ✔
AL:87 [GLY] AA:552 [U] 1l:87 [GLY] 1a:552 [U] ✔
AL:87 [GLY] AA:553 [A] 1l:87 [GLY] 1a:553 [A] ✔
AL:51 [ALA] AA:519 [C] 1l:51 [ALA] 1a:519 [C] ✔
AL:51 [ALA] AA:520 [A] 1l:51 [ALA] 1a:520 [A] ✔
AL:51 [ALA] AA:521 [G] 1l:51 [ALA] 1a:521 [G] ✔
AL:51 [ALA] AA:529 [G] 1l:51 [ALA] 1a:529 [G] ✔
AL:47 [LYS] AA:1492 [A] 1l:47 [LYS] 1a:1492 [A] ✔
AL:32 [PHE] AA:33 [A] 1l:32 [PHE] 1a:33 [A] ✔
AL:32 [PHE] AA:34 [C] 1l:32 [PHE] 1a:34 [C] ✔
AL:32 [PHE] AA:363 [A] 1l:32 [PHE] 1a:363 [A] ✔
AL:32 [PHE] AA:551 [U] 1l:32 [PHE] 1a:551 [U] ✔
AL:32 [PHE] AA:552 [U] 1l:32 [PHE] 1a:552 [U] ✔
AL:121 [GLY] AA:35 [G] 1l:121 [GLY] 1a:35 [G] ✔
AL:121 [GLY] AA:36 [C] 1l:121 [GLY] 1a:36 [C] ✔
AL:116 [SER] AA:502 [G] 1l:116 [SER] 1a:502 [G] ✔
AL:116 [SER] AA:503 [C] 1l:116 [SER] 1a:503 [C] ✔
AL:49 [ASN] AA:518 [C] 1l:49 [ASN] 1a:518 [C] ✔
AL:49 [ASN] AA:521 [G] 1l:49 [ASN] 1a:521 [G] ✔
AL:49 [ASN] AA:522 [C] 1l:49 [ASN] 1a:522 [C] ✔
AL:49 [ASN] AA:523 [A] 1l:49 [ASN] 1a:523 [A] ✔
AL:49 [ASN] AA:527 [G] 1l:49 [ASN] 1a:527 [7MG] ✔
AL:49 [ASN] AA:528 [C] 1l:49 [ASN] 1a:528 [C] ✔
AL:49 [ASN] AA:529 [G] 1l:49 [ASN] 1a:529 [G] ✔
AL:95 [GLY] AA:911 [U] 1l:95 [GLY] 1a:911 [U] ✔
AL:73 [GLU] AA:520 [A] 1l:73 [GLU] 1a:520 [A] ✔
AL:73 [GLU] AA:521 [G] 1l:73 [GLU] 1a:521 [G] ✔
AL:73 [GLU] AA:536 [C] 1l:73 [GLU] 1a:536 [C] ✔
AL:73 [GLU] AA:537 [G] 1l:73 [GLU] 1a:537 [G] ✔
AL:27 [LEU] AA:552 [U] 1l:27 [LEU] 1a:552 [U] ✔
AL:27 [LEU] AA:553 [A] 1l:27 [LEU] 1a:553 [A] ✔
AL:123 [LYS] AA:36 [C] 1l:123 [LYS] 1a:36 [C] ✔
AL:123 [LYS] AA:37 [U] 1l:123 [LYS] 1a:37 [U] ✔
AL:119 [LYS] AA:35 [G] 1l:119 [LYS] 1a:35 [G] ✔
AL:119 [LYS] AA:502 [G] 1l:119 [LYS] 1a:502 [G] ✔
AL:119 [LYS] AA:503 [C] 1l:119 [LYS] 1a:503 [C] ✔
AL:119 [LYS] AA:550 [G] 1l:119 [LYS] 1a:550 [G] ✔
AL:119 [LYS] AA:551 [U] 1l:119 [LYS] 1a:551 [U] ✔
AL:16 [GLU] AA:562 [C] 1l:16 [GLU] 1a:562 [C] ✔
AL:7 [ILE] AA:564 [C] 1l:7 [ILE] 1a:564 [C] ✔
AL:52 [LEU] AA:519 [C] 1l:52 [LEU] 1a:519 [C] ✔
AL:52 [LEU] AA:520 [A] 1l:52 [LEU] 1a:520 [A] ✔
AL:52 [LEU] AA:521 [G] 1l:52 [LEU] 1a:521 [G] ✔
AL:31 [PRO] AA:32 [A] 1l:31 [PRO] 1a:32 [A] ✔
AL:31 [PRO] AA:33 [A] 1l:31 [PRO] 1a:33 [A] ✔
AL:31 [PRO] AA:363 [A] 1l:31 [PRO] 1a:363 [A] ✔
AL:31 [PRO] AA:552 [U] 1l:31 [PRO] 1a:552 [U] ✔
AL:31 [PRO] AA:553 [A] 1l:31 [PRO] 1a:553 [A] ✔
AL:46 [LYS] AA:912 [C] 1l:46 [LYS] 1a:912 [C] ✔
AL:46 [LYS] AA:913 [A] 1l:46 [LYS] 1a:913 [A] ✔
AL:46 [LYS] AA:1491 [G] 1l:46 [LYS] 1a:1491 [G] ✔
AL:46 [LYS] AA:1492 [A] 1l:46 [LYS] 1a:1492 [A] ✔
AL:13 [LYS] AA:881 [G] 1l:13 [LYS] 1a:881 [G] ✔
AL:13 [LYS] AA:882 [C] 1l:13 [LYS] 1a:882 [C] ✔
AL:92 [ASP] AA:522 [C] 1l:92 [0TD] 1a:522 [C] ✔
AL:92 [ASP] AA:523 [A] 1l:92 [0TD] 1a:523 [A] ✔
AL:92 [ASP] AA:527 [G] 1l:92 [0TD] 1a:527 [7MG] ✔
AL:15 [ARG] AA:562 [C] 1l:15 [ARG] 1a:562 [C] ✔
AL:15 [ARG] AA:563 [A] 1l:15 [ARG] 1a:563 [A] ✔
AL:15 [ARG] AA:564 [C] 1l:15 [ARG] 1a:564 [C] ✔
AL:15 [ARG] AA:567 [G] 1l:15 [ARG] 1a:567 [G] ✔
AL:15 [ARG] AA:883 [C] 1l:15 [ARG] 1a:883 [C] ✔
AL:15 [ARG] AA:884 [U] 1l:15 [ARG] 1a:884 [U] ✔
AL:90 [VAL] AA:523 [A] 1l:90 [VAL] 1a:523 [A] ✔
AL:89 [ARG] AA:524 [G] 1l:89 [ARG] 1a:524 [G] ✔
AL:89 [ARG] AA:525 [C] 1l:89 [ARG] 1a:525 [C] ✔
AL:89 [ARG] AA:912 [C] 1l:89 [ARG] 1a:912 [C] ✔
AL:89 [ARG] AA:913 [A] 1l:89 [ARG] 1a:913 [A] ✔
AL:86 [ARG] AA:551 [U] 1l:86 [ARG] 1a:551 [U] ✔
AL:86 [ARG] AA:552 [U] 1l:86 [ARG] 1a:552 [U] ✔
AL:61 [THR] AA:362 [G] 1l:61 [THR] 1a:362 [G] ✔
AL:61 [THR] AA:363 [A] 1l:61 [THR] 1a:363 [A] ✔
AL:12 [ARG] AA:759 [A] 1l:12 [ARG] 1a:759 [A] ✔
AL:12 [ARG] AA:880 [C] 1l:12 [ARG] 1a:880 [C] ✔
AL:12 [ARG] AA:881 [G] 1l:12 [ARG] 1a:881 [G] ✔
AL:18 [VAL] AA:562 [C] 1l:18 [VAL] 1a:562 [C] ✔
AL:105 [TYR] AA:363 [A] 1l:105 [TYR] 1a:363 [A] ✔
AL:105 [TYR] AA:364 [A] 1l:105 [TYR] 1a:364 [A] ✔
AL:120 [TYR] AA:35 [G] 1l:120 [TYR] 1a:35 [G] ✔
AL:120 [TYR] AA:522 [C] 1l:120 [TYR] 1a:522 [C] ✔
AL:120 [TYR] AA:523 [A] 1l:120 [TYR] 1a:523 [A] ✔
AL:120 [TYR] AA:537 [G] 1l:120 [TYR] 1a:537 [G] ✔
AL:14 [GLY] AA:562 [C] 1l:14 [GLY] 1a:562 [C] ✔
AL:5 [PRO] AA:881 [G] 1l:5 [PRO] 1a:881 [G] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:44 [THR] AA:1491 [G] 1l:44 [THR] 1a:1491 [G] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:45 [PRO] AA:1491 [G] 1l:45 [PRO] 1a:1491 [G] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:94 [PRO] AA:1491 [G] 1l:94 [PRO] 1a:1491 [G] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:50 [SER] AA:1492 [A] 1l:50 [SER] 1a:1492 [A] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:103 [GLY] AA:36 [C] 1l:103 [GLY] 1a:36 [C] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:51 [ALA] AA:518 [C] 1l:51 [ALA] 1a:518 [C] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:47 [LYS] AA:1491 [G] 1l:47 [LYS] 1a:1491 [G] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:123 [LYS] AA:35 [G] 1l:123 [LYS] 1a:35 [G] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:92 [ASP] AA:528 [C] 1l:92 [0TD] 1a:528 [C] ❌ 4Y4O_1l_1a
AL:117 [ARG] AA:500 [G] 1l:117 [ARG] 1a:500 [G] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:122 [THR] AA:35 [G] 1l:122 [THR] 1a:35 [G] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:29 [GLY] AA:363 [A] 1l:29 [GLY] 1a:363 [A] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:46 [LYS] AA:1490 [C] 1l:46 [LYS] 1a:1490 [C] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:48 [PRO] AA:527 [G] 1l:48 [PRO] 1a:527 [7MG] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:50 [SER] AA:521 [G] 1l:50 [SER] 1a:521 [G] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:53 [ARG] AA:520 [A] 1l:53 [ARG] 1a:520 [A] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:84 [LEU] AA:34 [C] 1l:84 [LEU] 1a:34 [C] ❌ 4W2F_AL_AA
AL:65 [GLU] AA:1413 [A] 1l:65 [GLU] 1a:1413 [A] ❌ 4Y4O_1l:65, 4Y4O_1a:1413 no longer at interface
AL:23 [LYS] AA:23 [C] 1l:23 [LYS] 1a:23 [C] ❌ 4W2F_AA:23 no longer at interface
AL:44 [THR] AA:1493 [A] 1l:44 [THR] 1a:1493 [A] ❌ 4W2F_AA:1493 no longer at interface
AL:47 [LYS] AA:1493 [A] 1l:47 [LYS] 1a:1493 [A] ❌ 4W2F_AA:1493 no longer at interface
AL:99 [HIS] AA:523 [A] 1l:99 [HIS] 1a:523 [A] ❌ 4Y4O_1l:99 no longer at interface
AL:99 [HIS] AA:524 [G] 1l:99 [HIS] 1a:524 [G] ❌ 4Y4O_1l:99 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA 1.0 0.35 0.97 1.0 1.0 1.0 0.98 0.97 0.94 0.75 0.25


Other pairs involving 4W2F_AL_AA or 4Y4O_1l_1a

Total number of entries: 13

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_L_A 4W2F_AL_AA 0.95 0.99 0.86 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 4Y4O_1l_1a 0.93 0.99 0.99 0.95 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 4Y4O_1l_1a 0.97 1.0 0.35 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 6S0X_l_a 0.77 0.96 3.37 0.57 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 6S0X_l_a 0.77 0.95 3.44 0.56 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7K00_L_A 0.94 0.98 0.56 0.75 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7K00_L_A 0.92 0.98 0.65 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7O7Y_Aw_A2 0.34 0.93 4.24 0.12 Nucleic acid-binding proteins compare
4Y4O_1l_1a 7O7Y_Aw_A2 0.34 0.93 4.24 0.12 Nucleic acid-binding proteins compare
4W2F_AL_AA 7PJS_l_a 0.94 0.98 0.67 0.76 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7PJS_l_a 0.93 0.98 0.67 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7RYG_l_a 0.80 0.92 3.45 0.65 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7RYG_l_a 0.84 0.92 3.52 0.66 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare