RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 4Y4O_1l_1a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1l
4Y4O_1a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1l:5 [PRO] 1a:567 [G] 3.13 1a:883 [C] 12.08
1l:5 [PRO] 1a:568 [G] 2.77 1a:882 [C] base:BB 12.08
1l:5 [PRO] 1a:882 [C] 3.65 1a:568 [G] 12.08
1l:5 [PRO] 1a:883 [C] 4.67 1a:567 [G] 12.08
1l:6 [THR] 1a:879 [C] 3.66 1a:821 [G] 87.31
1l:6 [THR] 1a:880 [C] 2.64 1a:575 [G] 87.31
1l:7 [ILE] 1a:564 [C] 4.59 47.06
1l:8 [ASN] 1a:585 [G] 3.26 1a:756 [C] sugar:SC 66.24
1l:8 [ASN] 1a:879 [C] 3.9 1a:821 [G] 66.24
1l:8 [ASN] 1a:880 [C] 2.8 1a:575 [G] 66.24
1l:9 [GLN] 1a:880 [C] 3.56 1a:575 [G] 85.64
1l:9 [GLN] 1a:881 [G] 2.83 1a:569 [C] base:SC 85.64
1l:9 [GLN] 1a:882 [C] 4.17 1a:568 [G] 85.64
1l:10 [LEU] 1a:564 [C] 3.46 45.23
1l:12 [ARG] 1a:759 [A] 4.73 1a:582 [U] 48.02
1l:12 [ARG] 1a:880 [C] 3.22 1a:575 [G] 48.02
1l:12 [ARG] 1a:881 [G] 2.6 1a:569 [C] 48.02
1l:13 [LYS] 1a:881 [G] 3.67 1a:569 [C] 32.82
1l:13 [LYS] 1a:882 [C] 3.06 1a:568 [G] 32.82
1l:14 [GLY] 1a:562 [C] 4.9 7.31
1l:15 [ARG] 1a:562 [C] 3.43 77.28
1l:15 [ARG] 1a:563 [A] 3.53 1a:884 [U] 77.28
1l:15 [ARG] 1a:564 [C] 2.96 77.28
1l:15 [ARG] 1a:567 [G] 2.91 1a:883 [C] base:SC, base:SC 77.28
1l:15 [ARG] 1a:883 [C] 3.92 1a:567 [G] 77.28
1l:15 [ARG] 1a:884 [U] 3.15 1a:563 [A] base:SC 77.28
1l:16 [GLU] 1a:562 [C] 2.68 base:BB 2.45
1l:17 [LYS] 1a:562 [C] 3.7 2.09
1l:18 [VAL] 1a:562 [C] 4.39 59.76
1l:21 [LYS] 1a:909 [A] 4.58 1a:888 [G] 36.89
1l:22 [SER] 1a:554 [C] 3.74 1a:29 [G] 24.6
1l:23 [LYS] 1a:23 [C] 4.82 1a:11 [G] 45.91
1l:23 [LYS] 1a:24 [U] 3.32 1a:10 [A] 45.91
1l:23 [LYS] 1a:554 [C] 4.77 1a:29 [G] 45.91
1l:24 [VAL] 1a:553 [A] 3.7 1a:30 [U] 29.99
1l:24 [VAL] 1a:554 [C] 3.37 1a:29 [G] 29.99
1l:25 [PRO] 1a:910 [C] 3.94 1a:887 [G] 2.03
1l:27 [LEU] 1a:552 [U] 4.8 1a:32 [A] 68.92
1l:27 [LEU] 1a:553 [A] 4.2 1a:30 [U] 68.92
1l:29 [GLY] 1a:363 [A] 4.78 18.68
1l:29 [GLY] 1a:553 [A] 3.78 1a:30 [U] 18.68
1l:30 [ALA] 1a:363 [A] 3.36 24.38
1l:30 [ALA] 1a:553 [A] 3.92 1a:30 [U] 24.38
1l:31 [PRO] 1a:32 [A] 4.26 1a:552 [U] 91.1
1l:31 [PRO] 1a:33 [A] 4.08 1a:551 [U] 91.1
1l:31 [PRO] 1a:363 [A] 3.46 91.1
1l:31 [PRO] 1a:552 [U] 2.67 1a:32 [A] sugar:BB 91.1
1l:31 [PRO] 1a:553 [A] 3.5 1a:30 [U] 91.1
1l:32 [PHE] 1a:33 [A] 3.14 1a:551 [U] 74.11
1l:32 [PHE] 1a:34 [C] 3.33 1a:550 [G] 74.11
1l:32 [PHE] 1a:363 [A] 3.3 74.11
1l:32 [PHE] 1a:551 [U] 4.06 1a:33 [A] 74.11
1l:32 [PHE] 1a:552 [U] 3.79 1a:32 [A] 74.11
1l:33 [ARG] 1a:362 [G] 3.66 1a:49 [U] 63.12
1l:33 [ARG] 1a:363 [A] 3.21 63.12
1l:34 [ARG] 1a:362 [G] 3.36 1a:49 [U] 76.74
1l:34 [ARG] 1a:363 [A] 2.71 76.74
1l:41 [ARG] 1a:1411 [C] 4.6 1a:1489 [G] 17.32
1l:44 [THR] 1a:1493 [A] 4.52 70.96
1l:45 [PRO] 1a:1492 [A] 4.96 1a:1408 [A] 98.21
1l:46 [LYS] 1a:912 [C] 4.1 1a:885 [G] 91.92
1l:46 [LYS] 1a:913 [A] 3.29 91.92
1l:46 [LYS] 1a:1490 [C] 4.56 1a:1410 [G] 91.92
1l:46 [LYS] 1a:1491 [G] 3.7 1a:1409 [C] 91.92
1l:46 [LYS] 1a:1492 [A] 3.34 1a:1408 [A] 91.92
1l:47 [LYS] 1a:1492 [A] 2.81 1a:1408 [A] 98.04
1l:47 [LYS] 1a:1493 [A] 2.74 98.04
1l:48 [PRO] 1a:518 [C] 3.7 95.05
1l:48 [PRO] 1a:527 [7MG] 4.26 1a:522 [C] 95.05
1l:48 [PRO] 1a:529 [G] 4.03 1a:520 [A] 95.05
1l:49 [ASN] 1a:518 [C] 4.72 98.66
1l:49 [ASN] 1a:521 [G] 4.78 1a:528 [C] 98.66
1l:49 [ASN] 1a:522 [C] 3.65 1a:527 [7MG] 98.66
1l:49 [ASN] 1a:523 [A] 4.27 98.66
1l:49 [ASN] 1a:527 [7MG] 2.79 1a:522 [C] base:SC 98.66
1l:49 [ASN] 1a:528 [C] 2.9 1a:521 [G] base:SC 98.66
1l:49 [ASN] 1a:529 [G] 3.19 1a:520 [A] 98.66
1l:50 [SER] 1a:518 [C] 3.41 99.0
1l:50 [SER] 1a:519 [C] 2.31 99.0
1l:50 [SER] 1a:521 [G] 4.77 1a:528 [C] 99.0
1l:50 [SER] 1a:529 [G] 2.76 1a:520 [A] base:BB, base:BB 99.0
1l:51 [ALA] 1a:519 [C] 4.16 90.68
1l:51 [ALA] 1a:520 [A] 3.6 1a:529 [G] 90.68
1l:51 [ALA] 1a:521 [G] 4.09 1a:528 [C] 90.68
1l:51 [ALA] 1a:529 [G] 4.4 1a:520 [A] 90.68
1l:52 [LEU] 1a:519 [C] 4.54 44.49
1l:52 [LEU] 1a:520 [A] 2.69 1a:529 [G] 44.49
1l:52 [LEU] 1a:521 [G] 4.19 1a:528 [C] 44.49
1l:53 [ARG] 1a:520 [A] 4.92 1a:529 [G] 98.49
1l:53 [ARG] 1a:521 [G] 2.9 1a:528 [C] base:SC, base:SC 98.49
1l:53 [ARG] 1a:522 [C] 3.28 1a:527 [7MG] 98.49
1l:53 [ARG] 1a:523 [A] 3.45 98.49
1l:53 [ARG] 1a:528 [C] 4.53 1a:521 [G] 98.49
1l:53 [ARG] 1a:529 [G] 4.99 1a:520 [A] 98.49
1l:54 [LYS] 1a:520 [A] 3.63 1a:529 [G] 88.03
1l:54 [LYS] 1a:521 [G] 3.29 1a:528 [C] 88.03
1l:57 [LYS] 1a:1412 [C] 4.1 1a:1488 [G] 69.05
1l:61 [THR] 1a:362 [G] 3.64 1a:49 [U] 76.12
1l:61 [THR] 1a:363 [A] 2.79 76.12
1l:69 [TYR] 1a:521 [G] 4.59 1a:528 [C] 64.35
1l:69 [TYR] 1a:522 [C] 2.62 1a:527 [7MG] 64.35
1l:71 [PRO] 1a:522 [C] 3.65 1a:527 [7MG] 82.77
1l:72 [GLY] 1a:521 [G] 3.51 1a:528 [C] 90.62
1l:72 [GLY] 1a:522 [C] 2.92 1a:527 [7MG] 90.62
1l:73 [GLU] 1a:520 [A] 2.69 1a:529 [G] sugar:SC 52.33
1l:73 [GLU] 1a:521 [G] 3.51 1a:528 [C] 52.33
1l:73 [GLU] 1a:536 [C] 4.73 1a:515 [G] 52.33
1l:73 [GLU] 1a:537 [G] 3.66 1a:514 [C] 52.33
1l:74 [GLY] 1a:520 [A] 4.94 1a:529 [G] 71.87
1l:74 [GLY] 1a:521 [G] 3.08 1a:528 [C] 71.87
1l:84 [LEU] 1a:34 [C] 4.85 1a:550 [G] 83.38
1l:84 [LEU] 1a:363 [A] 3.81 83.38
1l:86 [ARG] 1a:551 [U] 3.65 1a:33 [A] 69.46
1l:86 [ARG] 1a:552 [U] 3.6 1a:32 [A] 69.46
1l:87 [GLY] 1a:552 [U] 3.2 1a:32 [A] sugar:BB 83.71
1l:87 [GLY] 1a:553 [A] 3.64 1a:30 [U] 83.71
1l:88 [GLY] 1a:552 [U] 4.26 1a:32 [A] 77.47
1l:88 [GLY] 1a:553 [A] 3.79 1a:30 [U] 77.47
1l:89 [ARG] 1a:524 [G] 4.53 1a:507 [C] 76.52
1l:89 [ARG] 1a:525 [C] 4.14 1a:506 [G] 76.52
1l:89 [ARG] 1a:912 [C] 3.43 1a:885 [G] 76.52
1l:89 [ARG] 1a:913 [A] 4.73 76.52
1l:90 [VAL] 1a:523 [A] 3.26 52.31
1l:91 [LYS] 1a:523 [A] 4.08 61.78
1l:91 [LYS] 1a:525 [C] 4.34 1a:506 [G] 61.78
1l:91 [LYS] 1a:526 [C] 3.01 1a:505 [G] 61.78
1l:91 [LYS] 1a:912 [C] 4.68 1a:885 [G] 61.78
1l:91 [LYS] 1a:913 [A] 3.3 61.78
1l:92 [0TD] 1a:522 [C] 4.46 1a:527 [7MG] 94.68
1l:92 [0TD] 1a:523 [A] 3.22 base:SC 94.68
1l:92 [0TD] 1a:527 [7MG] 4.03 1a:522 [C] 94.68
1l:94 [PRO] 1a:911 [U] 4.74 1a:886 [G] 79.52
1l:94 [PRO] 1a:912 [C] 3.76 1a:885 [G] 79.52
1l:94 [PRO] 1a:1490 [C] 3.67 1a:1410 [G] 79.52
1l:95 [GLY] 1a:911 [U] 3.53 1a:886 [G] 85.14
1l:97 [ARG] 1a:910 [C] 2.94 1a:887 [G] 59.01
1l:97 [ARG] 1a:911 [U] 2.91 1a:886 [G] 59.01
1l:101 [VAL] 1a:34 [C] 3.78 1a:550 [G] 74.84
1l:101 [VAL] 1a:35 [G] 4.76 1a:549 [C] 74.84
1l:102 [ARG] 1a:35 [G] 4.31 1a:549 [C] 91.75
1l:103 [GLY] 1a:35 [G] 4.09 1a:549 [C] 79.21
1l:104 [VAL] 1a:34 [C] 3.92 1a:550 [G] 49.92
1l:104 [VAL] 1a:35 [G] 3.72 1a:549 [C] 49.92
1l:105 [TYR] 1a:363 [A] 3.72 0.31
1l:105 [TYR] 1a:364 [A] 4.43 0.31
1l:112 [ASP] 1a:538 [G] 4.4 1a:513 [C] 23.53
1l:113 [ARG] 1a:537 [G] 2.91 1a:514 [C] 82.84
1l:113 [ARG] 1a:538 [G] 3.27 1a:513 [C] 82.84
1l:114 [LYS] 1a:537 [G] 4.86 1a:514 [C] 31.93
1l:114 [LYS] 1a:538 [G] 2.77 1a:513 [C] 31.93
1l:114 [LYS] 1a:539 [A] 3.23 1a:512 [U] 31.93
1l:115 [LYS] 1a:538 [G] 2.8 1a:513 [C] 43.02
1l:115 [LYS] 1a:539 [A] 2.5 1a:512 [U] base:SC 43.02
1l:116 [SER] 1a:502 [G] 3.05 1a:543 [C] 59.24
1l:116 [SER] 1a:503 [C] 2.24 1a:542 [G] 59.24
1l:117 [ARG] 1a:35 [G] 4.16 1a:549 [C] 86.97
1l:117 [ARG] 1a:36 [C] 2.95 1a:548 [G] sugar:SC 86.97
1l:117 [ARG] 1a:37 [U] 4.77 1a:397 [A] 86.97
1l:117 [ARG] 1a:500 [G] 4.86 1a:545 [C] 86.97
1l:117 [ARG] 1a:501 [C] 2.38 1a:544 [G] 86.97
1l:117 [ARG] 1a:502 [G] 2.93 1a:543 [C] 86.97
1l:118 [SER] 1a:35 [G] 2.29 1a:549 [C] base:SC, sugar:BB 96.66
1l:118 [SER] 1a:36 [C] 3.52 1a:548 [G] 96.66
1l:118 [SER] 1a:501 [C] 3.41 1a:544 [G] 96.66
1l:118 [SER] 1a:502 [G] 2.68 1a:543 [C] 96.66
1l:118 [SER] 1a:550 [G] 4.34 1a:34 [C] 96.66
1l:119 [LYS] 1a:35 [G] 4.44 1a:549 [C] 68.35
1l:119 [LYS] 1a:502 [G] 3.47 1a:543 [C] 68.35
1l:119 [LYS] 1a:503 [C] 2.6 1a:542 [G] 68.35
1l:119 [LYS] 1a:550 [G] 3.59 1a:34 [C] 68.35
1l:119 [LYS] 1a:551 [U] 3.85 1a:33 [A] 68.35
1l:120 [TYR] 1a:35 [G] 4.9 1a:549 [C] 74.31
1l:120 [TYR] 1a:522 [C] 3.83 1a:527 [7MG] 74.31
1l:120 [TYR] 1a:523 [A] 4.16 74.31
1l:120 [TYR] 1a:537 [G] 4.21 1a:514 [C] 74.31
1l:121 [GLY] 1a:35 [G] 3.52 1a:549 [C] 78.52
1l:121 [GLY] 1a:36 [C] 4.33 1a:548 [G] 78.52
1l:122 [THR] 1a:35 [G] 4.83 1a:549 [C] 41.78
1l:122 [THR] 1a:36 [C] 3.43 1a:548 [G] 41.78
1l:123 [LYS] 1a:36 [C] 3.24 1a:548 [G] 55.18
1l:123 [LYS] 1a:37 [U] 3.51 1a:397 [A] 55.18
1l:124 [LYS] 1a:36 [C] 3.42 1a:548 [G] 47.94
1l:124 [LYS] 1a:37 [U] 2.7 1a:397 [A] 47.94
1l:124 [LYS] 1a:500 [G] 3.47 1a:545 [C] 47.94
1l:124 [LYS] 1a:501 [C] 3.42 1a:544 [G] 47.94

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group118 4Y4O_1l_1a 1l: 30s ribosomal protein s12, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1a: 16s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) Q5SHN3 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_L_A 4Y4O_1l_1a 0.93 0.99 0.99 0.95 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 4Y4O_1l_1a 0.97 1.0 0.35 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 6S0X_l_a 0.77 0.95 3.44 0.56 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7K00_L_A 0.92 0.98 0.65 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7O7Y_Aw_A2 0.34 0.93 4.24 0.12 Nucleic acid-binding proteins compare
4Y4O_1l_1a 7PJS_l_a 0.93 0.98 0.67 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7RYG_l_a 0.84 0.92 3.52 0.66 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare