RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 4Y4O_1l_1a vs 7RYG_l_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1l
4Y4O_1a
7RYG_l
7RYG_a
Conserved?
1l:104 [VAL] 1a:34 [C] l:101 [SER] a:36 [C] ✔
1l:24 [VAL] 1a:553 [A] l:21 [VAL] a:550 [A] ✔
1l:24 [VAL] 1a:554 [C] l:21 [VAL] a:551 [A] ✔
1l:23 [LYS] 1a:23 [C] l:20 [LYS] a:25 [C] ✔
1l:23 [LYS] 1a:24 [U] l:20 [LYS] a:26 [U] ✔
1l:112 [ASP] 1a:538 [G] l:109 [ASP] a:535 [G] ✔
1l:30 [ALA] 1a:363 [A] l:27 [CYS] a:359 [A] ✔
1l:30 [ALA] 1a:553 [A] l:27 [CYS] a:550 [A] ✔
1l:115 [LYS] 1a:538 [G] l:112 [GLN] a:535 [G] ✔
1l:115 [LYS] 1a:539 [A] l:112 [GLN] a:536 [A] ✔
1l:5 [PRO] 1a:567 [G] l:2 [ALA] a:564 [G] ✔
1l:5 [PRO] 1a:568 [G] l:2 [ALA] a:565 [G] ✔
1l:5 [PRO] 1a:882 [C] l:2 [ALA] a:879 [C] ✔
1l:88 [GLY] 1a:552 [U] l:85 [GLY] a:549 [U] ✔
1l:88 [GLY] 1a:553 [A] l:85 [GLY] a:550 [A] ✔
1l:74 [GLY] 1a:521 [G] l:71 [GLY] a:518 [G] ✔
1l:69 [TYR] 1a:521 [G] l:66 [TYR] a:518 [G] ✔
1l:69 [TYR] 1a:522 [C] l:66 [TYR] a:519 [C] ✔
1l:118 [SER] 1a:35 [G] l:115 [SER] a:37 [G] ✔
1l:118 [SER] 1a:36 [C] l:115 [SER] a:38 [C] ✔
1l:118 [SER] 1a:501 [C] l:115 [SER] a:498 [C] ✔
1l:118 [SER] 1a:502 [G] l:115 [SER] a:499 [A] ✔
1l:118 [SER] 1a:550 [G] l:115 [SER] a:547 [G] ✔
1l:8 [ASN] 1a:585 [G] l:5 [ASN] a:582 [G] ✔
1l:8 [ASN] 1a:879 [C] l:5 [ASN] a:876 [C] ✔
1l:8 [ASN] 1a:880 [C] l:5 [ASN] a:877 [C] ✔
1l:113 [ARG] 1a:537 [G] l:110 [ARG] a:534 [A] ✔
1l:113 [ARG] 1a:538 [G] l:110 [ARG] a:535 [G] ✔
1l:21 [LYS] 1a:909 [A] l:18 [LYS] a:906 [A] ✔
1l:91 [LYS] 1a:523 [A] l:88 [LYS] a:520 [A] ✔
1l:91 [LYS] 1a:525 [C] l:88 [LYS] a:522 [C] ✔
1l:91 [LYS] 1a:526 [C] l:88 [LYS] a:523 [C] ✔
1l:91 [LYS] 1a:913 [A] l:88 [LYS] a:910 [A] ✔
1l:53 [ARG] 1a:521 [G] l:50 [ARG] a:518 [G] ✔
1l:53 [ARG] 1a:522 [C] l:50 [ARG] a:519 [C] ✔
1l:53 [ARG] 1a:523 [A] l:50 [ARG] a:520 [A] ✔
1l:22 [SER] 1a:554 [C] l:19 [SER] a:551 [A] ✔
1l:84 [LEU] 1a:34 [C] l:81 [LEU] a:36 [C] ✔
1l:84 [LEU] 1a:363 [A] l:81 [LEU] a:359 [A] ✔
1l:117 [ARG] 1a:35 [G] l:114 [ARG] a:37 [G] ✔
1l:117 [ARG] 1a:36 [C] l:114 [ARG] a:38 [C] ✔
1l:117 [ARG] 1a:37 [U] l:114 [ARG] a:39 [U] ✔
1l:117 [ARG] 1a:501 [C] l:114 [ARG] a:498 [C] ✔
1l:117 [ARG] 1a:502 [G] l:114 [ARG] a:499 [A] ✔
1l:72 [GLY] 1a:521 [G] l:69 [GLY] a:518 [G] ✔
1l:72 [GLY] 1a:522 [C] l:69 [GLY] a:519 [C] ✔
1l:33 [ARG] 1a:362 [G] l:30 [ARG] a:358 [G] ✔
1l:33 [ARG] 1a:363 [A] l:30 [ARG] a:359 [A] ✔
1l:9 [GLN] 1a:880 [C] l:6 [GLN] a:877 [C] ✔
1l:9 [GLN] 1a:881 [G] l:6 [GLN] a:878 [G] ✔
1l:9 [GLN] 1a:882 [C] l:6 [GLN] a:879 [C] ✔
1l:94 [PRO] 1a:912 [C] l:91 [PRO] a:909 [C] ✔
1l:17 [LYS] 1a:562 [C] l:14 [THR] a:559 [U] ✔
1l:48 [PRO] 1a:529 [G] l:45 [PRO] a:526 [G] ✔
1l:34 [ARG] 1a:362 [G] l:31 [ARG] a:358 [G] ✔
1l:34 [ARG] 1a:363 [A] l:31 [ARG] a:359 [A] ✔
1l:6 [THR] 1a:879 [C] l:3 [THR] a:876 [C] ✔
1l:6 [THR] 1a:880 [C] l:3 [THR] a:877 [C] ✔
1l:124 [LYS] 1a:36 [C] l:120 [LYS] a:38 [C] ✔
1l:124 [LYS] 1a:37 [U] l:120 [LYS] a:39 [U] ✔
1l:10 [LEU] 1a:564 [C] l:7 [LEU] a:561 [C] ✔
1l:92 [0TD] 1a:522 [C] l:89 [ASP] a:519 [C] ✔
1l:92 [0TD] 1a:523 [A] l:89 [ASP] a:520 [A] ✔
1l:50 [SER] 1a:518 [C] l:47 [SER] a:515 [C] ✔
1l:50 [SER] 1a:519 [C] l:47 [SER] a:516 [C] ✔
1l:50 [SER] 1a:529 [G] l:47 [SER] a:526 [G] ✔
1l:29 [GLY] 1a:363 [A] l:26 [ALA] a:359 [A] ✔
1l:29 [GLY] 1a:553 [A] l:26 [ALA] a:550 [A] ✔
1l:122 [THR] 1a:35 [G] l:118 [GLY] a:37 [G] ✔
1l:122 [THR] 1a:36 [C] l:118 [GLY] a:38 [C] ✔
1l:71 [PRO] 1a:522 [C] l:68 [GLY] a:519 [C] ✔
1l:54 [LYS] 1a:520 [A] l:51 [LYS] a:517 [A] ✔
1l:54 [LYS] 1a:521 [G] l:51 [LYS] a:518 [G] ✔
1l:103 [GLY] 1a:35 [G] l:99 [ARG] a:37 [G] ✔
1l:114 [LYS] 1a:538 [G] l:111 [ASN] a:535 [G] ✔
1l:114 [LYS] 1a:539 [A] l:111 [ASN] a:536 [A] ✔
1l:87 [GLY] 1a:552 [U] l:84 [GLY] a:549 [U] ✔
1l:87 [GLY] 1a:553 [A] l:84 [GLY] a:550 [A] ✔
1l:51 [ALA] 1a:519 [C] l:48 [ALA] a:516 [C] ✔
1l:51 [ALA] 1a:520 [A] l:48 [ALA] a:517 [A] ✔
1l:51 [ALA] 1a:521 [G] l:48 [ALA] a:518 [G] ✔
1l:51 [ALA] 1a:529 [G] l:48 [ALA] a:526 [G] ✔
1l:47 [LYS] 1a:1492 [A] l:44 [LYS] a:1489 [A] ✔
1l:47 [LYS] 1a:1493 [A] l:44 [LYS] a:1490 [A] ✔
1l:32 [PHE] 1a:33 [A] l:29 [GLN] a:35 [A] ✔
1l:32 [PHE] 1a:34 [C] l:29 [GLN] a:36 [C] ✔
1l:32 [PHE] 1a:363 [A] l:29 [GLN] a:359 [A] ✔
1l:32 [PHE] 1a:552 [U] l:29 [GLN] a:549 [U] ✔
1l:116 [SER] 1a:502 [G] l:113 [SER] a:499 [A] ✔
1l:116 [SER] 1a:503 [C] l:113 [SER] a:500 [C] ✔
1l:49 [ASN] 1a:521 [G] l:46 [ASN] a:518 [G] ✔
1l:49 [ASN] 1a:522 [C] l:46 [ASN] a:519 [C] ✔
1l:49 [ASN] 1a:523 [A] l:46 [ASN] a:520 [A] ✔
1l:49 [ASN] 1a:527 [7MG] l:46 [ASN] a:524 [7MG] ✔
1l:49 [ASN] 1a:528 [C] l:46 [ASN] a:525 [C] ✔
1l:49 [ASN] 1a:529 [G] l:46 [ASN] a:526 [G] ✔
1l:73 [GLU] 1a:520 [A] l:70 [GLU] a:517 [A] ✔
1l:73 [GLU] 1a:521 [G] l:70 [GLU] a:518 [G] ✔
1l:73 [GLU] 1a:537 [G] l:70 [GLU] a:534 [A] ✔
1l:27 [LEU] 1a:552 [U] l:24 [LEU] a:549 [U] ✔
1l:27 [LEU] 1a:553 [A] l:24 [LEU] a:550 [A] ✔
1l:123 [LYS] 1a:36 [C] l:119 [ALA] a:38 [C] ✔
1l:16 [GLU] 1a:562 [C] l:13 [THR] a:559 [U] ✔
1l:119 [LYS] 1a:35 [G] l:116 [LYS] a:37 [G] ✔
1l:119 [LYS] 1a:502 [G] l:116 [LYS] a:499 [A] ✔
1l:119 [LYS] 1a:503 [C] l:116 [LYS] a:500 [C] ✔
1l:119 [LYS] 1a:550 [G] l:116 [LYS] a:547 [G] ✔
1l:119 [LYS] 1a:551 [U] l:116 [LYS] a:548 [U] ✔
1l:52 [LEU] 1a:519 [C] l:49 [MET] a:516 [C] ✔
1l:52 [LEU] 1a:520 [A] l:49 [MET] a:517 [A] ✔
1l:52 [LEU] 1a:521 [G] l:49 [MET] a:518 [G] ✔
1l:31 [PRO] 1a:32 [A] l:28 [PRO] a:34 [A] ✔
1l:31 [PRO] 1a:33 [A] l:28 [PRO] a:35 [A] ✔
1l:31 [PRO] 1a:363 [A] l:28 [PRO] a:359 [A] ✔
1l:31 [PRO] 1a:552 [U] l:28 [PRO] a:549 [U] ✔
1l:31 [PRO] 1a:553 [A] l:28 [PRO] a:550 [A] ✔
1l:46 [LYS] 1a:1491 [G] l:43 [LYS] a:1488 [G] ✔
1l:13 [LYS] 1a:881 [G] l:10 [LYS] a:878 [G] ✔
1l:13 [LYS] 1a:882 [C] l:10 [LYS] a:879 [C] ✔
1l:15 [ARG] 1a:562 [C] l:12 [ARG] a:559 [U] ✔
1l:15 [ARG] 1a:563 [A] l:12 [ARG] a:560 [A] ✔
1l:15 [ARG] 1a:564 [C] l:12 [ARG] a:561 [C] ✔
1l:15 [ARG] 1a:567 [G] l:12 [ARG] a:564 [G] ✔
1l:15 [ARG] 1a:883 [C] l:12 [ARG] a:880 [C] ✔
1l:15 [ARG] 1a:884 [U] l:12 [ARG] a:881 [U] ✔
1l:90 [VAL] 1a:523 [A] l:87 [VAL] a:520 [A] ✔
1l:89 [ARG] 1a:524 [G] l:86 [ARG] a:521 [G] ✔
1l:89 [ARG] 1a:525 [C] l:86 [ARG] a:522 [C] ✔
1l:89 [ARG] 1a:912 [C] l:86 [ARG] a:909 [C] ✔
1l:86 [ARG] 1a:551 [U] l:83 [ARG] a:548 [U] ✔
1l:86 [ARG] 1a:552 [U] l:83 [ARG] a:549 [U] ✔
1l:61 [THR] 1a:362 [G] l:58 [THR] a:358 [G] ✔
1l:61 [THR] 1a:363 [A] l:58 [THR] a:359 [A] ✔
1l:12 [ARG] 1a:759 [A] l:9 [ARG] a:756 [A] ✔
1l:12 [ARG] 1a:880 [C] l:9 [ARG] a:877 [C] ✔
1l:12 [ARG] 1a:881 [G] l:9 [ARG] a:878 [G] ✔
1l:18 [VAL] 1a:562 [C] l:15 [LEU] a:559 [U] ✔
1l:104 [VAL] 1a:35 [G] l:101 [SER] a:37 [G] ❌ 7RYG_l_a
1l:23 [LYS] 1a:554 [C] l:20 [LYS] a:551 [A] ❌ 7RYG_l_a
1l:5 [PRO] 1a:883 [C] l:2 [ALA] a:880 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:74 [GLY] 1a:520 [A] l:71 [GLY] a:517 [A] ❌ 7RYG_l_a
1l:91 [LYS] 1a:912 [C] l:88 [LYS] a:909 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:53 [ARG] 1a:520 [A] l:50 [ARG] a:517 [A] ❌ 7RYG_l_a
1l:53 [ARG] 1a:528 [C] l:50 [ARG] a:525 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:53 [ARG] 1a:529 [G] l:50 [ARG] a:526 [G] ❌ 7RYG_l_a
1l:117 [ARG] 1a:500 [G] l:114 [ARG] a:497 [G] ❌ 7RYG_l_a
1l:94 [PRO] 1a:911 [U] l:91 [PRO] a:908 [U] ❌ 7RYG_l_a
1l:48 [PRO] 1a:518 [C] l:45 [PRO] a:515 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:48 [PRO] 1a:527 [7MG] l:45 [PRO] a:524 [7MG] ❌ 7RYG_l_a
1l:124 [LYS] 1a:500 [G] l:120 [LYS] a:497 [G] ❌ 7RYG_l_a
1l:124 [LYS] 1a:501 [C] l:120 [LYS] a:498 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:92 [0TD] 1a:527 [7MG] l:89 [ASP] a:524 [7MG] ❌ 7RYG_l_a
1l:50 [SER] 1a:521 [G] l:47 [SER] a:518 [G] ❌ 7RYG_l_a
1l:102 [ARG] 1a:35 [G] l:98 [VAL] a:37 [G] ❌ 7RYG_l_a
1l:114 [LYS] 1a:537 [G] l:111 [ASN] a:534 [A] ❌ 7RYG_l_a
1l:32 [PHE] 1a:551 [U] l:29 [GLN] a:548 [U] ❌ 7RYG_l_a
1l:121 [GLY] 1a:35 [G] l:117 [TYR] a:37 [G] ❌ 7RYG_l_a
1l:121 [GLY] 1a:36 [C] l:117 [TYR] a:38 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:49 [ASN] 1a:518 [C] l:46 [ASN] a:515 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:123 [LYS] 1a:37 [U] l:119 [ALA] a:39 [U] ❌ 7RYG_l_a
1l:46 [LYS] 1a:912 [C] l:43 [LYS] a:909 [C] ❌ 7RYG_l_a
1l:46 [LYS] 1a:913 [A] l:43 [LYS] a:910 [A] ❌ 7RYG_l_a
1l:46 [LYS] 1a:1492 [A] l:43 [LYS] a:1489 [A] ❌ 7RYG_l_a
1l:89 [ARG] 1a:913 [A] l:86 [ARG] a:910 [A] ❌ 7RYG_l_a
1l:112 [ASP] 1a:537 [G] l:109 [ASP] a:534 [A] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:121 [GLY] 1a:522 [C] l:117 [TYR] a:519 [C] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:121 [GLY] 1a:523 [A] l:117 [TYR] a:520 [A] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:124 [LYS] 1a:35 [G] l:120 [LYS] a:37 [G] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:18 [VAL] 1a:884 [U] l:15 [LEU] a:881 [U] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:29 [GLY] 1a:554 [C] l:26 [ALA] a:551 [A] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:30 [ALA] 1a:552 [U] l:27 [CYS] a:549 [U] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:102 [ARG] 1a:34 [C] l:98 [VAL] a:36 [C] ❌ 4Y4O_1l_1a
1l:41 [ARG] 1a:1411 [C] l:38 [TYR] a:1408 [C] ❌ 7RYG_l:38, 7RYG_a:1408 no longer at interface
1l:57 [LYS] 1a:1412 [C] l:54 [ARG] a:1409 [C] ❌ 7RYG_l:54, 7RYG_a:1409 no longer at interface
1l:94 [PRO] 1a:1490 [C] l:91 [PRO] a:1487 [U] ❌ 7RYG_a:1487 no longer at interface
1l:73 [GLU] 1a:536 [C] l:70 [GLU] a:533 [C] ❌ 7RYG_a:533 no longer at interface
1l:46 [LYS] 1a:1490 [C] l:43 [LYS] a:1487 [U] ❌ 7RYG_a:1487 no longer at interface
1l:105 [TYR] 1a:364 [A] l:102 [LEU] a:360 [A] ❌ 7RYG_l:102, 7RYG_a:360 no longer at interface
1l:21 [LYS] 1a:908 [A] l:18 [LYS] a:905 [A] ❌ 4Y4O_1a:908 no longer at interface
1l:25 [PRO] 1a:910 [C] l:22 [PRO] a:907 [C] ❌ 7RYG_l:22 no longer at interface
1l:44 [THR] 1a:1493 [A] l:41 [THR] a:1490 [A] ❌ 7RYG_l:41 no longer at interface
1l:101 [VAL] 1a:34 [C] l:97 [THR] a:36 [C] ❌ 7RYG_l:97 no longer at interface
1l:101 [VAL] 1a:35 [G] l:97 [THR] a:37 [G] ❌ 7RYG_l:97 no longer at interface
1l:97 [ARG] 1a:910 [C] l:93 [VAL] a:907 [C] ❌ 7RYG_l:93 no longer at interface
1l:97 [ARG] 1a:911 [U] l:93 [VAL] a:908 [U] ❌ 7RYG_l:93 no longer at interface
1l:45 [PRO] 1a:1492 [A] l:42 [PRO] a:1489 [A] ❌ 7RYG_l:42 no longer at interface
1l:7 [ILE] 1a:564 [C] l:4 [THR] a:561 [C] ❌ 7RYG_l:4 no longer at interface
1l:105 [TYR] 1a:363 [A] l:102 [LEU] a:359 [A] ❌ 7RYG_l:102 no longer at interface
1l:14 [GLY] 1a:562 [C] l:11 [GLY] a:559 [U] ❌ 7RYG_l:11 no longer at interface
1l:125 [PRO] 1a:36 [C] l:121 [ARG] a:38 [C] ❌ 4Y4O_1l:125 no longer at interface
1l:125 [PRO] 1a:500 [G] l:121 [ARG] a:497 [G] ❌ 4Y4O_1l:125 no longer at interface
1l:125 [PRO] 1a:37 [U] l:121 [ARG] a:39 [U] ❌ 4Y4O_1l:125 no longer at interface
1l:125 [PRO] 1a:501 [C] l:121 [ARG] a:498 [C] ❌ 4Y4O_1l:125 no longer at interface
1l:20 [LYS] 1a:23 [C] l:17 [GLU] a:25 [C] ❌ 4Y4O_1l:20 no longer at interface
1l:98 [TYR] 1a:911 [U] l:94 [ARG] a:908 [U] ❌ 4Y4O_1l:98 no longer at interface
1l:98 [TYR] 1a:910 [C] l:94 [ARG] a:907 [C] ❌ 4Y4O_1l:98 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.92 3.52 0.66 0.96 0.91 0.94 0.98 0.84 0.69 0.56 0.41


Other pairs involving 4Y4O_1l_1a or 7RYG_l_a

Total number of entries: 12

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_L_A 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.16 0.66 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 4Y4O_1l_1a 0.93 0.99 0.99 0.95 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_l_a 7RYG_l_a 0.84 0.97 2.14 0.63 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 4Y4O_1l_1a 0.97 1.0 0.35 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7RYG_l_a 0.80 0.92 3.45 0.65 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7PJS_l_a 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.42 0.69 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 6S0X_l_a 0.77 0.95 3.44 0.56 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7PJS_l_a 0.93 0.98 0.67 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7O7Y_Aw_A2 0.34 0.93 4.24 0.12 Nucleic acid-binding proteins compare
4Y4O_1l_1a 7RYG_l_a 0.84 0.92 3.52 0.66 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7K00_L_A 0.92 0.98 0.65 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_L_A 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.44 0.68 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare