Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0X_l
|
6S0X_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| l:2 [PRO] | a:572 [U] | 4.11 | 28.64 | |||
| l:2 [PRO] | a:575 [G] | 4.1 | a:892 [C] | 28.64 | ||
| l:2 [PRO] | a:576 [G] | 4.46 | a:891 [C] | 28.64 | ||
| l:3 [THR] | a:888 [C] | 4.37 | a:829 [G] | 86.0 | ||
| l:3 [THR] | a:889 [C] | 3.79 | a:583 [G] | 86.0 | ||
| l:4 [ILE] | a:572 [U] | 3.4 | 61.3 | |||
| l:5 [ASN] | a:593 [G] | 3.15 | a:764 [C] | 65.28 | ||
| l:5 [ASN] | a:594 [C] | 3.78 | a:763 [G] | 65.28 | ||
| l:5 [ASN] | a:888 [C] | 4.02 | a:829 [G] | 65.28 | ||
| l:5 [ASN] | a:889 [C] | 3.43 | a:583 [G] | 65.28 | ||
| l:6 [GLN] | a:889 [C] | 3.34 | a:583 [G] | 88.25 | ||
| l:6 [GLN] | a:890 [G] | 4.15 | a:577 [C] | 88.25 | ||
| l:6 [GLN] | a:891 [C] | 4.41 | a:576 [G] | 88.25 | ||
| l:7 [LEU] | a:572 [U] | 3.76 | 48.74 | |||
| l:9 [ARG] | a:888 [C] | 4.64 | a:829 [G] | 49.84 | ||
| l:9 [ARG] | a:889 [C] | 2.5 | a:583 [G] | 49.84 | ||
| l:9 [ARG] | a:890 [G] | 2.43 | a:577 [C] | 49.84 | ||
| l:12 [ARG] | a:570 [U] | 3.18 | 75.96 | |||
| l:12 [ARG] | a:571 [A] | 3.56 | a:893 [U] | 75.96 | ||
| l:12 [ARG] | a:572 [U] | 2.35 | 75.96 | |||
| l:12 [ARG] | a:575 [G] | 2.47 | a:892 [C] | base:SC, base:SC | 75.96 | |
| l:12 [ARG] | a:892 [C] | 4.98 | a:575 [G] | 75.96 | ||
| l:12 [ARG] | a:893 [U] | 4.7 | a:571 [A] | 75.96 | ||
| l:13 [GLN] | a:570 [U] | 3.07 | 9.24 | |||
| l:14 [SER] | a:570 [U] | 3.85 | 0.0 | |||
| l:15 [LYS] | a:570 [U] | 3.33 | 57.58 | |||
| l:15 [LYS] | a:893 [U] | 4.93 | a:571 [A] | 57.58 | ||
| l:15 [LYS] | a:894 [G] | 3.38 | a:921 [C] | 57.58 | ||
| l:17 [LYS] | a:564 [C] | 3.67 | a:28 [G] | 2.01 | ||
| l:18 [LYS] | a:918 [A] | 3.69 | a:897 [G] | 46.64 | ||
| l:18 [LYS] | a:919 [C] | 4.01 | a:896 [G] | 46.64 | ||
| l:18 [LYS] | a:920 [U] | 3.17 | a:895 [G] | base:SC | 46.64 | |
| l:19 [SER] | a:562 [U] | 3.03 | a:30 [A] | 3.74 | ||
| l:20 [ASP] | a:561 [A] | 4.58 | a:31 [U] | 41.75 | ||
| l:20 [ASP] | a:562 [U] | 3.36 | a:30 [A] | 41.75 | ||
| l:21 [SER] | a:561 [A] | 4.19 | a:31 [U] | 34.26 | ||
| l:22 [PRO] | a:919 [C] | 3.53 | a:896 [G] | 7.68 | ||
| l:24 [LEU] | a:560 [U] | 3.82 | a:33 [A] | 61.24 | ||
| l:24 [LEU] | a:561 [A] | 3.78 | a:31 [U] | 61.24 | ||
| l:25 [ASN] | a:562 [U] | 4.48 | a:30 [A] | 33.13 | ||
| l:28 [PHE] | a:51 [A] | 4.41 | a:368 [G] | 37.95 | ||
| l:29 [ASN] | a:51 [A] | 3.8 | a:368 [G] | 66.08 | ||
| l:30 [SER] | a:51 [A] | 4.45 | a:368 [G] | 47.96 | ||
| l:30 [SER] | a:369 [G] | 4.54 | a:48 [C] | 47.96 | ||
| l:31 [LYS] | a:51 [A] | 4.18 | a:368 [G] | 27.25 | ||
| l:31 [LYS] | a:53 [U] | 3.24 | a:367 [A] | sugar:SC | 27.25 | |
| l:32 [LYS] | a:53 [U] | 4.58 | a:367 [A] | 68.45 | ||
| l:36 [THR] | a:50 [U] | 4.96 | a:370 [G] | 28.98 | ||
| l:36 [THR] | a:51 [A] | 4.29 | a:368 [G] | 28.98 | ||
| l:38 [LEU] | a:49 [C] | 4.33 | 0.45 | |||
| l:38 [LEU] | a:50 [U] | 4.79 | a:370 [G] | 0.45 | ||
| l:38 [LEU] | a:371 [A] | 3.7 | 0.45 | |||
| l:38 [LEU] | a:372 [A] | 3.58 | 0.45 | |||
| l:39 [ASN] | a:371 [A] | 4.43 | 16.58 | |||
| l:39 [ASN] | a:561 [A] | 3.87 | a:31 [U] | 16.58 | ||
| l:39 [ASN] | a:562 [U] | 3.7 | a:30 [A] | 16.58 | ||
| l:40 [SER] | a:371 [A] | 3.42 | 20.99 | |||
| l:40 [SER] | a:561 [A] | 3.82 | a:31 [U] | 20.99 | ||
| l:41 [PRO] | a:33 [A] | 4.1 | a:560 [U] | 87.64 | ||
| l:41 [PRO] | a:34 [A] | 3.89 | a:559 [U] | 87.64 | ||
| l:41 [PRO] | a:371 [A] | 3.37 | 87.64 | |||
| l:41 [PRO] | a:560 [U] | 2.66 | a:33 [A] | sugar:BB | 87.64 | |
| l:41 [PRO] | a:561 [A] | 4.19 | a:31 [U] | 87.64 | ||
| l:42 [GLN] | a:34 [A] | 2.31 | a:559 [U] | sugar:SC | 76.22 | |
| l:42 [GLN] | a:35 [C] | 3.15 | a:558 [G] | 76.22 | ||
| l:42 [GLN] | a:371 [A] | 3.19 | sugar:SC | 76.22 | ||
| l:42 [GLN] | a:560 [U] | 4.7 | a:33 [A] | 76.22 | ||
| l:43 [LYS] | a:370 [G] | 4.04 | a:50 [U] | 69.92 | ||
| l:43 [LYS] | a:371 [A] | 3.59 | 69.92 | |||
| l:44 [ARG] | a:370 [G] | 4.01 | a:50 [U] | 75.14 | ||
| l:44 [ARG] | a:371 [A] | 2.8 | 75.14 | |||
| l:49 [ARG] | a:1421 [C] | 4.84 | a:1500 [G] | 67.98 | ||
| l:56 [LYS] | a:1502 [G] | 3.56 | a:1419 [C] | 91.02 | ||
| l:56 [LYS] | a:1503 [A] | 3.72 | a:1418 [A] | 91.02 | ||
| l:58 [PRO] | a:526 [C] | 3.78 | 97.77 | |||
| l:59 [ASN] | a:526 [C] | 3.98 | 96.85 | |||
| l:59 [ASN] | a:529 [G] | 4.95 | a:536 [C] | 96.85 | ||
| l:59 [ASN] | a:535 [G] | 4.0 | a:530 [C] | base/AA stacks | 96.85 | |
| l:59 [ASN] | a:536 [C] | 3.17 | a:529 [G] | base:SC | 96.85 | |
| l:59 [ASN] | a:537 [G] | 3.58 | a:528 [A] | 96.85 | ||
| l:60 [SER] | a:526 [C] | 3.27 | base:BB | 99.0 | ||
| l:60 [SER] | a:527 [C] | 2.36 | 99.0 | |||
| l:60 [SER] | a:528 [A] | 4.51 | a:537 [G] | 99.0 | ||
| l:60 [SER] | a:529 [G] | 4.68 | a:536 [C] | 99.0 | ||
| l:60 [SER] | a:537 [G] | 3.03 | a:528 [A] | base:BB, base:BB | 99.0 | |
| l:61 [ALA] | a:526 [C] | 4.95 | 92.13 | |||
| l:61 [ALA] | a:527 [C] | 4.12 | 92.13 | |||
| l:61 [ALA] | a:528 [A] | 3.26 | a:537 [G] | 92.13 | ||
| l:61 [ALA] | a:529 [G] | 3.57 | a:536 [C] | 92.13 | ||
| l:61 [ALA] | a:537 [G] | 4.76 | a:528 [A] | 92.13 | ||
| l:62 [LEU] | a:527 [C] | 4.62 | 53.23 | |||
| l:62 [LEU] | a:528 [A] | 2.74 | a:537 [G] | 53.23 | ||
| l:62 [LEU] | a:529 [G] | 4.66 | a:536 [C] | 53.23 | ||
| l:63 [ARG] | a:528 [A] | 4.75 | a:537 [G] | 97.05 | ||
| l:63 [ARG] | a:529 [G] | 3.27 | a:536 [C] | base:SC | 97.05 | |
| l:63 [ARG] | a:530 [C] | 3.03 | a:535 [G] | base:SC | 97.05 | |
| l:63 [ARG] | a:531 [A] | 2.78 | base/AA stacks | 97.05 | ||
| l:63 [ARG] | a:535 [G] | 4.41 | a:530 [C] | 97.05 | ||
| l:64 [LYS] | a:528 [A] | 4.44 | a:537 [G] | 87.41 | ||
| l:64 [LYS] | a:529 [G] | 2.42 | a:536 [C] | 87.41 | ||
| l:67 [ARG] | a:1422 [C] | 3.6 | a:1499 [G] | 81.2 | ||
| l:67 [ARG] | a:1423 [A] | 4.86 | a:1498 [G] | 81.2 | ||
| l:71 [SER] | a:370 [G] | 3.75 | a:50 [U] | 76.05 | ||
| l:71 [SER] | a:371 [A] | 2.37 | 76.05 | |||
| l:77 [ASN] | a:1422 [C] | 4.64 | a:1499 [G] | 52.55 | ||
| l:79 [TYR] | a:529 [G] | 4.71 | a:536 [C] | 66.71 | ||
| l:79 [TYR] | a:530 [C] | 2.98 | a:535 [G] | 66.71 | ||
| l:79 [TYR] | a:531 [A] | 4.2 | 66.71 | |||
| l:81 [PRO] | a:530 [C] | 4.02 | a:535 [G] | 81.66 | ||
| l:82 [GLY] | a:529 [G] | 3.41 | a:536 [C] | 91.52 | ||
| l:82 [GLY] | a:530 [C] | 3.18 | a:535 [G] | 91.52 | ||
| l:83 [ILE] | a:528 [A] | 3.38 | a:537 [G] | 64.87 | ||
| l:83 [ILE] | a:529 [G] | 3.25 | a:536 [C] | 64.87 | ||
| l:94 [LEU] | a:35 [C] | 4.28 | a:558 [G] | 80.29 | ||
| l:94 [LEU] | a:371 [A] | 4.27 | 80.29 | |||
| l:96 [ARG] | a:559 [U] | 2.98 | a:34 [A] | sugar:SC | 74.62 | |
| l:96 [ARG] | a:560 [U] | 3.31 | a:33 [A] | 74.62 | ||
| l:97 [GLY] | a:560 [U] | 3.17 | a:33 [A] | sugar:BB | 84.17 | |
| l:97 [GLY] | a:561 [A] | 3.87 | a:31 [U] | 84.17 | ||
| l:98 [GLY] | a:560 [U] | 3.71 | a:33 [A] | 78.74 | ||
| l:98 [GLY] | a:561 [A] | 3.19 | a:31 [U] | 78.74 | ||
| l:99 [ARG] | a:921 [C] | 4.76 | a:894 [G] | 78.92 | ||
| l:99 [ARG] | a:922 [A] | 3.28 | 78.92 | |||
| l:100 [VAL] | a:531 [A] | 3.49 | 59.96 | |||
| l:101 [LYS] | a:531 [A] | 3.25 | 63.75 | |||
| l:101 [LYS] | a:532 [G] | 4.92 | a:515 [C] | 63.75 | ||
| l:101 [LYS] | a:533 [C] | 2.85 | a:514 [G] | 63.75 | ||
| l:101 [LYS] | a:534 [C] | 2.78 | a:513 [G] | 63.75 | ||
| l:102 [ASP] | a:531 [A] | 4.39 | 92.63 | |||
| l:104 [PRO] | a:921 [C] | 4.57 | a:894 [G] | 85.03 | ||
| l:104 [PRO] | a:1501 [U] | 3.51 | a:1420 [A] | 85.03 | ||
| l:104 [PRO] | a:1502 [G] | 4.64 | a:1419 [C] | 85.03 | ||
| l:105 [GLY] | a:920 [U] | 4.08 | a:895 [G] | 88.08 | ||
| l:107 [ARG] | a:919 [C] | 4.87 | a:896 [G] | 67.08 | ||
| l:107 [ARG] | a:920 [U] | 2.84 | a:895 [G] | 67.08 | ||
| l:107 [ARG] | a:921 [C] | 4.78 | a:894 [G] | 67.08 | ||
| l:109 [HIS] | a:560 [U] | 4.79 | a:33 [A] | 56.53 | ||
| l:111 [VAL] | a:35 [C] | 3.77 | a:558 [G] | 77.56 | ||
| l:112 [ARG] | a:36 [G] | 3.95 | a:557 [C] | 89.56 | ||
| l:113 [GLY] | a:36 [G] | 3.89 | a:557 [C] | 80.32 | ||
| l:113 [GLY] | a:37 [C] | 4.72 | a:556 [G] | 80.32 | ||
| l:114 [ALA] | a:35 [C] | 4.13 | a:558 [G] | 56.47 | ||
| l:114 [ALA] | a:36 [G] | 3.73 | a:557 [C] | 56.47 | ||
| l:122 [GLY] | a:545 [G] | 4.33 | a:522 [C] | 33.85 | ||
| l:122 [GLY] | a:546 [U] | 3.9 | a:521 [A] | 33.85 | ||
| l:123 [ARG] | a:511 [A] | 4.84 | a:551 [G] | 87.94 | ||
| l:123 [ARG] | a:545 [G] | 3.22 | a:522 [C] | 87.94 | ||
| l:123 [ARG] | a:546 [U] | 3.32 | a:521 [A] | 87.94 | ||
| l:124 [ARG] | a:546 [U] | 2.56 | a:521 [A] | 34.21 | ||
| l:124 [ARG] | a:547 [A] | 3.22 | a:520 [U] | 34.21 | ||
| l:125 [GLN] | a:510 [C] | 3.15 | a:552 [G] | 37.86 | ||
| l:125 [GLN] | a:511 [A] | 3.89 | a:551 [G] | 37.86 | ||
| l:125 [GLN] | a:545 [G] | 4.89 | a:522 [C] | 37.86 | ||
| l:125 [GLN] | a:546 [U] | 3.11 | a:521 [A] | 37.86 | ||
| l:125 [GLN] | a:547 [A] | 2.94 | a:520 [U] | base:SC | 37.86 | |
| l:126 [GLY] | a:510 [C] | 3.1 | a:552 [G] | 56.31 | ||
| l:126 [GLY] | a:511 [A] | 4.94 | a:551 [G] | 56.31 | ||
| l:126 [GLY] | a:546 [U] | 4.91 | a:521 [A] | 56.31 | ||
| l:127 [ARG] | a:509 [C] | 4.41 | 85.66 | |||
| l:127 [ARG] | a:510 [C] | 3.09 | a:552 [G] | 85.66 | ||
| l:128 [SER] | a:36 [G] | 2.56 | a:557 [C] | base:SC, sugar:BB | 92.24 | |
| l:128 [SER] | a:37 [C] | 3.53 | a:556 [G] | 92.24 | ||
| l:128 [SER] | a:509 [C] | 3.27 | 92.24 | |||
| l:128 [SER] | a:510 [C] | 3.17 | a:552 [G] | 92.24 | ||
| l:128 [SER] | a:557 [C] | 4.64 | a:36 [G] | 92.24 | ||
| l:128 [SER] | a:558 [G] | 4.97 | a:35 [C] | 92.24 | ||
| l:129 [LEU] | a:36 [G] | 4.44 | a:557 [C] | 64.15 | ||
| l:129 [LEU] | a:510 [C] | 3.89 | a:552 [G] | 64.15 | ||
| l:129 [LEU] | a:558 [G] | 3.6 | a:35 [C] | 64.15 | ||
| l:130 [TYR] | a:36 [G] | 4.7 | a:557 [C] | 76.06 | ||
| l:130 [TYR] | a:530 [C] | 3.82 | a:535 [G] | 76.06 | ||
| l:131 [GLY] | a:36 [G] | 3.74 | a:557 [C] | sugar:BB | 76.62 | |
| l:131 [GLY] | a:37 [C] | 4.58 | a:556 [G] | 76.62 | ||
| l:132 [THR] | a:36 [G] | 4.61 | a:557 [C] | 47.7 | ||
| l:132 [THR] | a:37 [C] | 3.29 | a:556 [G] | 47.7 | ||
| l:133 [LYS] | a:36 [G] | 4.81 | a:557 [C] | 59.58 | ||
| l:133 [LYS] | a:37 [C] | 2.67 | a:556 [G] | 59.58 | ||
| l:133 [LYS] | a:38 [U] | 3.05 | a:405 [A] | 59.58 | ||
| l:134 [LYS] | a:37 [C] | 3.16 | a:556 [G] | 56.48 | ||
| l:134 [LYS] | a:38 [U] | 3.6 | a:405 [A] | 56.48 | ||
| l:134 [LYS] | a:508 [G] | 3.34 | 56.48 | |||
| l:134 [LYS] | a:509 [C] | 3.26 | 56.48 | |||
| l:135 [PRO] | a:509 [C] | 4.47 | 2.35 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group118 | 6S0X_l_a | l: 30s ribosomal protein s12, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A133PZQ5 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VQE_L_A | 6S0X_l_a | 0.80 | 0.96 | 2.89 | 0.62 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_l_a | 7K00_L_A | 0.74 | 0.96 | 3.31 | 0.63 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_l_a | 7O7Y_Aw_A2 | 0.41 | 0.89 | 4.85 | 0.08 | Nucleic acid-binding proteins | compare | |
| 6S0X_l_a | 7PJS_l_a | 0.75 | 0.94 | 3.44 | 0.65 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_l_a | 7RYG_l_a | 0.84 | 0.97 | 2.14 | 0.63 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AL_AA | 6S0X_l_a | 0.77 | 0.96 | 3.37 | 0.57 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1l_1a | 6S0X_l_a | 0.77 | 0.95 | 3.44 | 0.56 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |