RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 6S0X_l_a vs 7RYG_l_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

6S0X_l
6S0X_a
7RYG_l
7RYG_a
Conserved?
l:5 [ASN] a:593 [G] l:5 [ASN] a:582 [G] ✔
l:5 [ASN] a:888 [C] l:5 [ASN] a:876 [C] ✔
l:5 [ASN] a:889 [C] l:5 [ASN] a:877 [C] ✔
l:101 [LYS] a:531 [A] l:88 [LYS] a:520 [A] ✔
l:101 [LYS] a:533 [C] l:88 [LYS] a:522 [C] ✔
l:101 [LYS] a:534 [C] l:88 [LYS] a:523 [C] ✔
l:71 [SER] a:370 [G] l:58 [THR] a:358 [G] ✔
l:71 [SER] a:371 [A] l:58 [THR] a:359 [A] ✔
l:123 [ARG] a:545 [G] l:110 [ARG] a:534 [A] ✔
l:123 [ARG] a:546 [U] l:110 [ARG] a:535 [G] ✔
l:61 [ALA] a:527 [C] l:48 [ALA] a:516 [C] ✔
l:61 [ALA] a:528 [A] l:48 [ALA] a:517 [A] ✔
l:61 [ALA] a:529 [G] l:48 [ALA] a:518 [G] ✔
l:61 [ALA] a:537 [G] l:48 [ALA] a:526 [G] ✔
l:113 [GLY] a:36 [G] l:100 [GLY] a:37 [G] ✔
l:125 [GLN] a:546 [U] l:112 [GLN] a:535 [G] ✔
l:125 [GLN] a:547 [A] l:112 [GLN] a:536 [A] ✔
l:56 [LYS] a:1502 [G] l:43 [LYS] a:1488 [G] ✔
l:59 [ASN] a:529 [G] l:46 [ASN] a:518 [G] ✔
l:59 [ASN] a:535 [G] l:46 [ASN] a:524 [7MG] ✔
l:59 [ASN] a:536 [C] l:46 [ASN] a:525 [C] ✔
l:59 [ASN] a:537 [G] l:46 [ASN] a:526 [G] ✔
l:7 [LEU] a:572 [U] l:7 [LEU] a:561 [C] ✔
l:94 [LEU] a:35 [C] l:81 [LEU] a:36 [C] ✔
l:94 [LEU] a:371 [A] l:81 [LEU] a:359 [A] ✔
l:63 [ARG] a:529 [G] l:50 [ARG] a:518 [G] ✔
l:63 [ARG] a:530 [C] l:50 [ARG] a:519 [C] ✔
l:63 [ARG] a:531 [A] l:50 [ARG] a:520 [A] ✔
l:44 [ARG] a:370 [G] l:31 [ARG] a:358 [G] ✔
l:44 [ARG] a:371 [A] l:31 [ARG] a:359 [A] ✔
l:82 [GLY] a:529 [G] l:69 [GLY] a:518 [G] ✔
l:82 [GLY] a:530 [C] l:69 [GLY] a:519 [C] ✔
l:43 [LYS] a:370 [G] l:30 [ARG] a:358 [G] ✔
l:43 [LYS] a:371 [A] l:30 [ARG] a:359 [A] ✔
l:83 [ILE] a:528 [A] l:70 [GLU] a:517 [A] ✔
l:83 [ILE] a:529 [G] l:70 [GLU] a:518 [G] ✔
l:19 [SER] a:562 [U] l:19 [SER] a:551 [A] ✔
l:6 [GLN] a:889 [C] l:6 [GLN] a:877 [C] ✔
l:6 [GLN] a:890 [G] l:6 [GLN] a:878 [G] ✔
l:6 [GLN] a:891 [C] l:6 [GLN] a:879 [C] ✔
l:60 [SER] a:526 [C] l:47 [SER] a:515 [C] ✔
l:60 [SER] a:527 [C] l:47 [SER] a:516 [C] ✔
l:60 [SER] a:537 [G] l:47 [SER] a:526 [G] ✔
l:131 [GLY] a:36 [G] l:118 [GLY] a:37 [G] ✔
l:131 [GLY] a:37 [C] l:118 [GLY] a:38 [C] ✔
l:64 [LYS] a:528 [A] l:51 [LYS] a:517 [A] ✔
l:64 [LYS] a:529 [G] l:51 [LYS] a:518 [G] ✔
l:15 [LYS] a:570 [U] l:15 [LEU] a:559 [U] ✔
l:15 [LYS] a:893 [U] l:15 [LEU] a:881 [U] ✔
l:127 [ARG] a:509 [C] l:114 [ARG] a:498 [C] ✔
l:127 [ARG] a:510 [C] l:114 [ARG] a:499 [A] ✔
l:40 [SER] a:371 [A] l:27 [CYS] a:359 [A] ✔
l:40 [SER] a:561 [A] l:27 [CYS] a:550 [A] ✔
l:126 [GLY] a:510 [C] l:113 [SER] a:499 [A] ✔
l:126 [GLY] a:511 [A] l:113 [SER] a:500 [C] ✔
l:3 [THR] a:888 [C] l:3 [THR] a:876 [C] ✔
l:3 [THR] a:889 [C] l:3 [THR] a:877 [C] ✔
l:102 [ASP] a:531 [A] l:89 [ASP] a:520 [A] ✔
l:97 [GLY] a:560 [U] l:84 [GLY] a:549 [U] ✔
l:97 [GLY] a:561 [A] l:84 [GLY] a:550 [A] ✔
l:100 [VAL] a:531 [A] l:87 [VAL] a:520 [A] ✔
l:107 [ARG] a:919 [C] l:94 [ARG] a:907 [C] ✔
l:107 [ARG] a:920 [U] l:94 [ARG] a:908 [U] ✔
l:14 [SER] a:570 [U] l:14 [THR] a:559 [U] ✔
l:130 [TYR] a:530 [C] l:117 [TYR] a:519 [C] ✔
l:129 [LEU] a:36 [G] l:116 [LYS] a:37 [G] ✔
l:129 [LEU] a:510 [C] l:116 [LYS] a:499 [A] ✔
l:129 [LEU] a:558 [G] l:116 [LYS] a:547 [G] ✔
l:134 [LYS] a:37 [C] l:121 [ARG] a:38 [C] ✔
l:134 [LYS] a:38 [U] l:121 [ARG] a:39 [U] ✔
l:134 [LYS] a:508 [G] l:121 [ARG] a:497 [G] ✔
l:134 [LYS] a:509 [C] l:121 [ARG] a:498 [C] ✔
l:81 [PRO] a:530 [C] l:68 [GLY] a:519 [C] ✔
l:9 [ARG] a:889 [C] l:9 [ARG] a:877 [C] ✔
l:9 [ARG] a:890 [G] l:9 [ARG] a:878 [G] ✔
l:2 [PRO] a:575 [G] l:2 [ALA] a:564 [G] ✔
l:2 [PRO] a:576 [G] l:2 [ALA] a:565 [G] ✔
l:41 [PRO] a:33 [A] l:28 [PRO] a:34 [A] ✔
l:41 [PRO] a:34 [A] l:28 [PRO] a:35 [A] ✔
l:41 [PRO] a:371 [A] l:28 [PRO] a:359 [A] ✔
l:41 [PRO] a:560 [U] l:28 [PRO] a:549 [U] ✔
l:41 [PRO] a:561 [A] l:28 [PRO] a:550 [A] ✔
l:42 [GLN] a:34 [A] l:29 [GLN] a:35 [A] ✔
l:42 [GLN] a:35 [C] l:29 [GLN] a:36 [C] ✔
l:42 [GLN] a:371 [A] l:29 [GLN] a:359 [A] ✔
l:42 [GLN] a:560 [U] l:29 [GLN] a:549 [U] ✔
l:133 [LYS] a:36 [G] l:120 [LYS] a:37 [G] ✔
l:133 [LYS] a:37 [C] l:120 [LYS] a:38 [C] ✔
l:133 [LYS] a:38 [U] l:120 [LYS] a:39 [U] ✔
l:12 [ARG] a:570 [U] l:12 [ARG] a:559 [U] ✔
l:12 [ARG] a:571 [A] l:12 [ARG] a:560 [A] ✔
l:12 [ARG] a:572 [U] l:12 [ARG] a:561 [C] ✔
l:12 [ARG] a:575 [G] l:12 [ARG] a:564 [G] ✔
l:12 [ARG] a:892 [C] l:12 [ARG] a:880 [C] ✔
l:12 [ARG] a:893 [U] l:12 [ARG] a:881 [U] ✔
l:24 [LEU] a:560 [U] l:24 [LEU] a:549 [U] ✔
l:24 [LEU] a:561 [A] l:24 [LEU] a:550 [A] ✔
l:62 [LEU] a:527 [C] l:49 [MET] a:516 [C] ✔
l:62 [LEU] a:528 [A] l:49 [MET] a:517 [A] ✔
l:62 [LEU] a:529 [G] l:49 [MET] a:518 [G] ✔
l:13 [GLN] a:570 [U] l:13 [THR] a:559 [U] ✔
l:79 [TYR] a:529 [G] l:66 [TYR] a:518 [G] ✔
l:79 [TYR] a:530 [C] l:66 [TYR] a:519 [C] ✔
l:96 [ARG] a:559 [U] l:83 [ARG] a:548 [U] ✔
l:96 [ARG] a:560 [U] l:83 [ARG] a:549 [U] ✔
l:99 [ARG] a:921 [C] l:86 [ARG] a:909 [C] ✔
l:98 [GLY] a:560 [U] l:85 [GLY] a:549 [U] ✔
l:98 [GLY] a:561 [A] l:85 [GLY] a:550 [A] ✔
l:39 [ASN] a:371 [A] l:26 [ALA] a:359 [A] ✔
l:39 [ASN] a:561 [A] l:26 [ALA] a:550 [A] ✔
l:39 [ASN] a:562 [U] l:26 [ALA] a:551 [A] ✔
l:21 [SER] a:561 [A] l:21 [VAL] a:550 [A] ✔
l:18 [LYS] a:918 [A] l:18 [LYS] a:906 [A] ✔
l:104 [PRO] a:921 [C] l:91 [PRO] a:909 [C] ✔
l:132 [THR] a:37 [C] l:119 [ALA] a:38 [C] ✔
l:122 [GLY] a:545 [G] l:109 [ASP] a:534 [A] ✔
l:122 [GLY] a:546 [U] l:109 [ASP] a:535 [G] ✔
l:128 [SER] a:36 [G] l:115 [SER] a:37 [G] ✔
l:128 [SER] a:37 [C] l:115 [SER] a:38 [C] ✔
l:128 [SER] a:509 [C] l:115 [SER] a:498 [C] ✔
l:128 [SER] a:510 [C] l:115 [SER] a:499 [A] ✔
l:128 [SER] a:558 [G] l:115 [SER] a:547 [G] ✔
l:124 [ARG] a:546 [U] l:111 [ASN] a:535 [G] ✔
l:124 [ARG] a:547 [A] l:111 [ASN] a:536 [A] ✔
l:112 [ARG] a:36 [G] l:99 [ARG] a:37 [G] ✔
l:111 [VAL] a:35 [C] l:98 [VAL] a:36 [C] ✔
l:114 [ALA] a:35 [C] l:101 [SER] a:36 [C] ✔
l:101 [LYS] a:532 [G] l:88 [LYS] a:521 [G] ❌ 7RYG_l_a
l:123 [ARG] a:511 [A] l:110 [ARG] a:500 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:61 [ALA] a:526 [C] l:48 [ALA] a:515 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:113 [GLY] a:37 [C] l:100 [GLY] a:38 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:125 [GLN] a:510 [C] l:112 [GLN] a:499 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:125 [GLN] a:511 [A] l:112 [GLN] a:500 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:125 [GLN] a:545 [G] l:112 [GLN] a:534 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:56 [LYS] a:1503 [A] l:43 [LYS] a:1489 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:59 [ASN] a:526 [C] l:46 [ASN] a:515 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:63 [ARG] a:528 [A] l:50 [ARG] a:517 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:63 [ARG] a:535 [G] l:50 [ARG] a:524 [7MG] ❌ 7RYG_l_a
l:60 [SER] a:528 [A] l:47 [SER] a:517 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:60 [SER] a:529 [G] l:47 [SER] a:518 [G] ❌ 7RYG_l_a
l:126 [GLY] a:546 [U] l:113 [SER] a:535 [G] ❌ 7RYG_l_a
l:107 [ARG] a:921 [C] l:94 [ARG] a:909 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:130 [TYR] a:36 [G] l:117 [TYR] a:37 [G] ❌ 7RYG_l_a
l:9 [ARG] a:888 [C] l:9 [ARG] a:876 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:2 [PRO] a:572 [U] l:2 [ALA] a:561 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:20 [ASP] a:561 [A] l:20 [LYS] a:550 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:20 [ASP] a:562 [U] l:20 [LYS] a:551 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:79 [TYR] a:531 [A] l:66 [TYR] a:520 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:99 [ARG] a:922 [A] l:86 [ARG] a:910 [A] ❌ 7RYG_l_a
l:18 [LYS] a:919 [C] l:18 [LYS] a:907 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:18 [LYS] a:920 [U] l:18 [LYS] a:908 [U] ❌ 7RYG_l_a
l:104 [PRO] a:1502 [G] l:91 [PRO] a:1488 [G] ❌ 7RYG_l_a
l:132 [THR] a:36 [G] l:119 [ALA] a:37 [G] ❌ 7RYG_l_a
l:58 [PRO] a:526 [C] l:45 [PRO] a:515 [C] ❌ 7RYG_l_a
l:114 [ALA] a:36 [G] l:101 [SER] a:37 [G] ❌ 7RYG_l_a
l:127 [ARG] a:38 [U] l:114 [ARG] a:39 [U] ❌ 6S0X_l_a
l:127 [ARG] a:37 [C] l:114 [ARG] a:38 [C] ❌ 6S0X_l_a
l:127 [ARG] a:36 [G] l:114 [ARG] a:37 [G] ❌ 6S0X_l_a
l:129 [LEU] a:511 [A] l:116 [LYS] a:500 [C] ❌ 6S0X_l_a
l:129 [LEU] a:559 [U] l:116 [LYS] a:548 [U] ❌ 6S0X_l_a
l:130 [TYR] a:531 [A] l:117 [TYR] a:520 [A] ❌ 6S0X_l_a
l:2 [PRO] a:891 [C] l:2 [ALA] a:879 [C] ❌ 6S0X_l_a
l:21 [SER] a:562 [U] l:21 [VAL] a:551 [A] ❌ 6S0X_l_a
l:40 [SER] a:560 [U] l:27 [CYS] a:549 [U] ❌ 6S0X_l_a
l:58 [PRO] a:537 [G] l:45 [PRO] a:526 [G] ❌ 6S0X_l_a
l:59 [ASN] a:531 [A] l:46 [ASN] a:520 [A] ❌ 6S0X_l_a
l:59 [ASN] a:530 [C] l:46 [ASN] a:519 [C] ❌ 6S0X_l_a
l:83 [ILE] a:545 [G] l:70 [GLU] a:534 [A] ❌ 6S0X_l_a
l:99 [ARG] a:532 [G] l:86 [ARG] a:521 [G] ❌ 6S0X_l_a
l:99 [ARG] a:533 [C] l:86 [ARG] a:522 [C] ❌ 6S0X_l_a
l:101 [LYS] a:922 [A] l:88 [LYS] a:910 [A] ❌ 6S0X_l_a
l:102 [ASP] a:530 [C] l:89 [ASP] a:519 [C] ❌ 6S0X_l_a
l:5 [ASN] a:594 [C] l:5 [ASN] a:583 [C] ❌ 7RYG_a:583 no longer at interface
l:17 [LYS] a:564 [C] l:17 [GLU] a:553 [C] ❌ 7RYG_a:553 no longer at interface
l:15 [LYS] a:894 [G] l:15 [LEU] a:882 [G] ❌ 7RYG_a:882 no longer at interface
l:77 [ASN] a:1422 [C] l:64 [SER] a:1409 [C] ❌ 7RYG_l:64, 7RYG_a:1409 no longer at interface
l:67 [ARG] a:1422 [C] l:54 [ARG] a:1409 [C] ❌ 7RYG_l:54, 7RYG_a:1409 no longer at interface
l:67 [ARG] a:1423 [A] l:54 [ARG] a:1410 [A] ❌ 7RYG_l:54, 7RYG_a:1410 no longer at interface
l:104 [PRO] a:1501 [U] l:91 [PRO] a:1487 [U] ❌ 7RYG_a:1487 no longer at interface
l:128 [SER] a:557 [C] l:115 [SER] a:546 [C] ❌ 7RYG_a:546 no longer at interface
l:49 [ARG] a:1421 [C] l:36 [ARG] a:1408 [C] ❌ 7RYG_l:36, 7RYG_a:1408 no longer at interface
l:17 [LYS] a:24 [C] l:17 [GLU] a:25 [C] ❌ 6S0X_a:24 no longer at interface
l:18 [LYS] a:917 [A] l:18 [LYS] a:905 [A] ❌ 6S0X_a:917 no longer at interface
l:20 [ASP] a:25 [U] l:20 [LYS] a:26 [U] ❌ 6S0X_a:25 no longer at interface
l:20 [ASP] a:24 [C] l:20 [LYS] a:25 [C] ❌ 6S0X_a:24 no longer at interface
l:57 [LYS] a:1504 [A] l:44 [LYS] a:1490 [A] ❌ 6S0X_l:57, 6S0X_a:1504 no longer at interface
l:9 [ARG] a:767 [A] l:9 [ARG] a:756 [A] ❌ 6S0X_a:767 no longer at interface
l:105 [GLY] a:920 [U] l:92 [GLY] a:908 [U] ❌ 7RYG_l:92 no longer at interface
l:109 [HIS] a:560 [U] l:96 [HIS] a:549 [U] ❌ 7RYG_l:96 no longer at interface
l:4 [ILE] a:572 [U] l:4 [THR] a:561 [C] ❌ 7RYG_l:4 no longer at interface
l:135 [PRO] a:509 [C] l:122 [PRO] a:498 [C] ❌ 7RYG_l:122 no longer at interface
l:25 [ASN] a:562 [U] l:25 [LYS] a:551 [A] ❌ 7RYG_l:25 no longer at interface
l:22 [PRO] a:919 [C] l:22 [PRO] a:907 [C] ❌ 7RYG_l:22 no longer at interface
l:10 [LYS] a:891 [C] l:10 [LYS] a:879 [C] ❌ 6S0X_l:10 no longer at interface
l:10 [LYS] a:890 [G] l:10 [LYS] a:878 [G] ❌ 6S0X_l:10 no longer at interface
l:57 [LYS] a:1503 [A] l:44 [LYS] a:1489 [A] ❌ 6S0X_l:57 no longer at interface
l:84 [GLY] a:529 [G] l:71 [GLY] a:518 [G] ❌ 6S0X_l:84 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.97 2.14 0.63 0.93 0.96 0.95 0.91 0.84 0.72 0.42 0.36


Other pairs involving 6S0X_l_a or 7RYG_l_a

Total number of entries: 12

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_L_A 6S0X_l_a 0.80 0.96 2.89 0.62 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.16 0.66 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_l_a 7K00_L_A 0.74 0.96 3.31 0.63 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_l_a 7O7Y_Aw_A2 0.41 0.89 4.85 0.08 Nucleic acid-binding proteins compare
6S0X_l_a 7PJS_l_a 0.75 0.94 3.44 0.65 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_l_a 7RYG_l_a 0.84 0.97 2.14 0.63 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 6S0X_l_a 0.77 0.96 3.37 0.57 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7RYG_l_a 0.80 0.92 3.45 0.65 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7PJS_l_a 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.42 0.69 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 6S0X_l_a 0.77 0.95 3.44 0.56 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7RYG_l_a 0.84 0.92 3.52 0.66 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_L_A 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.44 0.68 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare