RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 7K00_L_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_L
7K00_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
L:2 [ALA] A:567 [G] 4.19 A:883 [C] 28.85
L:2 [ALA] A:568 [G] 2.64 A:882 [C] base:BB 28.85
L:2 [ALA] A:569 [C] 4.76 A:881 [G] 28.85
L:2 [ALA] A:881 [G] 4.89 A:569 [C] 28.85
L:2 [ALA] A:882 [C] 3.83 A:568 [G] 28.85
L:2 [ALA] A:883 [C] 4.61 A:567 [G] 28.85
L:3 [THR] A:879 [C] 4.25 A:821 [G] 90.99
L:3 [THR] A:880 [C] 2.86 A:575 [G] 90.99
L:5 [ASN] A:584 [G] 4.91 A:757 [U] 73.57
L:5 [ASN] A:585 [G] 3.39 A:756 [C] 73.57
L:5 [ASN] A:879 [C] 3.9 A:821 [G] 73.57
L:5 [ASN] A:880 [C] 2.77 A:575 [G] 73.57
L:6 [GLN] A:880 [C] 3.76 A:575 [G] base/AA stacks 93.78
L:6 [GLN] A:881 [G] 2.87 A:569 [C] base:SC 93.78
L:6 [GLN] A:882 [C] 4.2 A:568 [G] 93.78
L:7 [LEU] A:564 [C] 3.66 40.83
L:9 [ARG] A:759 [A] 4.15 A:582 [C] 59.7
L:9 [ARG] A:880 [C] 3.15 A:575 [G] 59.7
L:9 [ARG] A:881 [G] 2.65 A:569 [C] 59.7
L:12 [ARG] A:562 [U] 3.43 71.89
L:12 [ARG] A:563 [A] 3.42 A:884 [U] 71.89
L:12 [ARG] A:564 [C] 2.73 71.89
L:12 [ARG] A:567 [G] 2.96 A:883 [C] base:SC, base:SC 71.89
L:12 [ARG] A:883 [C] 4.12 A:567 [G] 71.89
L:12 [ARG] A:884 [U] 3.27 A:563 [A] base:SC 71.89
L:13 [ALA] A:562 [U] 2.74 base:BB 12.78
L:14 [ARG] A:301 [G] 4.16 A:296 [U] 1.78
L:14 [ARG] A:302 [G] 3.45 A:295 [C] 1.78
L:14 [ARG] A:303 [A] 4.29 A:294 [U] 1.78
L:14 [ARG] A:562 [U] 3.68 1.78
L:14 [ARG] A:563 [A] 3.27 A:884 [U] 1.78
L:15 [LYS] A:22 [G] 4.57 A:12 [U] 61.77
L:15 [LYS] A:561 [U] 3.61 base:SC 61.77
L:15 [LYS] A:562 [U] 3.53 61.77
L:15 [LYS] A:884 [U] 4.05 A:563 [A] 61.77
L:15 [LYS] A:885 [G] 4.62 A:912 [C] 61.77
L:18 [LYS] A:909 [A] 4.05 A:888 [G] 39.79
L:18 [LYS] A:910 [C] 3.09 A:887 [G] 39.79
L:19 [SER] A:554 [A] 3.17 A:29 [U] 8.99
L:20 [ASN] A:24 [U] 4.34 A:10 [A] 50.61
L:21 [VAL] A:553 [A] 3.39 A:30 [U] 24.52
L:21 [VAL] A:554 [A] 4.04 A:29 [U] 24.52
L:22 [PRO] A:910 [C] 3.68 A:887 [G] 31.68
L:24 [LEU] A:552 [U] 4.05 A:32 [A] 56.65
L:24 [LEU] A:553 [A] 3.56 A:30 [U] 56.65
L:26 [ALA] A:363 [A] 4.86 34.82
L:26 [ALA] A:553 [A] 3.21 A:30 [U] 34.82
L:26 [ALA] A:554 [A] 4.02 A:29 [U] 34.82
L:27 [CYS] A:363 [A] 3.36 0.32
L:27 [CYS] A:552 [U] 4.91 A:32 [A] 0.32
L:27 [CYS] A:553 [A] 3.6 A:30 [U] 0.32
L:28 [PRO] A:32 [A] 4.09 A:552 [U] 79.39
L:28 [PRO] A:33 [A] 3.96 A:551 [U] 79.39
L:28 [PRO] A:363 [A] 3.82 79.39
L:28 [PRO] A:552 [U] 2.64 A:32 [A] sugar:BB 79.39
L:28 [PRO] A:553 [A] 3.27 A:30 [U] 79.39
L:29 [GLN] A:33 [A] 2.43 A:551 [U] base:SC, sugar:SC 64.24
L:29 [GLN] A:34 [C] 3.45 A:550 [G] 64.24
L:29 [GLN] A:363 [A] 3.25 64.24
L:29 [GLN] A:551 [U] 4.98 A:33 [A] 64.24
L:29 [GLN] A:552 [U] 4.01 A:32 [A] 64.24
L:30 [LYS] A:362 [G] 3.56 A:49 [U] 53.45
L:30 [LYS] A:363 [A] 3.34 53.45
L:31 [ARG] A:361 [G] 4.8 A:47 [C] 69.61
L:31 [ARG] A:362 [G] 2.87 A:49 [U] 69.61
L:31 [ARG] A:363 [A] 2.72 69.61
L:36 [ARG] A:1411 [C] 4.44 A:1489 [G] 55.48
L:41 [THR] A:1491 [G] 4.26 A:1409 [C] 66.07
L:42 [PRO] A:1491 [G] 4.2 A:1409 [C] 87.02
L:42 [PRO] A:1492 [A] 4.07 87.02
L:43 [LYS] A:912 [C] 4.29 A:885 [G] 87.1
L:43 [LYS] A:913 [A] 2.9 87.1
L:43 [LYS] A:1491 [G] 3.68 A:1409 [C] 87.1
L:43 [LYS] A:1492 [A] 3.72 87.1
L:44 [LYS] A:1491 [G] 4.63 A:1409 [C] 94.94
L:44 [LYS] A:1492 [A] 3.09 94.94
L:45 [PRO] A:518 [C] 3.46 91.6
L:45 [PRO] A:527 [G7M] 4.35 A:522 [C] 91.6
L:45 [PRO] A:529 [G] 4.01 A:520 [A] 91.6
L:46 [ASN] A:518 [C] 4.29 96.32
L:46 [ASN] A:521 [G] 4.85 A:528 [C] 96.32
L:46 [ASN] A:522 [C] 3.49 A:527 [G7M] 96.32
L:46 [ASN] A:523 [A] 4.24 96.32
L:46 [ASN] A:527 [G7M] 2.83 A:522 [C] base:SC 96.32
L:46 [ASN] A:528 [C] 3.16 A:521 [G] base:SC 96.32
L:46 [ASN] A:529 [G] 3.12 A:520 [A] 96.32
L:47 [SER] A:518 [C] 3.43 99.0
L:47 [SER] A:519 [C] 2.75 99.0
L:47 [SER] A:521 [G] 4.83 A:528 [C] 99.0
L:47 [SER] A:529 [G] 2.83 A:520 [A] base:BB, base:BB 99.0
L:47 [SER] A:1492 [A] 2.96 base:SC, base:SC 99.0
L:48 [ALA] A:518 [C] 4.97 86.8
L:48 [ALA] A:519 [C] 3.91 86.8
L:48 [ALA] A:520 [A] 3.34 A:529 [G] 86.8
L:48 [ALA] A:521 [G] 4.26 A:528 [C] 86.8
L:48 [ALA] A:529 [G] 4.49 A:520 [A] 86.8
L:49 [LEU] A:519 [C] 4.77 40.15
L:49 [LEU] A:520 [A] 2.78 A:529 [G] 40.15
L:49 [LEU] A:521 [G] 4.22 A:528 [C] 40.15
L:50 [ARG] A:521 [G] 2.92 A:528 [C] base:SC, base:SC 95.0
L:50 [ARG] A:522 [C] 3.17 A:527 [G7M] 95.0
L:50 [ARG] A:523 [A] 3.68 95.0
L:50 [ARG] A:528 [C] 4.49 A:521 [G] 95.0
L:51 [LYS] A:520 [A] 3.67 A:529 [G] 87.55
L:51 [LYS] A:521 [G] 2.81 A:528 [C] 87.55
L:54 [ARG] A:1412 [C] 4.13 A:1488 [G] 67.61
L:54 [ARG] A:1413 [A] 4.65 A:1487 [G] 67.61
L:58 [THR] A:362 [G] 3.59 A:49 [U] 72.99
L:58 [THR] A:363 [A] 2.81 72.99
L:62 [GLU] A:1413 [A] 4.63 A:1487 [G] 33.02
L:66 [TYR] A:521 [G] 4.58 A:528 [C] 68.5
L:66 [TYR] A:522 [C] 2.43 A:527 [G7M] 68.5
L:68 [GLY] A:521 [G] 5.0 A:528 [C] 84.12
L:68 [GLY] A:522 [C] 3.34 A:527 [G7M] 84.12
L:69 [GLY] A:521 [G] 3.49 A:528 [C] 87.2
L:69 [GLY] A:522 [C] 2.52 A:527 [G7M] 87.2
L:70 [GLU] A:520 [A] 4.63 A:529 [G] 47.47
L:70 [GLU] A:521 [G] 3.54 A:528 [C] 47.47
L:70 [GLU] A:537 [G] 3.72 A:514 [C] 47.47
L:71 [GLY] A:521 [G] 3.35 A:528 [C] 69.98
L:81 [LEU] A:34 [C] 4.04 A:550 [G] 80.42
L:81 [LEU] A:363 [A] 3.61 80.42
L:83 [ARG] A:551 [U] 3.42 A:33 [A] 72.46
L:83 [ARG] A:552 [U] 3.61 A:32 [A] 72.46
L:84 [GLY] A:552 [U] 3.09 A:32 [A] sugar:BB 74.41
L:84 [GLY] A:553 [A] 3.37 A:30 [U] 74.41
L:85 [GLY] A:552 [U] 4.08 A:32 [A] 72.32
L:85 [GLY] A:553 [A] 3.89 A:30 [U] 72.32
L:86 [ARG] A:524 [G] 4.55 A:507 [C] 71.37
L:86 [ARG] A:525 [C] 2.62 A:506 [G] 71.37
L:86 [ARG] A:526 [C] 4.67 A:505 [G] 71.37
L:86 [ARG] A:912 [C] 4.45 A:885 [G] 71.37
L:86 [ARG] A:913 [A] 3.67 71.37
L:87 [VAL] A:523 [A] 3.29 59.03
L:88 [LYS] A:523 [A] 3.59 66.58
L:88 [LYS] A:525 [C] 4.57 A:506 [G] 66.58
L:88 [LYS] A:526 [C] 3.08 A:505 [G] 66.58
L:88 [LYS] A:527 [G7M] 4.26 A:522 [C] 66.58
L:88 [LYS] A:912 [C] 4.81 A:885 [G] 66.58
L:88 [LYS] A:913 [A] 3.11 66.58
L:89 [D2T] A:522 [C] 3.75 A:527 [G7M] base:SC 91.6
L:89 [D2T] A:523 [A] 2.71 base:SC 91.6
L:89 [D2T] A:527 [G7M] 3.66 A:522 [C] 91.6
L:91 [PRO] A:911 [U] 4.08 A:886 [G] 75.35
L:91 [PRO] A:912 [C] 3.55 A:885 [G] 75.35
L:91 [PRO] A:1490 [U] 3.34 A:1410 [A] 75.35
L:91 [PRO] A:1491 [G] 4.27 A:1409 [C] 75.35
L:92 [GLY] A:911 [U] 3.22 A:886 [G] 84.08
L:92 [GLY] A:912 [C] 4.51 A:885 [G] 84.08
L:94 [ARG] A:910 [C] 3.0 A:887 [G] 57.74
L:94 [ARG] A:911 [U] 3.59 A:886 [G] 57.74
L:96 [HIS] A:523 [A] 4.91 54.23
L:98 [VAL] A:34 [C] 3.48 A:550 [G] 71.33
L:98 [VAL] A:35 [G] 4.68 A:549 [C] 71.33
L:99 [ARG] A:35 [G] 4.29 A:549 [C] 86.78
L:100 [GLY] A:35 [G] 3.56 A:549 [C] 72.69
L:100 [GLY] A:36 [C] 4.89 A:548 [G] 72.69
L:101 [ALA] A:35 [G] 4.71 A:549 [C] 67.98
L:109 [ASP] A:538 [G] 4.01 A:513 [C] 29.56
L:110 [ARG] A:536 [C] 4.96 A:515 [G] 86.94
L:110 [ARG] A:537 [G] 2.54 A:514 [C] 86.94
L:110 [ARG] A:538 [G] 3.32 A:513 [C] 86.94
L:111 [LYS] A:537 [G] 4.94 A:514 [C] 40.14
L:111 [LYS] A:538 [G] 2.73 A:513 [C] 40.14
L:111 [LYS] A:539 [A] 3.44 A:512 [U] 40.14
L:112 [GLN] A:538 [G] 2.91 A:513 [C] 53.29
L:112 [GLN] A:539 [A] 3.23 A:512 [U] 53.29
L:113 [ALA] A:502 [A] 3.29 A:543 [U] 42.07
L:113 [ALA] A:503 [C] 3.58 A:542 [G] 42.07
L:114 [ARG] A:35 [G] 4.18 A:549 [C] 85.02
L:114 [ARG] A:36 [C] 3.15 A:548 [G] sugar:SC 85.02
L:114 [ARG] A:37 [U] 4.92 A:397 [A] 85.02
L:114 [ARG] A:500 [G] 4.65 A:545 [C] 85.02
L:114 [ARG] A:501 [C] 2.47 A:544 [G] 85.02
L:114 [ARG] A:502 [A] 3.11 A:543 [U] 85.02
L:115 [SER] A:35 [G] 2.5 A:549 [C] base:SC, sugar:BB 97.25
L:115 [SER] A:36 [C] 3.2 A:548 [G] 97.25
L:115 [SER] A:501 [C] 3.25 A:544 [G] 97.25
L:115 [SER] A:502 [A] 2.65 A:543 [U] 97.25
L:115 [SER] A:550 [G] 4.83 A:34 [C] 97.25
L:116 [LYS] A:35 [G] 4.43 A:549 [C] 72.03
L:116 [LYS] A:502 [A] 3.34 A:543 [U] 72.03
L:116 [LYS] A:503 [C] 2.95 A:542 [G] 72.03
L:116 [LYS] A:523 [A] 4.87 72.03
L:116 [LYS] A:550 [G] 3.57 A:34 [C] 72.03
L:116 [LYS] A:551 [U] 4.19 A:33 [A] 72.03
L:117 [TYR] A:35 [G] 4.86 A:549 [C] 67.61
L:117 [TYR] A:522 [C] 3.87 A:527 [G7M] 67.61
L:117 [TYR] A:523 [A] 4.06 67.61
L:117 [TYR] A:537 [G] 4.47 A:514 [C] 67.61
L:118 [GLY] A:35 [G] 3.48 A:549 [C] sugar:BB 70.92
L:118 [GLY] A:36 [C] 4.2 A:548 [G] 70.92
L:119 [VAL] A:35 [G] 4.59 A:549 [C] 44.28
L:119 [VAL] A:36 [C] 3.29 A:548 [G] 44.28
L:120 [LYS] A:36 [C] 3.49 A:548 [G] 60.63
L:120 [LYS] A:37 [U] 2.19 A:397 [A] 60.63
L:121 [ARG] A:36 [C] 3.53 A:548 [G] 44.74
L:121 [ARG] A:37 [U] 2.97 A:397 [A] 44.74
L:121 [ARG] A:499 [A] 4.77 A:405 [U] 44.74
L:121 [ARG] A:500 [G] 2.9 A:545 [C] 44.74
L:121 [ARG] A:501 [C] 3.41 A:544 [G] 44.74

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group118 7K00_L_A L: 30s ribosomal protein s12, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) P0A7S3 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
7K00_L_A 7PJS_l_a 0.98 1.0 0.38 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7K00_L_A 0.94 0.98 0.56 0.75 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_L_A 7K00_L_A 0.91 0.97 0.91 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7K00_L_A 0.92 0.98 0.65 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_L_A 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.44 0.68 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_l_a 7K00_L_A 0.74 0.96 3.31 0.63 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_L_A 7O7Y_Aw_A2 0.31 0.91 4.35 0.08 Nucleic acid-binding proteins compare