RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group118 > 7PJS_l_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7PJS_l
7PJS_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
l:1 [ALA] a:564 [C] 4.74 28.85
l:1 [ALA] a:567 [G] 3.44 a:883 [C] base:BB 28.85
l:1 [ALA] a:568 [G] 2.9 a:882 [C] base:BB 28.85
l:1 [ALA] a:882 [C] 3.99 a:568 [G] 28.85
l:1 [ALA] a:883 [C] 4.46 a:567 [G] 28.85
l:2 [THR] a:879 [C] 3.99 a:821 [G] 90.99
l:2 [THR] a:880 [C] 3.7 a:575 [G] 90.99
l:4 [ASN] a:584 [G] 4.91 a:757 [U] 73.57
l:4 [ASN] a:585 [G] 3.18 a:756 [C] sugar:SC 73.57
l:4 [ASN] a:879 [C] 3.58 a:821 [G] 73.57
l:4 [ASN] a:880 [C] 2.73 a:575 [G] 73.57
l:5 [GLN] a:880 [C] 3.34 a:575 [G] base/AA stacks 93.78
l:5 [GLN] a:881 [G] 2.95 a:569 [C] base:SC 93.78
l:5 [GLN] a:882 [C] 3.59 a:568 [G] base:SC 93.78
l:6 [LEU] a:564 [C] 3.21 40.83
l:8 [ARG] a:759 [A] 4.67 a:582 [C] 59.7
l:8 [ARG] a:879 [C] 4.93 a:821 [G] 59.7
l:8 [ARG] a:880 [C] 2.97 a:575 [G] 59.7
l:8 [ARG] a:881 [G] 2.66 a:569 [C] 59.7
l:11 [ARG] a:562 [U] 3.42 71.89
l:11 [ARG] a:563 [A] 3.36 a:884 [U] 71.89
l:11 [ARG] a:564 [C] 2.76 71.89
l:11 [ARG] a:567 [G] 2.91 a:883 [C] base:SC, base:SC 71.89
l:11 [ARG] a:883 [C] 4.11 a:567 [G] 71.89
l:11 [ARG] a:884 [U] 3.24 a:563 [A] base:SC 71.89
l:12 [ALA] a:562 [U] 3.09 12.78
l:13 [ARG] a:301 [G] 4.3 a:296 [U] 1.78
l:13 [ARG] a:302 [G] 4.21 a:295 [C] 1.78
l:13 [ARG] a:303 [A] 4.9 a:294 [U] 1.78
l:13 [ARG] a:562 [U] 3.07 1.78
l:13 [ARG] a:563 [A] 2.73 a:884 [U] 1.78
l:14 [LYS] a:22 [G] 4.43 a:12 [U] 61.77
l:14 [LYS] a:23 [C] 4.8 a:11 [G] 61.77
l:14 [LYS] a:561 [U] 2.89 base:SC 61.77
l:14 [LYS] a:562 [U] 3.81 61.77
l:14 [LYS] a:884 [U] 4.01 a:563 [A] 61.77
l:14 [LYS] a:885 [G] 3.78 a:912 [C] 61.77
l:17 [LYS] a:909 [A] 3.53 a:888 [G] 39.79
l:17 [LYS] a:910 [C] 3.68 a:887 [G] 39.79
l:17 [LYS] a:911 [U] 3.02 a:886 [G] base:SC 39.79
l:18 [SER] a:554 [A] 3.41 a:29 [U] 8.99
l:20 [VAL] a:553 [A] 3.71 a:30 [U] 24.52
l:20 [VAL] a:554 [A] 4.01 a:29 [U] 24.52
l:21 [PRO] a:910 [C] 3.51 a:887 [G] 31.68
l:23 [LEU] a:552 [U] 4.2 a:32 [A] 56.65
l:23 [LEU] a:553 [A] 3.64 a:30 [U] 56.65
l:25 [ALA] a:363 [A] 4.57 34.82
l:25 [ALA] a:553 [A] 3.22 a:30 [U] 34.82
l:25 [ALA] a:554 [A] 4.03 a:29 [U] 34.82
l:26 [CYS] a:363 [A] 3.27 0.32
l:26 [CYS] a:552 [U] 4.73 a:32 [A] 0.32
l:26 [CYS] a:553 [A] 3.42 a:30 [U] 0.32
l:27 [PRO] a:32 [A] 3.77 a:552 [U] 79.39
l:27 [PRO] a:33 [A] 3.97 a:551 [U] 79.39
l:27 [PRO] a:363 [A] 3.46 79.39
l:27 [PRO] a:552 [U] 2.6 a:32 [A] sugar:BB 79.39
l:27 [PRO] a:553 [A] 3.42 a:30 [U] 79.39
l:28 [GLN] a:33 [A] 2.4 a:551 [U] base:SC, sugar:SC 64.24
l:28 [GLN] a:34 [C] 3.46 a:550 [G] 64.24
l:28 [GLN] a:363 [A] 3.28 64.24
l:28 [GLN] a:551 [U] 4.86 a:33 [A] 64.24
l:28 [GLN] a:552 [U] 3.67 a:32 [A] 64.24
l:29 [LYS] a:362 [G] 4.46 a:49 [U] 53.45
l:29 [LYS] a:363 [A] 3.28 base:SC 53.45
l:30 [ARG] a:361 [G] 4.79 a:47 [C] 69.61
l:30 [ARG] a:362 [G] 2.86 a:49 [U] 69.61
l:30 [ARG] a:363 [A] 2.82 69.61
l:35 [ARG] a:1411 [C] 4.63 a:1489 [G] 55.48
l:40 [THR] a:1491 [G] 3.96 a:1409 [C] 66.07
l:41 [PRO] a:1491 [G] 3.94 a:1409 [C] 87.02
l:41 [PRO] a:1492 [A] 4.41 87.02
l:42 [LYS] a:912 [C] 3.46 a:885 [G] 87.1
l:42 [LYS] a:913 [A] 3.49 87.1
l:42 [LYS] a:1491 [G] 3.76 a:1409 [C] 87.1
l:42 [LYS] a:1492 [A] 3.15 87.1
l:43 [LYS] a:1491 [G] 4.53 a:1409 [C] 94.94
l:43 [LYS] a:1492 [A] 2.5 94.94
l:43 [LYS] a:1493 [A] 4.96 94.94
l:44 [PRO] a:518 [C] 3.58 91.6
l:44 [PRO] a:527 [G7M] 4.77 a:522 [C] 91.6
l:44 [PRO] a:529 [G] 4.09 a:520 [A] 91.6
l:45 [ASN] a:518 [C] 4.46 96.32
l:45 [ASN] a:521 [G] 4.88 a:528 [C] 96.32
l:45 [ASN] a:522 [C] 3.68 a:527 [G7M] 96.32
l:45 [ASN] a:523 [A] 4.23 96.32
l:45 [ASN] a:527 [G7M] 3.11 a:522 [C] base:SC 96.32
l:45 [ASN] a:528 [C] 3.15 a:521 [G] base:SC 96.32
l:45 [ASN] a:529 [G] 3.04 a:520 [A] 96.32
l:46 [SER] a:518 [C] 3.37 99.0
l:46 [SER] a:519 [C] 2.54 99.0
l:46 [SER] a:529 [G] 2.96 a:520 [A] base:BB, base:BB 99.0
l:46 [SER] a:1492 [A] 2.79 base:SC 99.0
l:47 [ALA] a:518 [C] 4.88 86.8
l:47 [ALA] a:519 [C] 3.93 86.8
l:47 [ALA] a:520 [A] 3.32 a:529 [G] 86.8
l:47 [ALA] a:521 [G] 4.07 a:528 [C] 86.8
l:47 [ALA] a:529 [G] 4.51 a:520 [A] 86.8
l:48 [LEU] a:519 [C] 4.68 40.15
l:48 [LEU] a:520 [A] 2.84 a:529 [G] 40.15
l:48 [LEU] a:521 [G] 4.1 a:528 [C] 40.15
l:49 [ARG] a:521 [G] 2.78 a:528 [C] base:SC, base:SC 95.0
l:49 [ARG] a:522 [C] 2.94 a:527 [G7M] 95.0
l:49 [ARG] a:523 [A] 3.82 95.0
l:49 [ARG] a:528 [C] 4.24 a:521 [G] 95.0
l:49 [ARG] a:529 [G] 4.73 a:520 [A] 95.0
l:50 [LYS] a:520 [A] 3.45 a:529 [G] 87.55
l:50 [LYS] a:521 [G] 2.39 a:528 [C] 87.55
l:53 [ARG] a:1412 [C] 3.92 a:1488 [G] 67.61
l:53 [ARG] a:1413 [A] 3.51 a:1487 [G] 67.61
l:57 [THR] a:362 [G] 3.49 a:49 [U] 72.99
l:57 [THR] a:363 [A] 2.69 72.99
l:61 [GLU] a:1413 [A] 4.28 a:1487 [G] 33.02
l:65 [TYR] a:521 [G] 4.64 a:528 [C] 68.5
l:65 [TYR] a:522 [C] 2.46 a:527 [G7M] 68.5
l:67 [GLY] a:522 [C] 3.27 a:527 [G7M] 84.12
l:68 [GLY] a:521 [G] 3.2 a:528 [C] 87.2
l:68 [GLY] a:522 [C] 2.44 a:527 [G7M] 87.2
l:69 [GLU] a:520 [A] 3.38 a:529 [G] 47.47
l:69 [GLU] a:521 [G] 3.19 a:528 [C] 47.47
l:69 [GLU] a:536 [C] 3.77 a:515 [G] sugar:SC 47.47
l:69 [GLU] a:537 [G] 3.92 a:514 [C] 47.47
l:70 [GLY] a:521 [G] 3.25 a:528 [C] 69.98
l:80 [LEU] a:34 [C] 3.97 a:550 [G] 80.42
l:80 [LEU] a:363 [A] 3.75 80.42
l:82 [ARG] a:551 [U] 3.43 a:33 [A] 72.46
l:82 [ARG] a:552 [U] 3.52 a:32 [A] 72.46
l:83 [GLY] a:552 [U] 3.11 a:32 [A] sugar:BB 74.41
l:83 [GLY] a:553 [A] 3.77 a:30 [U] 74.41
l:84 [GLY] a:552 [U] 4.07 a:32 [A] 72.32
l:84 [GLY] a:553 [A] 3.95 a:30 [U] 72.32
l:85 [ARG] a:524 [G] 4.47 a:507 [C] 71.37
l:85 [ARG] a:525 [C] 2.95 a:506 [G] 71.37
l:85 [ARG] a:912 [C] 4.01 a:885 [G] 71.37
l:85 [ARG] a:913 [A] 3.29 71.37
l:86 [VAL] a:523 [A] 3.05 59.03
l:87 [LYS] a:523 [A] 4.51 66.58
l:87 [LYS] a:525 [C] 4.26 a:506 [G] 66.58
l:87 [LYS] a:526 [C] 2.95 a:505 [G] 66.58
l:87 [LYS] a:527 [G7M] 4.52 a:522 [C] 66.58
l:87 [LYS] a:912 [C] 4.94 a:885 [G] 66.58
l:87 [LYS] a:913 [A] 2.79 66.58
l:88 [ASP] a:522 [C] 3.84 a:527 [G7M] 91.6
l:88 [ASP] a:523 [A] 2.79 base:SC, base:SC 91.6
l:90 [PRO] a:911 [U] 3.72 a:886 [G] 75.35
l:90 [PRO] a:912 [C] 3.18 a:885 [G] 75.35
l:90 [PRO] a:1490 [U] 3.14 a:1410 [A] 75.35
l:90 [PRO] a:1491 [G] 3.97 a:1409 [C] 75.35
l:91 [GLY] a:911 [U] 3.27 a:886 [G] 84.08
l:91 [GLY] a:912 [C] 4.27 a:885 [G] 84.08
l:92 [VAL] a:911 [U] 4.96 a:886 [G] 89.35
l:93 [ARG] a:909 [A] 4.89 a:888 [G] 57.74
l:93 [ARG] a:910 [C] 2.49 a:887 [G] 57.74
l:93 [ARG] a:911 [U] 3.29 a:886 [G] 57.74
l:95 [HIS] a:523 [A] 4.82 54.23
l:97 [VAL] a:34 [C] 3.42 a:550 [G] 71.33
l:97 [VAL] a:35 [G] 4.84 a:549 [C] 71.33
l:98 [ARG] a:35 [G] 4.32 a:549 [C] 86.78
l:99 [GLY] a:35 [G] 3.75 a:549 [C] 72.69
l:99 [GLY] a:36 [C] 4.85 a:548 [G] 72.69
l:100 [ALA] a:34 [C] 4.0 a:550 [G] 67.98
l:100 [ALA] a:35 [G] 4.1 a:549 [C] 67.98
l:108 [ASP] a:537 [G] 4.93 a:514 [C] 29.56
l:108 [ASP] a:538 [G] 4.21 a:513 [C] 29.56
l:109 [ARG] a:536 [C] 4.94 a:515 [G] 86.94
l:109 [ARG] a:537 [G] 2.99 a:514 [C] 86.94
l:109 [ARG] a:538 [G] 2.98 a:513 [C] 86.94
l:110 [LYS] a:537 [G] 4.68 a:514 [C] 40.14
l:110 [LYS] a:538 [G] 2.53 a:513 [C] 40.14
l:110 [LYS] a:539 [A] 3.63 a:512 [U] 40.14
l:111 [GLN] a:503 [C] 4.99 a:542 [G] 53.29
l:111 [GLN] a:538 [G] 2.72 a:513 [C] 53.29
l:111 [GLN] a:539 [A] 2.83 a:512 [U] 53.29
l:112 [ALA] a:502 [A] 3.09 a:543 [U] 42.07
l:112 [ALA] a:503 [C] 3.25 a:542 [G] 42.07
l:113 [ARG] a:35 [G] 3.74 a:549 [C] sugar:BB 85.02
l:113 [ARG] a:36 [C] 2.84 a:548 [G] sugar:SC 85.02
l:113 [ARG] a:37 [U] 4.46 a:397 [A] 85.02
l:113 [ARG] a:500 [G] 4.76 a:545 [C] 85.02
l:113 [ARG] a:501 [C] 2.32 a:544 [G] 85.02
l:113 [ARG] a:502 [A] 2.87 a:543 [U] 85.02
l:114 [SER] a:35 [G] 2.32 a:549 [C] sugar:BB 97.25
l:114 [SER] a:36 [C] 3.42 a:548 [G] 97.25
l:114 [SER] a:501 [C] 3.42 a:544 [G] 97.25
l:114 [SER] a:502 [A] 2.54 a:543 [U] 97.25
l:114 [SER] a:550 [G] 4.29 a:34 [C] 97.25
l:115 [LYS] a:35 [G] 4.42 a:549 [C] 72.03
l:115 [LYS] a:502 [A] 3.5 a:543 [U] 72.03
l:115 [LYS] a:503 [C] 2.6 a:542 [G] 72.03
l:115 [LYS] a:523 [A] 4.75 72.03
l:115 [LYS] a:550 [G] 3.51 a:34 [C] 72.03
l:115 [LYS] a:551 [U] 4.17 a:33 [A] 72.03
l:116 [TYR] a:35 [G] 4.98 a:549 [C] 67.61
l:116 [TYR] a:522 [C] 3.64 a:527 [G7M] 67.61
l:116 [TYR] a:523 [A] 3.91 67.61
l:116 [TYR] a:537 [G] 4.32 a:514 [C] 67.61
l:117 [GLY] a:35 [G] 3.26 a:549 [C] 70.92
l:117 [GLY] a:36 [C] 4.2 a:548 [G] 70.92
l:118 [VAL] a:35 [G] 4.45 a:549 [C] 44.28
l:118 [VAL] a:36 [C] 3.26 a:548 [G] 44.28
l:119 [LYS] a:36 [C] 3.21 a:548 [G] 60.63
l:119 [LYS] a:37 [U] 3.55 a:397 [A] 60.63
l:120 [ARG] a:36 [C] 3.3 a:548 [G] 44.74
l:120 [ARG] a:37 [U] 2.86 a:397 [A] 44.74
l:120 [ARG] a:500 [G] 3.3 a:545 [C] 44.74
l:120 [ARG] a:501 [C] 2.45 a:544 [G] 44.74

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group118 7PJS_l_a l: 30s ribosomal protein s12, Escherichia coli (natural) a: 16s ribosomal RNA, Escherichia coli (natural) C3SQR7 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 6

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_L_A 7PJS_l_a 0.90 0.97 1.1 0.73 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_l_a 7PJS_l_a 0.75 0.94 3.44 0.65 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AL_AA 7PJS_l_a 0.94 0.98 0.67 0.76 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7PJS_l_a 7RYG_l_a 0.78 0.93 3.42 0.69 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1l_1a 7PJS_l_a 0.93 0.98 0.67 0.72 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_L_A 7PJS_l_a 0.98 1.0 0.38 0.97 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare