Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_l
|
7RYG_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| l:2 [ALA] | a:564 [G] | 4.35 | a:880 [C] | 24.74 | ||
| l:2 [ALA] | a:565 [G] | 3.62 | a:879 [C] | base:BB | 24.74 | |
| l:2 [ALA] | a:879 [C] | 4.29 | a:565 [G] | 24.74 | ||
| l:3 [THR] | a:876 [C] | 4.57 | a:818 [G] | 89.01 | ||
| l:3 [THR] | a:877 [C] | 2.95 | a:572 [G] | 89.01 | ||
| l:5 [ASN] | a:582 [G] | 3.51 | a:753 [C] | 74.78 | ||
| l:5 [ASN] | a:876 [C] | 4.07 | a:818 [G] | 74.78 | ||
| l:5 [ASN] | a:877 [C] | 2.73 | a:572 [G] | 74.78 | ||
| l:6 [GLN] | a:877 [C] | 3.87 | a:572 [G] | 93.65 | ||
| l:6 [GLN] | a:878 [G] | 3.05 | a:566 [C] | base:SC | 93.65 | |
| l:6 [GLN] | a:879 [C] | 4.14 | a:565 [G] | 93.65 | ||
| l:7 [LEU] | a:561 [C] | 3.32 | 44.75 | |||
| l:9 [ARG] | a:756 [A] | 4.44 | a:579 [U] | 54.6 | ||
| l:9 [ARG] | a:877 [C] | 3.17 | a:572 [G] | 54.6 | ||
| l:9 [ARG] | a:878 [G] | 2.63 | a:566 [C] | 54.6 | ||
| l:10 [LYS] | a:878 [G] | 3.51 | a:566 [C] | 41.52 | ||
| l:10 [LYS] | a:879 [C] | 4.82 | a:565 [G] | 41.52 | ||
| l:12 [ARG] | a:559 [U] | 3.92 | 75.49 | |||
| l:12 [ARG] | a:560 [A] | 3.58 | a:881 [U] | 75.49 | ||
| l:12 [ARG] | a:561 [C] | 2.96 | 75.49 | |||
| l:12 [ARG] | a:564 [G] | 3.01 | a:880 [C] | base:SC, base:SC | 75.49 | |
| l:12 [ARG] | a:880 [C] | 4.09 | a:564 [G] | 75.49 | ||
| l:12 [ARG] | a:881 [U] | 3.99 | a:560 [A] | base:SC | 75.49 | |
| l:13 [THR] | a:559 [U] | 2.87 | 30.61 | |||
| l:14 [THR] | a:559 [U] | 3.97 | 4.44 | |||
| l:15 [LEU] | a:559 [U] | 4.39 | 61.82 | |||
| l:15 [LEU] | a:881 [U] | 4.92 | a:560 [A] | 61.82 | ||
| l:17 [GLU] | a:25 [C] | 4.69 | a:13 [G] | 30.06 | ||
| l:18 [LYS] | a:905 [A] | 4.05 | a:886 [A] | 51.73 | ||
| l:18 [LYS] | a:906 [A] | 2.98 | a:885 [G] | 51.73 | ||
| l:19 [SER] | a:551 [A] | 3.53 | a:31 [U] | 8.79 | ||
| l:20 [LYS] | a:25 [C] | 4.01 | a:13 [G] | 53.28 | ||
| l:20 [LYS] | a:26 [U] | 2.54 | a:12 [A] | 53.28 | ||
| l:21 [VAL] | a:550 [A] | 3.7 | a:32 [U] | 32.98 | ||
| l:21 [VAL] | a:551 [A] | 3.81 | a:31 [U] | 32.98 | ||
| l:24 [LEU] | a:549 [U] | 4.74 | a:34 [A] | 66.35 | ||
| l:24 [LEU] | a:550 [A] | 3.72 | a:32 [U] | 66.35 | ||
| l:26 [ALA] | a:359 [A] | 4.87 | 30.03 | |||
| l:26 [ALA] | a:550 [A] | 3.57 | a:32 [U] | 30.03 | ||
| l:26 [ALA] | a:551 [A] | 4.86 | a:31 [U] | 30.03 | ||
| l:27 [CYS] | a:359 [A] | 3.54 | 0.84 | |||
| l:27 [CYS] | a:549 [U] | 5.0 | a:34 [A] | 0.84 | ||
| l:27 [CYS] | a:550 [A] | 3.74 | a:32 [U] | 0.84 | ||
| l:28 [PRO] | a:34 [A] | 4.11 | a:549 [U] | 75.48 | ||
| l:28 [PRO] | a:35 [A] | 4.04 | a:548 [U] | 75.48 | ||
| l:28 [PRO] | a:359 [A] | 3.73 | 75.48 | |||
| l:28 [PRO] | a:549 [U] | 2.79 | a:34 [A] | sugar:BB | 75.48 | |
| l:28 [PRO] | a:550 [A] | 3.48 | a:32 [U] | 75.48 | ||
| l:29 [GLN] | a:35 [A] | 2.39 | a:548 [U] | base:SC, sugar:SC | 69.58 | |
| l:29 [GLN] | a:36 [C] | 3.77 | a:547 [G] | 69.58 | ||
| l:29 [GLN] | a:359 [A] | 3.84 | 69.58 | |||
| l:29 [GLN] | a:549 [U] | 3.6 | a:34 [A] | 69.58 | ||
| l:30 [ARG] | a:358 [G] | 3.78 | a:51 [U] | 57.98 | ||
| l:30 [ARG] | a:359 [A] | 3.51 | 57.98 | |||
| l:31 [ARG] | a:358 [G] | 3.35 | a:51 [U] | 71.14 | ||
| l:31 [ARG] | a:359 [A] | 2.76 | 71.14 | |||
| l:43 [LYS] | a:1488 [G] | 3.72 | 90.99 | |||
| l:44 [LYS] | a:1489 [A] | 3.2 | 97.49 | |||
| l:44 [LYS] | a:1490 [A] | 4.22 | 97.49 | |||
| l:45 [PRO] | a:526 [G] | 4.78 | a:517 [A] | 91.9 | ||
| l:46 [ASN] | a:518 [G] | 4.89 | a:525 [C] | 97.56 | ||
| l:46 [ASN] | a:519 [C] | 4.43 | a:524 [7MG] | 97.56 | ||
| l:46 [ASN] | a:520 [A] | 4.47 | 97.56 | |||
| l:46 [ASN] | a:524 [7MG] | 3.9 | a:519 [C] | base:SC | 97.56 | |
| l:46 [ASN] | a:525 [C] | 3.71 | a:518 [G] | base:SC | 97.56 | |
| l:46 [ASN] | a:526 [G] | 3.35 | a:517 [A] | 97.56 | ||
| l:47 [SER] | a:515 [C] | 3.74 | 99.0 | |||
| l:47 [SER] | a:516 [C] | 2.67 | 99.0 | |||
| l:47 [SER] | a:526 [G] | 3.48 | a:517 [A] | base:BB | 99.0 | |
| l:48 [ALA] | a:516 [C] | 4.24 | 88.04 | |||
| l:48 [ALA] | a:517 [A] | 3.12 | a:526 [G] | 88.04 | ||
| l:48 [ALA] | a:518 [G] | 4.14 | a:525 [C] | 88.04 | ||
| l:48 [ALA] | a:526 [G] | 4.46 | a:517 [A] | 88.04 | ||
| l:49 [MET] | a:516 [C] | 4.15 | 38.58 | |||
| l:49 [MET] | a:517 [A] | 3.14 | a:526 [G] | 38.58 | ||
| l:49 [MET] | a:518 [G] | 4.04 | a:525 [C] | 38.58 | ||
| l:50 [ARG] | a:518 [G] | 2.96 | a:525 [C] | base:SC, base:SC | 97.77 | |
| l:50 [ARG] | a:519 [C] | 3.36 | a:524 [7MG] | 97.77 | ||
| l:50 [ARG] | a:520 [A] | 3.5 | 97.77 | |||
| l:51 [LYS] | a:517 [A] | 3.83 | a:526 [G] | 89.42 | ||
| l:51 [LYS] | a:518 [G] | 3.14 | a:525 [C] | 89.42 | ||
| l:58 [THR] | a:358 [G] | 3.97 | a:51 [U] | 77.09 | ||
| l:58 [THR] | a:359 [A] | 3.47 | 77.09 | |||
| l:66 [TYR] | a:518 [G] | 4.89 | a:525 [C] | 58.13 | ||
| l:66 [TYR] | a:519 [C] | 2.68 | a:524 [7MG] | 58.13 | ||
| l:68 [GLY] | a:519 [C] | 4.61 | a:524 [7MG] | 78.7 | ||
| l:69 [GLY] | a:518 [G] | 3.83 | a:525 [C] | 84.02 | ||
| l:69 [GLY] | a:519 [C] | 3.61 | a:524 [7MG] | 84.02 | ||
| l:70 [GLU] | a:517 [A] | 4.55 | a:526 [G] | 57.59 | ||
| l:70 [GLU] | a:518 [G] | 2.69 | a:525 [C] | 57.59 | ||
| l:70 [GLU] | a:534 [A] | 3.45 | a:511 [U] | 57.59 | ||
| l:71 [GLY] | a:518 [G] | 4.77 | a:525 [C] | 60.73 | ||
| l:81 [LEU] | a:36 [C] | 4.58 | a:547 [G] | 79.48 | ||
| l:81 [LEU] | a:359 [A] | 3.87 | 79.48 | |||
| l:83 [ARG] | a:548 [U] | 3.9 | a:35 [A] | 67.59 | ||
| l:83 [ARG] | a:549 [U] | 3.84 | a:34 [A] | 67.59 | ||
| l:84 [GLY] | a:549 [U] | 3.38 | a:34 [A] | sugar:BB | 75.39 | |
| l:84 [GLY] | a:550 [A] | 3.87 | a:32 [U] | 75.39 | ||
| l:85 [GLY] | a:549 [U] | 4.52 | a:34 [A] | 68.18 | ||
| l:85 [GLY] | a:550 [A] | 4.54 | a:32 [U] | 68.18 | ||
| l:86 [ARG] | a:521 [G] | 3.74 | a:504 [C] | 62.72 | ||
| l:86 [ARG] | a:522 [C] | 4.54 | a:503 [G] | 62.72 | ||
| l:86 [ARG] | a:909 [C] | 4.85 | a:882 [G] | 62.72 | ||
| l:87 [VAL] | a:520 [A] | 3.04 | 50.96 | |||
| l:88 [LYS] | a:520 [A] | 4.0 | 55.64 | |||
| l:88 [LYS] | a:522 [C] | 3.28 | a:503 [G] | 55.64 | ||
| l:88 [LYS] | a:523 [C] | 2.65 | a:502 [G] | 55.64 | ||
| l:88 [LYS] | a:910 [A] | 4.28 | 55.64 | |||
| l:89 [ASP] | a:519 [C] | 3.96 | a:524 [7MG] | base:SC | 90.23 | |
| l:89 [ASP] | a:520 [A] | 2.6 | base:SC | 90.23 | ||
| l:91 [PRO] | a:909 [C] | 4.71 | a:882 [G] | 71.73 | ||
| l:94 [ARG] | a:907 [C] | 4.57 | a:884 [G] | 58.9 | ||
| l:94 [ARG] | a:908 [U] | 5.0 | a:883 [G] | 58.9 | ||
| l:98 [VAL] | a:36 [C] | 3.93 | a:547 [G] | 77.47 | ||
| l:99 [ARG] | a:37 [G] | 4.42 | a:546 [C] | 83.56 | ||
| l:100 [GLY] | a:37 [G] | 4.06 | a:546 [C] | 78.75 | ||
| l:101 [SER] | a:36 [C] | 4.72 | a:547 [G] | 59.54 | ||
| l:109 [ASP] | a:534 [A] | 4.69 | a:511 [U] | 32.49 | ||
| l:109 [ASP] | a:535 [G] | 4.46 | a:510 [C] | 32.49 | ||
| l:110 [ARG] | a:534 [A] | 3.08 | a:511 [U] | 89.89 | ||
| l:110 [ARG] | a:535 [G] | 3.43 | a:510 [C] | 89.89 | ||
| l:111 [ASN] | a:535 [G] | 2.95 | a:510 [C] | 40.77 | ||
| l:111 [ASN] | a:536 [A] | 4.02 | a:509 [U] | 40.77 | ||
| l:112 [GLN] | a:535 [G] | 3.15 | a:510 [C] | 66.43 | ||
| l:112 [GLN] | a:536 [A] | 3.09 | a:509 [U] | 66.43 | ||
| l:113 [SER] | a:499 [A] | 3.45 | a:540 [U] | 61.06 | ||
| l:113 [SER] | a:500 [C] | 2.71 | a:539 [G] | 61.06 | ||
| l:114 [ARG] | a:37 [G] | 4.25 | a:546 [C] | 84.47 | ||
| l:114 [ARG] | a:38 [C] | 3.07 | a:545 [G] | sugar:SC | 84.47 | |
| l:114 [ARG] | a:39 [U] | 4.86 | a:393 [A] | 84.47 | ||
| l:114 [ARG] | a:498 [C] | 2.92 | a:541 [G] | 84.47 | ||
| l:114 [ARG] | a:499 [A] | 3.24 | a:540 [U] | 84.47 | ||
| l:115 [SER] | a:37 [G] | 2.43 | a:546 [C] | sugar:BB | 95.61 | |
| l:115 [SER] | a:38 [C] | 3.71 | a:545 [G] | 95.61 | ||
| l:115 [SER] | a:498 [C] | 3.55 | a:541 [G] | 95.61 | ||
| l:115 [SER] | a:499 [A] | 2.72 | a:540 [U] | 95.61 | ||
| l:115 [SER] | a:547 [G] | 4.72 | a:36 [C] | 95.61 | ||
| l:116 [LYS] | a:37 [G] | 4.55 | a:546 [C] | 65.49 | ||
| l:116 [LYS] | a:499 [A] | 4.11 | a:540 [U] | 65.49 | ||
| l:116 [LYS] | a:500 [C] | 3.14 | a:539 [G] | 65.49 | ||
| l:116 [LYS] | a:547 [G] | 3.34 | a:36 [C] | 65.49 | ||
| l:116 [LYS] | a:548 [U] | 4.2 | a:35 [A] | 65.49 | ||
| l:117 [TYR] | a:519 [C] | 3.56 | a:524 [7MG] | 70.15 | ||
| l:117 [TYR] | a:520 [A] | 3.95 | 70.15 | |||
| l:118 [GLY] | a:37 [G] | 3.57 | a:546 [C] | 68.89 | ||
| l:118 [GLY] | a:38 [C] | 3.61 | a:545 [G] | 68.89 | ||
| l:119 [ALA] | a:38 [C] | 3.73 | a:545 [G] | 34.01 | ||
| l:120 [LYS] | a:37 [G] | 4.59 | a:546 [C] | 65.84 | ||
| l:120 [LYS] | a:38 [C] | 2.26 | a:545 [G] | 65.84 | ||
| l:120 [LYS] | a:39 [U] | 4.0 | a:393 [A] | 65.84 | ||
| l:121 [ARG] | a:38 [C] | 3.74 | a:545 [G] | 52.25 | ||
| l:121 [ARG] | a:39 [U] | 3.35 | a:393 [A] | 52.25 | ||
| l:121 [ARG] | a:497 [G] | 3.38 | a:542 [C] | 52.25 | ||
| l:121 [ARG] | a:498 [C] | 2.65 | a:541 [G] | 52.25 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group118 | 7RYG_l_a | l: 30s ribosomal protein s12, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7I7R9 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0X_l_a | 7RYG_l_a | 0.84 | 0.97 | 2.14 | 0.63 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_L_A | 7RYG_l_a | 0.78 | 0.93 | 3.16 | 0.66 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7PJS_l_a | 7RYG_l_a | 0.78 | 0.93 | 3.42 | 0.69 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_L_A | 7RYG_l_a | 0.78 | 0.93 | 3.44 | 0.68 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AL_AA | 7RYG_l_a | 0.80 | 0.92 | 3.45 | 0.65 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1l_1a | 7RYG_l_a | 0.84 | 0.92 | 3.52 | 0.66 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |