RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group119 > 4Y4O_10_1A vs 6S0Z_U_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_10
4Y4O_1A
6S0Z_U
6S0Z_A
Conserved?
10:10 [THR] 1A:2268 [G] U:18 [THR] A:2283 [G] ✔
10:10 [THR] 1A:2287 [C] U:18 [THR] A:2302 [C] ✔
10:10 [THR] 1A:2289 [G] U:18 [THR] A:2304 [G] ✔
10:32 [ARG] 1A:2365 [G] U:40 [THR] A:2380 [G] ✔
10:32 [ARG] 1A:2366 [G] U:40 [THR] A:2381 [A] ✔
10:77 [ARG] 1A:904 [C] U:85 [LYS] A:902 [A] ✔
10:77 [ARG] 1A:905 [U] U:85 [LYS] A:903 [G] ✔
10:24 [LYS] 1A:2367 [C] U:32 [LYS] A:2382 [C] ✔
10:24 [LYS] 1A:2368 [C] U:32 [LYS] A:2383 [C] ✔
10:33 [ALA] 1A:2364 [A] U:41 [GLY] A:2379 [A] ✔
10:33 [ALA] 1A:2365 [G] U:41 [GLY] A:2380 [G] ✔
10:41 [ARG] 1A:2274 [U] U:49 [ARG] A:2289 [U] ✔
10:41 [ARG] 1A:2341 [G] U:49 [ARG] A:2356 [A] ✔
10:41 [ARG] 1A:2342 [G] U:49 [ARG] A:2357 [G] ✔
10:41 [ARG] 1A:2343 [G] U:49 [ARG] A:2358 [G] ✔
10:41 [ARG] 1A:2398 [C] U:49 [ARG] A:2413 [U] ✔
10:41 [ARG] 1A:2399 [U] U:49 [ARG] A:2414 [U] ✔
10:54 [GLY] 1A:2376 [C] U:62 [GLY] A:2391 [C] ✔
10:54 [GLY] 1A:2377 [G] U:62 [GLY] A:2392 [G] ✔
10:43 [THR] 1A:2343 [G] U:51 [THR] A:2358 [G] ✔
10:43 [THR] 1A:2344 [U] U:51 [THR] A:2359 [C] ✔
10:43 [THR] 1A:2348 [A] U:51 [THR] A:2363 [A] ✔
10:14 [ARG] 1A:2272 [C] U:22 [ARG] A:2287 [C] ✔
10:14 [ARG] 1A:2273 [C] U:22 [ARG] A:2288 [C] ✔
10:14 [ARG] 1A:2274 [U] U:22 [ARG] A:2289 [U] ✔
10:14 [ARG] 1A:2275 [C] U:22 [ARG] A:2290 [C] ✔
10:14 [ARG] 1A:2288 [G] U:22 [ARG] A:2303 [G] ✔
10:14 [ARG] 1A:2289 [G] U:22 [ARG] A:2304 [G] ✔
10:14 [ARG] 1A:2290 [A] U:22 [ARG] A:2305 [A] ✔
10:14 [ARG] 1A:2291 [G] U:22 [ARG] A:2306 [G] ✔
10:14 [ARG] 1A:2292 [G] U:22 [ARG] A:2307 [G] ✔
10:21 [LEU] 1A:2282 [G] U:29 [LEU] A:2297 [G] ✔
10:21 [LEU] 1A:2283 [G] U:29 [LEU] A:2298 [G] ✔
10:55 [ARG] 1A:2376 [C] U:63 [GLY] A:2391 [C] ✔
10:55 [ARG] 1A:2377 [G] U:63 [GLY] A:2392 [G] ✔
10:55 [ARG] 1A:2398 [C] U:63 [GLY] A:2413 [U] ✔
10:55 [ARG] 1A:2399 [U] U:63 [GLY] A:2414 [U] ✔
10:17 [GLN] 1A:2272 [C] U:25 [GLU] A:2287 [C] ✔
10:17 [GLN] 1A:2273 [C] U:25 [GLU] A:2288 [C] ✔
10:17 [GLN] 1A:2274 [U] U:25 [GLU] A:2289 [U] ✔
10:19 [LYS] 1A:2273 [C] U:27 [LYS] A:2288 [C] ✔
10:19 [LYS] 1A:2274 [U] U:27 [LYS] A:2289 [U] ✔
10:19 [LYS] 1A:2283 [G] U:27 [LYS] A:2298 [G] ✔
10:19 [LYS] 1A:2399 [U] U:27 [LYS] A:2414 [U] ✔
10:15 [ASP] 1A:2273 [C] U:23 [ASP] A:2288 [C] ✔
10:15 [ASP] 1A:2274 [U] U:23 [ASP] A:2289 [U] ✔
10:15 [ASP] 1A:2275 [C] U:23 [ASP] A:2290 [C] ✔
10:15 [ASP] 1A:2276 [C] U:23 [ASP] A:2291 [C] ✔
10:15 [ASP] 1A:2277 [U] U:23 [ASP] A:2292 [U] ✔
10:15 [ASP] 1A:2290 [A] U:23 [ASP] A:2305 [A] ✔
10:28 [GLY] 1A:969 [C] U:36 [GLY] A:968 [A] ✔
10:29 [GLN] 1A:968 [U] U:37 [GLN] A:967 [C] ✔
10:29 [GLN] 1A:969 [C] U:37 [GLN] A:968 [A] ✔
10:12 [ASN] 1A:2289 [G] U:20 [ASN] A:2304 [G] ✔
10:12 [ASN] 1A:2290 [A] U:20 [ASN] A:2305 [A] ✔
10:42 [GLY] 1A:2342 [G] U:50 [GLY] A:2357 [G] ✔
10:42 [GLY] 1A:2343 [G] U:50 [GLY] A:2358 [G] ✔
10:42 [GLY] 1A:2348 [A] U:50 [GLY] A:2363 [A] ✔
10:53 [MET] 1A:2377 [G] U:61 [ARG] A:2392 [G] ✔
10:57 [PHE] 1A:2342 [G] U:65 [ASP] A:2357 [G] ✔
10:57 [PHE] 1A:2397 [C] U:65 [ASP] A:2412 [C] ✔
10:57 [PHE] 1A:2398 [C] U:65 [ASP] A:2413 [U] ✔
10:69 [PHE] 1A:903 [C] U:77 [PHE] A:901 [G] ✔
10:69 [PHE] 1A:904 [C] U:77 [PHE] A:902 [A] ✔
10:60 [PHE] 1A:2376 [C] U:68 [PHE] A:2391 [C] ✔
10:60 [PHE] 1A:2377 [G] U:68 [PHE] A:2392 [G] ✔
10:60 [PHE] 1A:2378 [A] U:68 [PHE] A:2393 [A] ✔
10:27 [GLU] 1A:902 [G] U:35 [ASP] A:900 [G] ✔
10:27 [GLU] 1A:903 [C] U:35 [ASP] A:901 [G] ✔
10:27 [GLU] 1A:969 [C] U:35 [ASP] A:968 [A] ✔
10:39 [ARG] 1A:2367 [C] U:47 [ARG] A:2382 [C] ✔
10:39 [ARG] 1A:2374 [G] U:47 [ARG] A:2389 [G] ✔
10:39 [ARG] 1A:2375 [C] U:47 [ARG] A:2390 [U] ✔
10:39 [ARG] 1A:2376 [C] U:47 [ARG] A:2391 [C] ✔
10:25 [ARG] 1A:2366 [G] U:33 [ARG] A:2381 [A] ✔
10:25 [ARG] 1A:2367 [C] U:33 [ARG] A:2382 [C] ✔
10:46 [LYS] 1A:2344 [U] U:54 [TYR] A:2359 [C] ✔
10:56 [ASP] 1A:2375 [C] U:64 [ASP] A:2390 [U] ✔
10:56 [ASP] 1A:2376 [C] U:64 [ASP] A:2391 [C] ✔
10:56 [ASP] 1A:2398 [C] U:64 [ASP] A:2413 [U] ✔
10:35 [ASN] 1A:2365 [G] U:43 [SER] A:2380 [G] ✔
10:35 [ASN] 1A:2366 [G] U:43 [SER] A:2381 [A] ✔
10:20 [ARG] 1A:2282 [G] U:28 [ARG] A:2297 [G] ✔
10:20 [ARG] 1A:2283 [G] U:28 [ARG] A:2298 [G] ✔
10:20 [ARG] 1A:2284 [U] U:28 [ARG] A:2299 [U] ✔
10:20 [ARG] 1A:2367 [C] U:28 [ARG] A:2382 [C] ✔
10:20 [ARG] 1A:2368 [C] U:28 [ARG] A:2383 [C] ✔
10:20 [ARG] 1A:2369 [U] U:28 [ARG] A:2384 [U] ✔
10:36 [ILE] 1A:2365 [G] U:44 [ILE] A:2380 [G] ✔
10:36 [ILE] 1A:2366 [G] U:44 [ILE] A:2381 [A] ✔
10:36 [ILE] 1A:2367 [C] U:44 [ILE] A:2382 [C] ✔
10:36 [ILE] 1A:2376 [C] U:44 [ILE] A:2391 [C] ✔
10:26 [TYR] 1A:902 [G] U:34 [ALA] A:900 [G] ✔
10:26 [TYR] 1A:968 [U] U:34 [ALA] A:967 [C] ✔
10:16 [SER] 1A:2273 [C] U:24 [SER] A:2288 [C] ✔
10:16 [SER] 1A:2274 [U] U:24 [SER] A:2289 [U] ✔
10:9 [SER] 1A:2267 [G] U:17 [SER] A:2282 [G] ✔
10:9 [SER] 1A:2268 [G] U:17 [SER] A:2283 [G] ✔
10:58 [THR] 1A:2376 [C] U:66 [THR] A:2391 [C] ✔
10:34 [GLY] 1A:2364 [A] U:42 [GLY] A:2379 [A] ✔
10:34 [GLY] 1A:2365 [G] U:42 [GLY] A:2380 [G] ✔
10:34 [GLY] 1A:2366 [G] U:42 [GLY] A:2381 [A] ✔
10:34 [GLY] 1A:2376 [C] U:42 [GLY] A:2391 [C] ✔
10:23 [VAL] 1A:904 [C] U:31 [ALA] A:902 [A] ✔
10:62 [LEU] 1A:2378 [A] U:70 [LYS] A:2393 [A] ✔
10:44 [ARG] 1A:905 [U] U:52 [LYS] A:903 [G] ✔
10:44 [ARG] 1A:906 [G] U:52 [LYS] A:904 [G] ✔
10:44 [ARG] 1A:2342 [G] U:52 [LYS] A:2357 [G] ✔
10:44 [ARG] 1A:2343 [G] U:52 [LYS] A:2358 [G] ✔
10:18 [ALA] 1A:2283 [G] U:26 [SER] A:2298 [G] ✔
10:18 [ALA] 1A:2284 [U] U:26 [SER] A:2299 [U] ✔
10:45 [PHE] 1A:904 [C] U:53 [ILE] A:902 [A] ✔
10:45 [PHE] 1A:905 [U] U:53 [ILE] A:903 [G] ✔
10:10 [THR] 1A:2288 [G] U:18 [THR] A:2303 [G] ❌ 6S0Z_U_A
10:32 [ARG] 1A:2364 [A] U:40 [THR] A:2379 [A] ❌ 6S0Z_U_A
10:55 [ARG] 1A:2397 [C] U:63 [GLY] A:2412 [C] ❌ 6S0Z_U_A
10:17 [GLN] 1A:2284 [U] U:25 [GLU] A:2299 [U] ❌ 6S0Z_U_A
10:28 [GLY] 1A:902 [G] U:36 [GLY] A:900 [G] ❌ 6S0Z_U_A
10:12 [ASN] 1A:2291 [G] U:20 [ASN] A:2306 [G] ❌ 6S0Z_U_A
10:42 [GLY] 1A:2397 [C] U:50 [GLY] A:2412 [C] ❌ 6S0Z_U_A
10:57 [PHE] 1A:2343 [G] U:65 [ASP] A:2358 [G] ❌ 6S0Z_U_A
10:57 [PHE] 1A:2348 [A] U:65 [ASP] A:2363 [A] ❌ 6S0Z_U_A
10:39 [ARG] 1A:2366 [G] U:47 [ARG] A:2381 [A] ❌ 6S0Z_U_A
10:26 [TYR] 1A:903 [C] U:34 [ALA] A:901 [G] ❌ 6S0Z_U_A
10:26 [TYR] 1A:904 [C] U:34 [ALA] A:902 [A] ❌ 6S0Z_U_A
10:26 [TYR] 1A:2281 [A] U:34 [ALA] A:2296 [A] ❌ 6S0Z_U_A
10:16 [SER] 1A:2275 [C] U:24 [SER] A:2290 [C] ❌ 6S0Z_U_A
10:12 [ASN] 1A:2288 [G] U:20 [ASN] A:2303 [G] ❌ 4Y4O_10_1A
10:15 [ASP] 1A:2288 [G] U:23 [ASP] A:2303 [G] ❌ 4Y4O_10_1A
10:19 [LYS] 1A:2272 [C] U:27 [LYS] A:2287 [C] ❌ 4Y4O_10_1A
10:19 [LYS] 1A:2282 [G] U:27 [LYS] A:2297 [G] ❌ 4Y4O_10_1A
10:23 [VAL] 1A:2281 [A] U:31 [ALA] A:2296 [A] ❌ 4Y4O_10_1A
10:25 [ARG] 1A:968 [U] U:33 [ARG] A:967 [C] ❌ 4Y4O_10_1A
10:26 [TYR] 1A:969 [C] U:34 [ALA] A:968 [A] ❌ 4Y4O_10_1A
10:33 [ALA] 1A:2378 [A] U:41 [GLY] A:2393 [A] ❌ 4Y4O_10_1A
10:42 [GLY] 1A:2398 [C] U:50 [GLY] A:2413 [U] ❌ 4Y4O_10_1A
10:46 [LYS] 1A:2343 [G] U:54 [TYR] A:2358 [G] ❌ 4Y4O_10_1A
10:46 [LYS] 1A:2346 [G] U:54 [TYR] A:2361 [U] ❌ 4Y4O_10_1A
10:46 [LYS] 1A:2348 [A] U:54 [TYR] A:2363 [A] ❌ 4Y4O_10_1A
10:53 [MET] 1A:2348 [A] U:61 [ARG] A:2363 [A] ❌ 4Y4O_10_1A
10:53 [MET] 1A:2346 [G] U:61 [ARG] A:2361 [U] ❌ 4Y4O_10_1A
10:56 [ASP] 1A:2399 [U] U:64 [ASP] A:2414 [U] ❌ 4Y4O_10_1A
10:10 [THR] 1A:2269 [U] U:18 [THR] A:2284 [U] ❌ 6S0Z_A:2284 no longer at interface
10:14 [ARG] 1A:2270 [C] U:22 [ARG] A:2285 [C] ❌ 6S0Z_A:2285 no longer at interface
10:55 [ARG] 1A:2395 [G] U:63 [GLY] A:2410 [G] ❌ 6S0Z_A:2410 no longer at interface
10:55 [ARG] 1A:2396 [G] U:63 [GLY] A:2411 [A] ❌ 6S0Z_A:2411 no longer at interface
10:19 [LYS] 1A:2400 [A] U:27 [LYS] A:2415 [A] ❌ 6S0Z_A:2415 no longer at interface
10:26 [TYR] 1A:967 [G] U:34 [ALA] A:966 [C] ❌ 6S0Z_A:966 no longer at interface
10:28 [GLY] 1A:970 [C] U:36 [GLY] A:969 [A] ❌ 4Y4O_1A:970 no longer at interface
10:29 [GLN] 1A:970 [C] U:37 [GLN] A:969 [A] ❌ 4Y4O_1A:970 no longer at interface
10:46 [LYS] 1A:2345 [A] U:54 [TYR] A:2360 [A] ❌ 4Y4O_1A:2345 no longer at interface
10:76 [GLY] 1A:2345 [A] U:84 [LYS] A:2360 [A] ❌ 4Y4O_10:76, 4Y4O_1A:2345 no longer at interface
10:75 [LEU] 1A:2346 [G] U:83 [ASP] A:2361 [U] ❌ 6S0Z_U:83 no longer at interface
10:11 [ARG] 1A:2291 [G] U:19 [LYS] A:2306 [G] ❌ 6S0Z_U:19 no longer at interface
10:74 [ARG] 1A:2346 [G] U:82 [ARG] A:2361 [U] ❌ 6S0Z_U:82 no longer at interface
10:30 [VAL] 1A:969 [C] U:38 [PHE] A:968 [A] ❌ 6S0Z_U:38 no longer at interface
10:38 [VAL] 1A:905 [U] U:46 [TYR] A:903 [G] ❌ 4Y4O_10:38 no longer at interface
10:38 [VAL] 1A:904 [C] U:46 [TYR] A:902 [A] ❌ 4Y4O_10:38 no longer at interface
10:68 [GLU] 1A:902 [G] U:76 [LYS] A:900 [G] ❌ 4Y4O_10:68 no longer at interface
10:76 [GLY] 1A:2344 [U] U:84 [LYS] A:2359 [C] ❌ 4Y4O_10:76 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 1.01 0.56 0.93 0.97 0.93 0.96 0.85 0.74 0.44 0.38


Other pairs involving 4Y4O_10_1A or 6S0Z_U_A

Total number of entries: 13

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4W2F_B0_AX,BA 4Y4O_10_1A 0.99 0.99 0.88 0.98 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4W2F_B0_AX,BA 6S0Z_U_A 0.85 0.96 0.92 0.56 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7K00_v_a 0.87 0.97 1.26 0.65 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7RYG_V_A 0.85 0.98 1.91 0.53 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 6XHV_10_1A,1x 0.84 0.96 1.34 0.56 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7OF0_W_A 0.76 0.94 1.77 0.23 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7N1P_La_23,Dt 0.84 0.96 1.26 0.67 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_10_1A 7RYG_V_A 0.93 0.96 2.44 0.65 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_10_1A 7OF0_W_A 0.81 0.95 1.78 0.26 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_10_1A 6S0Z_U_A 0.85 0.97 1.01 0.56 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_10_1A 7K00_v_a 0.92 0.96 0.83 0.62 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_10_1A 6XHV_10_1A,1x 0.99 0.99 0.95 0.98 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_10_1A 7N1P_La_23,Dt 0.90 0.97 0.71 0.57 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare