RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group119 > 6S0Z_U_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0Z_U
6S0Z_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
U:17 [SER] A:2282 [G] 4.07 A:2302 [C] 79.93
U:17 [SER] A:2283 [G] 4.27 A:2275 [C] 79.93
U:18 [THR] A:2283 [G] 3.8 A:2275 [C] sugar:BB 71.87
U:18 [THR] A:2302 [C] 4.22 A:2282 [G] 71.87
U:18 [THR] A:2304 [G] 2.89 A:2290 [C] 71.87
U:20 [ASN] A:2303 [G] 4.93 A:2291 [C] 81.25
U:20 [ASN] A:2304 [G] 3.68 A:2290 [C] base/AA stacks 81.25
U:20 [ASN] A:2305 [A] 2.57 A:2289 [U] 81.25
U:22 [ARG] A:2287 [C] 4.38 A:2307 [G] 65.37
U:22 [ARG] A:2288 [C] 3.91 A:2306 [G] 65.37
U:22 [ARG] A:2289 [U] 3.97 A:2305 [A] 65.37
U:22 [ARG] A:2290 [C] 3.95 A:2304 [G] base:BB 65.37
U:22 [ARG] A:2303 [G] 4.87 A:2291 [C] 65.37
U:22 [ARG] A:2304 [G] 3.74 A:2290 [C] 65.37
U:22 [ARG] A:2305 [A] 3.6 A:2289 [U] 65.37
U:22 [ARG] A:2306 [G] 3.06 A:2288 [C] 65.37
U:22 [ARG] A:2307 [G] 3.21 A:2287 [C] base:SC 65.37
U:23 [ASP] A:2288 [C] 4.35 A:2306 [G] 75.03
U:23 [ASP] A:2289 [U] 3.6 A:2305 [A] 75.03
U:23 [ASP] A:2290 [C] 3.95 A:2304 [G] 75.03
U:23 [ASP] A:2291 [C] 3.7 A:2303 [G] 75.03
U:23 [ASP] A:2292 [U] 3.76 A:2301 [A] 75.03
U:23 [ASP] A:2303 [G] 4.93 A:2291 [C] 75.03
U:23 [ASP] A:2305 [A] 4.97 A:2289 [U] 75.03
U:24 [SER] A:2288 [C] 3.66 A:2306 [G] 87.21
U:24 [SER] A:2289 [U] 2.58 A:2305 [A] 87.21
U:25 [GLU] A:2287 [C] 2.87 A:2307 [G] 34.98
U:25 [GLU] A:2288 [C] 2.99 A:2306 [G] 34.98
U:25 [GLU] A:2289 [U] 3.42 A:2305 [A] 34.98
U:26 [SER] A:2298 [G] 3.4 72.51
U:26 [SER] A:2299 [U] 2.68 A:2294 [A] 72.51
U:27 [LYS] A:2287 [C] 4.85 A:2307 [G] 78.03
U:27 [LYS] A:2288 [C] 2.46 A:2306 [G] 78.03
U:27 [LYS] A:2289 [U] 3.18 A:2305 [A] 78.03
U:27 [LYS] A:2297 [G] 4.14 78.03
U:27 [LYS] A:2298 [G] 2.71 78.03
U:27 [LYS] A:2414 [U] 4.56 A:2355 [A] 78.03
U:28 [ARG] A:2297 [G] 3.73 77.88
U:28 [ARG] A:2298 [G] 3.78 77.88
U:28 [ARG] A:2299 [U] 4.89 A:2294 [A] 77.88
U:28 [ARG] A:2382 [C] 4.61 A:2389 [G] 77.88
U:28 [ARG] A:2383 [C] 3.48 A:2388 [A] 77.88
U:28 [ARG] A:2384 [U] 3.22 77.88
U:29 [LEU] A:2297 [G] 3.28 84.64
U:29 [LEU] A:2298 [G] 4.59 84.64
U:31 [ALA] A:902 [A] 3.98 A:965 [G] 54.35
U:31 [ALA] A:2296 [A] 4.88 54.35
U:32 [LYS] A:2382 [C] 3.68 A:2389 [G] 96.05
U:32 [LYS] A:2383 [C] 3.51 A:2388 [A] 96.05
U:33 [ARG] A:967 [C] 4.82 A:900 [G] 30.36
U:33 [ARG] A:2381 [A] 3.11 A:2390 [U] 30.36
U:33 [ARG] A:2382 [C] 3.0 A:2389 [G] 30.36
U:34 [ALA] A:900 [G] 4.11 A:967 [C] 8.53
U:34 [ALA] A:967 [C] 3.39 A:900 [G] 8.53
U:34 [ALA] A:968 [A] 3.78 A:899 [U] 8.53
U:35 [ASP] A:900 [G] 2.4 A:967 [C] base:BB 56.11
U:35 [ASP] A:901 [G] 3.41 A:966 [C] 56.11
U:35 [ASP] A:968 [A] 4.7 A:899 [U] 56.11
U:36 [GLY] A:968 [A] 4.08 A:899 [U] 79.78
U:36 [GLY] A:969 [A] 3.88 A:898 [U] 79.78
U:37 [GLN] A:967 [C] 3.99 A:900 [G] 62.66
U:37 [GLN] A:968 [A] 3.79 A:899 [U] 62.66
U:37 [GLN] A:969 [A] 4.27 A:898 [U] 62.66
U:40 [THR] A:2380 [G] 2.65 A:2391 [C] sugar:SC 37.03
U:40 [THR] A:2381 [A] 4.54 A:2390 [U] 37.03
U:41 [GLY] A:2379 [A] 3.01 A:2392 [G] 57.37
U:41 [GLY] A:2380 [G] 4.64 A:2391 [C] 57.37
U:41 [GLY] A:2393 [A] 4.9 A:2378 [G] 57.37
U:42 [GLY] A:2379 [A] 3.34 A:2392 [G] 89.06
U:42 [GLY] A:2380 [G] 2.81 A:2391 [C] base:BB, sugar:BB 89.06
U:42 [GLY] A:2381 [A] 4.09 A:2390 [U] 89.06
U:42 [GLY] A:2391 [C] 4.95 A:2380 [G] 89.06
U:43 [SER] A:2380 [G] 3.89 A:2391 [C] 62.81
U:43 [SER] A:2381 [A] 3.74 A:2390 [U] 62.81
U:44 [ILE] A:2380 [G] 4.81 A:2391 [C] 93.67
U:44 [ILE] A:2381 [A] 2.81 A:2390 [U] sugar:BB 93.67
U:44 [ILE] A:2382 [C] 3.46 A:2389 [G] 93.67
U:44 [ILE] A:2391 [C] 4.15 A:2380 [G] 93.67
U:46 [TYR] A:902 [A] 3.65 A:965 [G] sugar:SC 77.47
U:46 [TYR] A:903 [G] 3.59 A:964 [U] 77.47
U:47 [ARG] A:2382 [C] 3.43 A:2389 [G] base:SC 87.46
U:47 [ARG] A:2389 [G] 4.69 A:2382 [C] 87.46
U:47 [ARG] A:2390 [U] 2.82 A:2381 [A] base:SC, sugar:SC 87.46
U:47 [ARG] A:2391 [C] 3.43 A:2380 [G] 87.46
U:49 [ARG] A:2289 [U] 4.91 A:2305 [A] 66.01
U:49 [ARG] A:2356 [A] 4.56 A:2413 [U] 66.01
U:49 [ARG] A:2357 [G] 2.69 A:2412 [C] sugar:BB 66.01
U:49 [ARG] A:2358 [G] 4.65 A:2351 [U] 66.01
U:49 [ARG] A:2413 [U] 3.22 A:2356 [A] sugar:SC 66.01
U:49 [ARG] A:2414 [U] 3.38 A:2355 [A] base/AA stacks 66.01
U:50 [GLY] A:2357 [G] 3.46 A:2412 [C] 84.12
U:50 [GLY] A:2358 [G] 4.13 A:2351 [U] 84.12
U:50 [GLY] A:2363 [A] 4.83 84.12
U:50 [GLY] A:2413 [U] 4.65 A:2356 [A] 84.12
U:51 [THR] A:2358 [G] 2.9 A:2351 [U] sugar:SC 74.7
U:51 [THR] A:2359 [C] 4.14 A:2350 [G] 74.7
U:51 [THR] A:2363 [A] 3.06 base:SC 74.7
U:52 [LYS] A:903 [G] 4.19 A:964 [U] 68.13
U:52 [LYS] A:904 [G] 3.96 68.13
U:52 [LYS] A:2357 [G] 3.51 A:2412 [C] 68.13
U:52 [LYS] A:2358 [G] 3.13 A:2351 [U] 68.13
U:53 [ILE] A:902 [A] 4.45 A:965 [G] 43.74
U:53 [ILE] A:903 [G] 3.94 A:964 [U] 43.74
U:54 [TYR] A:2358 [G] 4.04 A:2351 [U] 43.89
U:54 [TYR] A:2359 [C] 2.66 A:2350 [G] 43.89
U:54 [TYR] A:2360 [A] 4.61 43.89
U:54 [TYR] A:2361 [U] 3.94 43.89
U:54 [TYR] A:2363 [A] 4.26 43.89
U:61 [ARG] A:2361 [U] 4.22 49.31
U:61 [ARG] A:2363 [A] 4.21 49.31
U:61 [ARG] A:2392 [G] 4.77 A:2379 [A] 49.31
U:62 [GLY] A:2391 [C] 3.91 A:2380 [G] 78.59
U:62 [GLY] A:2392 [G] 3.06 A:2379 [A] 78.59
U:63 [GLY] A:2391 [C] 3.58 A:2380 [G] 60.77
U:63 [GLY] A:2392 [G] 2.7 A:2379 [A] 60.77
U:63 [GLY] A:2413 [U] 3.47 A:2356 [A] 60.77
U:63 [GLY] A:2414 [U] 4.57 A:2355 [A] 60.77
U:64 [ASP] A:2390 [U] 4.93 A:2381 [A] 88.37
U:64 [ASP] A:2391 [C] 4.01 A:2380 [G] 88.37
U:64 [ASP] A:2413 [U] 3.91 A:2356 [A] 88.37
U:64 [ASP] A:2414 [U] 4.93 A:2355 [A] 88.37
U:65 [ASP] A:2357 [G] 4.6 A:2412 [C] 49.47
U:65 [ASP] A:2412 [C] 4.7 A:2357 [G] 49.47
U:65 [ASP] A:2413 [U] 3.46 A:2356 [A] 49.47
U:66 [THR] A:2391 [C] 4.04 A:2380 [G] 91.85
U:68 [PHE] A:2391 [C] 4.25 A:2380 [G] 42.99
U:68 [PHE] A:2392 [G] 3.73 A:2379 [A] 42.99
U:68 [PHE] A:2393 [A] 3.9 A:2378 [G] 42.99
U:70 [LYS] A:2393 [A] 3.53 A:2378 [G] sugar:BB 20.98
U:76 [LYS] A:900 [G] 4.59 A:967 [C] 34.45
U:77 [PHE] A:901 [G] 3.52 A:966 [C] 64.71
U:77 [PHE] A:902 [A] 3.93 A:965 [G] 64.71
U:84 [LYS] A:2359 [C] 2.77 A:2350 [G] 69.02
U:84 [LYS] A:2360 [A] 4.5 69.02
U:85 [LYS] A:902 [A] 2.99 A:965 [G] 55.36
U:85 [LYS] A:903 [G] 2.23 A:964 [U] 55.36

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group119 6S0Z_U_A U: 50s ribosomal protein l27, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) A0A077ULC5 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4W2F_B0_AX,BA 6S0Z_U_A 0.85 0.96 0.92 0.56 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7K00_v_a 0.87 0.97 1.26 0.65 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7RYG_V_A 0.85 0.98 1.91 0.53 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 6XHV_10_1A,1x 0.84 0.96 1.34 0.56 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7OF0_W_A 0.76 0.94 1.77 0.23 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_U_A 7N1P_La_23,Dt 0.84 0.96 1.26 0.67 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_10_1A 6S0Z_U_A 0.85 0.97 1.01 0.56 Ribosomal L27 protein Bacterial large subunit ribosomal RNA compare