Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_v
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| v:8 [GLY] | a:2255 [G] | 2.94 | a:2275 [C] | base:BB | 84.77 | |
| v:8 [GLY] | a:2275 [C] | 4.16 | a:2255 [G] | 84.77 | ||
| v:9 [SER] | a:2255 [G] | 3.37 | a:2275 [C] | 83.09 | ||
| v:9 [SER] | a:2256 [G] | 3.66 | a:2248 [C] | 83.09 | ||
| v:9 [SER] | a:2275 [C] | 4.83 | a:2255 [G] | 83.09 | ||
| v:10 [THR] | a:2256 [G] | 3.96 | a:2248 [C] | sugar:BB | 74.35 | |
| v:10 [THR] | a:2275 [C] | 4.01 | a:2255 [G] | 74.35 | ||
| v:10 [THR] | a:2276 [G] | 4.71 | a:2264 [C] | 74.35 | ||
| v:10 [THR] | a:2277 [G] | 3.67 | a:2263 [C] | 74.35 | ||
| v:12 [ASN] | a:2276 [G] | 4.91 | a:2264 [C] | 81.87 | ||
| v:12 [ASN] | a:2277 [G] | 2.89 | a:2263 [C] | base/AA stacks | 81.87 | |
| v:12 [ASN] | a:2278 [A] | 3.04 | a:2262 [U] | 81.87 | ||
| v:12 [ASN] | a:2279 [G] | 4.62 | a:2261 [C] | 81.87 | ||
| v:13 [GLY] | a:2277 [G] | 4.87 | a:2263 [C] | 66.36 | ||
| v:14 [ARG] | a:2258 [C] | 4.62 | a:2246 [G] | 80.93 | ||
| v:14 [ARG] | a:2260 [C] | 4.21 | a:2280 [G] | 80.93 | ||
| v:14 [ARG] | a:2261 [C] | 3.7 | a:2279 [G] | 80.93 | ||
| v:14 [ARG] | a:2262 [U] | 3.93 | a:2278 [A] | 80.93 | ||
| v:14 [ARG] | a:2263 [C] | 3.71 | a:2277 [G] | base:BB | 80.93 | |
| v:14 [ARG] | a:2276 [G] | 4.91 | a:2264 [C] | 80.93 | ||
| v:14 [ARG] | a:2277 [G] | 3.63 | a:2263 [C] | 80.93 | ||
| v:14 [ARG] | a:2278 [A] | 3.29 | a:2262 [U] | 80.93 | ||
| v:14 [ARG] | a:2279 [G] | 2.85 | a:2261 [C] | base:SC, base:SC | 80.93 | |
| v:14 [ARG] | a:2280 [G] | 3.29 | a:2260 [C] | 80.93 | ||
| v:15 [ASP] | a:2261 [C] | 3.97 | a:2279 [G] | 84.77 | ||
| v:15 [ASP] | a:2262 [U] | 3.42 | a:2278 [A] | 84.77 | ||
| v:15 [ASP] | a:2263 [C] | 3.0 | a:2277 [G] | 84.77 | ||
| v:15 [ASP] | a:2264 [C] | 3.0 | a:2276 [G] | base:SC | 84.77 | |
| v:15 [ASP] | a:2265 [U] | 3.93 | a:2274 [A] | 84.77 | ||
| v:15 [ASP] | a:2276 [G] | 4.7 | a:2264 [C] | 84.77 | ||
| v:15 [ASP] | a:2278 [A] | 4.7 | a:2262 [U] | 84.77 | ||
| v:16 [SER] | a:2261 [C] | 3.47 | a:2279 [G] | 92.92 | ||
| v:16 [SER] | a:2262 [U] | 2.56 | a:2278 [A] | 92.92 | ||
| v:16 [SER] | a:2263 [C] | 4.68 | a:2277 [G] | 92.92 | ||
| v:17 [GLU] | a:2260 [C] | 4.73 | a:2280 [G] | 49.08 | ||
| v:17 [GLU] | a:2261 [C] | 2.95 | a:2279 [G] | 49.08 | ||
| v:17 [GLU] | a:2262 [U] | 3.31 | a:2278 [A] | 49.08 | ||
| v:17 [GLU] | a:2272 [U] | 4.6 | a:2267 [A] | 49.08 | ||
| v:18 [ALA] | a:2271 [G] | 3.08 | 70.84 | |||
| v:18 [ALA] | a:2272 [U] | 3.24 | a:2267 [A] | 70.84 | ||
| v:19 [LYS] | a:2261 [C] | 2.76 | a:2279 [G] | 83.36 | ||
| v:19 [LYS] | a:2262 [U] | 2.99 | a:2278 [A] | 83.36 | ||
| v:19 [LYS] | a:2271 [G] | 3.57 | 83.36 | |||
| v:19 [LYS] | a:2387 [U] | 3.88 | a:2328 [A] | 83.36 | ||
| v:19 [LYS] | a:2388 [A] | 4.39 | 83.36 | |||
| v:20 [ARG] | a:2270 [A] | 3.29 | 80.3 | |||
| v:20 [ARG] | a:2271 [G] | 2.86 | 80.3 | |||
| v:20 [ARG] | a:2272 [U] | 4.76 | a:2267 [A] | 80.3 | ||
| v:20 [ARG] | a:2356 [U] | 3.33 | a:2361 [G] | 80.3 | ||
| v:20 [ARG] | a:2357 [G] | 2.92 | a:2360 [G] | 80.3 | ||
| v:21 [LEU] | a:2270 [A] | 3.27 | 87.54 | |||
| v:21 [LEU] | a:2271 [G] | 4.47 | 87.54 | |||
| v:22 [GLY] | a:2269 [G] | 4.95 | 97.17 | |||
| v:22 [GLY] | a:2270 [A] | 4.85 | 97.17 | |||
| v:23 [VAL] | a:857 [G] | 3.38 | a:920 [A] | 77.5 | ||
| v:23 [VAL] | a:2269 [G] | 4.37 | 77.5 | |||
| v:24 [LYS] | a:922 [C] | 4.89 | a:855 [G] | 98.71 | ||
| v:24 [LYS] | a:2355 [G] | 3.57 | a:2362 [C] | 98.71 | ||
| v:24 [LYS] | a:2356 [U] | 3.1 | a:2361 [G] | 98.71 | ||
| v:25 [ARG] | a:2354 [C] | 2.88 | a:2363 [G] | 51.69 | ||
| v:25 [ARG] | a:2355 [G] | 3.03 | a:2362 [C] | 51.69 | ||
| v:26 [PHE] | a:855 [G] | 3.86 | a:922 [C] | 39.88 | ||
| v:26 [PHE] | a:856 [G] | 3.63 | a:921 [C] | 39.88 | ||
| v:26 [PHE] | a:857 [G] | 3.37 | a:920 [A] | 39.88 | ||
| v:26 [PHE] | a:922 [C] | 3.46 | a:855 [G] | 39.88 | ||
| v:26 [PHE] | a:2269 [G] | 4.53 | 39.88 | |||
| v:27 [GLY] | a:855 [G] | 2.99 | a:922 [C] | base:BB | 50.33 | |
| v:27 [GLY] | a:856 [G] | 2.84 | a:921 [C] | sugar:BB | 50.33 | |
| v:27 [GLY] | a:923 [G] | 4.96 | a:854 [C] | 50.33 | ||
| v:28 [GLY] | a:855 [G] | 3.91 | a:922 [C] | 83.51 | ||
| v:28 [GLY] | a:923 [G] | 3.78 | a:854 [C] | 83.51 | ||
| v:29 [GLU] | a:855 [G] | 4.94 | a:922 [C] | 73.02 | ||
| v:29 [GLU] | a:922 [C] | 2.36 | a:855 [G] | sugar:SC | 73.02 | |
| v:29 [GLU] | a:923 [G] | 3.39 | a:854 [C] | 73.02 | ||
| v:30 [SER] | a:923 [G] | 4.81 | a:854 [C] | 0.8 | ||
| v:32 [LEU] | a:2353 [G] | 4.0 | a:2364 [C] | 47.67 | ||
| v:32 [LEU] | a:2354 [C] | 4.56 | a:2363 [G] | 47.67 | ||
| v:33 [ALA] | a:2352 [A] | 3.21 | a:2365 [G] | 61.71 | ||
| v:33 [ALA] | a:2353 [G] | 2.82 | a:2364 [C] | sugar:BB | 61.71 | |
| v:34 [GLY] | a:2352 [A] | 3.3 | a:2365 [G] | 97.29 | ||
| v:34 [GLY] | a:2353 [G] | 2.78 | a:2364 [C] | base:BB | 97.29 | |
| v:34 [GLY] | a:2354 [C] | 4.04 | a:2363 [G] | 97.29 | ||
| v:34 [GLY] | a:2364 [C] | 4.83 | a:2353 [G] | 97.29 | ||
| v:35 [SER] | a:2353 [G] | 3.32 | a:2364 [C] | sugar:SC | 56.22 | |
| v:35 [SER] | a:2354 [C] | 3.8 | a:2363 [G] | 56.22 | ||
| v:36 [ILE] | a:2353 [G] | 4.57 | a:2364 [C] | 93.35 | ||
| v:36 [ILE] | a:2354 [C] | 3.04 | a:2363 [G] | sugar:BB | 93.35 | |
| v:36 [ILE] | a:2355 [G] | 3.59 | a:2362 [C] | 93.35 | ||
| v:36 [ILE] | a:2363 [G] | 3.25 | a:2354 [C] | 93.35 | ||
| v:36 [ILE] | a:2364 [C] | 3.64 | a:2353 [G] | 93.35 | ||
| v:39 [ARG] | a:2355 [G] | 3.28 | a:2362 [C] | 93.67 | ||
| v:39 [ARG] | a:2356 [U] | 4.9 | a:2361 [G] | 93.67 | ||
| v:39 [ARG] | a:2363 [G] | 5.0 | a:2354 [C] | 93.67 | ||
| v:40 [GLN] | a:2386 [A] | 4.94 | a:2329 [U] | 99.0 | ||
| v:41 [ARG] | a:2262 [U] | 4.32 | a:2278 [A] | 78.56 | ||
| v:41 [ARG] | a:2329 [U] | 4.83 | a:2386 [A] | 78.56 | ||
| v:41 [ARG] | a:2330 [G] | 2.45 | a:2385 [C] | sugar:BB | 78.56 | |
| v:41 [ARG] | a:2331 [G] | 4.15 | a:2324 [U] | 78.56 | ||
| v:41 [ARG] | a:2386 [A] | 3.72 | a:2329 [U] | 78.56 | ||
| v:41 [ARG] | a:2387 [U] | 3.13 | a:2328 [A] | sugar:SC | 78.56 | |
| v:42 [GLY] | a:2330 [G] | 3.41 | a:2385 [C] | 97.2 | ||
| v:42 [GLY] | a:2331 [G] | 3.29 | a:2324 [U] | 97.2 | ||
| v:42 [GLY] | a:2336 [A] | 4.6 | 97.2 | |||
| v:42 [GLY] | a:2386 [A] | 4.87 | a:2329 [U] | 97.2 | ||
| v:43 [THR] | a:2331 [G] | 2.84 | a:2324 [U] | sugar:BB | 81.99 | |
| v:43 [THR] | a:2332 [C] | 3.8 | a:2323 [G] | 81.99 | ||
| v:43 [THR] | a:2336 [A] | 2.78 | base:SC | 81.99 | ||
| v:44 [LYS] | a:858 [G] | 4.58 | a:919 [U] | 57.65 | ||
| v:44 [LYS] | a:859 [G] | 3.12 | 57.65 | |||
| v:44 [LYS] | a:2330 [G] | 3.8 | a:2385 [C] | 57.65 | ||
| v:44 [LYS] | a:2331 [G] | 3.51 | a:2324 [U] | 57.65 | ||
| v:45 [PHE] | a:857 [G] | 3.54 | a:920 [A] | 55.24 | ||
| v:45 [PHE] | a:858 [G] | 4.27 | a:919 [U] | 55.24 | ||
| v:46 [HIS] | a:2331 [G] | 4.46 | a:2324 [U] | 37.39 | ||
| v:46 [HIS] | a:2332 [C] | 2.74 | a:2323 [G] | 37.39 | ||
| v:46 [HIS] | a:2336 [A] | 4.91 | 37.39 | |||
| v:54 [GLY] | a:2364 [C] | 3.75 | a:2353 [G] | 80.18 | ||
| v:54 [GLY] | a:2365 [G] | 3.26 | a:2352 [A] | 80.18 | ||
| v:55 [ARG] | a:2363 [G] | 5.0 | a:2354 [C] | 64.22 | ||
| v:55 [ARG] | a:2364 [C] | 2.82 | a:2353 [G] | 64.22 | ||
| v:55 [ARG] | a:2365 [G] | 2.88 | a:2352 [A] | 64.22 | ||
| v:55 [ARG] | a:2384 [U] | 2.81 | a:2284 [A] | 64.22 | ||
| v:55 [ARG] | a:2385 [C] | 4.8 | a:2330 [G] | 64.22 | ||
| v:55 [ARG] | a:2386 [A] | 3.35 | a:2329 [U] | 64.22 | ||
| v:55 [ARG] | a:2387 [U] | 2.88 | a:2328 [A] | 64.22 | ||
| v:56 [ASP] | a:2363 [G] | 3.93 | a:2354 [C] | 92.9 | ||
| v:56 [ASP] | a:2364 [C] | 3.34 | a:2353 [G] | 92.9 | ||
| v:56 [ASP] | a:2386 [A] | 3.64 | a:2329 [U] | 92.9 | ||
| v:56 [ASP] | a:2387 [U] | 4.97 | a:2328 [A] | 92.9 | ||
| v:57 [HIS] | a:2330 [G] | 4.53 | a:2385 [C] | 60.84 | ||
| v:57 [HIS] | a:2336 [A] | 3.84 | 60.84 | |||
| v:57 [HIS] | a:2385 [C] | 3.36 | a:2330 [G] | sugar:SC | 60.84 | |
| v:57 [HIS] | a:2386 [A] | 3.33 | a:2329 [U] | sugar:SC | 60.84 | |
| v:58 [THR] | a:2364 [C] | 3.56 | a:2353 [G] | 92.35 | ||
| v:60 [PHE] | a:2364 [C] | 4.34 | a:2353 [G] | 53.89 | ||
| v:60 [PHE] | a:2365 [G] | 3.49 | a:2352 [A] | 53.89 | ||
| v:60 [PHE] | a:2366 [A] | 3.79 | a:2351 [G] | 53.89 | ||
| v:61 [ALA] | a:2352 [A] | 4.99 | a:2365 [G] | 90.44 | ||
| v:62 [LYS] | a:2366 [A] | 4.05 | a:2351 [G] | 34.11 | ||
| v:69 [PHE] | a:856 [G] | 3.62 | a:921 [C] | 71.83 | ||
| v:69 [PHE] | a:857 [G] | 3.5 | a:920 [A] | 71.83 | ||
| v:75 [LYS] | a:2333 [A] | 3.22 | 14.4 | |||
| v:75 [LYS] | a:2334 [U] | 3.23 | 14.4 | |||
| v:77 [ARG] | a:2332 [C] | 3.05 | a:2323 [G] | 57.8 | ||
| v:77 [ARG] | a:2333 [A] | 2.83 | 57.8 | |||
| v:78 [LYS] | a:857 [G] | 4.89 | a:920 [A] | 53.22 | ||
| v:78 [LYS] | a:858 [G] | 3.23 | a:919 [U] | 53.22 | ||
| v:78 [LYS] | a:2331 [G] | 4.98 | a:2324 [U] | 53.22 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group119 | 7K00_v_a | v: 50s ribosomal protein l27, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7L8 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2F_B0_AX,BA | 7K00_v_a | 0.92 | 0.96 | 0.87 | 0.62 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_U_A | 7K00_v_a | 0.87 | 0.97 | 1.26 | 0.65 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_10_1A | 7K00_v_a | 0.92 | 0.96 | 0.83 | 0.62 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6XHV_10_1A,1x | 7K00_v_a | 0.92 | 0.96 | 1.08 | 0.62 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |