Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_V
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| V:8 [GLY] | A:2251 [G] | 3.27 | A:2271 [C] | base:BB | 75.75 | |
| V:8 [GLY] | A:2271 [C] | 4.94 | A:2251 [G] | 75.75 | ||
| V:9 [SER] | A:2251 [G] | 3.6 | A:2271 [C] | 85.23 | ||
| V:9 [SER] | A:2252 [G] | 2.84 | A:2244 [C] | sugar:SC | 85.23 | |
| V:10 [THR] | A:2252 [G] | 4.35 | A:2244 [C] | 75.54 | ||
| V:10 [THR] | A:2271 [C] | 4.19 | A:2251 [G] | 75.54 | ||
| V:10 [THR] | A:2273 [G] | 2.85 | A:2259 [C] | 75.54 | ||
| V:11 [LYS] | A:2275 [G] | 3.91 | A:2257 [C] | 61.25 | ||
| V:12 [ASN] | A:2273 [G] | 3.11 | A:2259 [C] | 84.41 | ||
| V:12 [ASN] | A:2274 [A] | 2.82 | A:2258 [U] | 84.41 | ||
| V:12 [ASN] | A:2275 [G] | 4.56 | A:2257 [C] | 84.41 | ||
| V:14 [ARG] | A:2256 [C] | 4.12 | A:2276 [G] | 65.2 | ||
| V:14 [ARG] | A:2257 [C] | 3.98 | A:2275 [G] | 65.2 | ||
| V:14 [ARG] | A:2258 [U] | 4.08 | A:2274 [A] | 65.2 | ||
| V:14 [ARG] | A:2259 [C] | 3.89 | A:2273 [G] | base:BB | 65.2 | |
| V:14 [ARG] | A:2273 [G] | 3.86 | A:2259 [C] | 65.2 | ||
| V:14 [ARG] | A:2274 [A] | 3.47 | A:2258 [U] | 65.2 | ||
| V:14 [ARG] | A:2275 [G] | 2.81 | A:2257 [C] | base:SC, base:SC | 65.2 | |
| V:14 [ARG] | A:2276 [G] | 3.5 | A:2256 [C] | 65.2 | ||
| V:15 [ASP] | A:2257 [C] | 4.53 | A:2275 [G] | 68.75 | ||
| V:15 [ASP] | A:2258 [U] | 4.06 | A:2274 [A] | 68.75 | ||
| V:15 [ASP] | A:2259 [C] | 3.88 | A:2273 [G] | 68.75 | ||
| V:15 [ASP] | A:2260 [C] | 3.22 | A:2272 [G] | base:SC | 68.75 | |
| V:15 [ASP] | A:2261 [U] | 3.85 | A:2270 [A] | 68.75 | ||
| V:15 [ASP] | A:2272 [G] | 4.39 | A:2260 [C] | 68.75 | ||
| V:16 [SER] | A:2257 [C] | 3.68 | A:2275 [G] | 79.67 | ||
| V:16 [SER] | A:2258 [U] | 2.72 | A:2274 [A] | 79.67 | ||
| V:16 [SER] | A:2259 [C] | 4.74 | A:2273 [G] | 79.67 | ||
| V:17 [ASN] | A:2256 [C] | 3.5 | A:2276 [G] | 25.02 | ||
| V:17 [ASN] | A:2257 [C] | 3.03 | A:2275 [G] | 25.02 | ||
| V:17 [ASN] | A:2258 [U] | 3.87 | A:2274 [A] | 25.02 | ||
| V:18 [PRO] | A:2267 [G] | 3.43 | 65.47 | |||
| V:18 [PRO] | A:2268 [U] | 3.49 | A:2263 [A] | 65.47 | ||
| V:19 [LYS] | A:2257 [C] | 3.03 | A:2275 [G] | 84.55 | ||
| V:19 [LYS] | A:2258 [U] | 3.77 | A:2274 [A] | 84.55 | ||
| V:19 [LYS] | A:2267 [G] | 3.76 | 84.55 | |||
| V:19 [LYS] | A:2383 [U] | 3.88 | A:2324 [A] | 84.55 | ||
| V:20 [MET] | A:2266 [A] | 3.52 | 66.1 | |||
| V:20 [MET] | A:2267 [G] | 3.08 | 66.1 | |||
| V:20 [MET] | A:2351 [C] | 4.94 | A:2358 [G] | 66.1 | ||
| V:20 [MET] | A:2352 [C] | 4.0 | A:2357 [A] | 66.1 | ||
| V:20 [MET] | A:2353 [C] | 4.69 | 66.1 | |||
| V:21 [LEU] | A:2265 [G] | 4.96 | 72.69 | |||
| V:21 [LEU] | A:2266 [A] | 3.24 | 72.69 | |||
| V:21 [LEU] | A:2267 [G] | 4.61 | 72.69 | |||
| V:23 [VAL] | A:855 [G] | 4.45 | A:918 [A] | 56.96 | ||
| V:23 [VAL] | A:2265 [G] | 4.66 | 56.96 | |||
| V:24 [LYS] | A:2351 [C] | 3.39 | A:2358 [G] | 89.99 | ||
| V:24 [LYS] | A:2352 [C] | 3.07 | A:2357 [A] | 89.99 | ||
| V:26 [TYR] | A:853 [G] | 4.43 | A:920 [C] | 35.48 | ||
| V:26 [TYR] | A:854 [G] | 3.55 | A:919 [C] | 35.48 | ||
| V:26 [TYR] | A:855 [G] | 3.75 | A:918 [A] | 35.48 | ||
| V:26 [TYR] | A:919 [C] | 4.97 | A:854 [G] | 35.48 | ||
| V:26 [TYR] | A:920 [C] | 3.89 | A:853 [G] | 35.48 | ||
| V:26 [TYR] | A:2265 [G] | 3.93 | sugar:SC | 35.48 | ||
| V:27 [GLY] | A:853 [G] | 3.48 | A:920 [C] | base:BB | 62.9 | |
| V:27 [GLY] | A:854 [G] | 3.58 | A:919 [C] | sugar:BB | 62.9 | |
| V:28 [GLY] | A:853 [G] | 4.21 | A:920 [C] | 80.57 | ||
| V:28 [GLY] | A:921 [U] | 4.39 | A:852 [A] | 80.57 | ||
| V:29 [GLN] | A:920 [C] | 2.91 | A:853 [G] | sugar:SC | 58.18 | |
| V:29 [GLN] | A:921 [U] | 3.32 | A:852 [A] | 58.18 | ||
| V:32 [THR] | A:2349 [G] | 3.55 | A:2360 [C] | sugar:SC | 37.92 | |
| V:32 [THR] | A:2350 [A] | 4.99 | A:2359 [U] | 37.92 | ||
| V:33 [ALA] | A:2348 [A] | 3.29 | A:2361 [G] | 60.34 | ||
| V:33 [ALA] | A:2349 [G] | 3.01 | A:2360 [C] | sugar:BB | 60.34 | |
| V:34 [GLY] | A:2348 [A] | 3.62 | A:2361 [G] | 93.34 | ||
| V:34 [GLY] | A:2349 [G] | 3.16 | A:2360 [C] | base:BB | 93.34 | |
| V:34 [GLY] | A:2350 [A] | 3.9 | A:2359 [U] | 93.34 | ||
| V:35 [ASN] | A:2349 [G] | 2.95 | A:2360 [C] | sugar:SC | 55.56 | |
| V:35 [ASN] | A:2350 [A] | 3.13 | A:2359 [U] | 55.56 | ||
| V:36 [ILE] | A:2349 [G] | 4.58 | A:2360 [C] | 89.56 | ||
| V:36 [ILE] | A:2350 [A] | 3.01 | A:2359 [U] | sugar:BB | 89.56 | |
| V:36 [ILE] | A:2351 [C] | 4.03 | A:2358 [G] | 89.56 | ||
| V:36 [ILE] | A:2360 [C] | 3.92 | A:2349 [G] | 89.56 | ||
| V:39 [ARG] | A:2350 [A] | 4.98 | A:2359 [U] | 85.15 | ||
| V:39 [ARG] | A:2351 [C] | 3.63 | A:2358 [G] | sugar:SC | 85.15 | |
| V:39 [ARG] | A:2358 [G] | 4.79 | A:2351 [C] | 85.15 | ||
| V:39 [ARG] | A:2359 [U] | 3.28 | A:2350 [A] | base:SC, sugar:SC | 85.15 | |
| V:39 [ARG] | A:2360 [C] | 3.53 | A:2349 [G] | sugar:SC | 85.15 | |
| V:41 [ARG] | A:2258 [U] | 4.4 | A:2274 [A] | 77.52 | ||
| V:41 [ARG] | A:2325 [A] | 3.68 | A:2382 [U] | 77.52 | ||
| V:41 [ARG] | A:2326 [G] | 3.39 | A:2381 [C] | base:BB | 77.52 | |
| V:41 [ARG] | A:2382 [U] | 3.04 | A:2325 [A] | 77.52 | ||
| V:41 [ARG] | A:2383 [U] | 3.39 | A:2324 [A] | base/AA stacks | 77.52 | |
| V:42 [GLY] | A:2326 [G] | 3.16 | A:2381 [C] | sugar:BB | 76.15 | |
| V:42 [GLY] | A:2327 [G] | 4.14 | A:2320 [U] | 76.15 | ||
| V:43 [THR] | A:2327 [G] | 2.91 | A:2320 [U] | sugar:SC | 72.56 | |
| V:43 [THR] | A:2328 [C] | 3.88 | A:2319 [G] | 72.56 | ||
| V:43 [THR] | A:2332 [A] | 3.21 | base:SC | 72.56 | ||
| V:44 [GLU] | A:2326 [G] | 2.73 | A:2381 [C] | 53.52 | ||
| V:44 [GLU] | A:2327 [G] | 2.99 | A:2320 [U] | 53.52 | ||
| V:45 [PHE] | A:855 [G] | 4.05 | A:918 [A] | 40.15 | ||
| V:45 [PHE] | A:856 [G] | 4.95 | A:917 [U] | 40.15 | ||
| V:46 [HIS] | A:2328 [C] | 3.52 | A:2319 [G] | 53.4 | ||
| V:46 [HIS] | A:2332 [A] | 4.83 | 53.4 | |||
| V:53 [MET] | A:2332 [A] | 4.76 | 19.92 | |||
| V:53 [MET] | A:2361 [G] | 4.61 | A:2348 [A] | 19.92 | ||
| V:54 [GLY] | A:2360 [C] | 3.61 | A:2349 [G] | 72.35 | ||
| V:54 [GLY] | A:2361 [G] | 3.04 | A:2348 [A] | 72.35 | ||
| V:55 [ARG] | A:2359 [U] | 4.95 | A:2350 [A] | 54.87 | ||
| V:55 [ARG] | A:2360 [C] | 2.79 | A:2349 [G] | 54.87 | ||
| V:55 [ARG] | A:2361 [G] | 2.7 | A:2348 [A] | 54.87 | ||
| V:55 [ARG] | A:2379 [G] | 4.82 | A:2281 [C] | 54.87 | ||
| V:55 [ARG] | A:2380 [U] | 4.38 | A:2280 [A] | 54.87 | ||
| V:55 [ARG] | A:2381 [C] | 4.61 | A:2326 [G] | 54.87 | ||
| V:55 [ARG] | A:2382 [U] | 3.99 | A:2325 [A] | 54.87 | ||
| V:55 [ARG] | A:2383 [U] | 3.62 | A:2324 [A] | 54.87 | ||
| V:56 [ASP] | A:2359 [U] | 4.36 | A:2350 [A] | 82.55 | ||
| V:56 [ASP] | A:2360 [C] | 3.39 | A:2349 [G] | 82.55 | ||
| V:56 [ASP] | A:2382 [U] | 4.4 | A:2325 [A] | 82.55 | ||
| V:57 [HIS] | A:2326 [G] | 3.86 | A:2381 [C] | 38.84 | ||
| V:57 [HIS] | A:2332 [A] | 3.85 | 38.84 | |||
| V:57 [HIS] | A:2381 [C] | 3.44 | A:2326 [G] | base:SC | 38.84 | |
| V:57 [HIS] | A:2382 [U] | 3.87 | A:2325 [A] | 38.84 | ||
| V:58 [THR] | A:2360 [C] | 4.13 | A:2349 [G] | 88.34 | ||
| V:60 [PHE] | A:2360 [C] | 4.4 | A:2349 [G] | 40.4 | ||
| V:60 [PHE] | A:2361 [G] | 3.81 | A:2348 [A] | 40.4 | ||
| V:60 [PHE] | A:2362 [A] | 4.13 | A:2347 [G] | 40.4 | ||
| V:62 [THR] | A:2362 [A] | 4.39 | A:2347 [G] | 35.59 | ||
| V:69 [PHE] | A:854 [G] | 4.31 | A:919 [C] | 64.94 | ||
| V:69 [PHE] | A:855 [G] | 4.27 | A:918 [A] | 64.94 | ||
| V:75 [PHE] | A:2329 [A] | 3.87 | 26.64 | |||
| V:75 [PHE] | A:2330 [A] | 4.01 | 26.64 | |||
| V:77 [ARG] | A:2328 [C] | 3.95 | A:2319 [G] | 44.24 | ||
| V:77 [ARG] | A:2329 [A] | 2.7 | 44.24 | |||
| V:77 [ARG] | A:2330 [A] | 4.27 | 44.24 | |||
| V:78 [ARG] | A:855 [G] | 4.21 | A:918 [A] | 1.28 | ||
| V:78 [ARG] | A:856 [G] | 2.74 | A:917 [U] | 1.28 | ||
| V:78 [ARG] | A:2327 [G] | 4.56 | A:2320 [U] | 1.28 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group119 | 7RYG_V_A | V: 50s ribosomal protein l27, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7I6V8 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2F_B0_AX,BA | 7RYG_V_A | 0.94 | 0.96 | 2.3 | 0.65 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_W_A | 7RYG_V_A | 0.50 | 0.91 | 3.52 | 0.19 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_U_A | 7RYG_V_A | 0.85 | 0.98 | 1.91 | 0.53 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_10_1A | 7RYG_V_A | 0.93 | 0.96 | 2.44 | 0.65 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6XHV_10_1A,1x | 7RYG_V_A | 0.93 | 0.96 | 3.01 | 0.65 | Ribosomal L27 protein | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |