Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4QIK_A
|
4QIK_C,D
|
4Z31_A
|
4Z31_C,D
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:135 [ARG] | D:39 [A] | A:132 [ARG] | D:20 [U] | ✔ |
A:135 [ARG] | D:41 [G] | A:132 [ARG] | D:22 [U] | ✔ |
A:132 [PRO] | D:39 [A] | A:129 [PRO] | D:20 [U] | ✔ |
A:132 [PRO] | D:40 [C] | A:129 [PRO] | D:21 [C] | ✔ |
A:131 [ARG] | D:41 [G] | A:128 [ARG] | D:22 [U] | ✔ |
A:131 [ARG] | D:42 [G] | A:128 [ARG] | D:23 [G] | ✔ |
A:164 [ARG] | D:39 [A] | A:161 [ARG] | D:20 [U] | ✔ |
A:164 [ARG] | D:40 [C] | A:161 [ARG] | D:21 [C] | ✔ |
A:136 [LYS] | D:38 [A] | A:133 [LYS] | D:19 [U] | ✔ |
A:136 [LYS] | D:39 [A] | A:133 [LYS] | D:20 [U] | ✔ |
A:281 [ARG] | C:9 [U] | A:278 [ARG] | C:14 [A] | ✔ |
A:318 [GLN] | C:7 [U] | A:315 [GLN] | C:12 [A] | ✔ |
A:318 [GLN] | C:8 [U] | A:315 [GLN] | C:13 [C] | ✔ |
A:318 [GLN] | D:38 [A] | A:315 [GLN] | D:19 [U] | ✔ |
A:318 [GLN] | D:39 [A] | A:315 [GLN] | D:20 [U] | ✔ |
A:323 [LYS] | C:9 [U] | A:320 [LYS] | C:14 [A] | ✔ |
A:323 [LYS] | C:10 [C] | A:320 [LYS] | C:15 [C] | ✔ |
A:319 [SER] | C:8 [U] | A:316 [SER] | C:13 [C] | ✔ |
A:319 [SER] | C:9 [U] | A:316 [SER] | C:14 [A] | ✔ |
A:315 [SER] | C:7 [U] | A:312 [SER] | C:12 [A] | ✔ |
A:315 [SER] | C:8 [U] | A:312 [SER] | C:13 [C] | ✔ |
A:160 [SER] | D:38 [A] | A:157 [SER] | D:19 [U] | ✔ |
A:322 [ASP] | C:8 [U] | A:319 [ASP] | C:13 [C] | ✔ |
A:322 [ASP] | C:9 [U] | A:319 [ASP] | C:14 [A] | ✔ |
A:322 [ASP] | D:38 [A] | A:319 [ASP] | D:19 [U] | ✔ |
A:132 [PRO] | D:41 [G] | A:129 [PRO] | D:22 [U] | ❌ 4Z31_A_C,D |
A:135 [ARG] | D:40 [C] | A:132 [ARG] | D:21 [C] | ❌ 4QIK_A_C,D |
A:131 [ARG] | C:3 [A] | A:128 [ARG] | C:8 [G] | ❌ 4QIK_C:3 no longer at interface |
A:300 [PRO] | D:39 [A] | A:297 [PRO] | D:20 [U] | ❌ 4Z31_A:297 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
tri-helical & winged & Helical bundle in ROQ domain | 0.91 | 0.68 | 0.30 | 0.95 | 0.25 | 0.92 | 0.9 | 0.96 | 0.98 | 0.70 | 0.50 |
Other pairs involving 4QIK_A_C,D or 4Z31_A_C,D
Total number of entries: 1
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4QIK_A_C,D | 4Z31_A_C,D | 0.96 | 0.91 | 0.68 | 0.3 | tri-helical & winged & Helical bundle in ROQ domain | compare |