Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_M
|
6S0Z_A
|
7RYG_N
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| M:20 [THR] | A:2361 [U] | N:17 [LEU] | A:2330 [A] | ✔ |
| M:96 [ARG] | A:2320 [C] | N:93 [ARG] | A:2289 [C] | ✔ |
| M:96 [ARG] | A:2321 [C] | N:93 [ARG] | A:2290 [G] | ✔ |
| M:96 [ARG] | A:2403 [A] | N:93 [ARG] | A:2372 [A] | ✔ |
| M:14 [ARG] | A:2321 [C] | N:11 [ARG] | A:2290 [G] | ✔ |
| M:14 [ARG] | A:2322 [C] | N:11 [ARG] | A:2291 [C] | ✔ |
| M:113 [ARG] | A:2403 [A] | N:110 [ARG] | A:2372 [A] | ✔ |
| M:113 [ARG] | A:2404 [A] | N:110 [ARG] | A:2373 [A] | ✔ |
| M:93 [VAL] | A:2405 [A] | N:90 [ALA] | A:2374 [A] | ✔ |
| M:92 [ILE] | A:2405 [A] | N:89 [VAL] | A:2374 [A] | ✔ |
| M:119 [PHE] | A:2403 [A] | N:116 [PHE] | A:2372 [A] | ✔ |
| M:119 [PHE] | A:2404 [A] | N:116 [PHE] | A:2373 [A] | ✔ |
| M:98 [GLY] | A:2321 [C] | N:95 [GLY] | A:2290 [G] | ✔ |
| M:94 [PHE] | A:2403 [A] | N:91 [PHE] | A:2372 [A] | ✔ |
| M:94 [PHE] | A:2404 [A] | N:91 [PHE] | A:2373 [A] | ✔ |
| M:21 [ASN] | A:2405 [A] | N:18 [HIS] | A:2374 [A] | ✔ |
| M:101 [TYR] | A:2403 [A] | N:98 [TYR] | A:2372 [A] | ✔ |
| M:17 [ARG] | A:2361 [U] | N:14 [SER] | A:2330 [A] | ✔ |
| M:17 [ARG] | A:2362 [A] | N:14 [SER] | A:2331 [A] | ✔ |
| M:28 [LYS] | A:2405 [A] | N:24 [ALA] | A:2374 [A] | ✔ |
| M:22 [LEU] | A:2405 [A] | N:19 [ILE] | A:2374 [A] | ✔ |
| M:17 [ARG] | A:2322 [C] | N:14 [SER] | A:2291 [C] | ❌ 7RYG_N_A |
| M:17 [ARG] | A:2323 [U] | N:14 [SER] | A:2292 [U] | ❌ 7RYG_N_A |
| M:17 [ARG] | A:2360 [A] | N:14 [SER] | A:2329 [A] | ❌ 7RYG_N_A |
| M:28 [LYS] | A:2406 [G] | N:24 [ALA] | A:2375 [G] | ❌ 7RYG_N_A |
| M:13 [LYS] | A:2361 [U] | N:10 [ARG] | A:2330 [A] | ❌ 7RYG_N_A |
| M:13 [LYS] | A:2322 [C] | N:10 [ARG] | A:2291 [C] | ❌ 6S0Z_M_A |
| M:13 [LYS] | A:2323 [U] | N:10 [ARG] | A:2292 [U] | ❌ 6S0Z_M_A |
| M:13 [LYS] | A:2360 [A] | N:10 [ARG] | A:2329 [A] | ❌ 6S0Z_M_A |
| M:13 [LYS] | A:2362 [A] | N:10 [ARG] | A:2331 [A] | ❌ 6S0Z_M_A |
| M:21 [ASN] | A:2406 [G] | N:18 [HIS] | A:2375 [G] | ❌ 6S0Z_M_A |
| M:21 [ASN] | A:2361 [U] | N:18 [HIS] | A:2330 [A] | ❌ 6S0Z_M_A |
| M:21 [ASN] | A:2407 [A] | N:18 [HIS] | A:2376 [U] | ❌ 6S0Z_A:2407 no longer at interface |
| M:24 [GLY] | A:2407 [A] | N:22 [LEU] | A:2376 [U] | ❌ 6S0Z_M:24, 6S0Z_A:2407 no longer at interface |
| M:10 [VAL] | A:2322 [C] | N:7 [SER] | A:2291 [C] | ❌ 7RYG_N:7 no longer at interface |
| M:99 [TYR] | A:2321 [C] | N:96 [PHE] | A:2290 [G] | ❌ 7RYG_N:96 no longer at interface |
| M:110 [GLU] | A:2403 [A] | N:107 [ASP] | A:2372 [A] | ❌ 7RYG_N:107 no longer at interface |
| M:100 [LEU] | A:2320 [C] | N:97 [LYS] | A:2289 [C] | ❌ 7RYG_N:97 no longer at interface |
| M:100 [LEU] | A:2321 [C] | N:97 [LYS] | A:2290 [G] | ❌ 7RYG_N:97 no longer at interface |
| M:16 [ALA] | A:2360 [A] | N:13 [LYS] | A:2329 [A] | ❌ 6S0Z_M:16 no longer at interface |
| M:16 [ALA] | A:2361 [U] | N:13 [LYS] | A:2330 [A] | ❌ 6S0Z_M:16 no longer at interface |
| M:18 [VAL] | A:2405 [A] | N:15 [THR] | A:2374 [A] | ❌ 6S0Z_M:18 no longer at interface |
| M:18 [VAL] | A:2320 [C] | N:15 [THR] | A:2289 [C] | ❌ 6S0Z_M:18 no longer at interface |
| M:24 [GLY] | A:2405 [A] | N:22 [LEU] | A:2374 [A] | ❌ 6S0Z_M:24 no longer at interface |
| M:24 [GLY] | A:2406 [G] | N:22 [LEU] | A:2375 [G] | ❌ 6S0Z_M:24 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.98 | 2.44 | 0.37 | 0.88 | 0.98 | 0.79 | 0.92 | 0.66 | 0.59 | 0.23 | 0.54 |
Other pairs involving 6S0Z_M_A or 7RYG_N_A
Total number of entries: 11