Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6AZ3_O
|
6AZ3_8
|
7O7Y_BD
|
7O7Y_B7
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
O:65 [VAL] | 8:8 [C] | BD:65 [ALA] | B7:6 [C] | ✔ |
O:204 [ARG] | 8:36 [C] | BD:198 [HIS] | B7:34 [C] | ✔ |
O:204 [ARG] | 8:37 [C] | BD:198 [HIS] | B7:35 [U] | ✔ |
O:56 [THR] | 8:7 [A] | BD:56 [THR] | B7:5 [A] | ✔ |
O:56 [THR] | 8:28 [C] | BD:56 [THR] | B7:26 [C] | ✔ |
O:56 [THR] | 8:29 [A] | BD:56 [THR] | B7:27 [G] | ✔ |
O:10 [LYS] | 8:67 [G] | BD:10 [LYS] | B7:65 [G] | ✔ |
O:10 [LYS] | 8:68 [G] | BD:10 [LYS] | B7:66 [G] | ✔ |
O:50 [ARG] | 8:8 [C] | BD:50 [ARG] | B7:6 [C] | ✔ |
O:50 [ARG] | 8:9 [G] | BD:50 [ARG] | B7:7 [G] | ✔ |
O:164 [ARG] | 8:47 [U] | BD:158 [LYS] | B7:45 [U] | ✔ |
O:164 [ARG] | 8:48 [G] | BD:158 [LYS] | B7:46 [C] | ✔ |
O:164 [ARG] | 8:49 [U] | BD:158 [LYS] | B7:47 [G] | ✔ |
O:235 [TYR] | 8:50 [G] | BD:226 [TYR] | B7:48 [G] | ✔ |
O:235 [TYR] | 8:51 [A] | BD:226 [TYR] | B7:49 [A] | ✔ |
O:74 [VAL] | 8:7 [A] | BD:74 [ILE] | B7:5 [A] | ✔ |
O:74 [VAL] | 8:8 [C] | BD:74 [ILE] | B7:6 [C] | ✔ |
O:74 [VAL] | 8:116 [U] | BD:74 [ILE] | B7:114 [U] | ✔ |
O:74 [VAL] | 8:117 [A] | BD:74 [ILE] | B7:115 [A] | ✔ |
O:61 [ILE] | 8:6 [U] | BD:61 [ILE] | B7:4 [U] | ✔ |
O:61 [ILE] | 8:7 [A] | BD:61 [ILE] | B7:5 [A] | ✔ |
O:52 [VAL] | 8:7 [A] | BD:52 [ILE] | B7:5 [A] | ✔ |
O:52 [VAL] | 8:8 [C] | BD:52 [ILE] | B7:6 [C] | ✔ |
O:24 [ARG] | 8:15 [A] | BD:24 [ARG] | B7:13 [A] | ✔ |
O:24 [ARG] | 8:16 [C] | BD:24 [ARG] | B7:14 [C] | ✔ |
O:162 [GLY] | 8:37 [C] | BD:156 [GLY] | B7:35 [U] | ✔ |
O:162 [GLY] | 8:47 [U] | BD:156 [GLY] | B7:45 [U] | ✔ |
O:162 [GLY] | 8:48 [G] | BD:156 [GLY] | B7:46 [C] | ✔ |
O:232 [PHE] | 8:49 [U] | BD:223 [PHE] | B7:47 [G] | ✔ |
O:232 [PHE] | 8:50 [G] | BD:223 [PHE] | B7:48 [G] | ✔ |
O:232 [PHE] | 8:51 [A] | BD:223 [PHE] | B7:49 [A] | ✔ |
O:27 [LYS] | 8:7 [A] | BD:27 [LYS] | B7:5 [A] | ✔ |
O:27 [LYS] | 8:8 [C] | BD:27 [LYS] | B7:6 [C] | ✔ |
O:27 [LYS] | 8:9 [G] | BD:27 [LYS] | B7:7 [G] | ✔ |
O:54 [ARG] | 8:7 [A] | BD:54 [ARG] | B7:5 [A] | ✔ |
O:54 [ARG] | 8:8 [C] | BD:54 [ARG] | B7:6 [C] | ✔ |
O:54 [ARG] | 8:9 [G] | BD:54 [ARG] | B7:7 [G] | ✔ |
O:22 [ARG] | 8:8 [C] | BD:22 [ARG] | B7:6 [C] | ✔ |
O:22 [ARG] | 8:9 [G] | BD:22 [ARG] | B7:7 [G] | ✔ |
O:22 [ARG] | 8:10 [A] | BD:22 [ARG] | B7:8 [G] | ✔ |
O:94 [ASN] | 8:49 [U] | BD:94 [ASN] | B7:47 [G] | ✔ |
O:94 [ASN] | 8:50 [G] | BD:94 [ASN] | B7:48 [G] | ✔ |
O:68 [LYS] | 8:9 [G] | BD:68 [ARG] | B7:7 [G] | ✔ |
O:68 [LYS] | 8:10 [A] | BD:68 [ARG] | B7:8 [G] | ✔ |
O:57 [ASN] | 8:29 [A] | BD:57 [ASN] | B7:27 [G] | ✔ |
O:57 [ASN] | 8:30 [C] | BD:57 [ASN] | B7:28 [C] | ✔ |
O:57 [ASN] | 8:31 [C] | BD:57 [ASN] | B7:29 [C] | ✔ |
O:57 [ASN] | 8:50 [G] | BD:57 [ASN] | B7:48 [G] | ✔ |
O:57 [ASN] | 8:51 [A] | BD:57 [ASN] | B7:49 [A] | ✔ |
O:157 [ALA] | 8:47 [U] | BD:151 [ALA] | B7:45 [U] | ✔ |
O:230 [VAL] | 8:32 [A] | BD:221 [LYS] | B7:30 [C] | ✔ |
O:230 [VAL] | 8:50 [G] | BD:221 [LYS] | B7:48 [G] | ✔ |
O:230 [VAL] | 8:51 [A] | BD:221 [LYS] | B7:49 [A] | ✔ |
O:59 [ASP] | 8:28 [C] | BD:59 [ASP] | B7:26 [C] | ✔ |
O:187 [PRO] | 8:37 [C] | BD:181 [PRO] | B7:35 [U] | ✔ |
O:16 [PHE] | 8:13 [A] | BD:16 [TYR] | B7:11 [A] | ✔ |
O:16 [PHE] | 8:16 [C] | BD:16 [TYR] | B7:14 [C] | ✔ |
O:17 [GLN] | 8:13 [A] | BD:17 [GLN] | B7:11 [A] | ✔ |
O:33 [ARG] | 8:8 [C] | BD:33 [ARG] | B7:6 [C] | ✔ |
O:33 [ARG] | 8:9 [G] | BD:33 [ARG] | B7:7 [G] | ✔ |
O:33 [ARG] | 8:10 [A] | BD:33 [ARG] | B7:8 [G] | ✔ |
O:8 [LYS] | 8:17 [U] | BD:8 [LYS] | B7:15 [C] | ✔ |
O:8 [LYS] | 8:18 [U] | BD:8 [LYS] | B7:16 [A] | ✔ |
O:13 [PHE] | 8:13 [A] | BD:13 [PHE] | B7:11 [A] | ✔ |
O:13 [PHE] | 8:17 [U] | BD:13 [PHE] | B7:15 [C] | ✔ |
O:13 [PHE] | 8:67 [G] | BD:13 [PHE] | B7:65 [G] | ✔ |
O:13 [PHE] | 8:68 [G] | BD:13 [PHE] | B7:66 [G] | ✔ |
O:13 [PHE] | 8:69 [C] | BD:13 [PHE] | B7:67 [C] | ✔ |
O:263 [SER] | 8:119 [U] | BD:254 [GLU] | B7:117 [G] | ✔ |
O:19 [LYS] | 8:12 [C] | BD:19 [LYS] | B7:10 [C] | ✔ |
O:69 [ILE] | 8:10 [A] | BD:69 [ILE] | B7:8 [G] | ✔ |
O:213 [TYR] | 8:33 [U] | BD:207 [TYR] | B7:31 [G] | ✔ |
O:213 [TYR] | 8:34 [A] | BD:207 [TYR] | B7:32 [A] | ✔ |
O:213 [TYR] | 8:35 [U] | BD:207 [TYR] | B7:33 [U] | ✔ |
O:213 [TYR] | 8:49 [U] | BD:207 [TYR] | B7:47 [G] | ✔ |
O:231 [GLN] | 8:32 [A] | BD:222 [GLN] | B7:30 [C] | ✔ |
O:231 [GLN] | 8:33 [U] | BD:222 [GLN] | B7:31 [G] | ✔ |
O:231 [GLN] | 8:49 [U] | BD:222 [GLN] | B7:47 [G] | ✔ |
O:231 [GLN] | 8:50 [G] | BD:222 [GLN] | B7:48 [G] | ✔ |
O:231 [GLN] | 8:51 [A] | BD:222 [GLN] | B7:49 [A] | ✔ |
O:93 [THR] | 8:49 [U] | BD:93 [THR] | B7:47 [G] | ✔ |
O:93 [THR] | 8:50 [G] | BD:93 [THR] | B7:48 [G] | ✔ |
O:210 [VAL] | 8:49 [U] | BD:204 [VAL] | B7:47 [G] | ✔ |
O:210 [VAL] | 8:50 [G] | BD:204 [VAL] | B7:48 [G] | ✔ |
O:28 [THR] | 8:9 [G] | BD:28 [THR] | B7:7 [G] | ✔ |
O:161 [THR] | 8:37 [C] | BD:155 [THR] | B7:35 [U] | ✔ |
O:161 [THR] | 8:38 [C] | BD:155 [THR] | B7:36 [C] | ✔ |
O:30 [TYR] | 8:9 [G] | BD:30 [TYR] | B7:7 [G] | ✔ |
O:30 [TYR] | 8:10 [A] | BD:30 [TYR] | B7:8 [G] | ✔ |
O:30 [TYR] | 8:12 [C] | BD:30 [TYR] | B7:10 [C] | ✔ |
O:14 [LYS] | 8:13 [A] | BD:14 [LYS] | B7:11 [A] | ✔ |
O:14 [LYS] | 8:68 [G] | BD:14 [LYS] | B7:66 [G] | ✔ |
O:14 [LYS] | 8:69 [C] | BD:14 [LYS] | B7:67 [C] | ✔ |
O:77 [ALA] | 8:117 [A] | BD:77 [ALA] | B7:115 [A] | ✔ |
O:160 [THR] | 8:38 [C] | BD:154 [THR] | B7:36 [C] | ✔ |
O:160 [THR] | 8:46 [U] | BD:154 [THR] | B7:44 [C] | ✔ |
O:160 [THR] | 8:47 [U] | BD:154 [THR] | B7:45 [U] | ✔ |
O:158 [ARG] | 8:46 [U] | BD:152 [ARG] | B7:44 [C] | ✔ |
O:158 [ARG] | 8:47 [U] | BD:152 [ARG] | B7:45 [U] | ✔ |
O:71 [GLY] | 8:9 [G] | BD:71 [GLY] | B7:7 [G] | ✔ |
O:71 [GLY] | 8:10 [A] | BD:71 [GLY] | B7:8 [G] | ✔ |
O:71 [GLY] | 8:115 [G] | BD:71 [GLY] | B7:113 [G] | ✔ |
O:70 [VAL] | 8:9 [G] | BD:70 [GLU] | B7:7 [G] | ✔ |
O:70 [VAL] | 8:10 [A] | BD:70 [GLU] | B7:8 [G] | ✔ |
O:70 [VAL] | 8:115 [G] | BD:70 [GLU] | B7:113 [G] | ✔ |
O:189 [TYR] | 8:38 [C] | BD:183 [TYR] | B7:36 [C] | ✔ |
O:216 [GLN] | 8:35 [U] | BD:210 [TYR] | B7:33 [U] | ✔ |
O:72 [ASP] | 8:8 [C] | BD:72 [ASP] | B7:6 [C] | ✔ |
O:72 [ASP] | 8:9 [G] | BD:72 [ASP] | B7:7 [G] | ✔ |
O:72 [ASP] | 8:115 [G] | BD:72 [ASP] | B7:113 [G] | ✔ |
O:72 [ASP] | 8:116 [U] | BD:72 [ASP] | B7:114 [U] | ✔ |
O:73 [GLU] | 8:116 [U] | BD:73 [MET] | B7:114 [U] | ✔ |
O:233 [SER] | 8:50 [G] | BD:224 [SER] | B7:48 [G] | ✔ |
O:233 [SER] | 8:51 [A] | BD:224 [SER] | B7:49 [A] | ✔ |
O:233 [SER] | 8:52 [A] | BD:224 [SER] | B7:50 [A] | ✔ |
O:58 [LYS] | 8:28 [C] | BD:58 [ARG] | B7:26 [C] | ✔ |
O:58 [LYS] | 8:29 [A] | BD:58 [ARG] | B7:27 [G] | ✔ |
O:58 [LYS] | 8:51 [A] | BD:58 [ARG] | B7:49 [A] | ✔ |
O:21 [ARG] | 8:11 [C] | BD:21 [ARG] | B7:9 [C] | ✔ |
O:21 [ARG] | 8:12 [C] | BD:21 [ARG] | B7:10 [C] | ✔ |
O:21 [ARG] | 8:15 [A] | BD:21 [ARG] | B7:13 [A] | ✔ |
O:21 [ARG] | 8:112 [G] | BD:21 [ARG] | B7:110 [G] | ✔ |
O:21 [ARG] | 8:113 [C] | BD:21 [ARG] | B7:111 [C] | ✔ |
O:209 [HIS] | 8:35 [U] | BD:203 [ASN] | B7:33 [U] | ✔ |
O:209 [HIS] | 8:36 [C] | BD:203 [ASN] | B7:34 [C] | ✔ |
O:209 [HIS] | 8:48 [G] | BD:203 [ASN] | B7:46 [C] | ✔ |
O:209 [HIS] | 8:49 [U] | BD:203 [ASN] | B7:47 [G] | ✔ |
O:163 [ALA] | 8:47 [U] | BD:157 [ASN] | B7:45 [U] | ✔ |
O:163 [ALA] | 8:48 [G] | BD:157 [ASN] | B7:46 [C] | ✔ |
O:20 [TYR] | 8:12 [C] | BD:20 [PHE] | B7:10 [C] | ✔ |
O:165 [VAL] | 8:48 [G] | BD:159 [VAL] | B7:46 [C] | ✔ |
O:63 [GLN] | 8:7 [A] | BD:63 [GLN] | B7:5 [A] | ✔ |
O:63 [GLN] | 8:8 [C] | BD:63 [GLN] | B7:6 [C] | ✔ |
O:63 [GLN] | 8:117 [A] | BD:63 [GLN] | B7:115 [A] | ✔ |
O:18 [VAL] | 8:12 [C] | BD:18 [VAL] | B7:10 [C] | ✔ |
O:18 [VAL] | 8:13 [A] | BD:18 [VAL] | B7:11 [A] | ✔ |
O:18 [VAL] | 8:16 [C] | BD:18 [VAL] | B7:14 [C] | ✔ |
O:91 [GLY] | 8:50 [G] | BD:91 [GLY] | B7:48 [G] | ✔ |
O:25 [GLU] | 8:60 [A] | BD:25 [GLU] | B7:58 [A] | ✔ |
O:234 [ARG] | 8:51 [A] | BD:225 [GLN] | B7:49 [A] | ✔ |
O:234 [ARG] | 8:52 [A] | BD:225 [GLN] | B7:50 [A] | ✔ |
O:81 [HIS] | 8:118 [C] | BD:81 [HIS] | B7:116 [G] | ✔ |
O:95 [TYR] | 8:48 [G] | BD:95 [TYR] | B7:46 [C] | ✔ |
O:95 [TYR] | 8:49 [U] | BD:95 [TYR] | B7:47 [G] | ✔ |
O:79 [TYR] | 8:6 [U] | BD:79 [TYR] | B7:4 [U] | ✔ |
O:79 [TYR] | 8:117 [A] | BD:79 [TYR] | B7:115 [A] | ✔ |
O:79 [TYR] | 8:118 [C] | BD:79 [TYR] | B7:116 [G] | ✔ |
O:204 [ARG] | 8:48 [G] | BD:198 [HIS] | B7:46 [C] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:204 [ARG] | 8:49 [U] | BD:198 [HIS] | B7:47 [G] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:22 [ARG] | 8:7 [A] | BD:22 [ARG] | B7:5 [A] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:230 [VAL] | 8:52 [A] | BD:221 [LYS] | B7:50 [A] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:187 [PRO] | 8:38 [C] | BD:181 [PRO] | B7:36 [C] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:93 [THR] | 8:51 [A] | BD:93 [THR] | B7:49 [A] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:161 [THR] | 8:39 [G] | BD:155 [THR] | B7:37 [G] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:77 [ALA] | 8:118 [C] | BD:77 [ALA] | B7:116 [G] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:21 [ARG] | 8:16 [C] | BD:21 [ARG] | B7:14 [C] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:21 [ARG] | 8:60 [A] | BD:21 [ARG] | B7:58 [A] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:18 [VAL] | 8:15 [A] | BD:18 [VAL] | B7:13 [A] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:234 [ARG] | 8:50 [G] | BD:225 [GLN] | B7:48 [G] | ❌ 7O7Y_BD_B7 |
O:13 [PHE] | 8:16 [C] | BD:13 [PHE] | B7:14 [C] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:160 [THR] | 8:39 [G] | BD:154 [THR] | B7:37 [G] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:161 [THR] | 8:47 [U] | BD:155 [THR] | B7:45 [U] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:21 [ARG] | 8:9 [G] | BD:21 [ARG] | B7:7 [G] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:21 [ARG] | 8:10 [A] | BD:21 [ARG] | B7:8 [G] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:230 [VAL] | 8:33 [U] | BD:221 [LYS] | B7:31 [G] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:235 [TYR] | 8:49 [U] | BD:226 [TYR] | B7:47 [G] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:27 [LYS] | 8:6 [U] | BD:27 [LYS] | B7:4 [U] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:58 [LYS] | 8:30 [C] | BD:58 [ARG] | B7:28 [C] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:73 [GLU] | 8:115 [G] | BD:73 [MET] | B7:113 [G] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:91 [GLY] | 8:51 [A] | BD:91 [GLY] | B7:49 [A] | ❌ 6AZ3_O_8 |
O:59 [ASP] | 8:27 [A] | BD:59 [ASP] | B7:25 [G] | ❌ 7O7Y_B7:25 no longer at interface |
O:158 [ARG] | 8:45 [U] | BD:152 [ARG] | B7:43 [U] | ❌ 7O7Y_B7:43 no longer at interface |
O:70 [VAL] | 8:114 [C] | BD:70 [GLU] | B7:112 [U] | ❌ 7O7Y_B7:112 no longer at interface |
O:264 [LEU] | 8:120 [C] | BD:256 [LYS] | B7:118 [C] | ❌ 6AZ3_O:264, 6AZ3_8:120 no longer at interface |
O:58 [LYS] | 8:53 [G] | BD:58 [ARG] | B7:51 [G] | ❌ 6AZ3_8:53 no longer at interface |
O:58 [LYS] | 8:54 [U] | BD:58 [ARG] | B7:52 [C] | ❌ 6AZ3_8:54 no longer at interface |
O:191 [LYS] | 8:39 [G] | BD:185 [SER] | B7:37 [G] | ❌ 7O7Y_BD:185 no longer at interface |
O:96 [ALA] | 8:49 [U] | BD:96 [ALA] | B7:47 [G] | ❌ 7O7Y_BD:96 no longer at interface |
O:76 [MET] | 8:117 [A] | BD:76 [CYS] | B7:115 [A] | ❌ 7O7Y_BD:76 no longer at interface |
O:15 [ARG] | 8:13 [A] | BD:15 [ARG] | B7:11 [A] | ❌ 7O7Y_BD:15 no longer at interface |
O:200 [VAL] | 8:37 [C] | BD:194 [VAL] | B7:35 [U] | ❌ 7O7Y_BD:194 no longer at interface |
O:153 [ASP] | 8:9 [G] | BD:147 [ASP] | B7:7 [G] | ❌ 6AZ3_O:153 no longer at interface |
O:153 [ASP] | 8:8 [C] | BD:147 [ASP] | B7:6 [C] | ❌ 6AZ3_O:153 no longer at interface |
O:156 [LEU] | 8:47 [U] | BD:150 [LEU] | B7:45 [U] | ❌ 6AZ3_O:156 no longer at interface |
O:262 [LYS] | 8:118 [C] | BD:253 [TYR] | B7:116 [G] | ❌ 6AZ3_O:262 no longer at interface |
O:262 [LYS] | 8:119 [U] | BD:253 [TYR] | B7:117 [G] | ❌ 6AZ3_O:262 no longer at interface |
O:264 [LEU] | 8:119 [U] | BD:256 [LYS] | B7:117 [G] | ❌ 6AZ3_O:264 no longer at interface |
O:55 [ILE] | 8:29 [A] | BD:55 [VAL] | B7:27 [G] | ❌ 6AZ3_O:55 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribonuclease H-like | 5S ribosomal RNA | 0.96 | 0.98 | 0.67 | 0.94 | 0.97 | 0.93 | 0.93 | 0.92 | 0.84 | 0.52 | 0.44 |
Other pairs involving 6AZ3_O_8 or 7O7Y_BD_B7
Total number of entries: 15