RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group125 > 5B2R_B_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

5B2R_B
5B2R_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
B:33 [LYS] A:81 [G] 2.76 A:68 [A] base:BB 75.36
B:34 [VAL] A:81 [G] 4.2 A:68 [A] 14.93
B:35 [LEU] A:69 [A] 4.73 A:80 [U] 65.05
B:35 [LEU] A:81 [G] 3.57 A:68 [A] 65.05
B:55 [SER] A:65 [A] 4.28 58.83
B:56 [GLY] A:65 [A] 3.55 89.02
B:57 [GLU] A:64 [U] 2.65 sugar:BB 46.07
B:57 [GLU] A:65 [A] 2.9 46.07
B:58 [THR] A:12 [G] 3.83 C:17 [DC] 90.46
B:58 [THR] A:13 [C] 3.54 C:16 [DG] 90.46
B:58 [THR] A:64 [U] 3.24 90.46
B:59 [ALA] A:12 [G] 4.86 C:17 [DC] 98.77
B:59 [ALA] A:13 [C] 2.62 C:16 [DG] 98.77
B:59 [ALA] A:14 [G] 3.71 C:15 [DC] 98.77
B:59 [ALA] A:64 [U] 3.45 98.77
B:60 [GLU] A:12 [G] 4.75 C:17 [DC] 70.44
B:60 [GLU] A:13 [C] 3.82 C:16 [DG] 70.44
B:60 [GLU] A:14 [G] 4.88 C:15 [DC] 70.44
B:61 [ALA] A:63 [U] 4.65 51.55
B:62 [THR] A:63 [U] 2.78 sugar:SC 89.18
B:62 [THR] A:64 [U] 3.06 sugar:SC 89.18
B:63 [ARG] A:13 [C] 3.8 C:16 [DG] 98.97
B:63 [ARG] A:14 [G] 2.39 C:15 [DC] base/AA stacks 98.97
B:63 [ARG] A:15 [C] 3.49 C:14 [DG] 98.97
B:65 [LYS] A:51 [A] 4.85 32.37
B:65 [LYS] A:63 [U] 3.27 32.37
B:66 [ARG] A:14 [G] 3.23 C:15 [DC] 98.97
B:66 [ARG] A:15 [C] 2.83 C:14 [DG] 98.97
B:66 [ARG] A:62 [G] 3.4 A:52 [A] 98.97
B:67 [THR] A:15 [C] 4.89 C:14 [DG] 81.57
B:67 [THR] A:16 [U] 4.15 C:13 [DA] 81.57
B:67 [THR] A:17 [U] 3.97 C:12 [DA] 81.57
B:68 [ALA] A:51 [A] 4.23 75.46
B:69 [ARG] A:51 [A] 3.44 98.97
B:69 [ARG] A:62 [G] 3.08 A:52 [A] base/AA stacks 98.97
B:69 [ARG] A:63 [U] 2.95 98.97
B:70 [ARG] A:15 [C] 2.86 C:14 [DG] 98.97
B:70 [ARG] A:16 [U] 2.92 C:13 [DA] 98.97
B:70 [ARG] A:60 [C] 4.83 A:54 [G] 98.97
B:70 [ARG] A:61 [C] 2.64 A:53 [G] 98.97
B:71 [ARG] A:17 [U] 3.49 C:12 [DA] base/AA stacks 96.28
B:71 [ARG] A:18 [G] 2.55 C:11 [DC] base:SC, base:SC 96.28
B:72 [TYR] A:20 [C] 4.0 C:9 [DG] base:SC 51.44
B:72 [TYR] A:21 [G] 4.56 A:50 [U] 51.44
B:72 [TYR] A:50 [U] 3.41 A:21 [G] base/AA stacks 51.44
B:72 [TYR] A:51 [A] 3.44 51.44
B:73 [THR] A:59 [U] 3.97 51.26
B:73 [THR] A:60 [C] 4.63 A:54 [G] 51.26
B:73 [THR] A:61 [C] 4.51 A:53 [G] 51.26
B:74 [ARG] A:16 [U] 2.8 C:13 [DA] 98.79
B:74 [ARG] A:17 [U] 3.18 C:12 [DA] 98.79
B:74 [ARG] A:59 [U] 3.4 98.79
B:74 [ARG] A:60 [C] 2.8 A:54 [G] 98.79
B:75 [ARG] A:49 [A] 4.3 A:22 [U] 90.79
B:75 [ARG] A:50 [U] 2.7 A:21 [G] base:SC 90.79
B:76 [LYS] A:48 [A] 3.71 A:23 [U] 73.62
B:76 [LYS] A:49 [A] 3.11 A:22 [U] 73.62
B:77 [ASN] A:59 [U] 2.95 base:SC 43.39
B:78 [ARG] A:18 [G] 3.8 C:11 [DC] 98.92
B:79 [ILE] A:48 [A] 3.88 A:23 [U] 78.56
B:81 [TYR] A:59 [U] 3.22 59.84
B:83 [GLN] A:48 [A] 4.25 A:23 [U] 69.57
B:100 [ARG] A:47 [A] 4.79 A:24 [U] 95.9
B:101 [LEU] A:47 [A] 2.64 A:24 [U] sugar:BB 85.12
B:101 [LEU] A:48 [A] 3.86 A:23 [U] 85.12
B:102 [GLU] A:47 [A] 4.57 A:24 [U] 55.34
B:102 [GLU] A:48 [A] 3.95 A:23 [U] 55.34
B:102 [GLU] A:49 [A] 4.22 A:22 [U] 55.34
B:104 [SER] A:24 [U] 4.2 A:47 [A] 95.74
B:104 [SER] A:25 [U] 3.14 A:46 [A] sugar:BB 95.74
B:104 [SER] A:47 [A] 2.84 A:24 [U] base:SC, sugar:SC 95.74
B:104 [SER] A:48 [A] 3.65 A:23 [U] sugar:SC 95.74
B:105 [PHE] A:23 [U] 3.41 A:48 [A] 44.65
B:105 [PHE] A:24 [U] 2.6 A:47 [A] sugar:BB base/AA stacks 44.65
B:105 [PHE] A:25 [U] 3.72 A:46 [A] 44.65
B:105 [PHE] A:47 [A] 4.5 A:24 [U] 44.65
B:105 [PHE] A:48 [A] 3.63 A:23 [U] 44.65
B:106 [LEU] A:24 [U] 4.14 A:47 [A] 58.39
B:106 [LEU] A:25 [U] 3.54 A:46 [A] 58.39
B:107 [VAL] A:24 [U] 3.91 A:47 [A] 42.59
B:107 [VAL] A:25 [U] 3.88 A:46 [A] 42.59
B:108 [GLU] A:25 [U] 4.82 A:46 [A] 33.93
B:108 [GLU] A:26 [A] 4.44 A:45 [U] 33.93
B:111 [LYS] A:25 [U] 3.27 A:46 [A] sugar:SC 78.24
B:115 [ARG] A:25 [U] 4.29 A:46 [A] 45.6
B:115 [ARG] A:26 [A] 2.94 A:45 [U] 45.6
B:115 [ARG] A:27 [G] 3.72 45.6
B:116 [HIS] A:26 [A] 3.02 A:45 [U] 45.49
B:116 [HIS] A:27 [G] 2.72 45.49
B:117 [PRO] A:26 [A] 3.66 A:45 [U] 48.55
B:122 [ILE] A:27 [G] 3.53 30.65
B:122 [ILE] A:28 [A] 3.19 30.65
B:123 [VAL] A:28 [A] 4.35 67.67
B:125 [GLU] A:26 [A] 3.58 A:45 [U] sugar:SC 84.84
B:125 [GLU] A:27 [G] 4.53 84.84
B:126 [VAL] A:27 [G] 3.67 61.73
B:126 [VAL] A:28 [A] 3.75 61.73
B:129 [HIS] A:26 [A] 4.33 A:45 [U] 69.05
B:129 [HIS] A:27 [G] 2.96 69.05
B:129 [HIS] A:45 [U] 4.08 A:26 [A] 69.05
B:133 [PRO] A:27 [G] 4.62 93.54
B:133 [PRO] A:45 [U] 3.51 A:26 [A] 93.54
B:134 [THR] A:44 [U] 3.54 98.97
B:134 [THR] A:45 [U] 3.45 A:26 [A] 98.97
B:135 [ILE] A:45 [U] 2.98 A:26 [A] sugar:BB 96.77
B:135 [ILE] A:46 [A] 3.6 A:25 [U] 96.77
B:136 [TYR] A:45 [U] 4.81 A:26 [A] 80.56
B:136 [TYR] A:46 [A] 4.41 A:25 [U] 80.56
B:155 [TYR] A:48 [A] 4.62 A:23 [U] 95.08
B:156 [LEU] A:46 [A] 4.98 A:25 [U] 95.51
B:156 [LEU] A:47 [A] 4.48 A:24 [U] 95.51
B:159 [ALA] A:47 [A] 4.81 A:24 [U] 93.15
B:160 [HIS] A:45 [U] 4.88 A:26 [A] 88.72
B:160 [HIS] A:46 [A] 2.94 A:25 [U] 88.72
B:160 [HIS] A:47 [A] 3.87 A:24 [U] 88.72
B:163 [LYS] A:19 [G] 4.75 C:10 [DC] 98.13
B:163 [LYS] A:47 [A] 4.41 A:24 [U] 98.13
B:163 [LYS] A:48 [A] 2.7 A:23 [U] 98.13
B:163 [LYS] A:49 [A] 4.68 A:22 [U] 98.13
B:164 [PHE] A:18 [G] 4.99 C:11 [DC] 71.6
B:164 [PHE] A:19 [G] 3.15 C:10 [DC] 71.6
B:164 [PHE] A:20 [C] 4.69 C:9 [DG] 71.6
B:164 [PHE] A:47 [A] 3.61 A:24 [U] 71.6
B:165 [ARG] A:17 [U] 3.29 C:12 [DA] 98.97
B:165 [ARG] A:18 [G] 2.79 C:11 [DC] 98.97
B:165 [ARG] A:19 [G] 3.4 C:10 [DC] 98.97
B:166 [GLY] A:17 [U] 4.93 C:12 [DA] 98.85
B:166 [GLY] A:18 [G] 3.17 C:11 [DC] 98.85
B:166 [GLY] A:19 [G] 3.2 C:10 [DC] 98.85
B:167 [HIS] A:17 [U] 4.74 C:12 [DA] 89.92
B:167 [HIS] A:18 [G] 3.5 C:11 [DC] 89.92
B:168 [PHE] A:17 [U] 3.53 C:12 [DA] 98.85
B:168 [PHE] A:18 [G] 4.61 C:11 [DC] 98.85
B:324 [ARG] A:44 [U] 4.35 41.07
B:325 [TYR] A:43 [G] 4.65 90.64
B:325 [TYR] A:44 [U] 3.28 base:BB base/AA stacks 90.64
B:328 [HIS] A:43 [G] 4.72 94.28
B:328 [HIS] A:44 [U] 3.14 base/AA stacks 94.28
B:329 [HIS] A:43 [G] 4.87 64.62
B:329 [HIS] A:44 [U] 3.1 64.62
B:332 [LEU] A:43 [G] 3.76 94.38
B:336 [LYS] A:42 [A] 3.63 96.77
B:336 [LYS] A:43 [G] 2.97 base:SC 96.77
B:340 [ARG] A:40 [C] 3.41 A:29 [G] 62.41
B:340 [ARG] A:41 [A] 2.81 62.41
B:347 [TYR] A:41 [A] 3.77 71.11
B:347 [TYR] A:43 [G] 4.64 71.11
B:351 [PHE] A:42 [A] 3.24 base:BB 89.9
B:351 [PHE] A:43 [G] 2.91 base:BB 89.9
B:352 [PHE] A:40 [C] 4.41 A:29 [G] 56.39
B:352 [PHE] A:41 [A] 3.68 56.39
B:352 [PHE] A:42 [A] 3.65 56.39
B:359 [TYR] A:43 [G] 2.85 sugar:SC 90.18
B:359 [TYR] A:44 [U] 4.39 90.18
B:360 [ALA] A:43 [G] 3.62 55.06
B:363 [ILE] A:43 [G] 3.49 70.63
B:363 [ILE] A:44 [U] 4.15 70.63
B:364 [ASP] A:43 [G] 2.89 base:SC 57.73
B:365 [GLY] A:22 [U] 4.05 A:49 [A] 40.53
B:366 [GLY] A:22 [U] 4.47 A:49 [A] 39.8
B:400 [ARG] A:44 [U] 3.59 69.55
B:401 [LYS] A:44 [U] 3.92 83.62
B:401 [LYS] A:45 [U] 3.57 A:26 [A] 83.62
B:402 [GLN] A:20 [C] 4.58 C:9 [DG] 79.93
B:402 [GLN] A:44 [U] 2.58 base:SC, sugar:SC 79.93
B:402 [GLN] A:45 [U] 2.72 A:26 [A] 79.93
B:403 [ARG] A:19 [G] 4.85 C:10 [DC] 83.76
B:403 [ARG] A:20 [C] 2.77 C:9 [DG] 83.76
B:403 [ARG] A:21 [G] 4.01 A:50 [U] 83.76
B:403 [ARG] A:45 [U] 2.82 A:26 [A] 83.76
B:403 [ARG] A:46 [A] 2.77 A:25 [U] 83.76
B:404 [THR] A:19 [G] 3.06 C:10 [DC] sugar:BB 74.42
B:404 [THR] A:20 [C] 3.05 C:9 [DG] 74.42
B:405 [PHE] A:19 [G] 3.1 C:10 [DC] 47.9
B:405 [PHE] A:20 [C] 4.06 C:9 [DG] 47.9
B:406 [ASP] A:19 [G] 4.16 C:10 [DC] 48.85
B:407 [ASN] A:18 [G] 4.95 C:11 [DC] 98.97
B:407 [ASN] A:19 [G] 3.32 C:10 [DC] 98.97
B:407 [ASN] A:20 [C] 2.84 C:9 [DG] 98.97
B:408 [GLY] A:18 [G] 3.5 C:11 [DC] sugar:BB 71.91
B:408 [GLY] A:19 [G] 3.41 C:10 [DC] 71.91
B:410 [ILE] A:18 [G] 4.52 C:11 [DC] 96.02
B:415 [HIS] A:19 [G] 4.81 C:10 [DC] 87.54
B:446 [PHE] A:59 [U] 3.33 96.1
B:447 [ARG] A:16 [U] 2.9 C:13 [DA] base:SC, sugar:SC 89.9
B:447 [ARG] A:17 [U] 3.38 C:12 [DA] sugar:SC 89.9
B:448 [ILE] A:16 [U] 2.68 C:13 [DA] sugar:BB 91.72
B:448 [ILE] A:17 [U] 3.4 C:12 [DA] 91.72
B:448 [ILE] A:60 [C] 4.89 A:54 [G] 91.72
B:449 [PRO] A:15 [C] 4.36 C:14 [DG] 98.69
B:449 [PRO] A:16 [U] 4.05 C:13 [DA] 98.69
B:450 [TYR] A:14 [G] 4.82 C:15 [DC] 97.85
B:450 [TYR] A:15 [C] 2.63 C:14 [DG] sugar:BB 97.85
B:450 [TYR] A:16 [U] 3.21 C:13 [DA] 97.85
B:451 [TYR] A:15 [C] 4.66 C:14 [DG] 95.87
B:452 [VAL] A:15 [C] 4.88 C:14 [DG] 93.9
B:453 [GLY] A:15 [C] 3.37 C:14 [DG] 98.85
B:453 [GLY] A:16 [U] 3.75 C:13 [DA] 98.85
B:454 [PRO] A:15 [C] 3.28 C:14 [DG] 97.54
B:454 [PRO] A:16 [U] 3.48 C:13 [DA] 97.54
B:454 [PRO] A:60 [C] 3.76 A:54 [G] 97.54
B:454 [PRO] A:61 [C] 3.94 A:53 [G] 97.54
B:455 [LEU] A:58 [G] 2.66 A:55 [C] sugar:BB 88.54
B:455 [LEU] A:59 [U] 3.76 88.54
B:455 [LEU] A:60 [C] 2.87 A:54 [G] 88.54
B:456 [ALA] A:58 [G] 3.3 A:55 [C] 80.28
B:456 [ALA] A:60 [C] 3.7 A:54 [G] 80.28
B:457 [ARG] A:57 [A] 2.74 43.48
B:457 [ARG] A:58 [G] 3.37 A:55 [C] 43.48
B:459 [ASN] A:56 [U] 3.08 base/AA stacks 44.69
B:459 [ASN] A:58 [G] 4.71 A:55 [C] 44.69
B:459 [ASN] A:60 [C] 3.46 A:54 [G] 44.69
B:459 [ASN] A:61 [C] 3.89 A:53 [G] 44.69
B:460 [SER] A:60 [C] 3.41 A:54 [G] 71.74
B:460 [SER] A:61 [C] 2.72 A:53 [G] 71.74
B:461 [ARG] A:14 [G] 4.16 C:15 [DC] 47.39
B:461 [ARG] A:62 [G] 4.99 A:52 [A] 47.39
B:462 [PHE] A:14 [G] 3.56 C:15 [DC] 70.32
B:462 [PHE] A:15 [C] 3.37 C:14 [DG] 70.32
B:462 [PHE] A:61 [C] 3.68 A:53 [G] 70.32
B:462 [PHE] A:62 [G] 3.44 A:52 [A] 70.32
B:464 [TRP] A:14 [G] 3.97 C:15 [DC] 96.77
B:464 [TRP] A:15 [C] 3.61 C:14 [DG] 96.77
B:467 [ARG] A:58 [G] 3.2 A:55 [C] 85.82
B:467 [ARG] A:59 [U] 2.9 85.82
B:471 [GLU] A:59 [U] 4.1 62.94
B:472 [THR] A:59 [U] 3.2 52.68
B:473 [ILE] A:59 [U] 2.89 90.36
B:474 [THR] A:59 [U] 4.19 72.21
B:475 [PRO] A:59 [U] 3.29 98.64
B:491 [PHE] A:14 [G] 4.14 C:15 [DC] 98.56
B:494 [ARG] A:14 [G] 4.71 C:15 [DC] 89.38
B:500 [LYS] A:3 [A] 4.37 C:26 [DT] 91.13
B:510 [LYS] A:5 [A] 3.9 C:24 [DT] 84.32
B:510 [LYS] A:6 [U] 3.02 C:23 [DA] 84.32
B:515 [TYR] A:4 [A] 3.28 C:25 [DT] 97.69
B:515 [TYR] A:5 [A] 2.5 C:24 [DT] 97.69
B:518 [PHE] A:4 [A] 3.66 C:25 [DT] 70.73
B:519 [THR] A:4 [A] 4.82 C:25 [DT] 60.53
B:519 [THR] A:5 [A] 3.71 C:24 [DT] 60.53
B:522 [ASN] A:4 [A] 4.77 C:25 [DT] 94.64
B:523 [GLU] A:5 [A] 4.67 C:24 [DT] 98.08
B:586 [ARG] A:6 [U] 3.72 C:23 [DA] sugar:SC 33.65
B:588 [ASN] A:5 [A] 4.05 C:24 [DT] 82.29
B:588 [ASN] A:6 [U] 3.24 C:23 [DA] 82.29
B:589 [ALA] A:5 [A] 3.91 C:24 [DT] 81.44
B:589 [ALA] A:6 [U] 4.74 C:23 [DA] 81.44
B:660 [GLY] A:5 [A] 4.75 C:24 [DT] 92.79
B:661 [ARG] A:4 [A] 2.86 C:25 [DT] 81.5
B:661 [ARG] A:5 [A] 3.39 C:24 [DT] 81.5
B:662 [LEU] A:4 [A] 4.28 C:25 [DT] 83.12
B:693 [PHE] A:3 [A] 4.01 C:26 [DT] 79.3
B:693 [PHE] A:4 [A] 4.38 C:25 [DT] 79.3
B:694 [MET] A:2 [G] 3.33 C:27 [DC] 93.61
B:694 [MET] A:3 [A] 3.47 C:26 [DT] 93.61
B:721 [HIS] A:65 [A] 2.89 sugar:SC 46.26
B:721 [HIS] A:66 [U] 3.24 46.26
B:725 [ALA] A:65 [A] 4.84 50.58
B:729 [GLY] A:11 [U] 4.81 C:18 [DA] 69.13
B:730 [SER] A:11 [U] 4.96 C:18 [DA] 96.54
B:731 [PRO] A:12 [G] 4.21 C:17 [DC] 94.23
B:731 [PRO] A:13 [C] 4.24 C:16 [DG] 94.23
B:734 [LYS] A:66 [U] 4.82 94.82
B:735 [LYS] A:66 [U] 3.59 90.1
B:738 [LEU] A:66 [U] 3.66 65.14
B:738 [LEU] A:67 [C] 4.78 65.14
B:739 [GLN] A:66 [U] 4.42 89.2
B:739 [GLN] A:67 [C] 2.94 89.2
B:742 [LYS] A:66 [U] 3.55 55.81
B:742 [LYS] A:67 [C] 2.75 55.81
B:893 [THR] A:8 [A] 4.1 C:21 [DT] 90.61
B:893 [THR] A:9 [G] 3.92 C:20 [DC] 90.61
B:894 [GLN] A:7 [U] 3.75 C:22 [DA] 42.35
B:894 [GLN] A:8 [A] 3.68 C:21 [DT] sugar:BB 42.35
B:895 [ARG] A:8 [A] 4.62 C:21 [DT] 71.19
B:926 [GLN] A:2 [G] 3.83 C:27 [DC] 98.97
B:929 [LYS] A:1 [G] 2.52 C:28 [DC] 94.9
B:929 [LYS] A:2 [G] 4.56 C:27 [DC] 94.9
B:1097 [LYS] A:67 [C] 2.88 0.0
B:1097 [LYS] A:68 [A] 4.14 A:81 [G] 0.0
B:1098 [THR] A:67 [C] 4.64 0.0
B:1098 [THR] A:68 [A] 4.37 A:81 [G] 0.0
B:1099 [GLU] A:67 [C] 3.45 base/AA stacks 0.0
B:1100 [VAL] A:67 [C] 3.0 base:BB, base:BB 0.0
B:1102 [THR] A:63 [U] 4.82 0.0
B:1102 [THR] A:64 [U] 2.84 0.0
B:1102 [THR] A:65 [A] 4.5 0.0
B:1102 [THR] A:66 [U] 4.15 0.0
B:1103 [GLY] A:51 [A] 3.3 base:BB 0.0
B:1103 [GLY] A:63 [U] 3.38 0.0
B:1103 [GLY] A:64 [U] 3.38 0.0
B:1104 [GLY] A:51 [A] 3.59 0.0
B:1104 [GLY] A:63 [U] 3.05 0.0
B:1105 [PHE] A:51 [A] 3.06 base:BB base/AA stacks 0.0
B:1105 [PHE] A:52 [A] 3.46 A:62 [G] 0.0
B:1110 [ILE] A:21 [G] 3.98 A:50 [U] 0.0
B:1110 [ILE] A:22 [U] 2.62 A:49 [A] sugar:BB 0.0
B:1110 [ILE] A:23 [U] 3.25 A:48 [A] 0.0
B:1110 [ILE] A:50 [U] 4.97 A:21 [G] 0.0
B:1111 [LEU] A:22 [U] 4.81 A:49 [A] 0.0
B:1111 [LEU] A:23 [U] 3.89 A:48 [A] 0.0
B:1112 [PRO] A:23 [U] 3.68 A:48 [A] 0.0
B:1112 [PRO] A:24 [U] 3.29 A:47 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:23 [U] 4.37 A:48 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:24 [U] 2.94 A:47 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:25 [U] 4.17 A:46 [A] 0.0
B:1121 [ALA] A:52 [A] 4.64 A:62 [G] 0.0
B:1122 [ARG] A:23 [U] 2.78 A:48 [A] base:SC 0.0
B:1122 [ARG] A:48 [A] 4.97 A:23 [U] 0.0
B:1122 [ARG] A:49 [A] 2.84 A:22 [U] base:SC 0.0
B:1122 [ARG] A:50 [U] 4.54 A:21 [G] 0.0
B:1122 [ARG] A:52 [A] 3.13 A:62 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:49 [A] 3.23 A:22 [U] 0.0
B:1123 [LYS] A:50 [U] 3.1 A:21 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:52 [A] 2.66 A:62 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:53 [G] 3.63 A:61 [C] 0.0
B:1124 [LYS] A:52 [A] 3.65 A:62 [G] 0.0
B:1124 [LYS] A:53 [G] 2.73 A:61 [C] 0.0
B:1126 [TRP] A:48 [A] 4.55 A:23 [U] 0.0
B:1126 [TRP] A:49 [A] 3.3 A:22 [U] 0.0
B:1130 [LYS] A:24 [U] 3.4 A:47 [A] 0.0
B:1131 [TYR] A:23 [U] 2.7 A:48 [A] sugar:BB 0.0
B:1131 [TYR] A:24 [U] 3.57 A:47 [A] 0.0
B:1132 [GLY] A:23 [U] 4.64 A:48 [A] 0.0
B:1132 [GLY] A:24 [U] 4.7 A:47 [A] 0.0
B:1134 [PHE] A:51 [A] 3.96 0.0
B:1168 [ILE] A:51 [A] 4.84 0.0
B:1169 [MET] A:52 [A] 3.42 A:62 [G] 0.0
B:1197 [LYS] A:67 [C] 4.98 0.0
B:1197 [LYS] A:69 [A] 4.92 A:80 [U] 0.0
B:1349 [HIS] A:68 [A] 2.76 A:81 [G] sugar:SC 0.0
B:1349 [HIS] A:69 [A] 3.41 A:80 [U] 0.0
B:1350 [GLN] A:68 [A] 3.21 A:81 [G] 0.0
B:1351 [SER] A:68 [A] 3.69 A:81 [G] 0.0
B:1356 [TYR] A:68 [A] 3.87 A:81 [G] 0.0
B:1356 [TYR] A:81 [G] 3.42 A:68 [A] base/AA stacks 0.0
B:1357 [GLU] A:68 [A] 4.67 A:81 [G] 0.0
B:1357 [GLU] A:81 [G] 3.09 A:68 [A] base:BB 0.0
B:1358 [THR] A:68 [A] 3.86 A:81 [G] 0.0
B:1358 [THR] A:69 [A] 3.84 A:80 [U] 0.0
B:1358 [THR] A:81 [G] 4.96 A:68 [A] 0.0

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group125 5B2R_B_A B: Crispr-associated endonuclease cas9, Streptococcus pyogenes serotype m1 (genetically engineered) A: Guide RNA, Streptococcus pyogenes (synthetic) Q99ZW2 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 ✘

Interologs

Total number of interologs for this interface: 8

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4OO8_A_B 5B2R_B_A 0.96 0.92 1.49 0.97 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 5FW1_B_A 0.96 0.99 0.33 0.75 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 7OX9_B_A 0.98 1.0 0.3 0.75 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 5B2T_B_A 0.99 0.99 0.31 0.99 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 5FQ5_B_A 0.98 0.99 0.33 0.75 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 5B2S_B_A 0.99 1.0 0.14 0.99 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 7EL1_A_B 0.63 0.73 1.96 0.23 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 5X2H_A_B 0.54 0.75 3.21 0.15 Ribonuclease H-like & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare