RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group125 > 5B2S_B_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

5B2S_B
5B2S_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
B:33 [LYS] A:81 [G] 2.77 A:68 [A] base:BB 73.5
B:34 [VAL] A:81 [G] 4.22 A:68 [A] 18.35
B:35 [LEU] A:69 [A] 4.66 A:80 [U] 65.24
B:35 [LEU] A:81 [G] 3.5 A:68 [A] 65.24
B:55 [SER] A:65 [A] 4.37 55.87
B:56 [GLY] A:65 [A] 3.53 88.54
B:57 [GLU] A:64 [U] 2.62 sugar:BB 48.02
B:57 [GLU] A:65 [A] 2.91 48.02
B:58 [THR] A:12 [G] 3.92 C:17 [DC] 89.86
B:58 [THR] A:13 [C] 3.47 C:16 [DG] 89.86
B:58 [THR] A:64 [U] 3.22 89.86
B:59 [ALA] A:12 [G] 4.86 C:17 [DC] 98.77
B:59 [ALA] A:13 [C] 2.51 C:16 [DG] 98.77
B:59 [ALA] A:14 [G] 3.79 C:15 [DC] 98.77
B:59 [ALA] A:64 [U] 3.48 98.77
B:60 [GLU] A:12 [G] 4.78 C:17 [DC] 71.7
B:60 [GLU] A:13 [C] 3.89 C:16 [DG] 71.7
B:60 [GLU] A:14 [G] 4.95 C:15 [DC] 71.7
B:61 [ALA] A:63 [U] 4.62 52.54
B:62 [THR] A:63 [U] 2.87 sugar:SC 88.32
B:62 [THR] A:64 [U] 3.05 sugar:SC 88.32
B:63 [ARG] A:13 [C] 3.77 C:16 [DG] 98.97
B:63 [ARG] A:14 [G] 2.61 C:15 [DC] base/AA stacks 98.97
B:63 [ARG] A:15 [C] 3.49 C:14 [DG] 98.97
B:65 [LYS] A:51 [A] 4.81 32.74
B:65 [LYS] A:63 [U] 3.24 32.74
B:66 [ARG] A:14 [G] 3.34 C:15 [DC] 98.97
B:66 [ARG] A:15 [C] 2.79 C:14 [DG] 98.97
B:66 [ARG] A:62 [G] 3.36 A:52 [A] 98.97
B:67 [THR] A:15 [C] 4.87 C:14 [DG] 80.99
B:67 [THR] A:16 [U] 4.17 C:13 [DA] 80.99
B:67 [THR] A:17 [U] 4.03 C:12 [DA] 80.99
B:68 [ALA] A:51 [A] 4.1 73.64
B:69 [ARG] A:51 [A] 3.36 98.97
B:69 [ARG] A:62 [G] 3.08 A:52 [A] base/AA stacks 98.97
B:69 [ARG] A:63 [U] 3.03 98.97
B:70 [ARG] A:15 [C] 2.92 C:14 [DG] 98.97
B:70 [ARG] A:16 [U] 2.88 C:13 [DA] 98.97
B:70 [ARG] A:60 [C] 4.83 A:54 [G] 98.97
B:70 [ARG] A:61 [C] 2.75 A:53 [G] 98.97
B:71 [ARG] A:17 [U] 3.46 C:12 [DA] base/AA stacks 96.36
B:71 [ARG] A:18 [G] 2.29 C:11 [DC] base:SC 96.36
B:72 [TYR] A:20 [C] 4.04 C:9 [DG] 49.88
B:72 [TYR] A:21 [G] 4.58 A:50 [U] 49.88
B:72 [TYR] A:50 [U] 3.47 A:21 [G] base/AA stacks 49.88
B:72 [TYR] A:51 [A] 3.5 49.88
B:73 [THR] A:59 [U] 3.99 53.26
B:73 [THR] A:60 [C] 4.71 A:54 [G] 53.26
B:73 [THR] A:61 [C] 4.59 A:53 [G] 53.26
B:74 [ARG] A:16 [U] 2.77 C:13 [DA] 98.8
B:74 [ARG] A:17 [U] 3.15 C:12 [DA] 98.8
B:74 [ARG] A:59 [U] 3.4 98.8
B:74 [ARG] A:60 [C] 2.85 A:54 [G] 98.8
B:75 [ARG] A:49 [A] 4.43 A:22 [U] 90.93
B:75 [ARG] A:50 [U] 2.92 A:21 [G] base:SC 90.93
B:76 [LYS] A:48 [A] 3.79 A:23 [U] 71.27
B:76 [LYS] A:49 [A] 3.08 A:22 [U] 71.27
B:77 [ASN] A:59 [U] 2.83 base:SC 40.74
B:78 [ARG] A:18 [G] 3.89 C:11 [DC] 98.92
B:79 [ILE] A:48 [A] 3.86 A:23 [U] 81.64
B:81 [TYR] A:59 [U] 3.31 59.63
B:83 [GLN] A:48 [A] 4.32 A:23 [U] 70.36
B:100 [ARG] A:47 [A] 4.83 A:24 [U] 95.9
B:101 [LEU] A:47 [A] 2.56 A:24 [U] sugar:BB 85.18
B:101 [LEU] A:48 [A] 3.64 A:23 [U] 85.18
B:102 [GLU] A:47 [A] 4.58 A:24 [U] 55.89
B:102 [GLU] A:48 [A] 4.2 A:23 [U] 55.89
B:102 [GLU] A:49 [A] 4.91 A:22 [U] 55.89
B:104 [SER] A:24 [U] 4.15 A:47 [A] 95.78
B:104 [SER] A:25 [U] 3.16 A:46 [A] sugar:BB 95.78
B:104 [SER] A:47 [A] 2.81 A:24 [U] base:SC, sugar:SC 95.78
B:104 [SER] A:48 [A] 3.52 A:23 [U] sugar:SC 95.78
B:105 [PHE] A:23 [U] 3.57 A:48 [A] 43.13
B:105 [PHE] A:24 [U] 2.54 A:47 [A] sugar:BB base/AA stacks 43.13
B:105 [PHE] A:25 [U] 3.74 A:46 [A] 43.13
B:105 [PHE] A:47 [A] 4.55 A:24 [U] 43.13
B:105 [PHE] A:48 [A] 3.64 A:23 [U] 43.13
B:106 [LEU] A:24 [U] 4.16 A:47 [A] 57.89
B:106 [LEU] A:25 [U] 3.59 A:46 [A] 57.89
B:107 [VAL] A:24 [U] 4.04 A:47 [A] 44.06
B:107 [VAL] A:25 [U] 3.89 A:46 [A] 44.06
B:108 [GLU] A:25 [U] 4.88 A:46 [A] 21.32
B:108 [GLU] A:26 [A] 4.64 A:45 [U] 21.32
B:111 [LYS] A:25 [U] 3.35 A:46 [A] sugar:SC 78.66
B:115 [ARG] A:25 [U] 4.26 A:46 [A] 49.95
B:115 [ARG] A:26 [A] 2.85 A:45 [U] 49.95
B:115 [ARG] A:27 [G] 3.72 49.95
B:116 [HIS] A:26 [A] 3.07 A:45 [U] 44.45
B:116 [HIS] A:27 [G] 2.96 44.45
B:117 [PRO] A:26 [A] 3.63 A:45 [U] 51.32
B:122 [ILE] A:27 [G] 3.9 29.64
B:122 [ILE] A:28 [A] 3.22 29.64
B:123 [VAL] A:28 [A] 4.52 66.97
B:125 [GLU] A:26 [A] 3.59 A:45 [U] sugar:SC 84.5
B:125 [GLU] A:27 [G] 4.55 84.5
B:126 [VAL] A:27 [G] 3.69 61.01
B:126 [VAL] A:28 [A] 3.73 61.01
B:129 [HIS] A:26 [A] 4.27 A:45 [U] 70.19
B:129 [HIS] A:27 [G] 2.96 70.19
B:129 [HIS] A:45 [U] 4.08 A:26 [A] 70.19
B:133 [PRO] A:27 [G] 4.83 94.41
B:133 [PRO] A:45 [U] 3.5 A:26 [A] 94.41
B:134 [THR] A:44 [U] 3.58 98.97
B:134 [THR] A:45 [U] 3.55 A:26 [A] 98.97
B:135 [ILE] A:45 [U] 3.07 A:26 [A] sugar:BB 96.77
B:135 [ILE] A:46 [A] 3.57 A:25 [U] 96.77
B:136 [TYR] A:45 [U] 4.69 A:26 [A] 81.44
B:136 [TYR] A:46 [A] 4.33 A:25 [U] 81.44
B:155 [TYR] A:48 [A] 4.55 A:23 [U] 95.09
B:156 [LEU] A:47 [A] 4.69 A:24 [U] 95.52
B:159 [ALA] A:47 [A] 4.75 A:24 [U] 93.19
B:160 [HIS] A:45 [U] 4.93 A:26 [A] 89.1
B:160 [HIS] A:46 [A] 2.93 A:25 [U] 89.1
B:160 [HIS] A:47 [A] 3.99 A:24 [U] 89.1
B:163 [LYS] A:19 [G] 4.81 C:10 [DC] 98.11
B:163 [LYS] A:47 [A] 4.32 A:24 [U] 98.11
B:163 [LYS] A:48 [A] 2.8 A:23 [U] 98.11
B:163 [LYS] A:49 [A] 4.55 A:22 [U] 98.11
B:164 [PHE] A:19 [G] 3.2 C:10 [DC] 70.37
B:164 [PHE] A:20 [C] 4.89 C:9 [DG] 70.37
B:164 [PHE] A:47 [A] 3.61 A:24 [U] 70.37
B:165 [ARG] A:17 [U] 3.3 C:12 [DA] 98.97
B:165 [ARG] A:18 [G] 2.78 C:11 [DC] 98.97
B:165 [ARG] A:19 [G] 3.37 C:10 [DC] 98.97
B:166 [GLY] A:18 [G] 3.19 C:11 [DC] 98.85
B:166 [GLY] A:19 [G] 3.33 C:10 [DC] 98.85
B:167 [HIS] A:17 [U] 4.78 C:12 [DA] 89.36
B:167 [HIS] A:18 [G] 3.54 C:11 [DC] 89.36
B:168 [PHE] A:17 [U] 3.49 C:12 [DA] 98.85
B:168 [PHE] A:18 [G] 4.55 C:11 [DC] 98.85
B:324 [ARG] A:44 [U] 4.34 38.88
B:325 [TYR] A:43 [G] 4.52 89.76
B:325 [TYR] A:44 [U] 3.3 base:BB base/AA stacks 89.76
B:328 [HIS] A:43 [G] 4.93 94.31
B:328 [HIS] A:44 [U] 3.12 base/AA stacks 94.31
B:329 [HIS] A:43 [G] 4.71 61.87
B:329 [HIS] A:44 [U] 3.2 61.87
B:332 [LEU] A:43 [G] 3.85 94.43
B:332 [LEU] A:44 [U] 4.91 94.43
B:336 [LYS] A:42 [A] 3.7 96.77
B:336 [LYS] A:43 [G] 2.88 base:SC 96.77
B:340 [ARG] A:40 [C] 3.37 A:29 [G] 62.96
B:340 [ARG] A:41 [A] 2.44 62.96
B:347 [TYR] A:41 [A] 3.91 72.0
B:347 [TYR] A:43 [G] 4.4 72.0
B:348 [LYS] A:39 [G] 4.79 A:30 [C] 39.3
B:351 [PHE] A:42 [A] 3.21 base:BB 89.76
B:351 [PHE] A:43 [G] 2.82 base:BB, base:BB 89.76
B:352 [PHE] A:40 [C] 4.34 A:29 [G] 54.96
B:352 [PHE] A:41 [A] 3.49 54.96
B:352 [PHE] A:42 [A] 3.64 54.96
B:359 [TYR] A:43 [G] 2.97 sugar:SC 90.35
B:359 [TYR] A:44 [U] 4.28 90.35
B:360 [ALA] A:43 [G] 3.65 52.51
B:363 [ILE] A:43 [G] 3.38 70.31
B:363 [ILE] A:44 [U] 4.07 70.31
B:364 [ASP] A:43 [G] 3.17 base:SC 55.41
B:365 [GLY] A:22 [U] 4.18 A:49 [A] 41.18
B:366 [GLY] A:22 [U] 4.48 A:49 [A] 42.18
B:400 [ARG] A:44 [U] 3.74 70.59
B:401 [LYS] A:44 [U] 3.77 83.75
B:401 [LYS] A:45 [U] 3.59 A:26 [A] 83.75
B:402 [GLN] A:20 [C] 4.48 C:9 [DG] 80.15
B:402 [GLN] A:44 [U] 2.36 base:SC, sugar:SC 80.15
B:402 [GLN] A:45 [U] 2.74 A:26 [A] 80.15
B:403 [ARG] A:19 [G] 4.85 C:10 [DC] 83.47
B:403 [ARG] A:20 [C] 2.75 C:9 [DG] 83.47
B:403 [ARG] A:21 [G] 3.93 A:50 [U] 83.47
B:403 [ARG] A:45 [U] 2.78 A:26 [A] 83.47
B:403 [ARG] A:46 [A] 2.92 A:25 [U] 83.47
B:404 [THR] A:19 [G] 3.09 C:10 [DC] sugar:BB 75.15
B:404 [THR] A:20 [C] 2.84 C:9 [DG] 75.15
B:405 [PHE] A:19 [G] 3.0 C:10 [DC] 55.18
B:405 [PHE] A:20 [C] 4.07 C:9 [DG] 55.18
B:406 [ASP] A:19 [G] 4.18 C:10 [DC] 52.27
B:407 [ASN] A:18 [G] 4.85 C:11 [DC] 98.97
B:407 [ASN] A:19 [G] 3.24 C:10 [DC] 98.97
B:407 [ASN] A:20 [C] 2.83 C:9 [DG] 98.97
B:408 [GLY] A:18 [G] 3.63 C:11 [DC] sugar:BB 72.51
B:408 [GLY] A:19 [G] 3.54 C:10 [DC] 72.51
B:410 [ILE] A:18 [G] 4.63 C:11 [DC] 96.06
B:415 [HIS] A:19 [G] 4.92 C:10 [DC] 87.63
B:446 [PHE] A:59 [U] 3.24 96.11
B:447 [ARG] A:16 [U] 2.98 C:13 [DA] base:SC, sugar:SC 89.66
B:447 [ARG] A:17 [U] 3.5 C:12 [DA] sugar:SC 89.66
B:448 [ILE] A:16 [U] 2.73 C:13 [DA] sugar:BB 90.96
B:448 [ILE] A:17 [U] 3.37 C:12 [DA] 90.96
B:448 [ILE] A:60 [C] 4.89 A:54 [G] 90.96
B:449 [PRO] A:15 [C] 4.37 C:14 [DG] 98.7
B:449 [PRO] A:16 [U] 4.0 C:13 [DA] 98.7
B:450 [TYR] A:14 [G] 4.84 C:15 [DC] 97.86
B:450 [TYR] A:15 [C] 2.7 C:14 [DG] sugar:BB 97.86
B:450 [TYR] A:16 [U] 3.31 C:13 [DA] 97.86
B:451 [TYR] A:15 [C] 4.7 C:14 [DG] 95.88
B:453 [GLY] A:15 [C] 3.56 C:14 [DG] 98.85
B:453 [GLY] A:16 [U] 3.73 C:13 [DA] 98.85
B:454 [PRO] A:15 [C] 3.31 C:14 [DG] 97.53
B:454 [PRO] A:16 [U] 3.41 C:13 [DA] 97.53
B:454 [PRO] A:60 [C] 3.76 A:54 [G] 97.53
B:454 [PRO] A:61 [C] 4.03 A:53 [G] 97.53
B:455 [LEU] A:58 [G] 2.74 A:55 [C] sugar:BB 88.04
B:455 [LEU] A:59 [U] 3.71 88.04
B:455 [LEU] A:60 [C] 2.85 A:54 [G] 88.04
B:456 [ALA] A:58 [G] 3.22 A:55 [C] 80.92
B:456 [ALA] A:60 [C] 3.63 A:54 [G] 80.92
B:457 [ARG] A:57 [A] 2.71 47.36
B:457 [ARG] A:58 [G] 3.29 A:55 [C] 47.36
B:459 [ASN] A:56 [U] 3.06 44.65
B:459 [ASN] A:58 [G] 4.83 A:55 [C] 44.65
B:459 [ASN] A:60 [C] 3.43 A:54 [G] 44.65
B:459 [ASN] A:61 [C] 3.94 A:53 [G] 44.65
B:460 [SER] A:60 [C] 3.31 A:54 [G] 72.25
B:460 [SER] A:61 [C] 2.54 A:53 [G] 72.25
B:461 [ARG] A:14 [G] 4.29 C:15 [DC] 43.15
B:462 [PHE] A:14 [G] 3.53 C:15 [DC] 70.45
B:462 [PHE] A:15 [C] 3.33 C:14 [DG] 70.45
B:462 [PHE] A:61 [C] 3.6 A:53 [G] 70.45
B:462 [PHE] A:62 [G] 3.52 A:52 [A] 70.45
B:464 [TRP] A:14 [G] 3.96 C:15 [DC] 96.87
B:464 [TRP] A:15 [C] 3.61 C:14 [DG] 96.87
B:467 [ARG] A:58 [G] 3.2 A:55 [C] 85.98
B:467 [ARG] A:59 [U] 3.01 85.98
B:471 [GLU] A:59 [U] 4.13 58.33
B:472 [THR] A:59 [U] 3.17 51.65
B:473 [ILE] A:59 [U] 2.89 90.5
B:474 [THR] A:59 [U] 4.27 73.18
B:475 [PRO] A:59 [U] 3.18 98.64
B:491 [PHE] A:14 [G] 4.19 C:15 [DC] 98.57
B:494 [ARG] A:14 [G] 4.58 C:15 [DC] 89.46
B:500 [LYS] A:3 [A] 4.4 C:26 [DT] 91.18
B:510 [LYS] A:5 [A] 4.11 C:24 [DT] 83.71
B:510 [LYS] A:6 [U] 2.64 C:23 [DA] 83.71
B:515 [TYR] A:4 [A] 3.25 C:25 [DT] 97.71
B:515 [TYR] A:5 [A] 2.49 C:24 [DT] 97.71
B:518 [PHE] A:4 [A] 3.68 C:25 [DT] 73.31
B:519 [THR] A:4 [A] 4.86 C:25 [DT] 58.34
B:519 [THR] A:5 [A] 3.64 C:24 [DT] 58.34
B:522 [ASN] A:4 [A] 4.68 C:25 [DT] 94.71
B:523 [GLU] A:5 [A] 4.67 C:24 [DT] 98.09
B:588 [ASN] A:5 [A] 4.12 C:24 [DT] 82.9
B:588 [ASN] A:6 [U] 3.32 C:23 [DA] 82.9
B:589 [ALA] A:5 [A] 3.93 C:24 [DT] 81.29
B:589 [ALA] A:6 [U] 4.71 C:23 [DA] 81.29
B:660 [GLY] A:5 [A] 4.58 C:24 [DT] 92.93
B:661 [ARG] A:4 [A] 2.73 C:25 [DT] 82.63
B:661 [ARG] A:5 [A] 3.4 C:24 [DT] 82.63
B:662 [LEU] A:4 [A] 4.35 C:25 [DT] 83.32
B:693 [PHE] A:3 [A] 3.88 C:26 [DT] 80.62
B:693 [PHE] A:4 [A] 4.45 C:25 [DT] 80.62
B:694 [MET] A:2 [G] 3.39 C:27 [DC] 93.67
B:694 [MET] A:3 [A] 3.3 C:26 [DT] 93.67
B:721 [HIS] A:65 [A] 2.78 sugar:SC 42.91
B:721 [HIS] A:66 [U] 3.24 42.91
B:725 [ALA] A:65 [A] 4.77 55.4
B:729 [GLY] A:11 [U] 4.65 C:18 [DA] 72.02
B:729 [GLY] A:12 [G] 4.79 C:17 [DC] 72.02
B:730 [SER] A:11 [U] 4.91 C:18 [DA] 96.56
B:731 [PRO] A:12 [G] 4.19 C:17 [DC] 94.28
B:731 [PRO] A:13 [C] 4.4 C:16 [DG] 94.28
B:734 [LYS] A:66 [U] 4.68 94.86
B:735 [LYS] A:66 [U] 3.64 89.99
B:738 [LEU] A:66 [U] 3.65 68.18
B:738 [LEU] A:67 [C] 4.93 68.18
B:739 [GLN] A:66 [U] 4.39 89.1
B:739 [GLN] A:67 [C] 2.92 89.1
B:742 [LYS] A:66 [U] 3.58 57.25
B:742 [LYS] A:67 [C] 2.64 57.25
B:753 [ARG] A:80 [U] 3.85 A:69 [A] 75.14
B:753 [ARG] A:81 [G] 4.99 A:68 [A] 75.14
B:893 [THR] A:8 [A] 4.16 C:21 [DT] 91.13
B:893 [THR] A:9 [G] 3.9 C:20 [DC] 91.13
B:894 [GLN] A:7 [U] 3.68 C:22 [DA] 45.59
B:894 [GLN] A:8 [A] 3.59 C:21 [DT] sugar:BB 45.59
B:895 [ARG] A:8 [A] 4.68 C:21 [DT] 70.19
B:926 [GLN] A:2 [G] 3.49 C:27 [DC] 98.97
B:929 [LYS] A:1 [G] 2.5 C:28 [DC] 94.91
B:929 [LYS] A:2 [G] 4.5 C:27 [DC] 94.91
B:1097 [LYS] A:67 [C] 3.06 0.0
B:1097 [LYS] A:68 [A] 4.03 A:81 [G] 0.0
B:1098 [THR] A:67 [C] 4.67 0.0
B:1098 [THR] A:68 [A] 4.38 A:81 [G] 0.0
B:1099 [GLU] A:67 [C] 3.34 base/AA stacks 0.0
B:1100 [VAL] A:67 [C] 2.95 base:BB, base:BB 0.0
B:1102 [THR] A:63 [U] 4.81 0.0
B:1102 [THR] A:64 [U] 2.74 0.0
B:1102 [THR] A:65 [A] 4.49 0.0
B:1102 [THR] A:66 [U] 4.13 0.0
B:1103 [GLY] A:51 [A] 3.46 base:BB 0.0
B:1103 [GLY] A:63 [U] 3.38 0.0
B:1103 [GLY] A:64 [U] 3.4 0.0
B:1104 [GLY] A:51 [A] 3.56 0.0
B:1104 [GLY] A:63 [U] 3.12 0.0
B:1105 [PHE] A:51 [A] 3.11 base:BB base/AA stacks 0.0
B:1105 [PHE] A:52 [A] 3.53 A:62 [G] 0.0
B:1110 [ILE] A:21 [G] 3.85 A:50 [U] 0.0
B:1110 [ILE] A:22 [U] 2.56 A:49 [A] sugar:BB 0.0
B:1110 [ILE] A:23 [U] 3.3 A:48 [A] 0.0
B:1111 [LEU] A:22 [U] 4.74 A:49 [A] 0.0
B:1111 [LEU] A:23 [U] 3.89 A:48 [A] 0.0
B:1112 [PRO] A:23 [U] 3.81 A:48 [A] 0.0
B:1112 [PRO] A:24 [U] 3.31 A:47 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:23 [U] 4.42 A:48 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:24 [U] 2.94 A:47 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:25 [U] 4.34 A:46 [A] 0.0
B:1121 [ALA] A:52 [A] 4.54 A:62 [G] 0.0
B:1122 [ARG] A:22 [U] 5.0 A:49 [A] 0.0
B:1122 [ARG] A:23 [U] 2.92 A:48 [A] base:SC 0.0
B:1122 [ARG] A:48 [A] 4.94 A:23 [U] 0.0
B:1122 [ARG] A:49 [A] 3.02 A:22 [U] base:SC 0.0
B:1122 [ARG] A:50 [U] 4.52 A:21 [G] 0.0
B:1122 [ARG] A:52 [A] 3.19 A:62 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:49 [A] 3.32 A:22 [U] 0.0
B:1123 [LYS] A:50 [U] 3.29 A:21 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:52 [A] 2.82 A:62 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:53 [G] 3.62 A:61 [C] 0.0
B:1124 [LYS] A:52 [A] 3.75 A:62 [G] 0.0
B:1124 [LYS] A:53 [G] 2.79 A:61 [C] 0.0
B:1126 [TRP] A:48 [A] 4.44 A:23 [U] 0.0
B:1126 [TRP] A:49 [A] 3.28 A:22 [U] 0.0
B:1130 [LYS] A:24 [U] 3.33 A:47 [A] 0.0
B:1131 [TYR] A:23 [U] 2.73 A:48 [A] sugar:BB 0.0
B:1131 [TYR] A:24 [U] 3.64 A:47 [A] 0.0
B:1132 [GLY] A:23 [U] 4.72 A:48 [A] 0.0
B:1132 [GLY] A:24 [U] 4.75 A:47 [A] 0.0
B:1134 [PHE] A:51 [A] 3.66 0.0
B:1168 [ILE] A:51 [A] 4.99 0.0
B:1169 [MET] A:52 [A] 3.48 A:62 [G] 0.0
B:1197 [LYS] A:67 [C] 4.83 0.0
B:1197 [LYS] A:69 [A] 4.85 A:80 [U] 0.0
B:1349 [HIS] A:68 [A] 2.69 A:81 [G] sugar:SC 0.0
B:1349 [HIS] A:69 [A] 3.41 A:80 [U] 0.0
B:1350 [GLN] A:68 [A] 3.08 A:81 [G] 0.0
B:1351 [SER] A:68 [A] 3.74 A:81 [G] 0.0
B:1356 [TYR] A:68 [A] 3.9 A:81 [G] 0.0
B:1356 [TYR] A:81 [G] 3.43 A:68 [A] base/AA stacks 0.0
B:1357 [GLU] A:68 [A] 4.67 A:81 [G] 0.0
B:1357 [GLU] A:81 [G] 3.12 A:68 [A] base:BB 0.0
B:1358 [THR] A:68 [A] 3.86 A:81 [G] 0.0
B:1358 [THR] A:69 [A] 3.79 A:80 [U] 0.0
B:1358 [THR] A:81 [G] 4.98 A:68 [A] 0.0

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group125 5B2S_B_A B: Crispr-associated endonuclease cas9, Streptococcus pyogenes serotype m1 (genetically engineered) A: Guide RNA, Streptococcus pyogenes (synthetic) Q99ZW2 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 ✘

Interologs

Total number of interologs for this interface: 8

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4OO8_A_B 5B2S_B_A 0.96 0.92 1.52 0.97 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2S_B_A 5X2H_A_B 0.54 0.75 3.21 0.15 Ribonuclease H-like & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2S_B_A 7EL1_A_B 0.63 0.73 1.98 0.23 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2S_B_A 5FQ5_B_A 0.98 0.99 0.39 0.74 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2S_B_A 5FW1_B_A 0.97 0.99 0.39 0.76 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2S_B_A 5B2T_B_A 0.99 0.99 0.38 0.99 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2S_B_A 7OX9_B_A 0.98 1.0 0.32 0.74 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 5B2S_B_A 0.99 1.0 0.14 0.99 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare